从根本上讲，一个国家必须要有自己的海军和造船技术，在这个基础上才能建立起自己的海防，所以左宗棠开办福州船政局的本意是好的，但也是受到了时局的影响，而他的轮船确实与西方列强相比差距比较明显。当时一些了解世界轮船趋势的人士就曾指责福州船政局的轮船型号太旧，马力太小，像是一个“庞大的玩具”。很多朝中官员也认为造船花费过重，所造出来的船又没有什么用，于是要求究问原因，停止生产。权臣李鸿章也一直提倡直接从外国买来先进战船巩固海防。就在这个时候，曾国藩病故，沈葆桢因为台湾变故被调去了台湾，这下整个福州船政局的生死就掌握在李鸿章一人手里了。当很多反对造船的人都满心欢喜地等着李鸿章下令废弃船厂的时候，李鸿章却突然一反常态，转而拥护造船，说这是为了国家的长远打算，不能因为花钱多就停下来。加之此前左宗棠对朝廷保证造船的费用“日见其少”，以及沈葆桢造商用船的提议，福州船政局又得以继续存活下来。
到了1874年，也就是头一个七年过后，船厂的经营者看到很多船政学堂的学员都已经学满毕业，就试图“自立门户”，希望将这一批学员投放到生产、教育当中去。再加上很多洋工都自恃其能，挟技居奇，唯利是图，因此有了辞退洋人之心。据史料记载，当时的正、副监督日意格和德克碑，月薪都达到了白银千两，英国人、头等矿师布鲁特年薪也有两千英镑，这些洋人平时的住房、路费、外出考察费全部由中方报销，甚至连行李运输、吃药打针的钱也是由雇主承担的，一晃七年下来，朝廷已经不愿意再背负这些巨额的薪水负担了。在这样的情况下，福州船政局辞退了全部洋工，改由船政学堂的毕业生来主持工作，后来也有过因为新技术而聘请洋人的情况，但这都是小规模、短时期的，不再像刚刚成立船厂的时候，一下招来五十多名洋人帮忙了。
在清政府自己看来，经过七年时间的学习，这些学员应该可以出师了，于是这些学生纷纷被提到第一线，挑起大梁来。然而，就实力上讲，法国人的造船技术在西方列强当中没有什么优势，所以中国在造船技术方面就早早地给自己埋下了一颗定时炸弹。并且，日意格聘请的法国技术人员带来的设备、技术，都不能和法国本土相比，这样说来，福州船政局这些年学的都只是外国轮船的一些较为粗浅的东西，只是一个入门罢了。从这个角度上讲，跟随一个资质平庸的老师学了点简易的东西，然后就半路出家，这样是绝对建不成一支力量强大的海军的。
到了1879年，清政府决定将福州船厂里出产的战船组建成一支水师，这样，再加上从国外买来的三艘战船海东云、建威、长胜，于是福建水师成立了。水师初创之日，旌旗蔽空，港湾里船来舰往，锣鼓喧天。虽然在西方军事家的眼里，这些战船大多都落伍了，但是对于素来习惯了冷兵器的大清贵族而言，这已经很了不起了。
时间又过去了五年，到了1884年，法国舰队来回地在罗星塔附近游弋，对停泊在这里的11艘中国战船虎视眈眈，清政府却严令水军将士不得率先开炮，水军统帅张佩纶、何如璋、穆图善等人下令“无旨不得先行开炮，必待敌船开火，始准还击，违者虽胜犹斩”。在这样的情况下，法国军舰大胆地在马尾行驶、观察中国军舰动向。
8月22日，法国政府命令停泊在马尾的法国水军消灭福建水师，法国统帅孤拔第二天趁着潮落对福建水师发动了突然袭击。在军事对比上，法国军舰共10艘，总吨位15 000吨，配备大炮77门，并且装备了当时很先进的鱼雷、机关炮；中国军舰11艘，总吨位9 800吨，配有大炮55门。此外，福建水师的大炮是从炮口填装弹丸的前膛炮，而法国军舰多为后膛炮，因此福建水师在射速、精准度、威力上很吃亏，再加上没有充分备战，当法国人打出第一排炮袭击这些处于不利地位的中国战船时，两艘中国战船甚至没有将锚拽上来就给人击沉了。中法双方在江面上的战斗仅仅持续了半个小时就结束了，在此期间，中国军舰被击沉9艘，另外两艘自沉，有19艘运兵船也被击沉。中国官兵伤亡700余人，而法国仅仅有5人阵亡，受伤15人。客观地说，这次战斗从一开始就出现了一边倒的局势，福建水师在装备、指挥上远远不及法国人，以自己付出了700名壮士、9艘战船的代价，却只打死了5名敌军，用一个失败来形容是远远不够的，很难表达出这一仗中国军队损失之惨重。
8月24日，也就是马尾海战的第二天，部分法国军舰冲进了罗星塔，开炮轰击造船厂，很快，船厂变成了一堆瓦砾。自此，福州船政局遭到了法国严重破坏，生产力大不如前，在随后的二十年时间里，只有平均每年造一艘船的效率了。
纵向看来，中国的造船技术是在进步的，但是横向对比来看，英、德等国的造船技术飞速发展，远远将中国抛在了身后，这样就使中国的造船工业和世界的差距越拉越大。当时德国可以造出七八千吨位的大型铁甲船，英国则可以造出每小时20节的快船，也就是说，这些船在水上的航速可以超过每小时36千米，而福州船政局里1885年开出的镜清号，最大航速也只有每小时15千米。正是因为如此，李鸿章后来基本放弃了自己造船的计划，全部用现金从英、德购买轮船。
虽然从结果上看，左宗棠的福州船政局终究没有能抵挡住外国军舰的入侵，但是这个出发点毫无疑问是正确的。老子有言，授之以鱼不如授之以渔，学习西方技术是国家富强的必经之路，抱着抵御外侮的初衷，左宗棠开厂造船，创建中国自己的海军部队，为近代的海军建设走出了第一步。此外，作为中国史上的第一所海军学校，船政学堂共培养了629名学生，也从中走出了刘步蟾、林泰曾、叶祖、林永升、邓世昌等优秀的海军将领，另外近代著名铁路工程师詹天佑、西学大师严复，也都出自该船政学堂。