1924年2月14日，施韦泽又前往非洲。施韦泽太太由于身体欠佳，没有同他一道去，于是他决定带学生基尔斯皮前往。

在波尔多乘船的时候，他遭到海关人员的怀疑：“带这么多信是怎么回事？”施韦泽携带着塞满了四个装马铃薯袋子的信。“因为还没有回信，所以打算在船上一一回复。”纵使他如此解释，对方仍不相信，一封一封地检查内容，好像是要检查有没有私藏禁用的纸币似的，检查人员大约花了一个半钟头的时间，好不容易检查了两袋，最后才摇着头，中止继续检查。

4月15日一大早，他们抵达兰巴雷内。医院的房子大部分都已腐朽。从医院到山丘上他从前居住的房子所必经的道路，几乎都被杂草淹没，难以辨认了。施韦泽首先迅速修理自己的房子及医院方面大致还能用的铅皮房和竹造房子。这期间他一边开始诊疗工作，一边着手医院的改建。

随后，施韦泽每天中午以前担任医生，下午则扮演着工头的角色，一点空闲都没有。建造工作却毫无进展，因为当时木材交易很兴盛，无法招集到伐木工人。施韦泽只好招集照料病人的人，以及已经康复的病人帮忙。结果，他们都不肯做这种工作，以致修建工作毫无进展。患者却逐渐增多，所以施韦泽又从欧洲请来两位医生和两位护士。

1925年秋天，医院的改建工程总算完成到一定程度，所以施韦泽每晚有时间写作《使徒保罗的神秘主义》。然而当时该地却发生了惊人的饥荒，同时还迅速地蔓延着痢疾。这次的饥荒是由于建材业过于兴盛造成的，人们把自己的田地荒废下来置之不顾，专心从事森林砍伐，导致粮食缺乏。患者没有食物，他们只好利用欧洲友人所赠送的两艘汽艇到远处去买米。

他们医院还没有传染病隔离室，痢疾患者也都放在一般病房里，因此，整个医院中散布着痢疾菌。另外也没有专设的精神病房，凡是具有危险性的精神病患者，就不得不拒绝接纳了。因此扩充医院是刻不容缓的事，可是限于该地区已没有场所可建，施韦泽不得不决定将新的医院建在河流上游三公里处的开阔地方。

他的新计划是为了防止洪水侵袭，准备在地面上打下木桩，然后在木桩上建几间钉铅皮而耐久的小屋子，最后形成一个小小的村落。此后一年多的时间，施韦泽把医疗部门的重责委托给其他医生负责，而他则全力监督建造工程。

这次的建造工程仍决定招募前来照顾患者的人，以及从复原的病人中征求愿意帮忙的人，所以除了原有的老手外，其他的新人很难指挥。黑人木匠默涅沙利则非常勤奋地帮施韦泽工作，如果没有他，这项工作几乎无法进行下去。工作进行到将要完毕时，才从瑞士来了一位年轻的木匠。

1927年1月21日，新医院的一部分完成了，施韦泽便把患者移到这儿，最后让护士们用船装载着精神病患者，护士们反复地告诉病人：“以后不必在睡到潮湿的地面上了，因为新房子里已铺上木板床，这不是很好吗？”

当晚施韦泽在病房四周散步时，听到患者高兴地说：“医生，这里的房子很好，真是好极了！”直到现在才让他们住进像样的房子里，施韦泽心里不免感到歉疚。

为了改善病房的环境，施韦泽还计划在医院的四周开辟果园。将原始森林杂木砍伐后，就在原地种植了许多木瓜、芒果、椰子等果树。木瓜树非新植不可，不过芒果、椰子树原来已繁植了一大片，只要把四周的杂树铲掉，就可成为纯粹而壮观的果园了。1927年4月，请来帮忙的拉塞尔夫人到了，施韦泽就将建设果园的工作委托她负责。黑人们很听她的话，由此他才了解到他们实在比白人男人更加尊重女性。

不久，病房的建筑工程已完全落成，即使有200名以上的患者，也不必担忧了。不但痢疾患者的隔离室完成，就连精神病房也有了着落。于是，施韦泽把之后的事情交由其他的医生负责，打算再度回国。1927年7月，他离开了兰巴雷内。

施韦泽回到欧洲后的两年期间，四处作管风琴演奏和演讲。在1927年和1928年间，他探访了瑞典、丹麦、荷兰、英国、瑞士、德国、捷克等国，于1929年又在德国举行了几场演奏会。

旅行期间，施韦泽在德国的楷尼非斯斐尔特、苏特拉斯布尔克与妻子和孩子们共享天伦之乐。但在这期间，假如有兰巴雷内的医生或护士辞职，他就不得不立即寻找替代的人去接任。他虽送了四位医生和一位女医生到兰巴雷内去，但不幸的是有一位医生竟在途中因急症而去世。

施韦泽一有空闲，就写作《使徒保罗的神秘主义》，直到现在还没有完成。这本书的最后一章是在1929年12月赴非洲的船上完成的，它的序文还是在圣诞节第二天赴兰巴雷内的轮船甲板上写的。

此次非洲之行，施韦泽太太也一同前往。施韦泽抵达兰巴雷内后，又不得不作扩建医院的打算了。他不在的期间，流行痢疾，隔离室已不够用，于是施韦泽决定把患者送到精神病患的病房，再另建新的精神病房。

他一边做医院的工作，一边请先前的木匠默涅沙利帮忙。在一年内，除了建造新的精神病房外，也建了罹患重症者的病房和食品仓库，以及照顾病患的人所住的宿舍。阿尔萨斯年轻木材商芝贝尔也出了大力来帮忙完成这些工程。他不仅就有关种种建筑事务给予建议，而且寄赠了拌混凝土用的容器，连作为餐厅兼居所用的那栋混凝土造的雄伟房子也帮忙建好了。

不过，施韦泽太太由于在原始森林中生活，身体状况转坏，于1930年复活节又回欧洲去了。

施韦泽医院的声名连数百公里以外的人都知道，有人竟从用独木舟需花几个礼拜时间才能抵达的地方，把需要动手术的病人送来。幸得欧洲各位友人的好意协助，施韦泽现在已建成完备的手术室，也配备了热带病所需要的贵重药品，对贫困患者所准备的食物也能充分地供应。

医生、护士等人员都很健全，所以就不再像先前那样劳累了。今天能够由原先鸡笼式的病房，改建成现在这般雄伟的病房，对那些给予他们鼎力支持的热心人士，施韦泽不知道要怎样感谢他们才好！

此后，施韦泽坚持不懈地为非洲的医疗事业做贡献。有时为了募资，他仍到大城市中演奏他最拿手的风琴。1952年，施韦泽荣获诺贝尔和平奖。这个奖代表多年来全世界人民对他的尊敬和推崇。施韦泽毫无保留地把全部奖金及演讲、演奏所得的钱用来增盖兰巴雷内的麻风病院。

1965年，施韦泽90岁了，他的生命旅程将要终结。他说：“上帝啊！该跑的路我跑过了，尽力了，我一生扎实地活过了。”施韦泽从三十几岁初到非洲，在蛮荒、贫穷、落后的地区为他素不相识、语言不通的非洲居民奉献他所有的精力、智慧和爱心，最后在兰巴雷内逝世。爱因斯坦称赞他说：“像阿尔贝特·施韦泽这样理想地集善和对美的渴望于一身的人，我几乎还没有发现过。”