作为一个来自西方的帝王，亚历山大在征服东方的同时，也将西方的文化带到了这片土地，与此同时，亚历山大也被东方的文化深深吸引，可以说他既影响了东方世界，同时也被东方的世界所影响着。要统治这个千头万绪、种族复杂、思想特异的世界帝国，绝不是一朝一夕的事。在政体上，亚历山大仍沿袭旧制，凡宫廷礼仪、宫廷习惯以及行政制度，他都保持原有的规定。他希望波斯帝国能在安定中进步。虽然成了波斯新的皇帝，他还是乐于让百姓们安于现有的生活，因此没有大幅度地改革，亚历山大打算在旧制度的基础上，循序渐进地实行新的政策，这样才能使帝国安定团结。

亚历山大觉得，要达到政治上的和谐，除了和波斯帝国以前的统治阶级互相协调之外，没有第二条路可走。但这却又造成了马其顿将领及幕僚们的内在矛盾与不安。大流士的被杀，对当时的波斯贵族来说也是一个沉重的打击。他们纷纷向亚历山大投降，亚历山大和波斯贵族们也进行了和解，并任用了许多的波斯贵族，而官方的语言仍然采用波斯语。不但如此，亚历山大还要求马其顿的将士们以波斯帝国繁琐的礼仪来参拜他，他还模仿波斯帝王的打扮。穿戴了波斯宫廷豪华服装，戴着波斯皇冠的亚历山大看起来更具帝王的气派，但是他的头发仍是希腊式的简单装饰。亚历山大的这些东方化的举动使很多人非常不满，尤其是马其顿的贵族和一些希腊的幕僚们，其中包括他的亲信以及他身边的将领们。

但与其他纷纷与亚历山大和解的贵族们不同，贝苏斯一派却宣誓要抗战到底，虽然此时他们已经失去了其他贵族们的支持。面对这样顽固的敌人，亚历山大当然不会放过他。他一直相信，总有一天，希腊和波斯的距离会越来越缩小，终有真正融合统一的一天。

亚历山大带领军队进入了希腊人闻所未闻的陌生地带，这个地方就是后世闻名的“丝绸之路”的起点。自古以来，这里就是交通的重要枢纽，也是兵家必争之地。这儿的风土人情都不同于希腊，当地民风独立彪悍。此地的郡守已经归附亚历山大，这一点对亚历山大来说是十分有利的。亚历山大虽然知道他是谋杀大流士的共犯，但还是破格地原谅了他，并且对他礼遇有加。

亚历山大把后方的事情一一安排妥当之后，开始全力追捕贝苏斯。为了提高士气，使战斗更具有机动性，他首先把自己的私人财产在士兵们的面前一把火烧光，又把许多的战利品，除了必要的之外，都连同车辆一起烧毁。随后，亚历山大沿着未来的那条“丝绸之路”一直进军到巴克特里亚，使贝苏斯连喘息的时间都没有。

可是那个曾经背叛了大流士的郡守，在亚历山大率领大军离境的时候，却如法炮制地再次背信弃义。事实上郡守早已勾结了贝苏斯，两人里应外合，由郡守来扰乱亚历山大的后方。亚历山大获得了这个消息时，受到很大的打击，因为他对郡守太过信任，甚至把一切后备补给和联络的工作都交给他全权处理，仅留下40名马其顿的士兵，而且不是用来监视郡守，而是执行警戒任务，维持军纪而已。当郡守起兵叛乱的时候，这些人就成了第一批牺牲者。

亚历山大刚刚踏出了波斯的土地，就接到了这个坏消息，因此他不得不全速赶回，他要给这个无情无义的背叛者最严厉的报复。当地的土著们跑进山中的堡垒里顽强地抵抗，企图阻挠亚历山大的行进，于是亚历山大下令士兵们放火烧山，一时火光冲天，整座山变成了一片火海，土著们都丧生在火海里，可是他们的郡守却很幸运地逃脱出来，并且在巴克特里亚和贝苏斯会合。他们继续骚扰着亚历山大的军队，亚历山大因此又重新建立一个据点。

亚历山大对东方人的信任换来的却是他们的背叛，这使他非常痛心。一部分马其顿贵族对投降的波斯贵族也表现出了很深的不信任和敌意，他们对亚历山大喜欢东方人和喜欢东方化更加表示出不满。但只要是亚历山大决定的事情，绝不会更改。他再度把最重要地区的郡守职权交到另一位波斯人的手里，这位郡守的父亲是亚历山大非常倚重的波斯贵族。

亚历山大一意孤行地采取与波斯协调的路线，导致他周围的人常常公然批评他东方化的政策。马其顿的士兵们都希望这次东征使马其顿王国能有更大的发展，从而使本国的国民得到更大的利益。他们希望亚历山大能以马其顿帝国的利益为中心，可是亚历山大却不这么做。在亚历山大的眼中，征服者和被征服者并没有什么差别，他对他们一律平等。他这种做法完全出乎马其顿将士的预料。

亚历山大终于平定了叛乱，并且舍弃了当初的计划，从别的道路南下迂回行进，这次变更路线的理由是：南方有几个地区是属于贝苏斯的一个共犯的地盘，亚历山大深恐会受到他的威胁。秋风吹落了树叶，使沙丘一带的树木看起来光秃秃的，天气越来越凉，食物越来越少，行军的速度也变得越来越慢。亚历山大的军队休整了九天之后，来到了一个城市，亚历山大把它定名为“遇见”。他为什么要为这个城市取这样一个名字呢？答案无人知晓。

这一带的河谷东北的上游地区开始进入严冬季节。在这附近的游牧民族常常闹饥荒，波斯帝国的祖先曾经赈济过这里的灾民，因此这个地方的土著一直视波斯王朝为“恩人”。听到这件事，亚历山大便以波斯王朝的继承者自居。尽管如此，亚历山大经过的地区，都可以在当地人民眼中感受到深深的敌意。出没无常的游击队也为他带来了很大的困扰，因此亚历山大不得不实行怀柔手段，以安抚当地的人民。从河谷地带往上游行进，土地变得越来越丰饶，因为这个地方有了新的水利设施，使当地的农耕大为改善。东北部有非常险峻的高山，一直蜿蜒到西北部，这是唯一的回廊地带，自古以来都是交通和军事上的要地。亚历山大逐渐把各地方自治的权力都交给波斯人管理，因此这一带各州郡的郡守也都是波斯人，由于这里的地位极为重要，因此亚历山大任命了一位非常能干的马其顿人为长官。同时驻扎了将近5000名的大军。亚历山大打算把当地建立成一个联络站以及后勤的补给基地。直到今日，这个城市仍然被叫做“亚历山大”。