人种问题在美国的内政问题中是一个最敏感也最棘手的问题。人们对美国的黑人问题都很熟悉，在这里我们仅简单地谈一下在肯尼迪总统任期内发生的两个影响较大的骚乱事件。

1962年10月初，一位名叫杰姆斯·马拉第斯的黑人学生想进入密西西比州立大学念书，结果引起反对黑人者的强烈不满，在杰姆斯入学当天发生了一场骚乱。有些极端的人种歧视者非常顽固，无论是学校、餐厅还是交通工具都实行严格的黑白分离政策，他们对杰姆斯的入学更是想尽办法阻拦，口诛笔伐之外，甚至有些暴徒混进密西西比州立大学内准备闹事。

作为密西西比州州长巴瑞特，在面对这种情况下，曾经下令本州的军队出动镇压，可是临时又改变主意予以撤回。当时杰姆斯仍身陷校园中，没有人能想象到将会发生什么样的事情。肯尼迪总统与司法部长罗伯特，不断地和巴瑞特州长保持联系。巴瑞特在电话中向总统求救说：“最好想办法把杰姆斯从校园里带出来，否则我无法保护他的安全。”

肯尼迪总统听到州长说出这样的话，指示他说：“请你听着，州长，在这场骚乱平静之前，我不允许把任何人移到另一个地方去。你没有尽到你应尽的职责，不是吗？”

“可是，我不是正在这里力图挽救吗？”

“不，你根本没有尽全力，最有力的证据就是校园里连一名州警察都没有，如此怎么会不发生危险？你必须完成你分内的职责！”说到这里，总统不高兴地挂上电话。

结果，这场骚乱最后还是由肯尼迪总统下令出动联邦军队才得以解决。不过，肯尼迪的本意并不希望采取这种手段，他希望最好可以不动用军力，而是通过州政府以合法、理性的和平方式把问题解决。

肯尼迪冷静而又理性的处理，终于使激动的反对派人士逐渐平静下来。最后，杰姆斯终能如愿以偿进入密西西比州立大学，不过每天都有保安人员陪着他上学、放学。值得欣慰的是，其后杰姆斯再也没有受到骚扰。

另一个事件是1963年5月发生在亚拉巴马州的伯明翰。这儿的人种歧视比其他地方严重得多，因此黑人运动领袖马丁·路德·金博士就在此领导黑人运动，伯明罕市的治安负责人是佛康纳。

1963年5月，马丁·路德·金博士在伯明翰举行了一次示威游行，而佛康纳故意放出警犬来骚扰游行队伍，同时更进一步以水压很强的消防水栓来驱赶示威的群众。佛康纳的这一举措终于惹火了游行的黑人们，在忍无可忍下丧失理智，开始用玻璃瓶或砖块等投掷警察。

州长站在佛康纳这边，还派出了军队来协助他。当天晚上，有一户黑人的住宅被人投掷炸弹，使得当地的黑人群情激奋。马丁·路德·金博士这时慎重地提出废止人种歧视的要求。后来，这场争端终于逐渐平静下来。对这次事件，肯尼迪总统虽然没有直接介入，可是却促使他加速准备提出废止人种歧视的公民权法案。

6月中旬，有两位黑人学生打算进入亚拉巴马州立大学，可是欧拉斯州长坚决反对黑人入学，他竟然亲自拦在校门口，企图阻止这两名学生入学，肯尼迪总统终于大发雷霆。肯尼迪总统立刻决定派出联邦军队，同时下令要把亚拉巴马州的州军编入联邦军之内。

亚拉巴马州军队的副司令官闻讯不得不立即赶往现场，向欧拉斯州长提出忠告：“请您尽快离开这儿吧！”欧拉斯州长离开之后，两名黑人学生才能顺利地办好入学手续。

同一天晚上，肯尼迪总统在电视上告诉全体国民说：“只要是美国人，不论其皮肤颜色或人种，都将被一视同仁，同样享有美国人的权益。”公民权法案终于在国会提出，为了使这个法案能够顺利通过，肯尼迪积极吁请各界人士全力支持。8月，在华盛顿有包括黑人、白人在内的25万人大游行。

这支庞大的游行队伍自始至终都很有秩序，使大家认识到反对人种歧视的运动是有组织、有计划，而且深具实力的。这次大游行，使肯尼迪总统对黑人问题的解决方向有了新的决心。