作为一个史官，司马迁对任何事情，都会很传统、很职业性地保持冷静、客观的态度。他在皇帝身边，亲眼看到李陵未败前，士兵回来报军情及最初传来捷报时，朝中公卿王侯的一片奉承歌颂之声。等到李陵投降的消息传来，汉武帝一怒，他们就开始一个个怪罪李陵的不是，没有一个人敢挺身而出，为李陵说几句公道话。

富于正义感的司马迁对这种冷暖不同的场面感到极端的不满。

司马迁和李陵的关系，前面我们提到过一点，两人算是同事，李陵的祖父李广及叔父李敢，在司马迁担任郎中令时可能是他的上司。司马迁应该对李氏三代都很熟悉，但两个人可能并没有多么深入的交往。司马迁说，他和李陵性情志趣并不相同，从来也没有把酒言欢过，“素非相善也”。只是李陵的浪漫作风应该是司马迁一直心向往之的。他们之所以不熟，除了性情志趣不同之外，大概李陵也像李广一样“悛悛如鄙人，口不能道辞”，不善于交际吧。

这种微妙的情感，继之以冷静的观察，关于李陵败降案，司马迁认为，一个做臣子的能够不顾自己的一生之计，而赴公家之难，这已经是很不寻常了。现在因为某件事情一时不当，那些只顾自己的公卿大臣就马上毫不留情地加以批驳构陷，司马迁觉得非常痛心。

李陵只不过带了5000步兵，就敢深入戎马之地，足踏匈奴王庭之所在，这好比是将自己当饵送入虎口一般，如此危险，但他却能和多出好几倍的强敌连战十几天，杀敌数千。匈奴的部落首领都为之震动，聚集所有骑兵，倾举国之力围攻李陵。李陵转战千里，战到箭已用完，路已不通，可是仍未见一兵一卒的救援，士卒们虽然负伤呻吟，只要李陵高声一呼，他们无不奋起继续抗敌，泪水和着血水，张着空弦，冒着白刃，和敌人死拼。

在司马迁的印象中，李陵事亲至孝，与人交往讲究信实，在取予财物时都合乎正义，对人有礼貌，而且恭俭谦让。常想奋不顾身以赴国家之急，这样一个人竟落得如此下场！

司马迁古道热肠，实在按捺不住想为李陵说几句话。可是太史令官职不高，满朝文武鸦雀无声，哪有他发言的余地？司马迁眼见汉武帝自李陵败降的消息传回来后，“食不甘味，听朝不怡”，实在于心不忍。他认为自己如果说明了李陵的为人，除了可以为李陵洗清冤屈，也可以宽慰汉武帝的心。

终于机会来了，可能因为司马迁是近臣的关系，汉武帝“习惯”主动询问他的意见。他抓住机会对汉武帝说：李陵素来与士大夫交往，遇有好东西绝不争先，要分东西也绝对分得比别人少，像他这样的人．才会有人愿意为之效命，古时候的名将也不过如此了。再说李陵也并不是真的投降，观其意, 一定是想等待适当的时机，将功补过。现在，他败降于匈奴是无可奈何的事，但话说回来，他重创敌人的战果，也足以表彰于天下了。

本来，司马迁准备好了很充分的说词，想把事情的可能真相一一加以分析，尽量排解汉武帝心中的郁结。谁知他刚开始表示对李陵的同情，汉武帝就为之震怒。

这次对匈奴战争以李广利为主力，李陵的任务是牵制兵力。李广利率兵出酒泉，击右贤王于天山（今新疆吐鲁番或哈密一带），斩虏万余人，战绩不错，可是回程时却被匈奴包围，好几天没有粮食，死伤甚多，后来还是赵充国带壮士百余人英勇突围，李广利才率兵跟着逃出来，当初的三万骑回来时只剩下三四成了。与李广利相比，李陵以区区五千步兵，深入敌境，与单于相抗衡，斩敌数千，这战果显然在李广利之上。

李陵与李广利的对比，天下人都看在眼里，汉武帝之前关于军队配备和有关部署方面的安排无疑与这种对比形成了巨大的讽刺。汉武帝可能有点心虚了，不然不会司马迁一为李陵求情，他就恼羞成怒。汉武帝甚至没听司马迁讲完那一番话，就下令将他交给理官（狱官）审理。

于是，司马迁下狱了！这时是天汉三年，即公元前98年，李陵败降匈奴发生在前一年的冬天。

不久，如前所述，汉武帝经过一段时间的冷静思考之后，醒悟到李陵之所以战败军没是因为没有后援的缘故，他也终于在心里承认是自己当初的安排有些失当。汉武帝派遣特使去慰劳了李陵军最后逃回边塞的400名士兵。

不过，司马迁的“罪嫌”并没有因此而消失，他仍在狱中等待着判决。汉朝有不少酷吏，尤其汉武帝时，借重法家开源，严厉控制人民以防叛乱。酷吏们在汉武帝的支持下，往往滥杀无辜、逮捕平民，一杀就是几百人，甚至一次诛灭千余家，有时候朝中大臣也难逃毒手。在这种情况下，不论司马迁被关在哪个监狱，他的处境都十分凄惨。怪不得他在《报任安书》中提到狱吏时说：“见狱吏则头抢地，视徒隶（狱卒）则心惕息（害怕喘息）。”实在令人不忍！

本来，汉武帝已经认识到了自己的错误，李陵和司马迁应该很快就可以平反昭雪。可是很不幸地，第二年又发生了一个天大的误会，这个误会使得司马迁和李陵的命运急转直下。天汉四年，即公元前97年，春天，汉武帝命公孙敖率军深入匈奴，迎接李陵归国，显然汉武帝此时对李陵已完全改变了态度，司马迁迟迟未被定罪与汉武帝的这种转变也有关系。这个行动如果成功，对司马迁的判决也会产生良好的影响。可惜，公孙敖无功而返，还带回了一个致命的消息，说他从捕得的俘虏口中得知，李陵正在为匈奴练兵。

这个消息将汉武帝气得头昏眼花，他在暴怒之下抄了李陵的家，将其母弟妻子全部诛杀。司马迁随后被判为“诬罔”之罪，所谓“诬”就是无中生有；“罔”，就是欺。“诬罔”也就是欺君之罪。司马迁为李陵辩解时说李陵之降是想等机会建功，可是公孙敖带回的消息全然不是那么回事，汉武帝新“恨”旧“怒”一齐迸发，就判了司马迁欺君之罪。按照汉朝法律，诬罔是死罪。

那么李陵到底有没有为匈奴练兵呢？事情的真相在几个月后才被弄明白。在匈奴，李陵痛苦而困惑地询问一位汉使者：“我为汉率步兵五千，横行于匈奴，以无援而败，我何负于汉？为什么被满门抄斩！”

使者把原委告诉他，李陵这才恍然大悟，原来他又被误会了，为匈奴练兵的不是他，而是另一个叫李绪的汉朝降将。一字之差，使李陵遭受了人间最悲惨的境遇！他愤怒地派人把李绪杀了，但当时李绪在匈奴地位很高，单于的母亲听说李绪被李陵派人所杀，就想逮捕李陵。幸好单于惜才，把李陵藏到了北方，后来单于的母亲去世，李陵才又回到单于王庭。单于对李陵甚为礼遇，把女儿嫁给他，立为右校王。从此，李陵断了归汉之心，胡服胡语，永为异域之人。他恨汉朝斩其满门，他说：“老母已死，虽欲报恩将安归？！”

这个真相传回汉朝时，已经60岁的汉武帝发觉自己又错了。

这年秋天，朝廷公布了一条法令：“令死罪人赎钱五十万，减死一等。”

汉武帝的那批财经专家为了加强国家的财政收入，搞出一些卖官鬻爵、捐钱赎罪之类的措施，本不足为奇，只是这命令公布的时间有些巧合，难道是为了司马迁而设的？有研究者认为很有可能。

50万钱究竟是多少？大概相当于现在的5斤黄金。这是一笔不小的数目，何况司马迁和父亲司马谈一直在太史令任上，俸禄有限，并没有积攒下什么财富。转向亲戚朋友求援，结果竟是“交游莫救”“左右亲近不为壹言”，谁敢为一个因触怒皇帝而被判刑的罪犯出钱出力？谁又敢保证帮了他的忙以后，不会惹祸上身？

这条法令看似给了司马迁一线生机，其实对他根本没什么用。摆在司马迁面前的只有三条路：一是自杀以免受辱；二是接受死刑；第三个是仅存的最后一条生路——受腐刑以免死。这条法令最早见于50年前的汉景帝时代，汉武帝时仍沿用。