一言以蔽之，东林学的本旨，可以说体现了宋学之精神。长期以来，讨论东林学的学者，忘记了东林本来是书院的名称，而将它作为党名，其结果就有了把倡清议、重名节的东林学者比拟为东汉党锢人物之嫌，所以在学术思想的研究方面有言不尽意之憾。(1)

东林之所以强调清议、名检和气节的重要性，是因为他们虽崇尚“与世为体”的精神，在当时却不得不使之变为“与世为敌”。重要的是，当时他们把一切动忍即洗心退藏之助作为学之宗旨（参见《高子遗书》卷8上，《与周自淑书》）。所以景逸在会晤冯少墟时，认为他所说的“除去心体锻炼，更无别事”，是“言简意尽”之言（参见《高子未刻稿》卷6数部，《与东林会诸友》）。

这种精神，与阳明所提倡的“事上磨炼”精神也有一脉相承之处。不过，在阳明那里，“与世为体”绝不至于变为“与世为敌”。究其原因，不应仅仅归于两者环境的不同，而恐怕在于两者学术精神之差异。至于东林之所以使“与世为体”变为“与世为敌”，乃是因其内心虽多少有些不同，却都在心情上信奉从至高至纯的高远理想的立场出发，严格规正现实的朱子学。

钱穆认为，东林言是非好恶，其实即阳明良知立诚、知行合一之教耳，唯环境既变，意趣自别（参见《中国近三百年学术史引论》）。这种观点笔者是难以赞同的。诚然，东林重视从天下各种各样的人心好恶中流露出来的好恶情感，结果出现了像钱启新、顾泾凡那样，退乡愿而进狂狷；像刘静之、薛元台那样，激于好恶之情而抗时俗、不避祸（参见《明儒学案》卷59、卷60），但那也是遵从是非好恶的。换言之，论好恶是为了重视格物，因而即使有激于好恶之情的现象，其精神与阳明所说的“只好恶便尽了是非”，在根本上不是相背离的吗？

总而言之，就东林来说，为学的根本可以说首先是明辨是非。而且他们以求是非的内在过程为要，把重点放在求得深深沉潜于“理之静”这一点上。所以，他们没有遵从于求心理浑然的陆王心学，而是遵从于在心之体即内在的性中求理的朱子学。

在维持国家的纲常人伦被王学末流破坏，而内政外交又都濒于危殆的明末社会里，忧世忧国的东林学者，遵循朱学，信奉性学，保持伦理的严肃性，并努力拯救国家的命运，这大概是理所当然的事吧！

东林讲性学，尤以体认躬行、静定自得为旨。因为“性”是心之体，而且是宇宙生成的根源，所以若经常致力于体认自得的话，那就犹如“瓜熟蒂落，水到渠成”那样，经世大道可根据超越人力的自然法则施行，世之元气浩气也能由此而自然得到维持，宇宙的伟大目的也能自然达成。其结果，清议之论、是非之辨及名节事功，也能摆脱论争拘执、相对着有之弊，而保持其绝对性和真实性。因此，或者任血气而高谈气节清议，或者扬言名检事功，或者明目张胆地倡导天下大义，其实都没有把握住东林的原旨。

《菜根谭》说：“青天白日的节义，自暗室屋漏中培养来；旋转乾坤的经纶，从临深履薄处得力。”但若按照东林学者的看法，这些可以说就是对天理的敬畏，是基于性之涵养的工夫。所以是非之明辨，与其说只是对外部事物的严格分辨，倒不如说是以求得内在工夫为根本的，否则便会“以善杀人”。对于明争暗斗的世局，东林学者是想排除斗争、反对门户之见的，其提倡以融和宽大、静虚空空为旨，其理由也正在于此。