如前所述，在宋末元初一度衰微的陆学，由于吴草庐出来提倡朱陆同异论，总算普遍地得到了承认。但因为明代的教学与元代一样，以朱子学为准绳，所以陆学的价值还没有达到被完全认可的程度。而阳明站出来高度评价了陆子，所以在王学流行的同时，陆学派的书也得到了广泛传播。在明初，尊崇株守朱子学而竭力排斥异端的是胡敬斋，但他主要是致力于对佛、老的辩难，而不太用力于对陆学的辩难。从罗整庵开始，虽同样根据朱子学的立场而辨析异端，但他比敬庵精通佛学，所以尽管一面补敬庵的排佛论之不足，另一方面又肯定了佛学的精微。他还与王阳明及其高徒欧阳南野等书函往复，以论证和辩难王学之所以变为禅的缘由。此外，他还对被看作与佛学相通但不属陆学派的儒者之说，以及与陆学同调者之说也同样做了批判。(1)
阳明殁后，王学犹如洪水泛滥般地流行各地。隆庆以后，其影响及于科举，使以朱子学为主的传统规范准则发生了变化（参见顾炎武《日知录》卷18，《孔艾南英皇朝文待序》）。与此同时，也出现了对于陆、王及佛、老坚持批判立场的反对派。冯贞白、陈清澜、吴苏原、郝楚望等就属于这一派。其中，冯贞白与清澜强调朱子学的特色而对陆、王与佛、老进行批判，而苏原则提倡新说而对陆、王与佛、老展开批判，所以其批判甚至还追溯到宋儒。至于楚望，则复归古学而立论，并从这一立场出发而彻底批判了宋明的理（性理）学。
冯贞白著《求是编》，以《传习录》为例，逐一驳难阳明之说，并批判陆学和禅学。他以朱子的“格物穷理”为圣学之致用实学和体用内外浑一之学，认为其中有儒之所以不同于佛、老的本质区别。他认为，阳明心学求心之直接浑一，反而导致混淆偏枯而失真的弊病，因而背离了圣学致用之道。最后他又认为，王学也不出朱子学的范围。对王学持批判立场的贞白，理所当然地褒朱贬陆，但他对陆学的态度与对王学的态度稍有不同，也就是承认陆学是孔门别派。
明辨朱、陆而以陆、王为异端，尤其以陆学为中心，对其做犀利又彻底批判的是陈清澜。
原来，近世儒者之所以深究内面性（内在性），是因为受到庄、列、禅等所谓异端的刺激，并以此为媒介而扬弃儒教的人伦立场，又在心之本体中求本源。清澜认为，在德性上求心之本体是圣学，朱子学便是如此。而求心之本体于灵妙之神的，则是庄、列、禅，陆王派的心学也属此类。所以他把陆王学定位于“养神一路”，而且认为以往的异端之辨之所以不彻底，就是因为没有在形而上的本源上加以明辨。所以他反复阐述了“养神一路”的体段、下手工夫及危害性，并在指出异端之学立足于“养神”的原因的基础上，对其做了彻底批判。清澜既是理论家又是历史学家，所以又著《学蔀通辨》以辨析异端。在此书中，他列举祸福轮回、识心见性、改头换面三个障阻，论述了中国佛学的变迁过程，并认为佛学对儒学的影响，经历了儒佛本同末异论和儒佛同归论两个阶段，而最终改头换面成为阳儒阴佛，从而断定陆学就是阳儒阴佛。他还指出了陆学对朱陆异同论的影响，从褒陆贬朱到朱陆早异晚同说[18]，最后演变为阳朱阴陆，从而断言王学便是阳朱阴陆的学说。
清澜的异端之辨虽以宋代胡致堂的《崇正辨》、明代叶子奇的《草木子》以及胡敬斋的《居业录》、霍渭厓的《象山学辨》、罗整庵的《困知记》、崔后渠的《序杨子折中》等为先驱，但据清澜所说，其异端之辨的特色在于把陆学定位在“养神一路”，从而尖锐批判了以往的朱陆同异论。
不过，清澜的真正动机却在于探讨朱子异端之辨的原委。(2)清澜异端之辨的另一个特色，是立足于强烈的夷夏之辨，即民族意识，而对佛学给中华民族造成的祸乱之迹做了历史的叙述，从而吐露出其深忧时世的悲观心理。清澜的异端之辨，对于清初朱子学的勃兴与民族主义的王学辩难产生了重大影响（参见《王学质疑·附录·读史质疑四》；《吕晚村文集》卷1，《复高汇旃书》；《王船山遗书》卷9下等）。然而，对于清澜的朱子学及其异端之辨，在明末清初儒者中间，存在赞成和否定两种意见。(3)
吴苏原著《吉斋漫录》，在建立与程、朱、陆、王不同的独创之说的同时，不仅对陆、王、佛、老进行了尖锐批判，同时对程朱之学亦做了反思。他提倡一元论，而批判宋儒的理气二元论、性气二元论及性善说。他辨析心性时认为，心宗之说，因为毕竟不以心为性（即纯全不偏之气）之所发所生，是故心无论怎样寻活，但如果不本于性并在期待气的纯全不偏上用工夫的话，心宗说终将陷于灭理任情之弊。所以，他也批判了陆王心学。然而，只要看看他的存养论就可以知道，其中存在着与经过陆王的明末新朱子学一脉相通的地方。所以，虽说苏原是批判宋儒的，但在苏原学说中却到处可见宋学的影子。
郝楚望的理学批判比苏原彻底。他一心坚持古学而尖锐地驳难宋明儒学。他认为，工夫不在实象之外，也不在心性的隐微之中，故以《论语》的下学上达为圣学正宗。他指出，宋儒忘此宗旨而只求“上达”一截，阳明之说更甚于宋儒；后世佛学也只剽窃圣学之“上达”一截，并以此立论，而阳明则要比佛学更远离“下学”，而只注重“上达”，致使陷于异端之空灭。所以，楚望把禅之心法以及宋儒和陆王之学一概当作心宗加以排斥，并据“时习温故”之教批判朱子的“穷理”说和阳明的“致良知”说。本于实事实践的楚望还认为，如果不养性存心，终将陷于悬空之学。从这一立场出发，他批评宋儒“尊理卑气”、“理气相分”的二元论是陷空无用之学。(4)
苏原与楚望之学对于日本古学派也有影响。在日本开创并提倡古学的是伊藤仁斋[19]。他在1663年著《中庸发挥》而发古学之端。随后，山鹿素行于1666年著《圣教要录》，以宋明学为异端；贝原益轩则在1714年著《大疑录》，对宋儒之说持怀疑态度。对于仁斋是否真的读过苏原的《吉斋漫录》，虽不好做判断，但荻生徂徕认为仁斋的古学是从《吉斋漫录》那里剽窃来的（参见《辨名》上），而益轩看过《吉斋漫录》和《时习新知》的事实，也是清楚的（参见井上忠氏：《关于贝原益轩的——九州儒学思想的研究》）。所以可以说，益轩也受到过这些书的影响。(5)
(1) 据说阳明在世时，山阴县有个叫作陶庸斋的人，尝著《王学演说》，驳斥王学及佛学而精论宋学（参见《张杨园集·备忘一》）。王顺渠也曾游学于阳明之门，后因不满阳明之说而反戈一击。当时吕泾野也与阳明学说有异。自阳明死后，批判王学者颇多（参见《吕泾野文集》卷6，《赠玉溪石氏》；卷17，《仰止亭记》；卷6，《赠石高州》等）。据《王顺渠文录》（卷6）记载，林国辅曾着有《讲余》，而对《传习录》作过批判。其他如张古城的《陆学订疑》、徐养斋的《读书札记》、李大经的《卫道录》《大学稽古中传》等，也都是批判陆、王的书。
(2) 在清初的朱子学者陆稼书的著作中，虽也有与清澜同样的异端之辨（参见《三鱼堂集》卷1，《学术辨》上、中、下），但毋宁说是拾清澜之牙慧的。
(3) 关于清澜所著的《陆王辨析》，也有人指责它是趁当时阳明与当局的矛盾，为逢迎君上而作的（参见《李二曲全集》卷16，《答张敦庵》），但更多的却是对此书的较高评价。如东林的顾泾阳作《学蔀通辨序》，清初的顾炎武以此书与罗整庵的《困知记》并称，认为是“今日之中流砥柱”（《日知录》卷18）；陆稼书把此书与薛文清的《读书录》、胡敬斋的《居业录》、罗整庵的《困知记》并列，而将它推崇为论学术得失之作（参见《三鱼堂文集》卷4，《读书分年日程后》）；吕晚村也高度评价过此书（参见《吕晚村文集·附录·行录》；卷2，《与吴容大事》）；特别是劳余山，称赞清澜的批评犹如“日中见斗”，并因此而提出把清澜从祀两庑的主张（参见《劳余山遗书》卷10，《迩言二》）。然而，全谢山与李二曲却对清澜提出了批评，并对顾泾阳、顾炎武、陆稼书等尊崇《学蔀通辨》的做法表示了怀疑（参见《鲒埼亭集》外编卷50，《端溪讲堂策问》）。
(4) 楚望之学从其所著的《时习新知》中可窥知大要，除此之外，他还着有《九经解》。关于此书，也有人认为是“别处下手眼为高，然其中识见亦尽有开辟不可及处”。然而，清初学者陆桴亭则评价此书说：“但论经处多援引佛经互证，虽名为辟佛，其实推墨附儒也。绿楚望曾习释学，故议论便自己倒纵横，大约三王（王阳明、王龙溪、王心斋）之余、卓吾之次耳。此书后必有喜之者，其力量亦甚可畏。吾党学问有暇，当取而论正之。”（《思辨录辑要》卷33，经子类）
(5) 从《大疑录》的理气论，可以发现它与苏原之论几乎没有什么变化。但是太宰春台在谈到《大疑录》的读后感时则说过：“损轩（益轩）虽是宋儒之徒，但善疑宋儒，诚奇士也。然只是疑之，而并不排斥。其论辩亦仍在宋儒范围内。”大野通明评论益轩时也说过：“甚疑宋儒而不斥宋儒。”（《题后》）