休斯年过半百，仍然过着单身汉的生活。他的大半辈子都是在休斯敦和洛杉矶这两大城市度过的，他对这里的一切都十分熟悉。在两座城市里，他都兴建了自己富丽堂皇的宅邸，却极少在那里居住。他的几间卧室、书房、客厅的大门长期是锁着的，只留几名仆人看守，打扫房屋庭院。过了50岁，休斯对繁华喧嚣的大城市生活越来越感到厌烦。每年他都要到美国与加拿大接壤的边境山村或者内华达西部沙漠绿洲的私人别墅去隐居一段时期。内华达的西部沙漠地带气候变化无常，有时狂风大作，扬沙满天，地面一片迷雾，人、车辆都仿佛成了灰色的魅影，在漫无边际的沙漠中移动。不知是对神秘的沙漠风光的向往，还是为了寻求一片宁静，休斯在内华达西部沙漠的棕榈泉绿洲上建有一栋私人别墅，并偶尔会来这里静心地休养。

1957年1月，刚度过52岁生日的休斯忽然提出要与好莱坞女明星琼·彼得斯结婚。二人初次相识是在10年前。当时琼·彼得斯应邀观看休斯驾驶高空侦察机第一次试飞，不幸飞机出现了意外，休斯受伤严重。休斯住院期间琼·彼得斯经常去医院看望和照料他。休斯痊愈后一直与琼·彼得斯交往密切，两个人也逐渐产生了感情。但由于二人都忙于各自的事业，关系逐渐疏远了。期间，琼·彼得斯还经历过一场失败的婚姻。

休斯突然宣布结婚的消息着实令众人吃了一惊，没想到过了30年单身生活后他会再度步入婚姻。而对于休斯来说，这次婚姻很大程度是为了抵制外界对他的揣测和恶意攻击。当时有人策划阴谋，以休斯的病历和所谓的失踪大做文章，宣称霍华德·休斯已经精神失常，无法经营他的公司，要求法院作出裁决，禁止休斯经营他的产业。休斯生怕法院作出判决后，环球航空公司的股权就落入阴谋者之手，如果他有妻子的话，根据法律规定，妻子可以代管产权。这样，他与琼·彼得斯的婚姻就可以令阴谋者的计划破灭。

婚后，休斯带着琼·彼得斯远离了大城市的喧嚣，去了内华达。他们的行踪除了理发师艾迪外，没有一个人知道，而理发师艾迪对休斯隐居后的情况记忆十分深刻：

有时候，休斯的太太，也就是我经常在好莱坞电影里看到的琼·彼得斯，会坐在长沙发上抬起头来告诉我，要把丈夫的头发剪短一点，但是休斯却经常不太理会，他老是忙东忙西的。那时候的休斯看起来很苍老，他留着很长的胡子，模样有一点怪，像圣经中的先知摩西。我大约每隔4个月就要为他理一次发。由于那次的飞机失事，他的嘴唇一直到下巴处有一条长长的疤痕，我想他大概是为了掩盖这道疤痕才开始留胡子的吧。我经常替他把胡子修成画家的那种样子，但他却宁可留着浓密的大胡子。

休斯在洛杉矶度过 1958 年的圣诞节、同时也是自己53岁的生日以后，便跟外界断绝了往来，从此销声匿迹了。除了跟他最亲近的几个人之外，其他人都不知道他的下落。这更增加了他的神秘色彩。

为了安排影片《喷射机驾驶员》的演出，休斯又露了一次面。可是，各界对这部电影的反响却令他十分泄气。这部影片票房不好，影评人也用了很多尖刻的词汇责难它。然而，对于正需要钱用的休斯来说，这部电影的问世也算是聊胜于无。

当时，休斯住的旅馆中也经常有漂亮的女郎来看他，她们无不怀揣着借此一夜成名的梦想。她们知道，休斯很喜欢捧明星，也的确有很多明星成功地借着休斯大红大紫。但此时的休斯却已是今非昔比。实际上，自隐居以后，休斯很多年没有在媒体中露过面，唯一的一次是在波音707飞机中。当时，休斯一面驾着飞机在加州上空飞行，一面回答记者的问题。但是这位记者答应休斯不会将谈话的内容透露出去，而这位记者也很有职业操守，因此，他们两个人到底谈了些什么至今也无从知晓。事后，那位记者只说了一句话：“休斯是绝对不容许别人低估他的！”打那以后，休斯就再也没有接见过任何记者。