属于阳明嫡传和现成派亚流的卓吾，高举起“童心”（或“赤子之心”）这一人的自然率直之心的旗帜，并强调其重要性。他认为，“童心”是绝假纯真的最初一念，亦即真心。损害“童心”的东西，最初是“闻见”，尔后是“道理”。“闻见”由于先入为主而造成固定的观念，故妨碍“童心”的直接发露。而且越是读书知理，就越失去“童心”。不循于“童心”的人是“假人”，假人所干的事是“假事”，所说的话是“假言”，所作的文章是“假文”。卓吾把这些全都说成是失真的东西。所以他声称，以往被蔑视的戏曲小说之类是人情的真实描述，即“童心”本来面目的描述，其文字是“真文”。而对于“六经”、《论语》《孟子》，他却反而抱有怀疑态度，把它们称作或者是史官的过褒之词，或者是臣子的赞美之语，或者是迂阔门徒和愚昧弟子的缀拾暗记和无头无尾之文（参见《李氏焚书》卷3，《童心说》）。

卓吾虽尊重人的自然心情，但并不主张放任自流。他认为，若是真的东西，就自然会生礼义，而其中必定有当然之工夫；但只有基于自然，才能避免被人为的安排所歪曲（参见同上书卷3，《四勿说》，《读律肤说》）。所以，工夫在卓吾看来也是相当重要的。这方面的材料，只要从他的艺术论中就可窥知一改正。卓吾指出，技艺和心（道）必须相即而浑一，这样技艺才能神妙（参见同上书卷5，《樊敏碑后》，《诗画》，《琴赋》，《逸少经济》）。所以，此时的卓吾并不主张当下即是、当下现成说，反倒强调起渐修的重要性。

重视人情之素朴率直的卓吾，主张听任我情之动，从而率直地行动、率直地谈论。所以，他在对道学家进行批判时曾说：

每见世之欺天罔人之徒，便欲手刃直取其首，岂特暴哉！纵遭反噬，亦所甘心，虽死不悔，暴何足云！（同上书卷2，《答友人书》）

在这里，他把自己强烈的反感原封不动地率直吐露出来，而无所畏惧，所以卓吾被人认为是提倡暴怒即学、暴怒即性的人。卓吾对此却吐露出这样的思想：上述说法是诬学诬性之说。因为“怒”亦存在于未发之中，虽不知其来处，但却因缘而来。如此看来，他甘愿以“狂者”和“异端”自居，也不是没有道理的。

在《李温陵传》（《李氏焚书》）中，对于卓吾的性格言行之特征是这样记载的：性甚卞急，好面责人过，士非参与其神契者不与言；强力任性，不强其意之所不欲；是气概激昂、行复诡异的人。所以他虽遭到有识之士的非难，但在当时儒者中，也有像李见罗和顾泾阳那样承认卓吾率直无伪的学者（参见《正学堂稿》卷3，《答舒梦滩》；《小心斋札记》卷10）。见罗曾为卓吾辩护说：其采取儒佛之立场光明正大，而无那种阳儒阴佛的假面具。泾阳则引卓吾所谓“与其死于假道学之手，不如死于妇孺之手”说：其平日之言常能杀人，而此语却能活人。

据记载，卓吾曾说过：“酒色财气，一切不碍菩提之路。”（《明儒学案》卷16，《江右王门学案一·邹颖泉传》）这样一来，现成论也就谈不上什么弊病了。此语之真意暂且不管，但不难想象，它是适合当时人们的嗜好的，甚至会使世之名教破败不堪。耿天台曾非议卓吾之论是“遗弃人伦”。对此，卓吾以己说反驳了天台之论，并将天台的尊重实事说成是未察本源之论（参见《李氏焚书》卷4，《耿楚倥先生传》）。据说天台还著有《求俨》篇，以批判卓吾的《焚书》；而其同党蔡弘甫，则著有《焚书辨》，亦对《焚书》大加挞伐。

清初朱子学者张武承曾著《王学质疑》一书，对卓吾进行了激烈的非难。祩宏虽然也批判卓吾，但其批评却是出于惋惜卓吾之才的目的，因而大致可说是得当的批评。他说：

卓吾超逸之才，豪雄之气，吾重之。然可重在此，可惜亦在此。夫人具如是才气，而不以圣言为量、常道为凭，镇之以厚德，持之以小心，则必好为惊世矫俗之论以自愉快。试举一二：卓吾以世界人物具肇始于阴阳，而以“太极生阴阳”为妄语。盖据《易传》“有天地然后有万物”，而以天阴地阳、男阴女阳为最初之元本，更无先之者。不思“《易》有太极，是生两仪”，同出夫子传《易》之言，而一为至论，一为妄语，何也？乃至以秦皇之暴虐为第一君，以冯道之失节为大豪杰，以荆轲、聂政之杀身为最得死所。而古称贤人君子者，往往反摘其瑕颣。甚而排场戏剧之说，亦复以《琵琶》《荆钗》守义持节为勉强，而《西厢》拜月为顺天性之常。噫！《大学》言：“好人所恶，恶人所好，灾必逮夫身。”卓吾之谓也。惜哉！（《竹窗三笔·李卓吾一》）