永历五年（1651年），郑成功重新整编了他的军队，又另外增了十个营。这十个营就是仁、义、礼、智、信五营和英兵、奇兵、游兵、殿兵、正兵五营。另外他又着手改善战斗武器，命令他的手下陈启制造单器，使得军队的战斗力更为强大。此外，在清政府那边，也有许多人先后投到郑成功的麾下。这些人是黄兴、黄梧、张名振、周雀之、阮骏等，他们都加入到郑成功反清复明的队伍中来。郑成功在几次战斗中都有取得了辉煌的战绩。
当年五月，郑成功再度和清政府的将领王邦俊相遇，在海澄附近进行了激战。王邦俊深知郑成功的厉害，因此他调了好几千人来壮大声势，但郑成功却不以力取，而以智夺。他先设下伏兵，然后派他的大将甘辉、万礼、柯鹏等人前往诱敌，当王邦俊的部队走到半路的时候，伏兵全出，王邦俊这才知道中了郑成功的计谋，只好狼狈逃走。在这次战役中，郑成功获得了许多马匹和武器。
到了九月，郑成功再度和王邦俊的军队交战。这一次，郑成功又设下了许多伏兵，他先命王秀奇和林顺先去和王邦俊的军队交锋，然后再叫所有的伏兵倾师而出，把王邦俊的军队杀得落荒而逃。王邦俊被郑家军打得非常之惨，他手下的兵士全军履没。不得已，他只好厚着脸皮，向上级求援。
十一月，清军分三路来战，郑成功也把自己的军队分为三路迎战。这次清军虽然有备而来，本想截击郑成功后面的军队，结果这项计谋被郑成功的大将甘辉识破，未能得逞，仍然被郑成功的军队打得落花流水。
永历六年（1652年）正月初二，郑成功再度进攻海澄。这次非常顺利，他们的船只趁着潮水，一直到达了海澄的城下。当时海澄的清廷守将赫文兴，早就有投降之意，等到郑成功大军一到，他马上就开城请降。
郑成功对赫文兴大为奖赏，并且命令他仍然驻军海澄。郑成功进入海澄之后，下一个目标就是长泰县。进攻长泰并不是那么的顺利。
郑家军在长泰的东门外，准备用云梯攻城。郑成功下令所有的军队，把长泰城层层地包围起来。这次战役耗费了很长的一段时间，仍然没能把长泰攻打下来。
到了三月，清政府的浙闽总督陈景，率领一万大军前来支援。郑成功设下伏兵，准备和陈景大战。而陈景率领大军前来，看到郑家军没有一能动静，心存疑惧，不敢轻易前进。经过了一阵子的沉寂，陈景愈来愈感到忐忑不安，不知道郑家军又要耍什么花样。因为他曾听说郑成功足智多谋，常常喜欢用计，因此心里不免有些发慌。就在这个时候，郑家军射出三支火箭，忽然所有的军队就像潮水般地涌了出来。
在清军和郑家军正打得不可开交的时候，郑成功忽然率领着一支队伍直接冲杀过来，他那锐不可当的声势，把清军都吓退了。这时大将甘辉、黄廷、陈俸都冲上来把清军包围，连刚从清军投降的赫文兴也参与了作战，使清军阵脚大乱，落荒而逃。放眼看去，遍地都是清军的尸体。大获全胜的郑家军，把死亡的清军衣服脱了下来，拿起他们的武器，缴获了不少物资。浙闽总督陈景，大大地领教了郑成功的厉害。
长泰城内的守将见到陈景的援兵竟然败得这么惨，也一个个吓得心胆俱裂。经过一阵商量，三十六计，走为上策，那些守将不顾一切地逃走了。长泰城的守将和县官趁着夜色逃跑后，当地的百姓都欢欢喜喜地开了城门，迎接郑成功的大军。
在这次战斗中，大将甘辉身负重伤，但是他们的战斗意志仍然很高，最终转败为胜。另外，此战中清政府的军队因为不善于水战，结果也淹死了不少。
郑成功的军队在水战中能取得重大胜利，是因为平时在训练军队水上作战时，常常要求他们即使是遇到惊涛骇浪，也要像如履平地一般。士兵们的服装也很简单，仅仅是上身穿着铠甲，下身只穿着短裤，还不允许穿鞋。如果有穿鞋子的，必然会遭受到责骂，郑成功常常要他们光着脚作战，是因为光着脚在海边的沙滩上作战更为便捷。
郑成功再度率军攻打漳州。好几次都成为郑成功手下败将的王邦俊，这次不得不硬着头皮再次迎战。他心里着实害怕，因此就请求浙江方面的马进宝来支援他。郑成功这次又命全军埋伏，分为左右两侧，当清军正率兵前进的时候，郑成功一声令下，左右伏兵冲出，又将清军打得落花流水。王邦俊一连吃了郑家军好几次败仗，这次就躲在漳州城中坚守不出，郑家军只好把漳州城紧紧包围。
从当年的五月一直到八月，漳州城已经被围有三个月之久，城中的百姓被困无粮，到了拿老鼠、树根、果皮等充饥的地步，甚至出现了吃人的现象。尽管如此，郑成功依然没有办法把它攻下来，而且清廷一再地增派援军前来。
这次援军的首领是平南将军金砺，他率领一只由汉人和满人组成的超大规模的骑兵队，共有数万人，他们不分昼夜，日夜兼程，在九月十八日到达了泉州。金砺率领的数万大军气势勃勃，士气高昂。郑成功的军队则久战疲惫，粮草将尽，已有退兵之意。
经过上几次战争，金砺久闻郑成功大名，不敢像以前的陈景那样轻敌了。他知道郑成功用兵十分厉害，尤其善用计谋，常常趁人不备，突发奇兵，因此他料想郑成功可能故伎重演，在行军的时候，便兵分几路前进。他判定郑成功的军队已经粮草将尽，无法像以前一样一鼓作气，再加上他这次的军力很猛，便有自信能够打败郑成功，使漳州城马上解危。
十月初一，郑成功和金砺两军相遇。郑成功这次的计谋是用火攻，可是，运气不好，正刮着强烈的西北风，发射出去的火箭又被吹回。金砺一看，机会难得，于是带着军队猛冲过来。郑家军损失很惨，丧失了多位指挥官，郑成功只好把军队退回海澄。
郑成功认为海澄是潮州的咽喉，和金门、厦门互为表里，于是加强海澄防守的力量，命当地人民建筑防御工事。他希望除了金门和厦门之外，能以海澄作他的仓库地区，他把许多重要的兵器和粮食都放在海澄。海澄的防御工事终于完成，周围筑有城墙，并且有炮口对外，随时可以应战。
金砺希望能够再度攻下海澄，可是又找不到好的办法将郑成功大军一网打尽。清政府这时还要应付三藩之乱，实在没有兵力再来攻打郑成功，因此便命郑芝龙劝他的儿子投降，郑成功严辞拒绝了父亲的劝降。
永历七年（1653年）四月，金砺调遣水陆两军，并且在十个县市内征集民夫两万人，搬运各项作战的武器，声势浩大，决心一举攻破海澄。
五月四日，金砺在与海澄城仅相距半里的妈祖宫前扎营，当天晚上，清军一刻不停地发动全部力量猛烈攻击。在如此强大的火力攻击下，海澄的防御工事已被清军破坏了大半，郑家军死伤无数。
战争持续了一整天。郑成功有一名非常勇敢的将领，名叫陈魁。他向郑成功请求，率领几百个人组成敢死队，出其不意，冲进清军的阵营，郑成功答应了。可是，最后并没有收到预期的效果，陈魁本人身负重伤，只好匆匆撤回。
到了第三天，海澄已经破坏殆尽了，郑成功下了最后的决心，在海澄的护城壕里面埋下火药，阻止清兵前进。当清军冲来的时候，郑成功下令点燃火药，使清军不敢再向前一步，不得不退去了。
到了七日早晨，金砺还是不死心，率领着大军，冲向海澄城门。郑成功立即下令点燃火药，结果清兵全部被炸死，尸体堆满了护城壕。
清兵虽遭挫败，但金砺的手下人多势众，海澄眼看就保不住了。郑成功的部下人人危惧，希望马上退回厦门。郑成功勉励部下，他还有妙计能把清军杀得片甲不留。他诚恳地对部说：“如果你们胆怯不敢应战，那就走吧，我绝不阻拦你们。我是绝对不会离开此地的，誓死守城。”将士们听到郑成功的这番话，深受感动，不再畏怯，反而奋勇争先，拼死作战。最后终于打败了清军，获得大胜，稳住了海澄基地。
海澄之战，是郑成功战史中非常精彩的一个战役。郑成功把海澄作为他的仓库，因此必须全力固守。他命令手下最好的工程师冯澄世再度修筑海澄的防御工事。
在海澄之役后，郑成功被封漳国公，但他却辞谢不敢接受，希望分封那些有功的将士们。当时受封的将士是：甘辉为崇明伯，黄廷为永安伯，王秀奇为庆都伯，赫文兴为祥符伯，万礼为建安伯。至于其他的将士，也都论功行赏，或是升迁或是奖赏。
作为清廷主战派的金砺，由于海澄之役损失严重，便闭口不谈战事，主和派开始在朝中势力强盛起来。另外，清廷也认为郑成功非常厉害，加之当时有三藩之乱，清政府已无法兼顾，因此想采用招抚政策，招降郑成功。而郑成功也希望趁这段时间休养生息，以积储更多的粮食，因为粮食问题是郑家军中最难以解决也是最重要的问题。此后，郑成功和清政府彼此相安无事，出现了一段比较和平的岁月。