张居正的改革有利也有弊，利的是改革后效果的确十分明显，而且他对朝廷的贡献也是不可估量的；而弊的是，由于张居正的改革手段过于严厉，因此怨声载道，而一些从一开始就反对改革的官员也开始弹劾张居正，他们希望张居正在被扳倒之后，改革也可以不了了之。

官场中很多人都不可能完全避免接受贿赂，张居正虽然为人正直，但是他也并不完全是两袖清风的清官。由于张居正逃不过世俗的**，因此他也会借用权力去为自己敛财。但是他在敛财的过程中却十分注意分寸，只有十分信得过的官员给予的贿赂他才会心安地接受。

据说，张居正所有接受的贿赂加起来虽然赶不上严嵩的一半，但是数目也是十分可观的。还有记载称，当时严嵩被抄家之后，严府的所有财产大部分都归于朝廷，但是其中有一部分财产进入了张居正的口袋。

万历元年（1573年），张居正在江陵东面建造自己的府第，据说当时场面非常壮观，神宗皇帝还亲笔为他写了对联以及府匾，并且从朝廷中调出一部分钱来赏赐张居正。张居正的荣耀让很多大臣看在眼里，于是湖广官员纷纷借这次机会进行贿赂。三年之后，张居正的这座府第才正式建成，总共耗费二十万两银子。其中耗费的十分之一的银子是他自己的，而其余的全部由官员们贿赂而来。

万历二年（1574年），张居正的长子张敬修参加全国会试，很多官员费尽心机地为张敬修铺路。其目的自然是讨好张居正。万历五年（1577年），张居正的长子张敬修以及次子张嗣修同时考中进士，并且张嗣修还考中了“榜眼”。万历八年（1580年），张居正的三儿子张懋修考中了“状元”。这其中最主要的原因当然是一些官员的营私舞弊。

张居正在朝中的权力已经达到顶峰，于是他在独揽大权的同时开始变得独断专行。一旦有些大臣的说法不合他的心意，那么这些大臣就会遭到各种排挤与谴责。因此，很多大臣心中都十分惧怕张居正。有些人即使心中多有怨言，也不敢公然提出。但并不是每个人都选择攀缘附和这个最得宠的首辅大臣，也有一些坚持与张居正对立的官员。其中最有代表性的人便是南京户科给事中余懋学。

余懋学是在隆庆二年（1568年）中的进士，而在万历初年（1573年）被正式任职为南京户科给事中。在万历二年（1574年）五月的一天，翰林院突然飞来一只白色的燕子，并且宫里的碧莲花也比往年提前开放，张居正将此称为“祥瑞”之兆说给皇帝听。余懋学趁此机会弹劾张居正，称国家正在干旱，皇帝以及百官都在为此发愁，而张首辅竟然在这个时候将心思用在其他方面，这些不该是内阁大臣当前应该去做的事。由于余懋学的这些话说得十分有理，因此张居正即使心中气愤难平，也只能吃哑巴亏。

第二年的二月，余懋学再一次弹劾张居正，并公然反对考成法。他在弹劾张居正的奏折中称：万历皇帝即位后设立了考成法，而很多关于考核的款项都超过了一定的限度，对于朝廷而言，这些并不能培养元气，保存大体。从余懋学的这些话中可以看出，一些官员反对考成法的施行。在余懋学进谏的“防谀佞”的奏折中，他严厉地指责张居正以及冯保属于谀佞之臣，也列举了很多例子进而指责张居正的做事手法。这让张居正十分震怒，最后神宗皇帝下旨：“余懋学职居言责，不思体朝廷励精图治之意，乃假借大之说，邀买人心。此必得受赃官富豪贿赂，为之游说。似这等乱政险人，本当依律论治，念系言官，姑从宽革职为民，永不叙用。”意思是，余懋学是接受了赃官富豪的贿赂，因此才反对考成法的，最后将其降为平民，并且永远不再叙用。而事实是，余懋学这个人十分清廉，在被罢官之后还经常为民请命。

万历三年（1575年）十二月二十一日，河南道试御史傅应祯上疏朝廷，提出了“存敬畏以纯君德；蠲租税以苏民困；叙言官以疏忠谠”三条言论。

傅应祯，祖籍为江西安福，隆庆五年（1571年）中为进士，曾经任职于零陵知县，在万历初年（1573年）被升为御史。此人才华出众，写得一手好文章，敢作敢当，但是思想十分古板。他的这封奏折其中的含义便是弹劾张居正，也间接地讽刺了皇帝的失德。

傅应祯还借鉴北宋王安石“天变不足畏、祖宗不足法、人言不足恤”的说法来抨击张居正的改革。

“天变不足畏”指的是，近几年京城出现的一些天变，比如：雷劈端门、地震京师。但是皇帝却没有因此觉悟，不但不想想如何养身修性，反而不拿这当回事，该怎样还是怎样，难道真觉得天变不可怕吗？

“祖宗不足法”指的是，不按照祖宗制度的规定，派一些太监去真定府等地区抽税，而且对于言官的好言相劝却不予理睬，难道祖宗的法制就真的不顾及了吗？

“人言不足恤”指的是，一些言官在议论朝政的时候，只说一些好听的话，其中没有几句是真正能解决问题的，难道真的认为人言不足恤吗？

其实，傅应祯的奏折中也有意要为余懋学翻案。他提出，余懋学一事不应该如此判决。余懋学的看法是对的，虽然言语过激，但余懋学却是忠良之臣。而皇上就仅仅因为余懋学的忠言就将他罢黜，并且永远不再录用，这样导致的后果是非常严重的。有余懋学这个例子在前，以后言官们便会提心吊胆地不敢再直言。其意思就是，受此影响，以后的言官将不敢发表正确的观点。而如果想要避免这种现象，那么就应该将余懋学召回为官。

傅应祯的这些说法彻底激怒了皇帝，神宗皇帝对张居正的改革是十分支持的，当然不能允许改革半路停止，更不允许有人反对新政的施行。而且神宗皇帝认为，傅应祯所提出的“三不足”是在变相地侮辱他。但是神宗皇帝对于傅应祯的奏折还是给予了批复，称自从年幼即位以来，每日都为国家而操劳，从不曾懈怠，而傅应祯却用刻薄的言语讥讽自己，这显然是暗中与人勾结意图动摇人心。最后神宗皇帝下旨，将傅应祯送到镇抚司进行严刑拷问。

最终的结果是，傅应祯不但没有成功地帮余懋学翻案，却将自己也卷入了这场风波之中，最终被判充军。

万历四年（1576年）正月二十三日，辽东巡按御史刘台站出来公然反对张居正，并且写了一封题为“恳请圣明节辅臣权势”的奏疏。

刘台，祖籍江西安福，隆庆五年（1571年）中为进士，曾经任职为刑部主事。在万历初年（1573年），由于张居正的极力举荐，被升为辽东巡按御史。但是也对张居正的很多做法早就看不惯了，虽然他一直将张居正视为恩人，可是他偏偏是一个十分耿直的人，并且一直谨守“忠臣不私，私臣不忠，终不可以荐举之私恩，忘君父之大义”的信念。

在奏疏中，刘台并没有像傅应祯那样借王安石的话来抨击张居正。相反，他是直接地列举了一些例子，以此来说明张居正的失职：

一、为了进一步地讨皇帝的欢心，他竟然进献白莲、白燕等所谓的“祥瑞”，这让天下人耻笑。

二、为了自己的儿子能顺利通过乡试，他承诺一些御史只要能通融关系，就可以帮助他们升职为京堂。

三、进入内阁没多久他便腰缠万贯，这些钱财都是从哪里来的？

刘台还从内阁制度方面阐述说：内阁是在成祖皇帝时开设的，意在协助皇帝处理国家大事，并且有权参与一些国家机密之事。即便如此，既不应该专权也不应该作威作福，不然岂不是祸害了内阁的名声。但是，自从张居正升为内阁首辅大臣后，他便经常扬言：“吾相天下，何事不可作出，何人不可进退！”很多朝廷大臣都站在张居正一边，有的是畏惧他的地位，有的是在官路中得到了他的扶持和好处。

刘台又称，之前的“王大臣”一案，张居正一方面在朝中诬陷高拱，同时又不想背负杀害大臣的罪名，于是他写信安抚高拱，让他不必惊慌。而结果却对高拱施以陷害。这些就是祖宗之法吗？在张居正独揽大权的这几年，百姓们畏惧张居正甚至超过了畏惧皇上，而且朝廷在推行一些政策后，百姓感恩张居正也超过了感恩皇上。这难道也是祖宗之法吗？张居正在考成法中要求，各省的巡抚以及巡按的考成，全部交由六部制成两本册子，一本交给内阁，一本交给六科。六部犯事由六科来举报，而六科犯事，便由内阁来举报。而事实是张居正想利用权力控制六科，以便更好地掌握朝政。这难道也是祖宗之法吗？

在弹劾张居正的过程中，刘台用各种方法想激起皇帝的愤怒，但是最终的结果是他也失败了。在神宗皇帝看完这封奏疏之后，便下旨称刘台此人诬陷忠良，并且和余懋学、傅应祯同流合污，妄图动摇国家根本，立即将他押入大牢。

由于刘台的弹劾否定了张居正为朝廷所作的所有贡献，同时言语十分明确地侮辱他的人品，说他在朝廷中一手遮天，经常动用权力为自己谋私。刘台的这些话并不是没有依据的，因此张居正感到有些心虚，并急于想为自己澄清。张居正对皇帝说，刘台和傅应祯是故交，傅应祯之前的奏疏肯定是刘台在背后指使的。在看到傅应祯的下场之后认为自己也会被抖搂出来，因此便不畏惧死的诬陷臣。一旦人们相信了他的言论，他既可避免受到惩罚，又可因此而沽名钓誉。

为了证明自己的清白，在遭到弹劾的第二天，张居正便向皇帝表明了自己想要辞官的想法。一听到张居正想要辞官，神宗皇帝便百般相劝，并说张居正一心为国家，做事兢兢业业，这些自己都看在眼里，记在心里，要他别与这些妄图诬陷忠臣的小人计较，一切当以大局为重。

在相隔一天之后，张居正又第二次上疏要求辞官回乡。他在奏疏中说，虽然朝中有很多大事没有解决，他确实不应该这个时候辞官，但那些言官实在可恶，他一直费尽心思地帮助皇上处理政事，为的都是国家大业，现在却为了辅政而遭受如此损伤名节的毁谤，实在令他伤心至极。

据记载，在张居正要求辞官时，他的整个身体都匍匐在地，而且泪流满面不肯起身。皇帝亲自走上前扶起他，并且当面下旨，让刘台终生在牢中度过。在皇帝的屡次劝说下，张居正依然不愿意接手朝政。最后，神宗皇帝只好派司礼监太监孙隆到张府宣读皇帝亲笔的手谕：“先帝以朕幼小，付托先生。先生尽赤忠以辅佐朕，不辞劳，不避怨，不居功，皇天后土祖宗必共鉴之。独此畜物为党丧心，狂发悖言，动摇社稷，自有祖宗法度。先生不必如此介意，只思先帝顾命，朕所倚任，保安社稷为重，既即出辅理，朕实伫望。”由于这篇手谕字字真挚，张居正便返回朝中继续理政。

最终，刘台被关进锦衣卫镇抚司监狱，虽然受尽各种折磨，但是刘台一直到最后都没有屈服。由于在动用了各种严刑之后，锦衣卫没有任何收获，因此只好上奏朝廷，提议对刘台进行廷杖，然后充军。

张居正虽然十分憎恨刘台，但是张居正却为他说情避免了廷杖。在弹劾事件之后，张居正变得更加独断专横，一旦有大臣意见与他不和，那么大臣们随后面临的就是各种惩罚。不是遭受廷杖之苦，就是被撤职流放。因此，张居正得罪了很多人，而这也渐渐地为他埋下了不可弥补的祸根。