1791年12月4日晚，莫扎特的家人和朋友们为莫扎特演唱这首《安魂弥撒曲》，他已经病得无法在钢琴上弹奏它了。

当他们唱到“悲惨曲”时，莫扎特开始呜咽起来，很快地就神志模糊，全身僵硬了。他们赶紧派人请来一位牧师。由于牧师不认识这位作曲家，所以很勉强地前来为他主持临终的仪式。

第二天凌晨大约一点钟，莫扎特在距离他三十六岁生日还差一个月零二十二天的时候离开了人间。

尽管有人作过很多研究，但他的真正死因始终未能确定。有一段时期，人们说他是精力消耗殆尽，但据现代科学推测，可能是因为尿毒症或是急性关节风湿症，也有可能是两种病的并发。

康丝坦兹受不住打击崩溃了，由斯维登代办一切葬礼。殡葬采用最便宜的一种形式，只不过勉强保有一点尊严而已。莫扎特被和另外二十具尸体合葬在一座没有标识的公墓中，举行了简单的丧葬仪式。这样做除了为节省金钱外，也是为了避免莫扎特生前讨厌的虚饰和迷信。

教堂里只有三个送丧者：斯维登、苏斯迈尔，以及被世人传说下毒害死了莫扎特的萨列瑞。他们都没有送遗体前往公墓，据说是因为当时的天气不太好。

与莫扎特这样凄清的葬礼形成鲜明对比的是三十六年后贝多芬的葬礼，当时有两万名维也纳人跟随在贝多芬的遗体后面，一直送他到最后安息的地方。

莫扎特去世以后，他的音乐几乎立即受到全世界的注意，其实这些早在他活着的时候就应该受到关注。莫扎特的遗孀康丝坦兹举办了一连串的莫扎特作品音乐会，以筹措她自己和两个孩子的生活费。莫扎特死后还留下三千元银币的债务，相当于他两年的薪水加上三部歌剧的报酬，不过这笔债很快就还清了。死亡提高了莫扎特的名声和他的音乐在金钱上的价值，提高的程度几乎无法衡量。

1798年，欧洲最著名的音乐出版公司宣布出版莫扎特的全部作品。以前，尽管利奥波德和莫扎特多次要求，但这家公司始终拒绝出版他的任何作品。

康丝坦兹的运气似乎也好转了，她认识了一位丹麦外交官，他叫乔治·范·尼森，对莫扎特音乐的爱好使他们结合在一起。1809年，他们结婚。之后夫妇二人在哥本哈根停留了一段时间，最后定居在萨尔斯堡。在这之前，丧夫寡居的南妮尔也搬到了这座城市，以教授钢琴为生。可是姑嫂二人并没有什么来往。南妮尔在1829年去世，享年七十八岁。康丝坦兹则于1842年七十九岁时去世。

1828年，关于莫扎特的第一本传记出版，他的作者正是康丝坦兹后来的丈夫尼森。

到19世纪，莫扎特的歌剧以及他的音乐，受到了广泛的认同和喜爱。首先是在音乐家之间，后来扩展到一般大众。他的音乐总是能给人不同寻常的力量，后来的一位作曲家临终时说：“不朽的莫扎特，多亏了你，我才能在走完这一生以前，深深受到震撼，也才能在离开人世以前，深刻地觉得自己曾经爱过人。”

1861年，维也纳市在一个可能是莫扎特坟墓的地方竖立了一块纪念碑。那是一根维多利亚时代式样的柱子，形状不算好看，边上有一位哭泣的天使。