郑成功下定决心要攻打台湾，因此就开始储备粮草、练兵造船、侦察敌情等准备工作。还制定了周密的作战策略，即首先收复澎湖作为进军的根据地，然后通过鹿耳门港在台江登陆作战，并切断荷兰军建造的军事基地台湾城与赤嵌城的联系，并将其一一歼灭，再收复台湾全岛。

永历十五年（1661年）二月，郑成功率领将士们在金门举行隆重的誓师仪式。在二十三日，郑成功亲自率领第一支队伍从金门出发向台湾海峡前进，次日到达澎湖列岛。郑成功知道距台湾最近的澎湖军事位置十分重要，便把这儿作为根据地，留兵驻守，他则继续率大军前进，不料，海面上一连好几天都刮着暴风，眼看不能按预定时间到达鹿耳门港，郑成功便决定强渡。

为什么必须在预定时间到达鹿耳门呢？这里要先来说说郑家军所用的船只。

郑成功的海上军事力量一直胜过清军的一个重要原因，就是郑成功拥有非常坚固和利于作战的福船。当初戚继光对付倭寇就是使用的福船。福船要比当时日本人所造的船更加坚固、高大，因此福船也是海战中最有力的武器。

明末清初最好的船只可以分为福船和广船两种。福船就是福建生产的，因为当地有制作船只所需的优质木材和良好的工艺。与体积庞大笨重、种类单一的广船相比，福船根据船的大小有好几种，其中最大的福船称做大福船，适于在海洋中航行。但是过于庞大的船只在作战时反而不方便，因此较小的福船（分为哨船和冬船两种），就是用于作战的船只。其中还有更小的称做鸟船和快船，这是用来侦察敌情、协助哨船和冬船作战，或者是突击敌方的。在军事上，福船非常符合作战的需要，而长期驻守在福建沿海的郑家军所用的船大部分都是福船。

如果福船在五年之内没有好好地保养修理，将会全部腐烂。郑成功收复台湾后却始终没有找到适合制造福船的木材。而清政府当时实行迁界政策，禁止任何木材运往台湾，郑成功只好向日本、南洋等地去寻求制造福船的才料。即使能够买到，但是运费昂贵，使得制造成本提高了好几倍，经济上的负担极为沉重。同时也缺乏精于造船的技术人员。这对郑成功来说，在后来与清政府的对抗中是极为不利的。

介绍郑家军的所用船只，是因为鹿耳门的水位非常浅，郑家军所用的福船体积较大，在一般情况下是无法通过鹿耳门港的。要想顺利进入鹿耳门，必须利用每月初一日或十六日的大潮，如错过时机，就要向后推迟半个月。因此郑成功的军队必须在预定的时间内到达。

郑成功亲自率船队冒着暴风横渡海峡，终于在四月一日到达鹿耳门港外。郑成功之前已弄清楚了从鹿耳门到赤嵌城的路线，于是他先派出一小队人进入台江内海侦察荷军情况。鹿耳门潮涨后，郑成功命令军队迅速通过。顺利通过鹿耳门后，立即兵分两路，一路登上北线尾；一路驶入台江，准备在禾寮港（今台南市禾寮港街）登陆。

荷军的战略基地台湾城、赤嵌城位于台南市。这里海岸曲折，两城之间有一个内港，叫做台江。荷兰军曾在北线尾岛（位于台江海中）北端建有热堡，后来在一次台风中倒塌后便没有再驻军。荷兰军认为郑成功的军队一定会从南航道驶入。他们决定利用所处的险峻地理位置，再用舰船封锁南航道海口，与台湾城、赤嵌城的炮台相配合，就可阻止郑军登陆。想不到郑成功的军队从鹿耳门驶入台江，这样就远在荷兰军大炮射程之外。荷兰侵略者面对浩浩****的郑军船队束手无策。郑家军按照之前制定好的作战策略，迅速切断了台湾城与赤嵌城荷军的联系，准备从侧背进攻赤嵌城。在北线尾登陆的一支郑家军驻扎于鹿耳门，以牵制荷兰侵略军兵船。

台湾当地的汉族和高山族百姓见郑家军到达，不仅热烈欢呼，还大力支援，为郑家军的顺利登陆创造了条件。

荷兰殖民者首领揆一迅速展开对郑家军的攻击。凭借着荷兰军的坚船利炮分三路进攻，一路战舰向台江进攻；一路由贝德尔上尉率兵向北线尾的郑家军进攻；一路由阿尔多普上尉率兵增援赤嵌城。郑成功也调整了部署，命部将王大雄、陈蟒率兵控制鹿耳门海口，以便接应第二批到来的郑家军；令陈泽率兵防守北线尾一带，以保障主力侧后安全，并置台湾城荷军于腹背受敌的境地；另派一支军队监视台江江面，切断赤嵌城与台湾城的联系，为从海、陆两面打败荷兰侵略军做好准备。

在北线尾，陈泽率大部兵力从正面迎击，另派一部分兵力迂回到敌军侧后两面夹击。贝德尔指挥的荷兰军顿时手足无措，许多人甚至还没有开火便把枪丢掉落荒而逃了。南路增援赤嵌城的荷军，也被郑军打败。这时赤嵌城的荷兰守军力量单薄，处境十分危急。郑成功随即加紧对赤嵌城的包围，同时劝赤嵌城守军将领投降。没多久就收复了赤嵌城。

台湾城是荷兰殖民者在台湾的统治中心，城墙坚固，枪炮先进，防御设施非常完备。但是赤嵌城被郑成功占领之后，台湾城已是一座孤城，城内缺粮、缺水，荷兰军处境十分困难。郑成功几次写信给揆一，让他主动投降，揆一坚决不降。郑成功调集大炮摧毁了台湾城大部分防护墙，荷兰军于城上集中枪炮还击，并出城抢夺郑家军大炮，被郑家军弓箭手击退。但是台湾城城池坚固，一时难以攻下。郑成功一方面派遣提督马信率兵围困荷兰军，一方面把剩下的兵力派去开荒。

五月，荷兰殖民当局得到荷兰军在赤嵌城战败和台湾城被围的消息后，匆忙派兵支援，均被郑家军打败。台湾城的荷兰军被围数月，军粮得不到补给，士气低落，不愿再战。十月，揆一为了挽救即将战败的命运，企图与清军勾结夹击郑成功。揆一的使者到福建后，清军要求荷兰军先派战舰帮助他们攻打厦门，然后再解台湾之围。结果揆一派出援助清军的军队逃走了，勾结清军夹击郑军的企图完全落空了。荷兰士兵为求活命陆续向郑军投降。这时郑成功开始转守为攻。

之前，郑成功为了攻下驻守热兰遮城堡的荷兰军，增建了三座炮台。反守为攻后，郑成功首先下令猛烈攻击热兰遮城堡，随后便攻下了。于是利用热兰遮城堡居高临下的地理位置向台湾城猛烈轰击。揆一在城上督战，看到城防已被突破，走投无路，只得同意与郑成功谈判。经过会谈，揆一“愿罢兵约降，请乞归国”。

被荷兰殖民主义者占领了三十八年的台湾，终于光复了！

郑成功曾对部下说：“感谢苍天有眼，让我得到台湾这样一块地方。能够在这里开垦耕种，这就是所谓的天无绝人之路吧！现在有了台湾，我们可以先把军队投入农业生产，使自己在粮食方面能够自给自足，然后再做光复明室的打算。”

郑成功收复台湾以后，首先需要解决的就是粮食问题，于是定下了寓兵于农政策，并立即着手实施。他带着何斌、马信、萧拱辰以及几百名士兵，先后到新港、麻豆、目加溜湾等地去巡视，最后回到安平宣布了寓兵于农的政策。所谓寓兵于农，就是为农者七，为兵者三。平时无战事的时候士兵就作为农民，一旦有战事立即回到军中。当时郑成功的屯垦区大多在现在的彰化、嘉义、台南、凤山一带。在台湾浊水溪的北方，以及淡水一带很荒凉，人迹罕至。台南市周围则被当地的百姓开垦过了。

当时的郑家军总共还不到十万人。在这些人中，大部分都有军事任务，不能参加开垦荒地。由于人手不足，郑成功开始派部下大做宣传，希望沿海不能保障生活的百姓，都可以到台湾来耕种土地。在郑家军的大力号召下，吸收了十余万从大陆来的百姓，他们对发展台湾农、渔业是功不可没的。

在台湾发展的过程中，郑成功的部下也发挥了不能忽视的作用，其中就有一个名叫陈永华的人。他是之前为守同安城而战死的将领陈鼎的儿子。陈永华在父亲殉难之后，就投奔了郑家军。

陈永华聪明过人，善于运筹，明智果断，有“小诸葛”之称。郑成功也非常信任他，来到台湾后，有关军政农教措施也多采用陈永华的建议。

实行“寓兵于农”的屯田政策就是陈永华提出的，这个政策使人人各尽其能，发挥最大的人力发展农林业。教百姓种植甘蔗，生产食糖，再将食糖远销国外，发展了台湾糖业，大大增加了税收收入。

在迁界政策中，那些丧失房屋财产、流离失所的沿海居民听说移民台湾的人，生活比他们安定、富足，因此都愿意到台湾来。陈永华就给他们以优待，吸引更多的大陆居民迁到台湾。每年渡海而来的有好几万人，使开发台湾的人力大量增加。陈永华又设立学校，发展教育，并从大陆请来许多饱学之士做教师。

这样，郑成功不仅解决了粮食问题，还扩大了自己的军事实力，为以后的战争做足了准备。