按照当时的科举制度，考中举人后还会有一次会试（乡试相当于现在的高考，会试相当于现在的研究生考试），进而考取进士。会试的最高级别称为殿试，殿试一旦过关，那么就会成为进士。

当时，十七岁的张居正在中举之后也接到了会试的考试通知。大家万万没有想到，张居正却没有参加这次考试。任何史料都没有记载张居正缺考的原因。在当时来看，会试是三年才举行一次的大考，即使没有把握的学子也不会放弃这次机会，这次机会十分难得，学子们纷纷幻想也许某位官员会看上自己的文章，而自己也会由此一步登天。

在张居正二十岁的时候，他有了第二次参加会试的机会。他刻苦研读，立志一定要考中。嘉靖二十三年（1544年）甲辰，会考正式开始，张居正自信满满地进入了考场。

日子一天天过去，会考成绩终于放榜了，张居正反复看了多遍，最终他才确认自己再一次落榜了。这次会试不是顾的有意考验，是自己真真正正地落榜了。张居正第一次产生了挫败感。

后来，张居正在写给儿子的一封信中表达了对这次落榜的感悟。他在信中这样写道：“弃其本业，而驰骛古典……甲辰下第。”这段话的意思是说，因为年轻时自己轻易地考中了秀才、举人，所以变得骄傲，认为考取进士也是不费吹灰之力的事，于是自己放松了对学业的钻研，尤其是放松了科举考试的本业——四书五经的钻研，变得心不在焉。在当时，科举考试主要考查的是文章的写法，而那时的张居正将所有心思都放在对汉代政论文中的治国之道的研究上，因此对考试的重点就疏于研究，导致了落榜。

张居正虽然在落榜后心中曾出现过挫败感，但是他并没有就此放弃，而是在找出原因后开始心无杂念的研究四书五经，为下一次的考试作充足的准备。

嘉靖二十六年（1547年），二十三岁的张居正又一次参加了会试，这一次张居正顺利地考上了进士。在四个月之后的殿试中，张居正再一次以优异的成绩通过了考试，正式成为进士。

按照当时的规定，新科进士在正式上任前有一个见习阶段。张居正被分派到了翰林院担任庶吉士，三年后才能正式被赐为编修。“庶吉士”来自《尚书》中的“庶常吉士”，是对有才的青年的美称。明朝设立这个官职的目的是让这些初出茅庐的新科进士熟悉一些工作的流程，这样在正式上任之后就可以尽职尽责。

明朝的官场中，翰林院是一种比较轻松的机构。翰林院的主要工作就是向皇帝讲经或者整理文件等。虽然这个机构比较清闲，但是非常重要。很多的内阁大臣都出身翰林院，而内阁大臣又算得上是当时朝政的中心人物。《明史·选举志》中记载，翰林院里的知识分子，在官场上是“群目为储相”。因此，在翰林院中任职的人都有可能在将来成为权倾朝野的宰相。

三年后，也就是嘉靖二十九年（1550年），张居正被正式赐为翰林院编修，属于正七品官职，主要负责编写国史和实录。