吴苏原认为，天地间万物生成变化的妙用条理，不属于理而属于气，即所谓气的妙用条理，而理是气之理，离气则无理。气虽有杂糅不齐、纷纭舛错，但不能说其中没有理。所以他说：“若谓‘理者气之不杂者也’，则几矣。”（《苏原全集·吉斋漫录》上）即使对《易》所谓阴阳与道的关系，他也同样认为阴阳即道，并认为只有这样看，道才能成为洋洋乎运行发育不已的本体之存在。而像程子那样以阴阳为气、以道为理的理气分离说，反而使道成为不能运行发育的无用之存在。根据这一立场，他批判了朱子的理气二元论。(1)

苏原以朱子对周子《太极图说》的解释为例，对朱子的理气分言论进行了非难，认为周子的《太极图说》和《通书》所持的是气一元论立场。周子所说的“太极”是气之至极，而“无极”乃其尊称，这实质上是在强调“太极”，也是周子说“太极本无极”的缘由。原来，周子所谓的“无极之真”是气的无妄，“二五（阴阳五行）之精”就是气的不杂，都是一物。因此，他认为朱子以周子的太极及无极之真为理、以阴阳及二五之精为气的理气分言，是违背周子所提倡的浑一之主旨的。(2)

以周子的无极、太极为浑一的苏原，在论及周子“主静”论时，认为其“静”非指动静之静，而是程明道所谓“动亦定，静亦定”的“定”。为什么这么说呢？因为苏原认为，周子说的“无欲故静”，就是认为如果无欲，就“静虚动直”。所以，他认为明道之学出自周子，并认为朱子反对周子的偏静之论是错误的（参见《吉斋漫录》上）。苏原反对静寂之说，其《清心箴》（《苏原文集》下）认为，若厌恶纷扰而安于幽寂，去烦剧而求简便，就会流于异端。他不但把朱子的无极太极论，甚至把张横渠的虚气论、太虚论、太和论也都斥之为难免理气分言。他认为，张子的虚气论虽与诸儒（程朱及其学派）的截然二元论不同，但因为分说虚与气，所以未免理气分言之失。太和本来是《易》之絪缊太和，是道的全体。然而，张子把太虚作为未发的静体，把太和作为已发的动用，而且又分说神与化，此论与太极论比较，就难免落于一边。为什么呢？他认为，因为太极不言虚，而虚在其中；太极也不言和，而和在其中（参见《吉斋漫录》上）。

苏原之所以排斥理气二元论，是因为考虑到，理气二元论归根到底将成为像朱子那样的理先气后论而与老子所谓“道生天地”说相通，把先于天地而存在的东西当作理，以灿然之物悬于形象，并以此为性，因此，追求恍惚的理和性而陷于异端。他认为，气是理之实体，如不揭示气，理就陷于空，阴阳之道也就在天地万物的运用发育中变得无用，仁义之理也就寂而无感、静而无功，而化于无为。其结果，天人分化而失万物生化、福善祸**、经纶裁成之妙，从而不能成为全体完备之大道。所以他说：“愚敢断然以气为理，岂有别说，亦只据‘一阴一阳之谓道’之言思而得之也。”从而强调了气一元论。提倡理气浑一的苏原在说明此主旨时，以程明道的道器一体论为精辟之论，是当然的吧（同上）！然而，虽说都基于浑一立场，但在明道那里是以理为中心，而在苏原那里则是以气为中心，两者之间不是有一线之隔的吗？日本的尾藤二洲巧妙地指出了这一点，他说：

明道“道亦器、器亦道”之谓，甚有深意。不可把“亦”字作“即”字用。然吴廷翰（苏原）却说理即气、气即理，这不但没有达于程明道之旨，而且归根到底必然以心为道。明儒之卤莽大抵如此。（《素餐录》）

关于性与气，苏原也与理气关系一样，认为气即性，若无气质之性，则无天地之性，仁义也是气，德性也是气质，并认为程子所谓“论性不论气，不备；论气不论性，不明；二之则不是”的说法，是性气分言之论和未透之说。故而此说恐并非明道之说。(3)根据气即性说，苏原把性气分言论者一般地归于性善与气不善，归于性与气的偏全。据此，就不能说不善非性吧！他之所以称上述程子之论是未透之说，是因为看到他以不善为性外之物，而使性善陷于空虚之弊吧！从认为气即性这点来看，苏原是肯定告子生性论的，但从性气偏全论来说，告子之论却是不知气有偏全之别，因而他认为告子生性论是以恶伪为性而使人陷于禽兽，于是断定“告子语是而意非”（参见《吉斋漫录》上）。(4)

苏原之所以认为气即性，是因为他认识到性不是未生以前的存在，而是有生以后的存在，如果作为未生以前的存在，那就成了佛的空性。据此，他认为孟子的性善是自有生以来探其本源之说，而在明察性自有生以来即存在的缘由方面，则有未尽之处（同上）。所以，他认为，孟子的性善说契合于《易》所谓“继之者善”的主旨，但对“成之者性”的主旨，则尚未明察，即所谓“孟子义明而语犹未究”（同上）。

而苏原在以性为德性、仁义礼智的本源这点上，虽与先儒无异，但他强调气即性，是因为觉得不应把性之德性直接视为善，其善恶应取决于气之多寡、厚薄、偏全、清浊。因此，他认为孟子的性善说比不上孔子的“性相近也，习相远也”之性说（同上）。这与宋儒以来认为孟子之性是发挥孔子之性的见解是很不相同的。对于孟子的性善说，苏原虽亦有所批评，但像前人一样，他充分肯定了孟子性善说对道义的内在根据所做的明确揭示，而且对于匡救告子生性论之弊也立有大功（同上）。