本来，陆王学之所以是简易直接的，主要是因为以心为本而以行为归。但正视“心”的矛盾并严肃面对它的苏原，则重视主知性的工夫，于是强调从知到行的工夫之次序，以及连接知与行的诸多工夫的重要性。在苏原看来，这原本是归一即内外合一的，因而并非是外驰逐末的支离之见。所以苏原立知行的先后次序，一方面以知行为工夫的两端两用，一方面以知行为一本，认为二者的作用虽有不同，却是归一的，在由知而行的过程中存在着“知行合一”的可能性。所以他把知与行譬喻为舟之桨舵、车之衔轮，一起推动舟车前进，并对这一比喻做了恰当的说明（同上）。
苏原认为，知行分言，才能真正得“知行合一”；而忌讳分言，认为摄行于知、摄知于行即“知行合一”的阳明之说，却是说一反成二，反而会使合一变得支离。他批判了阳明的“知行合一”论，认为其说只是提倡力行，由于放弃了端正行的致知工夫，所以不能不陷于冥行。他还批判说，阳明从“致良知”的立场出发而主张“知行合一”，因为只是任于知而放弃证明其是非真妄的学问，所以不能达到真知（参见《吉斋漫录》上、下）。认为阳明的“知行合一”论是背离由知至行的“全体归一”之圣学的，这就是苏原的主张。
确立了工夫的次序，而认为这就是“全体归一”之圣学的苏原，对于《中庸》的道问学与尊德性，亦认为其中有先后次序之分而始为一体，并反对受陆学影响而把尊德性作为道问学之本的吴草庐之说（参见《吉斋漫录》下）。根据同一主旨，他肯定朱子的“新民”说，而反对阳明的“亲民”说，认为朱子之说是由上而下、由己及人、由亲及疏之序的，这是在教养中设置先后次序而善得以万物为一体的《大学》“明明德”主旨的；而阳明之说却颠倒此次序而堕于墨子之兼爱，陷入孟子所谓的“生于其心，害于其政；发于其政，害于其事”之弊。在苏原眼里，这些都是诚**邪遁之尤（同上）。
苏原持由知至行过程中的诸种工夫，认为即使用功不同，其本亦一，因为知与行用异而本同，两者并不支离。犹如经纬关系那样，因为在知行诸种工夫中贯穿着使精明、管摄、自然得以凝聚充实的存养工夫（例如道问学、尊德性就是立足于“戒惧”工夫的），于是，知行成为一体也是由于始终持敬的缘故（同上）。所以他论述了朱子持敬以缀拾《大学》而作《补传》的意义，驳难了以“敬”为蛇足的阳明之说，并指出了孟子“夜气”说的重要性，而批判了阳明所谓“致良知则不必说夜气”的观点（同上）。苏原认为，作为宗旨的“存养”，是与道义并列的，二者本来就是浑一的，所以不可分言内外。如果以内外相对而言，敬是内之操存，义是外之制裁，看起来似乎有区别，其实只不过是“敬不离心谓之内，义不离物谓之外”而已，所以说是不分内外的。
苏原根据孟子之说而阐明了上述主旨。在他看来，孟子的“夜气”就是所谓“浩然之气”，因为其中的仁义之心是充周发现的，所谓仁义不可能是别的什么东西。而且，若以孟子的持志（敬）用于知言，也就知道用于养气就是“集义”，故只是一理，而本无内外之分。因而所谓“必有事焉”、“勿忘勿助”（都是敬）的工夫，本来也就是“集义”（同上）。据此可知，“敬”也是“义”，“义”也是“敬”，两者之间没有内外之别。所以苏原认为，佛氏的心学之所以变得绝伦无用，不是因为没有“义以方外”之工夫，而是因为头上一念已失敬。因此，程子所谓“释氏敬以直内则有之，义以方外则未也”的说法是错误的（同上）。
重视存养的苏原，在评论告子以义为外的“不动心”之说时认为，告子没有借助于知言集义，而且无视敬与夜气的存养，所以此心便陷入了徒劳把定而丧失作用之弊。即便是阳明的“致良知”说，他也认为，阳明只是任于心而不致存养之功，所以导致了败坏人伦庶物之用的恶果（同上）。
苏原的排佛论虽及于轮回说、报应说等，对于佛氏心性说的责难，依据的则是宋代胡致堂的排佛论。他认为，致堂所说的“意由心生，而意非心。心由性有，而心非性。今释者之论心，才及意耳。其论性，才及心耳。名为见性，实未尝见性。于是以世界为幻、以性命为欲、以秉彝为妄、以事理为障。虽清净寂灭、不著尘根，而大用大机，不足以开物成务。特以擎拳植拂、扬眉瞬目，遂为究极。此非天地之纯全、《中庸》之至德也”一，是非常明快的心性之论，可谓揭示了佛氏之病根。据此大概可以确定，苏原的心性辨、性宗说是立足于胡致堂之说的（参见《苏原全集·甕记下》）。
如前所述，苏原对于宋儒虽然稍加批判，但从他的心性之辨和性宗之学来看，与宋学精神还是有相通之处的。他虽然主张气一元论，但反对宋儒分言理气、性气之说。如果把这理解为立足于追求尽性穷理之实，以期性之真切，那就不能说他违背了宋学之精神。他以君臣之分为大，并严于夷夏之辨，这一立场也可以说与宋学精神是相一致的。苏原说过：“道莫大于君臣之分，义莫严于夷夏之辨。”认为学者所讲只是此，所坚守的也只是此（参见《苏原全集·甕记上》）。
苏原还不把吴澄、许衡看作元代大儒，而是推举金履祥及其门人。他认为，吴、许一面以儒者自任，一面又不知羞耻地仕于元。对于许衡，因其生于元代，苏原认为尚可轻责其罪；而吴澄尽管是宋之举子，但在文天祥召他募兵勤王时，他借口奉养母亲而推辞，后竟甘愿入仕元朝，这显然是不明大义而失轻重之分，故而罪孽深重。与此相反，金履祥在宋亡以后，绝意仕进而隐居金华山中；许谦也同样屏迹于华山而拒不出仕，虽多次被荐，皆为其所拒。因此在苏原看来，金、许二人是坚守君臣之分、夷夏之辨的（同上）。
(1) 但对于朱子之论，例如对朱子所谓的“一阴一阳往来不息，即是道之全体”的一元论，他也不惜予以承认（参见《苏原全集·吉斋漫录》上）。
(2) 苏原虽以朱子的统体太极为是，但关于“物物各具太极”说，则认为，太极已分而生人生物，因而就不能说它没有偏全多寡之差异。继而他认为，朱子此论是以尽性之学为无用。而且认为，吴草庐的《无极太极解》，因为不知以太极为理而以为是气，而且因为把理当作假借之名，于是不能不成为悬空之说（同上）。
(3) 关于此处的“程子之论”究竟是程明道之语还是程伊川之语，虽有异议，但大体应当看作是伊川之语。这是因为，一般来说，（伊川）一方面承认荀子性恶论，而挑剔孟子性善说之不完善，另一方面又用孟子性善说攻击荀子性恶说，主张根据高远之理想来严肃面对人生，切实地做求道之工夫。而这正好显示了伊川二元论的精神（参见楠本正继博士著《宋明时代儒学思想的研究》，第138页）。因而，姑且不论其理由，仅就苏原认为此语不是明道之语这一点，也可以说是准确的吧！
(4) 这与明道根据告子的“生性”说而提倡性的微旨，也是相通的吧！所以，他肯定明道所谓“盖生之谓性，人生而静以上不容说，才说性时，便已不是性也”之说，也不是没有理由的（参见《吉斋漫录》上）。
(5) 日本流传的手抄本《吉斋漫录》有两个系统：一个是万历刊本，属于《苏原全集》本的系统，另外一个本子的系统则不太清楚。两者多少有些差异。在另外一个本子中记载了如下一段话：“致良知之徒多袭佛语。予尝在广，闻渠说顿渐时，众皆环听，不省所谓。予说：此出自六祖《坛经》也。”据此，当时王门一派的学者，善拈佛语而说良知之事，是可以想象的。苏原把这看作是阳明的常套，并引《传习录》中的萧惠问答（真己论）、陆澄问答（照心妄心论）之语，以论证其所谓的阳明之说来源于佛说的观点，而且批评阳明说：“诱儒而入异端，真可怪也。”（手抄本《吉斋漫录》卷3）