雍正认为：科甲出身的人营私作弊，还不如用非科甲出身的人，因为前者狡诈隐秘，互相袒护，不易识破，而后者即使作弊也容易暴露出来。所以他表示一定要把官场中科甲人的“唐宋元明积染之习，尽行洗涤”。

谢济世参劾田文镜的事件，引起了雍正对科甲人结党问题的重视，因此在处置谢济世后，他就以“科甲”朋党事，晓谕汉人中科举出身的官员。他说，“你们这些汉人，出于同年和师生的关系，结党成风。平时紧密地联结在一起，有事时就互相袒护，拉关系，求人情，违背公家的利益，包庇私人。这种坏风气，已愈来愈严重。”他严厉警告说，本朝选拔贤能不止一个来源，不像明朝以任用科目出身的人为唯一途径，如果科目出身的人徇私结党，互相排挤倾陷，一定要扰乱国政，肆行无忌，那么“朕为纪纲法度，风俗人心之计，岂肯容若辈朋比妄行！必致尽斥科目而后已”，“即有议朕为不重科目者，朕亦有所不恤。”这里，他明确提出了反对“科甲”朋党的重大任务，并表示了不惜废除科举取士制度的坚强决心。雍正为什么如此痛恨“科甲”朋党呢？雍正认为：科甲出身的人营私作弊，还不如用非科甲出身的人，因为前者狡诈隐秘，互相袒护，不易识破，而后者即使作弊也容易暴露出来。所以他表示一定要把官场中科甲人的“唐宋元明积染之习，尽行洗涤”。雍正深知乎甲人的朋比党援，是唐宋以来的千年积习，为害甚大，不清除不得了，因而再一次强调了反对“科甲”朋党的任务。

由于雍正深知科甲习气的巨大危害，因此他在用人时，特别注意其是否有这种陋习，并且在密折中时时以此警诫大臣。雍正六年十一月，他在广东布政使王士俊的奏折上批示说：“第一涤除科甲袒护之习为要务！”雍正七年一月。在福建巡抚刘世明的折上朱批说：“赵国麟一片忠诚，人品端方，但恐不免科甲向来习气，当留心细看。”同年二月给广东巡抚傅泰的谕旨说：“陶正中、于其珣恐蹈科甲陋习，当留心试用。”同月杨鲤奏折朱批：“王蓦乃一干员，但虑其科甲习气未除，……”同年四月给赵国麟的谕旨：“尽力屏去科甲朋比、因循委靡、袒护沽誉诸陋习，朕所教诲指示者，只此一语而已。”

为了惩治科甲陋习，雍正采取了擒贼先擒王的办法，有意识地打击科目领袖。惩治李绂是一明显例子，压抑打击吏部尚书、云贵总督管云南巡抚事杨名时，则是又一典型事例。

杨名时，江南江阴人，为理学家李光地的得意门生，康熙三十年进士，在读书人中享有很高声望。他历任翰林院检讨，顺天学政、直隶巡抚、贵州布政使、云南巡抚等职。雍正在给云贵总督鄂尔泰的朱谕中，称其为“有名人物，汉人领袖”，说自李光地等死后，海内如杨名时这样的人已经很少了。朕今惩治科甲恶习，他挺身而出充当领袖，依仗他历来的声望，一定会因其素有包庇同党的积习，违抗朕的旨意，即使张廷玉、朱轼等现任大学士，也都因为他是前辈而敬服和尊重他，因此若不惩治他，“恶习万不能革”。

雍正四年，杨名时在写题本时，误将密谕写入，遭到雍正严厉谴责。雍正五年闰三月撤销他的职务，命他暂署云南巡抚事务。这时杨名时奏请用盐务盈余银两修浚洱海河道，雍正对此大加责难，说他即将离任之时，才有这种请求，是为了给自己在地方上留下一个好名声；他提出请求时不用秘密的折本，而用不保密的题本，是想要使人人皆知，以博取赞誉；他不愿把好事留给后任，只为自己沽名，所以他“但知有己而不知有人，并且不知有君，尚得（面+见）颜自命为读书人乎？”雍正还说，他既想讨好地方，就命他自己出资修理洱海河道，他死后，就让其子孙继续承办，使天下的人都知道沽名钓誉之徒不但自己一身获罪，而且还会连累子孙。

同年秋天，新任云南巡抚朱纲参奏杨名时任内亏空钱粮仓谷，雍正说亏空应当是布政使常德寿的事情，但杨名时对他不加弹劾，是乐于自负其责任，就勒令他赔偿，而不与常德寿相干。还责备他“存心卑鄙，无耻之极”，只知道谄媚地方上的官民，而对于民生之好坏，吏治的得失，全不过问：又一味袒护科甲出身之人，颠倒是非，在任七年仅参一个进士出身之知县，这是“只图一己之虚名，而不知纲常之大义。”

次年正月，雍正令杨名时进京，并为此特谕地方官民，在杨的行程中，“应相率而贱辱之”，不许以礼接待，不许为他呜不平，不许造作谤语、揭帖。“倘仍有为其盅惑，而礼貌附合之者”，命云贵总督鄂尔泰查拿究治。可见，雍正是蓄意要打击杨名时，借以压抑科甲出身的官吏。

雍正为了防止科目人垄断仕途并堵塞“科甲”朋党所由产生的途径，还采取了以下三方面的组织措施：

大开捐纳之门，以捐纳人员与科目人员并用。雍正五年六月，他颁发上谕说，近来科目出身的官员中，不但有许多因循苟且的人，而且贪赃枉法的人也不少，至于师友同年之间拉关系，求人情的风气，更是到处都有，牢不可破。如果做官的尽是科目之人，那么他们彼此勾结，损公营私，对于国计民生的危害就非常大。“古圣人立贤无方，各途皆有可用之才”，因此，今后除道、府、同知等大官不准捐纳，其余通判、知州、知县及州同、县丞等官都应准许捐纳。

改变科道、吏部官专用科目出身者的旧例。清朝旧例，给事中、御史和吏部司官，都是从科甲出身的人中选任。雍正认为这样容易产生科甲党援的弊病，而不能收用人的良好效果，因而下令改变这一办法。经王公大臣们议定，今后凡这些官员出缺，不一定非从科甲出身者中选拔，而应不论科甲、贡（生）临（生），但择其中勤繁练达、立心正地的人补充。

规定师生回避和科甲陋习徇庇处分等条例。在封建时代，历朝对官员的任用都有许多的规则，但从来没有过师生回避的条例。雍正七年，御史阎綋提出了外任回避的各种条款，雍正因而命令知府、知县若为师生，自应回避，司道以下谊关师生者应申报督抚，督抚中有者应报吏部备案，以便于监督。随后，吏部又定出师生陋习徇庇处分条例，规定若师生馈送徇庇，道府对州县失查，督抚、两司对道府失查，都要加以议处。雍正希望通过这些制度和措施，能够收到防止科甲官员结党营私的流弊。

雍正惩治科目，一再指责科甲恶习，除了朋比党援以外，还有许多重要内容，雍正认为朋比党援，徇私废公，扰乱朝政；宽仁善柔，沽名钓誉，不务实政；因循苟且，不思进取，政务废驰等都是科甲出身官员的恶习。而雍正是一个力图革新康熙末年废弛的政治，“振数百年的颓风”的君主，为此他主张兴利除弊，反对因循苟且；强调忠君，反对朋党；主张为政务实，反对沽名钓誉；主张政尚严猛，反对为政宽仁。科甲朋党的种种习气，和他的政治思想正好针锋相对，两者犹如水火，是完全不相容的。所以，雍正在雍正七年十月说：“朕早夜孜孜，欲使万民各得其所，措天下于长治久安，何事不加整顿厘饬，务令秩然就理，岂容尔等科甲中党援积习，为世道民生之害，而不望其翕然丕变乎？”在这里雍正把反对科甲朋党的恶习同他施政的目标和方针之间的关系，说得非常明确了。科甲朋党恶习是他贯彻其政治纲领的大敌，这就是雍正所以要不遗余力地打击科甲朋党的真正原因和实质。