敬庵之学以“克己”为宗。所谓“克己”，无非是“盖以剥尽形骸之累，独全乎性命之真也。”（《敬和堂集》卷5，《答吾川楼丈》）也就是将缠绕着人的生命的肉体之累，即气质之障蔽等主观的、利己的欲念尽行克治，而复归于纯粹客观的性命之真体的工夫。此即所谓“复性”。敬庵的门人冯少墟认为，敬庵的“克己”是“斩钉截铁之意”（《冯恭定全书》卷2，《疑思录》），这可以说是对敬庵所提倡的“克己”之犀利真切的恰当说明。在《易·系辞传》中有“退洗心而藏于密”，在《孟子·滕文公上》中有“以江汉之水洗之，以秋阳暴之”，这应该说都是敬庵“克己”思想的准确表述。

敬庵在主张“克己”的同时，还引阳明所谓“破山中贼易，破心中贼难”一语说：“故思匡济时艰难，以洗心养德为上。”（《敬和堂集》卷4，《答胡元敬老友》）又引陈白沙所谓“断除嗜欲念，永撤天机障。身在万物中，心在万物上”的诗句，以阐明“克己”之内容（参见同上书卷4，《答苏紫溪参政》）。据此，我们可以感到，敬庵所说的“克己”与阳明的“廓清扫除”工夫、白沙的“端本澄源”工夫有相通之处。其“克己”工夫，接近于薛文清的严苦，而其透彻，则近似于明末清初的阳明学者李二曲的反身工夫。(1)

敬庵把《大学》的“格物”解作“通物”，那是因为考虑到如果不克治己私之念、除去障蔽心之虚明的窒碍，就难以期望事理的通达。所以，他的“克己”工夫又是格物工夫（参见同上书卷9，《靖吾丁墓志铭》；《明儒学案》卷41，《甘泉学案五·许敬庵传》）。

根据这种“克己”工夫，若能做到心中不留一毫己私之念，那么就会像程子所谓的“内外两忘，澄然无事”那样，达到人我两忘，心达于静定的境界。因而敬庵认为，如果与神明相通而以天下为一脉，那么所谓“格君化物”、“知人安民”的德业大事，也就能任凭超越人为的本体之力，而从容对待了（参见《敬和堂集》卷3，《启王荆石阁老》二）。这是以程明道的浑一之学为宗，而与甘泉在居敬致虚中有万物之同体、天理之呈露、位育经纶的太虚思想相通的。但是，甘泉是从程朱学的立场批判王学，而敬庵则一方面继承湛学的浑一性，保持朱子学的严肃性，另一方面又有融合王学精神的倾向。所以他认为，主张知觉即恒性的王门派的胡庐山，有危及性理客观存在的弊害；又认为，批判王学的李见罗，其严格辨明心性的做法，有使性理陷于虚幻的流弊。不过，敬庵虽对他们进行了批判，但又称赞庐山以心之浑一为宗、见罗以修身实地为宗的性学思想，认为他们都有功于救正当时的支离之学（参见同上书卷5，《与胡庐山先生论心性书》）。

在心性问题上，敬庵遵从的是以性（天理）为中心而提倡心性浑一的其师甘泉之说。他主张心性一分为二、又合二而一的“浑一”说，并指出了其片面混合或分解的危害性（同上）。甘泉的心性浑一论，正如前述，若与阳明一切归于心的看法相比较，可以说是回归于“性”，并把重点放在“性”上的。但到了敬庵那里，则更继承了朱子学严正工夫的一面。这样一来，以“性”为本而提倡心性浑一的敬庵，就不同意程朱把“性”分论为“义理”与“气质”，而认为“性，一也”，当以义理为性，而不以气质为性（参见同上书卷5，《答朱用韬》）。就是说，他虽认为“性”是不离气质的，但是反对以气质为性的观点。他认为，无气质之杂而纯粹中正者，是性之善；其偏颇者，为性之恶；两者之别，就如同冰炭、黑白那样，其间不能以私意增减分毫（参见《东越证学录·九谛》）。其实，敬庵所主张的心性论，并不违背程、朱有关“性”的思想，甚至可以说是发扬程、朱之心性论的结果。(2)

敬庵与朱子一样，对“心”持相当严正态度，这可以从提倡顿悟的王学亚流反对把孟子的“几希”说视为隐微之性，并解释为“危之”一事中推测到（参见《敬和堂集》卷5，《答朱用韬》）。他也与朱子一样，区分道心与人心、天理与人欲、善与恶，这是因为，他知道上述几对关系虽然不可分离，但在其相互关系中，却又容不得对方的存在，所以他重视存心复性、存理去欲、求善去恶等真切工夫（参见同上书卷5，《答孟我疆符卿》，《与胡庐山先生论心性书》）。这也许就是他以“克己”为学之要的缘由吧！