阳明以真吾为良知。在他看来，人伦德行是良知所好，不伦不德是良知所恶，而良知之好恶，即吾之所好和吾之所恶。因此，良知的好恶就是真吾之好恶，也就是天下公共之好恶。而《中庸》所谓“无入而不自得”的境地，正是遵循作为良知的真吾而获得的；《论语》所谓“志学”以下事，也无非是遵循作为良知的真吾而实现的（参见《王文成公全书》卷7，《从吾道人记》）。这种自我论，虽已显示出王学的特色，但只有到了现成派亚流时才达到极致。
晚年的阳明以良知为造化之精灵，把良知当作与张横渠所谓的“太虚”同样的东西，认为良知之虚是与天之太虚同体的，有形之物皆备于此太虚中，并变成太虚的流行发用，无一物能成为太虚之障碍（参见《传习录》下；《王文成公全书》卷6，《答南元善》；《阳明年谱》）。
在阳明晚年的致良知思想中，甚至连后世的朱子学者也不得不感叹的东西，大概就是他的“万物一体”论和“拔本塞源”论(16)（参见《传习录》中，《答顾东桥书》；《答聂文蔚》二）。阳明认为，《大学》即大人之学。所谓“大人”，就如同程明道所说的那样，是以天地万物为一体的人。所以对于天下之人，是无内外远近之别的，都是作为同气同体的同胞，如同昆弟赤子的骨肉之亲爱，亦即家族之亲爱而予以保全教养的。
这样的一体之心，因为是没有圣愚之别的人们本来就具有的东西，所以如果看到世人的困苦，无论谁的疾痛都与吾身的疾痛一样，会有切肤之痛。因为心即是良知，故良知也无圣愚之别，而是天下古今所共通的。若善于致良知，则自然善于公是非、同好恶，从而做到视人如己，视国如家，“以天下为一家，以中国为一人”；进而达到以天地万物为一体的境界。因此，基于良知的自慊（自我满足），就能舍弃天地万物之情；而若能舍弃天地万物之情，则天下亦就大治了。由此看来，社会治理之道其实也可以说是简易的。
阳明认为，若是以天地万物一体之心（仁）为疾痛迫切、人心所不得已的东西，而不是以此为体的话，那就不能理解所谓“吾非斯人之徒与而谁与”，“欲洁其身而乱大伦”，“果哉，未之难矣”的孔子精神。
那么，为什么世人不能达到这种天地万物一体之境界呢？阳明认为，那是因为蔽于私利私欲，被私见私智之用所妨碍，而失其心之流通，结果骨肉也成了仇雠，天下祸乱也就永无止息了。所以，圣人教人克私去蔽，以复归吾心体之本然，这便是古代圣人对世人的教诲。而其教育的纲目，即所谓“精一执中”和“五伦”（君臣之义、父子之亲、夫妇之别、长幼之序、朋友之信），其教育的目的，即在于品德之养成。更重要的，是在古代圣人的教育理念里，是没有职业贵贱、身份上下之分的。
这里所说的德，是同心一德之德，即以万物为一体的仁。阳明认为，学校教育的根本目的在于成德。如果每个人都不执着于身份上下和职业贵贱，并善于适应己之才德而克尽其职，知足安分，同心同德，以达到万物一体之心的境界，那么互通有无、互相扶助的道德的理想社会就会实现。阳明与程伊川一样，对于功利思想对人们万物一体之心的腐蚀抱有高度警惕，并对此进行了严厉的痛斥。他认为，虽然才能的伸长、启发也是学校教育的目的，但使人心体同然，即复归于万物一体之心，才是教育的根本目的，而知识才能则显然不能与之相提并论。所以人的价值在于德性，而不能根据身份地位、贵贱贫富、职业高低来加以判断。
阳明的“万物一体”论以程明道《识仁篇》的“万物一体之仁”为骨干，并包摄了张横渠《西铭》所阐述的四海同胞思想，以及《礼记·礼运篇》的大同思想等，而且还基于良知的立场，对这些思想进行阐释而集其大成。同时，阳明还汲取了程伊川《易传》中所阐述的知足安分、立德定志的思想，这只要看一下伊川的《易传·履卦象传》就可明白了。该文说：
君子观履之象，以辨别上下之分，以定其民志。夫上下之分明，然后民志有定。民志定，然后可以言治。民志不定，天下不可得而治也。古之时，公卿大夫而下，位各称其德，终身居之，得其分也。位末称德，则君举而进之。士修其学，学至而君求之，皆非有预于己也。农工商贾勤其事，而所享有限，故皆有定志而天下之心可一。后世自庶士至于公卿，日志于尊荣，农工商贾日志于富侈，亿兆之心，交骛于利，天下纷然，如之何其可一也？欲其不乱，难矣。此由上下无定志也。君子观履之象，而分辨上下，使各当其分，以定民之心志也。
总之，阳明的“万物一体”论，主要是依据其良知论，并包摄了宋儒的万物一体思想而建立起来的思想体系。然后阳明又基于这种“万物一体”的“致良知”说，试图一举拂拭世之宿弊，以期理想社会的实现，这就是所谓的“拔本塞源”论。(17)
(1) 书院多建于山林之中，以前也许是藏书之地。白鹿洞书院建于江西南康府的庐山，唐贞元中，由隐士李渤首创。据说，像这种建成于隐士之手的书院，经勃兴后成为讲学之地，与宋学有重要关系。为什么这样说呢？因为一般来说，宋学的建立，从某种方面说，是以对隐遁思想的否定为媒介的。
(2) 《朱子晚年定论》是为了封住朱子学者对阳明新说的攻击非难之口而著的。阳明把朱子晚年的悔悟之说作为显示与己说同旨的证据，把朱子书函中所谓晚年定说收录编纂起来。但所谓“晚年定说”，却并不一定是晚年的东西，其中也混杂着朱子的中年未定之说。对此，已有众多学者作过论述，特别是对王学持批判立场的学者，他们不仅指出了这一点，而且还对此进行过尖锐批判。总之，此书是有感于程篁墩《道一编》的朱陆同异论所反映的党同伐异之立场而编纂的，也可以说是由于受到朱子学者的激怒，并为了弥补其缺陷而编纂的（参见《王文成公全书》卷7，《朱子晚年定论序》；同书卷4，《与安之》）。
(3) 清初的朱子学者吕晚村也以朱子所谓的“为此学而不穷天理、明人伦、讲圣言、通世故，乃兀然存心于一草一木器用之间，此是何学问？如此而望有所得，是炊沙而欲其成饭也”（《朱子文集》卷39，《答斋仲》）为例，说明阳明欲穷尽竹之理的做法，正是朱子所排斥的，因而阳明变成狂者也是理所当然（参见《天盖楼四书语录》卷1）。
(4) 即说：“‘六经’者非他，吾心之常道也。《易》也者，志吾心之阴阳消息者也；《书》也者，志吾心之纪纲政事者也；《诗》也者，志吾心之歌咏性情者也；《礼》也者，志吾心之条理节文者也；《乐》也者，志吾心之欣喜和平者也；《春秋》也者，志吾心之诚伪邪正者也。君子之于“六经”也，求之吾心之阴阳消息而时行焉，所以尊《易》也；求之吾心之纪纲政事而时施焉，所以尊《书》也；求之吾心之歌咏性情而时发焉，所以尊《诗》也；求之吾心之条理节文而时著焉，所以尊《礼》也；求之吾心之欣喜和平而时生焉，所以尊《乐》也；求之吾心之诚伪邪正而时辨焉，所以尊《春秋》也。……故“六经”者，吾心之记籍也，而“六经”之实则具于吾心。……而世之学者，不知求“六经”之实于吾心，而徒考索于影响之间，牵制于文义之末，硁硁然以为是“六经”矣。”（《王文成公全书》卷7，《稽山书院尊经阁记》）
(5) 了解阳明所谓“良知”说的人也是有的，而特别注意到“行”并开启阳明“知行合一”论之秘蕴的则是刘蕺山。阳明所说的“知”虽然是体验之知，但他另一方面又教导人们不要忽略制度文物，强调知识闻见的必要性（参见《传习录》中，《答欧阳崇一》）。
(6) 阳明常常运用浑一的思考方法，这样一来，其持“心即理”、“知行合一”的立场便是理所当然的了。例如把“惟一”说作“惟精”之主意，把“惟精”说作“惟一”之工夫，又把博学、审问、慎思、明辨、德行说作是“以惟精求惟一”，并把“博文”说作“约礼”之功，把“格物致知”说作“诚意”之功，把“道问学”说作“尊德性”之功，把“明善”说作“诚身”之功，而以二者分说为非（参见《传习录》上）。
(7) 对于固执于教法，阳明一般是持反对立场的。比如他对记录其语录者曾说过：“圣贤教人，如医用药，皆因病立方，酌其虚实温凉阴阳内外，而时时加减之，要在去病，初无定说。若拘执一方，鲜不杀人矣。今某与诸君，不过各就偏蔽，箴切砥砺，但能改化，即吾言已为赘疣。若遂守为成训，他日误己误人，某之罪过，可复追赎乎？”（《传习录》徐爱序）
(8) 《王文成公全书》中的《大学古本序》，以“《大学》之要，诚意而已矣”一语开始，而以“致知焉尽矣”之语结束。从而使《大学》之主旨由“诚意”变为“致知”。阳明说“诚意”，又说“致，良知”，也是基于工夫的浑一性这一宗旨的。这意味着其思想是首尾一贯的。然而，以“诚意”为头脑和以“致知”（致良知）为头脑在意义上是略有差异的。由于《大学古本序》的结束语为“致知焉尽矣”，所以阳明后来以“致知”为头脑是显而易见的。那么，其提揭“《大学》之要，诚意而已矣”一语于篇首，又是什么原因呢？ 《大学古本序》成书于阳明四十七岁时，这时他尚未明确提出以“致良知”为学之宗旨。以“致良知”为学之宗旨，是在他五十岁以后的事。由于阳明欲以“致良知”为宗旨，故把四十七岁时写的《大学古本序》进行了修改，那大概是在五十二、三岁的时候。五十二岁那年，他在给薛尚谦的书函（《王文成公全书》卷5）中有如下叙述：“致知二字，是千古圣学之秘，向在虔时终日论此，同志中尚多有未彻。近于古本序中改数语，颇发此意，然见者往往亦不能察。今寄一纸，幸熟味！此是孔门正法眼藏，从前儒者多不曾悟到，故其说卒入于支离。”而在五十三岁时写给黄勉之的书函（同上）中，亦有“短序亦尝三易稿”之语，并记载着意思为初年之见未可执之为定论的话。这里所说的定论，应该是指以“城意”为宗。在罗整庵的《困知记》（明版卷3续中——但在和刻本《困知记》中却没有这一条——参见楠本正继博士著《宋明时代儒学思想的研究·补遗》，第27页）中，有论及阳明未改稿前的《大学古本序》，从中可以看到被改的要点是什么。文中说：“庚辰（正德十三年，阳明四十九岁）春，王伯安以惠《大学古本》见。其乃于戊寅（正德十一年，阳明四十七岁）七月所作。序去：‘《大学》之要，诚意而已矣。’……夫此其全文也。首尾数百言，并无一言及于致知。近见《阳明文录》，有《大学古本序》，始改用致知立说，于格物更不提起。”云云。 阳明反对朱子新本把《大学》分为经、传并加以补传的做法，认为《大学》本来就是一篇，而不应分为经、传。由于《大学》以诚意为主，从而使格物工夫有了入手处，而不至于陷于支离虚妄。不然的话，若像朱子那样以格物为先，就会茫茫****而无下手处，从而陷于支离之弊。为避免此缺陷，朱子不得不“持敬”而补传。但在阳明看来，若能以诚意为主，便不必再言敬。这就是《大学古本序》的论旨。所以把诚意当作《大学》的“自慊无欺”之工夫，那就如同阳明那样，是想以此为浑一的本源工夫。而这是不是《大学》的正确解释，却是值得怀疑的。把“诚”看作浑一的是《中庸》。《中庸》说“不诚无物”，同时又指出：“诚”之前“知”是“至诚如神，可以前知”者也。阳明也提倡至诚之知，认为“至诚则无知而无不知”，诚之妙用如神，所以不必言前知，从而把《中庸》的前知论视为诚知二分的支离之论（参见《传习录》中，《答欧阳崇一》）。可见，阳明的“诚”论比《中庸》更加浑一。
(9) 阳明《稽山书院尊经阁记》载，心、性、命本来为一，而其根源在于“已发之心”，这显然不同于以“未发之性”为根源的朱子学。清初的朱子学者劳余山以阳明在《尊经阁记》中只说“其应于感也，则为恻隐、为羞恶、为辞让、为是非”，而不在此句之前提举“其未发中有仁、有义、有礼、有智”为遗憾，以为唯如此才能做到“周密”。而阳明之所以不提“未发”，在劳余山看来，乃是因为偏于“行”的缘故（参见《劳余山先生遗书》卷7，《论阳明尊经阁记》）。然而，以心之已发为本，以行为本，实乃阳明心学的生命之所在。
(10) 何谓“滴血骨”？据传说，判断坟墓是不是自己祖先的，只要在尸骨上滴注子孙的血，就能立刻分辨出真伪来（参见楠本正继博士：《阳明学的精神》，《哲学杂志》第66卷第711号）。
(11) 中国自古以来都贵睿智，并把具备睿智的人当作圣人。所谓睿智，是知物之萌动而导引全体的知，即不在知几之知以外的知（参见《书经·洪范》）。阳明所说的良知，一般来说也有这种性质。所以阳明认为，揣摩人情而肯綮的苏秦、张仪之智，也能见得良知之妙用，只不过用于不善罢了（参见《传习录》下）。王龙溪认为：阳明在平定宸濠之乱中用的兵法，也是现成的良知之妙用（参见《王龙溪全集》卷13，《读先师再报海日翁吉安起兵序》）。
(12) 阳明认为，致良知是学之头脑、圣人第一义，但若求于闻见之末，那就会失却头脑而堕于第二义了。不过这并非不要闻见之知。所以阳明说：如果得头脑的话，多闻多见也会成为致良知之功。重要的是，阳明把闻见之知与良知浑而为一，甚至认为，说致良知有求于闻见，这在语意上未免会以两者为二。虽然这与专求闻见之知尚有一些不同，但在未得精一之旨这点上则是共同的（参见《传习录》中，《答欧阳崇一》）。
(13) 在《易》乾卦文言传中有所谓“知至至之”之语，阳明把“良知之知”当作“知至”之“知”，把“致”当作“至之”之“至”，并以朱子把《大学》的致知作为知识的扩充为非，而将致知等同于致良知（参见《大学问》）。不过朱子也提倡真知，他在《大学章句》中解释致知说：“致，推极也。知，犹识也。推极吾之知识，欲其所知无不尽也。”
(14) 佐藤一斋针对“能戒慎恐惧者，是良知也”（《传习录》中，《答陆原静书》）的阳明之语说：“加一个‘能’字，便可知本体工夫合一也。”（《传习录栏外书》中）这大概可以说是至论吧！此外，现成派的罗近溪也说过这样意思的话：如果说本体之外有工夫，则心就被蒙蔽了；如果说工夫之外有本体，则本体也就成支离了（参见《近溪子集·庭训下》）。这似乎也可以说是对阳明本体工夫之主旨的贴切说明了。
(15) 有一次，阳明对王于中说：“尔胸中原是圣人。”于中恐惧而不敢受用，于是阳明又说：“此是尔自家有的，如何要推？”于中还是谦逊不受，阳明再次说：“众人皆有之，况在于中，却何故谦起来，谦亦不得。”（《传习录》下）当王汝止与董萝石同样都说“满街人都是圣人”时，阳明对汝止说：“你看满街人是圣人，满街人倒看你是圣人在。”又对萝石说：“此亦常事耳，何足为异。”（同上）
(16) 在日本阳明学者吉村秋阳的《王学提纲》中，抄录有阳明良知说的部分重要内容，而抄于此书开头的部分就是“拔本塞源”论。在日本朱子学者中，如三宅重固的《读笔记》，也对阳明的“万物一体”论（“拔本塞源”论）作过批判。他指出，阳明的“万物一体”论源自于其“致良知”说，并批判说，阳明没有认识到唯有一体本来先后之序和远近大小皆用力，才能至其真处（引自丰田信贞：《王学辨集》）。
(17) 日本阳明学者三重松庵著有《王学名义》，该书似乎可作为初学者的入门书。而在批判王学的书中，则有丰田信贞的《王学辨集》。信贞是山崎闇斋的门人，此书集录了中国、朝鲜、日本诸儒的王学批判论。该书引用了李退溪的《辨》、林罗山的《阳明攒眉》（此书集录了明儒罗整庵、霍渭厓、汪必东、陈清澜、吴季才的王学批判论以及罗山本人的观点。但据说冯贞白《求是编》中的王学批判论，因已有和刻本而被省略了）、山崎闇斋的《大家商量集》、佐藤直方的《讨论笔记》、三宅重固的《读笔记》中的王学批判论，从中可以概要地了解到日本的王学批判论。