1789年，当杰斐逊返回到美国之后，突然觉得自己似乎成为了外国人了。美国完全不一样了，而人们的思想更是不一样了，还有美国的习惯、礼俗也不一样，就连做生意的方式也不一样了。但是弗吉尼亚的城镇还是很落后，道路仍旧跟之前那么差。

在杰斐逊将要抵达弗吉尼亚的时候，海峡外一阵风暴把他所乘的那条船的中桅帆刮断了，然后一条从港内开出的船又差点把杰斐逊乘坐的船撞沉，后来他们登岸之后船又着火了，杰斐逊所有的行李、公文等都还留在船上。经过一番努力救火之后，船还是被烧毁了一半，不过幸好杰斐逊的东西都被抢救出来了。

1789年圣诞节前夕，杰斐逊与女儿们终于乘着马车回到了蒙特沙罗。各地农场上的黑奴们得到消息之后，准备在杰斐逊回来的时候聚集在一起欢迎这位英雄。

当马车开始爬上蒙特沙罗的时候，大群的奴隶们团团围住了马车，又叫又笑，最后干脆拉住马车，解开了马，也不管杰斐逊答不答应，黑奴们一起拉着马车，走完了最后的一段路程。

当马车门打开之后，黑奴们把杰斐逊抬出来，一路抬到家门前，围着他，甚至想要亲吻他，对他十分感激，有的甚至喜极而泣。和杰斐逊一家人乘坐马车来的还有萨莉·赫明斯，驾车的就是她哥哥詹姆斯。四年后，萨莉的另一个哥哥罗勃被释放了，詹姆斯也在六年之后获得自由，可是杰斐逊并未释放她，似乎她也没有这么要求过。

回到美国之后，杰斐逊更加小心谨慎了，他不再随意地把为萨莉买衣服的花费记在账本上，但是每离开一阵子再回到蒙特沙罗的时候，账本上却出现许多小额的赏钱。而萨莉一生的职责，直到杰斐逊去世之前，一直都是照料他的寝室和衣橱，照顾他们之后生的孩子，以及做些缝缝补补之类的轻活。

1790年萨莉的长子出世了。而17岁的女儿玛莎于回国后三个月，就很快地与小托马斯·曼·伦道夫结婚了。他就是吐卡霍那个杰斐逊童年时曾与他一起生活过的伦道夫的儿子。伦道夫像杰斐逊一样长得人高马大，也是一个绝佳的骑士。他谈论问题的时候总是口若悬河的，而且可以感觉得出他的聪敏与各方面的才艺。他曾在爱丁堡大学就读一年，杰斐逊也在自传中称他是个“青年才俊，有着科学而高贵的心灵”。

玛莎结婚后，杰斐逊从纽约给她写了一封信说现在心里可以感到十分安慰了。但是玛莎说结婚后自己并不快活。婚后五个月的时候，玛莎的公公打算娶个不到20岁的少女做后娘。因为与杰斐逊自身的情况极其相似，所以杰斐逊为老人辩护说，他结婚是应该的，老人的快乐全赖有人做伴，他总不能孤单地自己过活。杰斐逊还劝慰自己的女儿说：“每个人，都要看他好的那一面，因为没有一个人是完美无缺的。”后来，女儿玛莎听从了父亲的话，从来在家里都是理智而镇静，从不对仆人大呼小叫，也从不小题大做。

1790年，4月27日，伦敦的朋友捎来一封信，说玛丽亚怀孕了。收信后的第四天，杰斐逊的头疼病又犯了，这次几乎又持续了六个礼拜。即使是这样，杰斐逊还是强迫自己完成了一篇著名的研究——《重量与量度报告》。

1790年6月，玛丽亚产下一名女婴，却于三个月后抛下了这孩子，与一位意大利歌唱家前来美国。以后有三年半她没有给杰斐逊写信。不过，1794年丈夫生病的时候，玛丽亚回去照顾他和女儿。后来，当玛丽亚的女儿在6岁夭折的时候，玛丽亚出现了精神分裂的征兆。她把孩子的尸体放上防腐的香料，放在客厅的大理石石棺里，见到人就说她有起死回生的能力。后来玛丽亚还是把孩子安葬了，然后只身回到巴黎，想以绘画为业东山再起，但是结果天不遂人愿。后来她又到意大利的洛迪，从当地有钱有势的意大利人手中获得了足够的捐款，开办了一所女子修道院学校。

1790年至1791年间，杰斐逊的头疼病已经成为了习惯病了，不过现在没有之前那么剧烈。后来女儿波丽被带回了费城，住在一所寄宿学校里，现在女儿也有13岁了，她的柔婉娇美越来越像母亲玛莎，这给杰斐逊带来了不少的安慰与快乐。

杰斐逊的亲朋好友也都希望杰斐逊能够续弦，但是他却婉言拒绝了，重新过起类似在法国的那种单身生活，他从来都只参加下午3点开始的小晚宴。只要到了晚上，他几乎任何人都不接见，即使杰斐逊后来当了总统，他仍然如此严于律己。不过杰斐逊的晚餐从来都是很丰盛，他经常吃法式的菜肴。后来，杰斐逊还把在费城租住的大砖房装饰了一下，配了些法国上好家具，另外还新加了一条长廊用来放书。不过，杰斐逊还是和以前一样，花的多挣的少。后来杰斐逊打算把蒙特沙罗的烟草卖了，这样可以平衡收支。