朱宸濠弃安庆，移兵阮子江，先派凌十一和闵廿四率兵两万，赶来救援南昌城。朱宸濠自己则亲率大军，随后赶至。

王阳明接到信报，向属下咨询守御良策。

大多数人认为：“贼势强盛。今既有省城可守，且宜敛兵入城。坚壁观衅，俟四方援兵至，然后图之。”

然而，王阳明却笑道：“不然。贼势虽强，未逢大敌。惟以爵赏诱人而已。今进不得逞，退无所归，其气已消沮。若出奇兵击其惰归，一挫其锐，将不战自溃。所谓先人有夺人之心也。”并下令转告诸将，准备在鄱阳湖上与叛军决战。

当日，抚州府知府陈槐、南昌府进贤县知县刘源清率兵前来增援。王阳明下令知府伍文定、邢珣、徐琏、戴德孺，各率五百精兵，四面并进，打个敌人措手不及。

又命都指挥佥事余恩率四百名精兵于鄱阳湖上往来穿梭，引诱叛军。命知府陈槐，通判胡尧元、童琦、谈储，推官王、徐文英，知县李美、李楫、王冕、王轼、刘守绪、刘源清等各率精兵百余人为四面伏兵，静待时机，只等伍文定等人的兵士一交战，就发动进攻。就这样，王阳明向各军官分派了在鄱阳湖上的职责和阵地。

在攻占南昌的第二天，王阳明赈恤城内军民，因忧心宁王宗室、郡王和将军中会出现谋反者，所以张贴告示，亲切抚慰、教谕一干人等，让他们安下心来。告示中说，如果是受宁王胁迫才跟从宁王谋反的，免去死罪，而对于斩杀叛军首脑归顺之人，重重有赏。

王阳明命人将二十余份布告张贴于城内城外，以示军民官吏。之后他又命人在七道城门的内外各处张贴。这篇《告示七门从逆军民》（《王文成公全书》卷十七）的部分内容如下：

督府示谕省城七门内外军民杂役人等，除身犯党逆不赦另议外，其原被宁府迫胁，伪授指挥、千、百户、校尉、护卫及南昌前卫一应从乱杂色人役家属在省城者，仰各安居乐业，毋得逃窜；有能寄声父兄子弟改过迁善，擒获首恶，诣军门报捷者，一体论功给赏，逃回报首者，免其本罪。仍仰各地方将前项人役一名名赴合该管门官处开报，令各亲属一名，每日一次打卯，其有收藏军器，许尽数送官，各宜悔过，毋取流亡。

七月二十三日，王阳明接到情报，说叛军的先锋已经由长江返回鄱阳湖，船帆遮蔽江面，前后绵延数十里，难计其数。王阳明立刻指挥各军趁夜色进击，伍文定率先锋充当前卫，余恩紧随其后。邢珣率兵包抄敌人身后，徐琏、戴德孺两军为左右侧翼。

二十四日清早，北风大起，叛军擂响战鼓，于鄱阳湖上顺风行进，气势凌人，直逼黄家渡。伍文定与余恩率兵与叛军交战，刚一交锋便立即诈败回逃，诱敌深入。

叛军为争抢战功，争先恐后地抢占有利位置，导致部队前后脱节。邢珣见时机成熟，率军由侧面攻击前后的叛军，突入其军阵当中，叛军大乱。伍文定、余恩乘机回军反扑，再加上徐琏和戴德孺率军左右夹击，王阳明军四面的伏兵同时呼喝，发起进攻。叛军被打了个措手不及，大败而逃。

王阳明军追击敌军十余里，擒获、斩杀叛军两千余人，落水溺亡的叛军则超过一万余人。叛军气焰大大受挫，退守八字脑。

听闻众多己军离散、逃走，朱宸濠大为惊惧，在激励和呵斥自家将士的同时，重赏冲锋陷阵、拼死效命者，又派人赶往九江、南康，准备调集守军强化战力。

准确探知叛军于七月二十四日从九江、南康两城撤兵的消息后，王阳明心想：“贼兵已撤，二郡空虚矣。不复九江，则南兵终不敢越九江以援我。不复南康，则我兵亦不能逾南康以蹑贼。”

王阳明令抚州府知府陈槐率军四百人，与饶州知府林珹合兵一处，趁鄱阳湖水战的时机，攻打九江。恰巧这一天建昌府知府曾玙也率军来援，王阳明便派其率军四百人，与广信知府周朝佐合兵一处，对南康发动进攻。后文中将会提到，两支部队都轻而易举地夺回了城池。

七月二十五日，朱宸濠在八字脑发布赏功令，激励将士，封赏打头阵的勇士白银千两，在战斗中负伤的勇士白银百两。当日，北风更甚，叛军乘风出击。

伍文定的先头部队因风势不利陷入苦战，数十名士卒阵亡，只得后退。王阳明得知官军的将帅们心生退却之意，急忙发令，赐长剑给中军官，要斩下指挥官伍文定的脑袋，以儆效尤，但他又私下告诉中军官，如果看到伍文定坚守奋战的话，就暂缓执行。从这一点来看，王阳明身上有诸葛亮挥泪斩马谡的兵家气概。

看到王阳明的令状，伍文定大为吃惊，于是亲自手持武器，立于船头激励士卒。敌军炮火顺风而来，烧掉了伍文定的胡须，但他仍坚守在最前方。见此，士卒们皆以决一死战的气势应战。

邢珣等的部队也加入战斗，一齐向敌军发起炮击，炮声如雷，响彻天地。朱宸濠的副船被击破，闵廿四也在炮击中身亡。朱宸濠大为震惊，连忙转移自己的座船。

就这样，叛军最终溃败，遭到擒获和斩杀的叛军士卒有两千余人，而溺死者更是无数。

朱宸濠收集残兵，泊于樵舍，连接船只，组成方形之阵，以防王阳明军由四面攻来，并拿出携带的所有金银来犒劳士卒。叛军将士们发誓，愿随朱宸濠死战到底。

王阳明得知此事后，于当天夜里向伍文定等人下令，秘密筹备火攻。邢珣由左侧，徐琏、戴德孺由右侧发动攻击。王阳明又令余恩等各官兵四面设下伏兵，一旦看到火攻，就一齐发动攻击。

二十六日清晨，朱宸濠召见群臣，叱责众将没有出力奋战，所以才连连败退，又点名指责了三司的各官和杨璋、潘鹏等十余人，并欲斩杀几个从旁观望者。杨璋开口为自己辩护，以求赦免。

就在此时，突然听到官军由四面发出的喊声。原来伍文定率官军驾着装满干柴的小船靠近朱宸濠的船只，趁着风势四处放火。因火势甚大，风势强劲，朱宸濠的船只接连起火。

对于当时的情况，《皇明大儒王阳明先生出身靖乱录》中有如下记载：

浓烟霭霭，青波上罩万道乌云；紫焰烘烘，绿水中布千层赤雾。三军慌乱，个个心惊胆裂。撇鼓丢锣，众将惊惶。各各魄散魂销，投戈弃甲。舴艋艨艟，霎时变成煨烬。旗幡剑戟，须臾顷化作灰尘。分明赤壁遇周瑜，好似咸阳逢项羽。

潜伏于鄱阳湖各路的伏兵见火光四起，于是协力冲锋杀往敌船。叛军战船四面被火海包围，栱、栟两人因船上起火，由船舱内逃出，遭到官军的斩杀。王春、吴十三也被官军擒获。王阳明写下令状，派使者前往各军，告知众人：逆濠已擒。诸军勿得纵杀，愿降者听。

各军士卒听闻此讯，觉得甚为有理，勇气倍增。相反，叛军士卒却无心再战，纷纷逃亡。