北伐失败后，郑成功退到厦门，重新修理船只、制造武器、整编军队，想重新组织兵力反攻回去。和郑成功作战了十几年的清军，对他的个性摸得很清楚，断定他还会再度举兵进攻的。因此打算先行下手，彻底地消灭郑成功在厦门的势力。

当年三月，清政府命安南将军达素统率大军，另派施琅、黄梧在浙江、福建、广东沿海集结军队待命。五月十日，清军从漳州和泉州两港出发攻打厦门。郑成功亲自率领将士在海上和清军作战，结果清军惨败，安南将军达素引咎自杀。

自从清政府实行迁界政策以后，郑成功从沿海各地，已经没有办法得到粮食和其他物资了，郑家军出现了严重的物资危机。北伐南京的失败，致使郑家军损失惨重，必须找个根据地休养生息。这时，郑成功想到了父亲年轻时曾经避难到过的一个地方，就是位于福建东南方领土广阔的海岛台湾。台湾在明天启四年（1624年）被荷兰殖民主义者霸占了。郑成功以前就想把它收复回来，但是一直与清朝作战，根本没有剩余的兵力与荷兰殖民主义者作战。更重要的一点是，郑成功压根对台湾的地形、环境都不了解，不能制定正确的作战方略。但目前的形势对郑成功而言，收复台湾是迫在眉睫了。

恰好这时发生了一件事，让郑成功解决了这个难题。当时占领台湾的荷兰总督揆一，派一个叫何斌的中国人来见郑成功，希望能和郑成功通商，郑成功答应了。而后郑成功委托何斌在台湾收税，结果这件事被荷兰殖民主义者知道了，逼着何斌把所有的税都交还给荷兰殖民主义者。这件事使何斌非常生气，因此他就偷偷地画了台湾的地图，图上有良田万顷以及各条河流的小道，还有许多森林树木。何斌把地图带到厦门献给郑成功，劝说郑成功攻打台湾。他说，台湾领土广阔、土地肥沃，可以生产足够的粮食，而且森林树木品种繁多，可以作为造船的材料。况且你父亲过去曾在台湾居住过，那里就相当于是你的故土，如果你能够占领台湾，就能解决郑家军的粮食问题。而且台湾四面是海，清军处于劣势无法前来攻打。你还可以从事国际贸易，自给自足，这样你的实力必然大增。郑成功听了他的建议，非常高兴，就开始认真考虑以台湾为根据地的可行性。

从另外一方面来说，郑成功的部下长年过着离乡背井、漂泊海上的生活，早就盼望着能安定下来。而当时人烟稀少的台湾急需有人去开垦。为了解决迫在眉睫的粮食问题，郑成功决定把军队带到台湾去。于是就召开会议，和部将们商议迁往台湾的事宜。

在会议上，部将们听说郑成功准备迁往台湾，许多人表示不同意，其中以吴豪反对声浪最高。因为他是郑成功的将领中唯一到过台湾的人，他对台湾的情况最为了解。他说：“台湾那儿的港口很浅，军队现在使用的这种较大的船只根本进不去。况且台湾的阳光长年直射，天气又热又潮湿，瘴气很大，我们这些长期生活在内陆的人很难适应那儿的环境，会造成水土不服。还有占领台湾的荷兰殖民主义者，他们的武器十分先进，恐怕不是我们的军队可以抵挡的。”因此，他再三劝说郑成功慎重考虑。一些将领很赞同吴豪的看法。

郑成功的手下将领中，凡是从清政府那投降来的称为“北将”，从福建来的原本是郑成功旧部的都称为“南将”。可是，这一次反对到台湾的多半是南将，而北将却是大都赞同到台湾去。

有一个叫马信的北将就十分同意去台湾。他在会议上极力反驳吴豪说，荷兰殖民主义者的枪炮也没什么值得害怕的。如果真的尽了全力还是打不过荷兰殖民主义者，就再回到金门和厦门也不为迟。

对于马信反驳吴豪的话，郑成功感到非常欣赏。事实上，后来攻取台湾的时候马信确实建立了很大的功劳。他率领郑家军的主力军队，将武器先进的荷兰军队打得溃不成军，因此军中都称他“马本督”。马信还因为这一场国际战争扬名世界，外国人都称他为“BePontok”。马信去世后，当地的百姓给他建了一座庙，就是现在台南市的“马公庙”。

看到争论不休的场面，参军陈永华出来打圆场。他说，你们都有各自的道理。吴豪是因为对将军和部下很爱护，担心那儿的环境不适合大家。马信所说，是作为军人应有的态度，凡事尽力而为，然后再作定夺。

为什么会有如此大的分歧呢？这是因为郑成功和父亲郑芝龙一样，不仅领兵作战，而且还从事商业活动。他的那些旧部都做过生意，拥有一定的财产和社会关系，他们虽然想有一个安定的环境，但是却不愿意离开自己的老本营到荒无人烟的台湾去，而从清朝降过来的那些将领，却想到台湾开拓新天地。

因此，在这次会议上，究竟去不去台湾并没有得到定论。会议过后，性格倔犟的吴豪再三劝说郑成功，郑成功对此很不高兴。后来郑成功在攻台湾时，就以吴豪抢劫老百姓的金钱、私藏粮食等借口，把他给杀了。

没过多久，这时仍在长江上游驻守的张煌言，听到郑成功的这个想法，连忙来信表示反对。他认为郑成功如果退守台湾，就会与大陆失去联系，会令天下的老百姓都感到失望。张煌言之所以力劝郑成功不要去台湾，就是担心郑成功去台湾后对光复明室就不会那么出力了。甚至于他还害怕郑成功到台湾后自立为王。不只是张煌言，许多人对郑成功去台湾都抱着怀疑的态度，郑成功对迁往台湾承受很大的压力。

郑成功却认为前往台湾是解决当前困难最好的办法。但是部将们意见不统一，让他十分为难，于是他费尽心思想了一个办法。

郑成功给了何斌一笔钱，暗自命令他回台湾到一些荒山野地中布置神迹。于是，何斌立即回到台湾操作起来，并不断散播关于神迹的谣言，那些谣言一时之间广为传播，没多久就传到大陆了。这些神迹的谣言有，在现在高雄凤山滨海的地方，有一块很大的石头。有一天石头突然自动裂开，上面墨迹斑斑，写着斗大的字：“凤山一片石，堪容百万人。五百年而后，闽人来居之。”

还有一个传说，住在安平的一位农夫，正在犁田的时候，忽然发现一块石头上面刻着“山明水秀，闽人居之”。又有人传说，在澎湖的山上也看到“闽人来，万民泰”的字迹。

最初，郑家军对这些谣言不是很相信，但是传的人愈来愈多，还愈说愈起劲，他们自然也就愈听愈心动了。郑成功这个计策果然奏效了。一段时间以后，许多部将都改变主意，纷纷表示愿意到台湾去。

郑成功带着庞大的军队和招来大量的内陆百姓开垦台湾，开创了海岛经济的模板，才有了台湾今天的繁荣富强。郑成功在确立台湾属于中国的主权上功不可没。