话说回来。左宗棠花了上千万两白花花的银子，收复了新疆，这个代价也不算小了，160万平方公里的国土，费尽千辛万苦才打下来，打下来了，就要守得住。守的话最好的方式就是建省，将这里也变成行省单位，并分派官员，有法可依，有章可循，这样百姓才能过得安生，才是长治久安之策。于是左宗棠多次上奏，请求在新疆建省。1877年，左宗棠正式向朝廷提出要在新疆建省的提议。在奏折中他这样说：“蒙古是京师的屏障，新疆又是蒙古的屏障。”指出在新疆设立州府是相当必要的。建行省不是什么小事，第一次上奏，朝廷并没有多大表示。因为左宗棠只说建省，这个提议有点让人摸不透，要知道，但凡大将远征打了胜仗，皇帝们都还是有点戒心的，因为这些人手握重兵，占据一方，攻破敌军之后又不知道扩充了多少人马。当初邓艾入川，司马昭紧跟着就密令钟会“收艾”，所以左宗棠这次提议也难免让朝廷有些疑虑，左宗棠不会是想做阿古柏吧？姑且放一放，以静制动吧。到了第二年，左宗棠再次提出这个建议，此时南疆四城已经全部收复，但是折子递上去了，朝廷还是举棋不定，因为这里环境相当艰苦，都是些犯了事的高官被派去充军受罪的，这里清一色都是些当兵的，搞搞防务就可以了，建省？没必要吧。这样左宗棠的提议再一次搁浅了。
朝廷的人没有到过边疆，多是道听途说，对于新疆事务一知半解，便搁置了左宗棠的提议。左宗棠很是着急，到了1880年，他再一次上奏请建新疆省，这一次，他把具体规划都写好了，就等着朝廷批。按照他的想法，总督驻在乌鲁木齐，巡抚驻在阿克苏，伊犁将军不变，塔尔巴哈台改设都统，另外，他设想把新疆划分为五个道，道以下设立府、厅、州、县。这个提议还是比较完备的，但是又被朝廷否决了，理由是伊犁还在俄国人手里，先把伊犁拿回来再说。到了1882年，左宗棠再一次上折子，请求在新疆建省，老部将刘锦堂也在这个时候上了一本，支持在新疆建省，这些人都是在西北摸爬滚打很多年的老将了，所谓三人成虎，到了这个时候，就算慈禧不想在新疆建省她也得批了，再说以左宗棠的牛脾气，朝廷一天不同意在新疆建省，他恐怕就一天不安生，于是1884年11月，清政府终于同意在新疆建省，刘锦堂被任命为第一任巡抚。从此以后，新疆的行省制度一直延续至今，左宗棠功不可没。
除了上书力争在新疆建省之外，左宗棠对当地还进行了许多的开发，对新疆的生产力提升作了很大贡献。总结左宗棠在新疆的内政，归结成一个字，就是“水”。
新疆地区缺水，天气很干燥。据资料显示，在吐鲁番盆地，平均一年只有11天下雨，降水量12.6毫米；南疆普遍年降水量不足100毫米；北疆稍好，但也只有200毫米左右，还不足华北地区降水量的一半。究其原因，就在于新疆深居内陆，远离海洋，群山挡住了雨水北上，天高云淡，日头暴晒也比较多，再加上西伯利亚的寒风一吹，花草树木都凋谢了，只剩下干巴巴的灌木丛。
要改变这里的环境，就要找水，就得种树。初唐诗人岑参就有“北风卷地白草折，胡天八月即飞雪”的句子。
说起西征军种树，其实本意还不是为了搞建设，左宗棠的大军种下的第一棵树，是为了“保路”。当时西征大军刚刚出关，左宗棠眼见面前黄沙莽莽，吹来的风都带着一股浓浓的沙味，再一看去，四处道路狭窄，当即下令“开路”。于是清军将士一面修理路面，一面在道路两旁栽种树木，以此保护路面。由于路面是要用来行军的，修得很宽，最宽的地方有十丈，种一排树是远远不够的，所以在道路两旁窄一点的地方种两行树，宽一点的就种三到四行。因为杨树、柳树的生命力强，不容易死，柳树又是插个枝，稍微用点心就可以活，所以大军选择种的多是杨树和柳树，简单又实效。
这样，大军出关后，逢山开路，遇水搭桥，主干道贯穿陕甘。自入疆后，道路往北一直修到了精河，南路修到了喀什噶尔，树也一直跟着种到了那里。纵眼望去，犹如绿色的长龙，蜿蜒数千里，既挡住了风沙，还保水固土，可谓是一举多得。据左宗棠自己记述，光是从陕西长武县到甘肃会宁这一段600来里的路上，就活了26.4万株树，湖南人隆无誉在他的《西笑日觚》中称赞道：“左恪靖命自泾州以西至玉门，夹道种柳，绵延数千里，绿如帷幄。”这些树木被时人称为“左公柳”。
当时赋闲在家的杨昌浚受到左宗棠的邀请，接替已故的刘典帮办陕甘军务。他自浙江一路北上，眼见道路两旁绿树成荫，心中很是惬意。随口就问说：“这么大的工程，想来不是一般人做的吧。”左右告诉他，这些树正是左宗棠下令栽种的，杨昌浚一听，还来了诗性，诗曰“大将筹边尚未还，湖湘子弟满天山。新栽杨柳三千里，引得春风度玉关”。念来一听，觉得不错，赶紧抄写几份，留待见到左宗棠时给他看看。到了肃州大营，杨昌浚将这首诗交给左宗棠过目，左宗棠是别人不夸也要自吹的人，一见这首诗，顿时“拈髯大乐”，喜得一塌糊涂。待看到第一批种下的树大都长势喜人后，左宗棠又让人继续种，到后来奉命受调入京，左宗棠就把这事交给了陕西巡抚冯骥誉。
到了现在，左宗棠当年行军时所种的树已经所剩不多了，但是在很多地方还是可以寻到被保护起来的“左公柳”的。传说当时左宗棠让士兵种树，为了保证存活率，他还让人在树上挂一个牌子，上书某年某月某日，某部官兵某某种下这棵树。虽然从本意上看，左宗棠种的这批树不是为了民生，但是毫无疑问，这为当地防风固沙、减缓旱情起了很大的作用。