1939年9月，第二次世界大战爆发，起因是希特勒领导的装甲部队闪电突袭波兰，英法对德宣战，紧接着战事迅速蔓延。

亨利对战争的看法仍和以前一样，认为军事上的胜利并不是真的胜利，不管英国、法国或德国也好，最后通通都可能是输的一方。亨利也和过去一样，不为英国、法国、德国制造武器，但允许设立在英国、加拿大、澳大利亚、南非、印度等地的福特工厂，为英国和法国提供武器援助，毕竟那里的分公司曾经受到英、法两国的保护，亨利这么做也算是一种报答吧。

加拿大的福特公司是当时英国最大的汽车工厂，为了支援英国，那里的工厂立即生产了五万辆军用车，在南非的分工厂所制造的军用车也活跃在北非战场上。亨利审时度势，觉得美国参战的可能性很大。为了保卫自己的国家，亨利决定再度从事军械生产。

国防部最初向福特公司订购了4000台引擎，要求是军机用18汽缸、空冷式维特尼新型引擎，亨利立刻投资2000万美元，建起了一座制造这种引擎的新工厂。生产这种引擎必需使用一种特殊合金，但目前还找不到制造这种合金的设备，福特公司又为此花了80万美元，在卢其工厂建造提炼合金的熔炉。

除此之外，福特公司还为另外两家公司提供零件，帮助他们制造轰炸机。后来美国军方又改变了计划，福特公司也被要求制造轰炸机。

福特公司还有一项很适合自己的任务，那就是生产吉普车。这种吉普车体型小、重量轻，又很坚固，爬坡力强，最高时速可达100千米，极适合执行侦察任务。车上可以装载机关枪和三个士兵，无论是在泥土里还是沙地上都能正常行驶。由于此车性能很好，陆军单位就加倍订购，福特公司为了供应军方的需求，不停地生产这种被称为“电击汽车”的吉普车。

亨利一面进行军需生产，一面研究如何把大豆应用在工业上。当时还有一个人也对这个问题感兴趣，那就是从福特工业学校毕业的青年查理斯·波亚。亨利感到有些分不开身时，便请他负责大豆的研究工作，亨利对他说：“好好努力，也许你这间研究所，会成为福特公司最重要的设施呢!”

波亚的研究表明，大豆可以作为生产塑胶的原料，用它生产出的塑胶韧度很强，几乎可达钢铁韧度的一半。波亚又继续用其他植物做实验，同样也有很重要的发现，最终他完成了用塑胶作车体的构想。亨利为了试验塑胶板的强度，用全力敲打车体，结果一点痕迹也没有，这让他感到很满意。波亚的努力成果使得制造比钢铁轻一半、韧性强十倍的塑胶板成为现实；而且塑胶板在受力时会呈弯曲状，力量除去时又会恢复原来的形状。亨利觉得塑胶板的前途大有发展。

就在这个时候，美国汽车工厂的劳工们掀起了热火朝天的组织工会的运动，福特公司也不幸被卷入这场纠纷中。亨利一向不喜欢劳动工会，甚至对一般的经营团体、军队、政党也很反感。亨利觉得一旦参加了某个组织，个人的意志就要受到控制，失去自由。

工会经常利用罢工、抗议等手段胁迫资方屈服。罢工会使工厂的生产陷入瘫痪，但工资还要照常支付，在亨利眼中这是很不合理的，不但对公司没有好处，也会使劳工的生活更加艰苦。亨利觉得所谓的劳工运动，只是一些具有不良意图的阴谋家，想借此破坏公司的生产，甚至是想要夺权。

亨利虽然痛恨工会，但却不会对那些参加工会的人另眼相看，绝不会因为员工参加工会而不录用他们。亨利本身就是从一名劳工做起的，他能尽可能站在劳工的立场想问题，为他们谋求幸福，所以亨利实在没有想到，这些员工会向他表示抗议。

也许是由于经济不景气，个别劳工因为没有优秀的技术而缺乏安全感，唯恐不参加工会，就有“被开除”的危险，因此工会的声势越来越大。

当时由汽车工业的员工组成的汽车工业工会参加了美国产业工会召开的会议，会议决定由汽车工业工会首先发动罢工，他们的第一个目标就是通用公司和克莱斯勒公司，这两家汽车工业的巨头最后都向工会妥协了。于是工会便挟着胜利的余威，把福特公司当成了下一个目标。

工会向福特公司提出许多要求，胁迫亨利屈从，而一向对工会没有好感的亨利根本不加理睬。亨利认为工会的干部中一定有人想借此制造混乱，然后从中牟利。亨利十分清楚接受他们的条件的后果，这些人轻易不会屈服，当付给员工相当数目的工资后，他们仍会继续鼓动：“我们要获得更高的工资，就必须干到底。”或煽动员工说：“一天工作八小时太辛苦了，应该缩短为六小时。”人的欲望是永无止境的，好像不发动一些事端就不舒服似的。

亨利不仅不接受工会的要求，还公开表示不承认汽车工业工会这个组织。这导致了事态日益严重。工会采取静坐的方式来表示抗议，后来又在1941年4月进行了一次大罢工，参与的员工多达8000名。

发生罢工的第二天，密歇根州的州长便出面调停。福特公司和工会进行了一番商谈，最终决定由福特公司83000名劳工投票表决，看员工们是否赞成工会的做法。然而结果却大大超乎亨利的想象，他本以为反对工会的员工会占压倒性的多数，结果竟有八万多人投票支持工会，反对工会的票数不到百分之三。亨利只有感慨时代的变迁了。

既然这么多员工赞成工会，亨利也只能妥协。他一向都要求自己站在员工的立场，这次当然也不能例外。因此，福特公司接受了工会所提的全部要求，甚至是一些其他公司拒绝接受的，亨利也一并采纳了。总的来说，就是福特公司接受工会的要求，不雇用没有加入工会的人，并承担员工应缴予工会的费用。工会获胜后非常高兴，不过从此以后，员工与公司的关系就彻底变成了资本家与劳动者的关系。尽管如此，亨利也尽量保持和员工们以往的感情，尽量避免发生对立的冲突。