第一次航行的顺利完成令费迪南国王和伊莎贝拉女王十分满意，他们顺理成章地委派哥伦布开始着手第二次航海。这次的航海筹备工作进行得十分顺利，这次的船只，一共动员到 17艘，其中大型帆船就有 3艘。而这次出航的人员也不再是清一色的平松家族的人，除了第一次随哥伦布出航的一些船员外，还包括摩尔战争结束后闲下来的贵族和为建设殖民地而派去的农民、开矿工和木匠等，总人数达 1500多人。

这一次，大家都对哥伦布心悦诚服。

这一次，哥伦布打算把住在法国的巴托洛梅和一直留在热那亚的弟弟迭戈两人也一起带去。有这两位弟弟同行，他会觉得比较安心，因为自己的亲兄弟不会像平松那样背叛他。

接到哥伦布的来信之后，迭戈日夜兼程地从热那亚赶来，多年不见的两兄弟都因这次的重逢而分外惊喜，他们互相拥抱在一起，倾诉多年来各自的经历。

可是距离起航的时间已经不远了，哥伦布的二弟巴托洛梅却一直没有到。“难道是没有收到我的信？”哥伦布心急如焚。

这一次的航海照计划是要从加第斯港出发。1493年 9月 25日，由 17艘帆船组成的大船队扬起了西班牙国旗，浩浩****地离开了港口。旗舰仍叫做“圣玛利亚”号，船队还包括忠诚可靠的“尼娜”号。

“巴托洛梅没有赶上，实在太可惜了!”事已至此，哥伦布也只好死心了。

这时候，巴托洛梅正从法国快马加鞭地赶来。当他赶到西班牙时，哥伦布的船队已在前一天出航了。巴托洛梅望海兴叹，不过，他不肯就此作罢，决心要设法挽回这失去的机会。

这一次出航，西班牙国王特意颁布圣谕，把让印第安人皈依基督教的任务列在首位，同时要求对待印第安人要仁慈宽厚，如果西班牙人对印第安人有任何不公正之处，都应受到海上将军哥伦布的严厉惩处。

哥伦布所率领的大船队在海上没有遇到什么风暴，经过40天的航行，他们于 11月初抵达西印度群岛，随后又发现了多米尼加岛。

这次航行路线是经过大加那利岛到达戈麦拉岛。他们在戈麦拉岛除了补充新鲜食物和淡水外，还抓了一些家畜，其中包括 8头猪，它们便是今天美洲猪的祖先。西班牙人这次还为他们发现的大陆带去了甘蔗苗。在加那利群岛上，他们抓了猎狗畜，并在后来用它们去扑咬岛上的印第安人。

哥伦布指挥着船只，全速驶往海地岛。然而，奇怪的是，他们到达海地时，却发现纳维达德营地一片静寂，船队放了信号炮，还是毫无反应。

“大事不妙，营地被人彻底捣毁，守备的人无一幸存，想必是遭到土著的袭击了 !”奉命上岸侦察的部下气急败坏地跑回来向哥伦布报告，这真是完全出人意料的事情 !

哥伦布连忙坐了小艇赶往营地，见营地已经面目全非，围栅整个倒塌，宿舍和仓库全部烧成了废墟。哥伦布看到这副惨状，愣在那里，半天说不出话来。他满腹疑惑，不知道这里到底发生过什么。

这时候，远远地看到几个土著，在树林里探头探脑地张望。哥伦布向他们招手，示意他们过来。其中有几个土著壮着胆子，缓缓地走了过来。哥伦布等人向他们询问营地里发生的事情，可是这些土著都不约而同地表示自己并不清楚，但哥伦布从他们的眼神中看到了恐惧。他们到底在恐惧什么呢？哥伦布脑子里的谜团似乎越滚越大。

后来他们得知了一些事情的片段。原来，营地里留驻的西班牙人，在哥伦布乘“尼娜”号离去之后，就开始残暴地对待岛上的土著，他们胁迫土著带路去寻找黄金，如果有不听话的人，他们就用利剑把他杀死。他们不但抢走土著的东西，而且为了分赃问题还发生了内讧。后来，大家索性各自为营，他们正经事不做，却整天在动黄金的歪主意，对那些生性温和的村民强征豪夺，甚至干下了烧杀抢掠的恶事。对白人的暴行再也忍无可忍的印第安人在当地酋长的号召下，大举进攻营地，将白人全都杀死，并烧毁了营地。

为了弄清事情的真相，哥伦布去拜访了当地的酋长。酋长惧怕西班牙人来寻仇，于是反复地证明自己是如何地忠于他们之前的联盟承诺，尽管西班牙人用破坏自己的承诺来回报他的忠诚。哥伦布决定此事就此结束，不再继续调查，他感叹地说：“他们利令智昏，咎由自取，怨不得别人 !”

通过舰队领导人物的决议，哥伦布正式宣布放弃这里的据点，将新的殖民地选在同名海岬西南部的一处岛屿。于是，在西印度群岛出现了第一个欧洲式的城市，哥伦布为了纪念女王，就把这处地方取名为伊莎贝拉市。

哥伦布指挥这 1500人在这块新土地上努力工作，工程顺利地进行，巍峨的总督府、普通的民房以及教堂、仓库等都次第建造起来。经过几个月的辛劳，这里已经初具规模，一座港口旁的小型城市即将落成。

虽然看起来一切顺利，但实际上哥伦布等人的城市建设工作异常艰难。最初他们选择的这处岛屿离饮用水的水源距离非常远，但是哥伦布没有时间和足够的物资储备做第二次选择了。工程开始不到一周，就有两百多人病倒了，就连哥伦布本人也未能幸免。船上储备的食物迅速地被消耗掉了，印第安人也不再为他们送木薯和其他的食物了。那些精明的西班牙商人用废旧的木桶装酒，大部分的酒都在途中流光了。一些奸商还拿一些老弱的马匹，掉换了船队的纯种良马。

这次航海的随员中，有不少是出身于贵族，平日养尊处优，不事劳动的青年人。此次随船出海，光是枯燥的海上生活，就已经够他们受的了，如今还要他们冒着酷暑流汗工作，再加上食物和药品都很短缺，而且热病流行，于是一个个体力不支，相继病倒。

再说，这批人之所以甘愿出来冒险，主要的目的是想淘金。现在，黄金还没有到手，却先要做苦工，当然是一肚子的怨气，纷纷埋怨起来。其中一位叫做奥维叶多的贵族便开始挑唆大伙反对哥伦布：“什么黄金啦，珠宝啦，连一样也没有找到，这明明是哥伦布欺骗了我们 !与其在这里耗下去，不如干脆夺船驶回西班牙。”

哥伦布获悉他们的阴谋后，立刻行使总督的职权把奥维叶多拘押起来。不过，哥伦布心里想：为了杜绝悠悠之口，并且对国王有所交代，总得先想办法把黄金弄到手才行，否则，我在他们的心目中，就真的成为一个大骗子了 !

据印第安人所说，一块叫希巴奥的山地盛产黄金。于是，哥伦布立即调集了 400名士兵，派一个干练的人为领队，去希巴奥山地一带探测。

1494年的 2月初，这支探测队从伊莎贝拉市出发，越过高山峻岭和茂密的森林，到达了希巴奥。当队员们看到溪流里闪闪发光的金沙时，个个兴奋不已。希巴奥的印第安人知道白人来此的目的是搜求黄金，于是纷纷自动地拿金子来交换玻璃珠和铜铃等在他们看来很稀奇的东西。哥伦布接获报告后十分开心，这下终于有礼物能呈献给国王了。

于是，哥伦布命令手下在希巴奥建立了圣·托马斯营地，并委派一位名叫马加利特的贵族负责统率这里，同时，他又派遣船队把搜集到的黄金送回西班牙去。

人们的欲望是永无止境的，当初发现溪流里净是闪闪发光的金沙，确实使这批怀着淘金梦的人们欣喜若狂。渐渐地，这种散碎的颗粒状的金沙已无法引起他们的兴趣了。这些情形被哥伦布看在眼里，他心中也暗自焦急，生怕会有不安分的坏分子破坏他们的计划。

果不出哥伦布所料，几个阴谋分子正在暗中策划，准备夺船逃回西班牙。不过幸好哥伦布及时得知了这些人的阴谋，他们才未能得逞。阴谋分子的计划败露并未让哥伦布就此安心，他怕类似的事情还会发生。为了解除不满的情绪，唯有设法早日发现大量的黄金产地，否则，此类事情仍难避免。

3月，哥伦布率领一批精壮的部下到希巴奥附近的山区去勘测，看看到底有没有整块的黄金，他们一路披荆斩棘，翻山越岭，历经无数个陡峻的山峰和深谷，可是除了溪流里充满了耀眼光芒的金沙外，并没有发现成块的黄金。

当他们经过一座土著的村落时，土著们拿出金沙来和他们交换物资。其中一位年老的土著告诉他们说，在对面，隔海相望不远的海岛上出产大量的黄金，从老者比画的手势看来，他所说的应该不是颗粒状的金沙，而是很大的金块。

哥伦布极为兴奋，他以为黄金之国就在眼前了。一回到伊莎贝拉市，他就立即率领船队出发。临行前，他向弟弟迭戈交代：“下一个目标是探寻日本，现在我马上要出航了。在我出海期间，这里的一切就交给你了。这些贵族们，骄横跋扈，你要小心应付，凡事忍让，尽可能不要跟他们发生冲突。”

4月，哥伦布率领三艘船从伊莎贝拉出发，经过几个月的探险航行，终于又看到陆地，但他这次并没有到达日本，却发现了牙买加岛。