1787年4月，萨尔斯堡传来消息，利奥波德患病。莫扎特马上写信问候父亲的健康，在祝福他早日痊愈后，莫扎特又将他对死亡的看法说给父亲听，这种看法很大程度上是受到共济会的影响而形成的。

当我们深加考虑后，我们会将死亡看做生命的真正目的；既然如此，我已经结识了这位人类最好而且最忠实的朋友。

当时，莫扎特的一位好友刚刚去世，“只有31岁，和我同年。我并不为他悲伤，却打从心底为自己可怜。”

他在信的最后请求父亲千万不要对他隐瞒病情，以便他能“用人类最快的速度来到您的怀中”。这是莫扎特给父亲的最后一封信。

三天后，一位郁郁寡欢而且衣着寒碜的十七岁少年来拜访莫扎特，他从波恩来，渴望向这位有名的作曲家学习。莫扎特为了测验他的音乐才能和创造力，叫他即席作曲。这对一个十七岁的少年来说，无疑是十分苛刻的要求。

据说，莫扎特曾向他一位朋友说起过这个少年，莫扎特断言：“他总有一天会带给这个世界一些东西。”莫扎特的预言后来实现了，这个少年的名字是路德维希·凡·贝多芬。

两个星期后，年轻的贝多芬就赶回波恩照料他病重的母亲，直到莫扎特去世后，他才回到维也纳。两个绝世的音乐巨匠在彼此平行线一样的生命中就相交过这一次。

5月底，莫扎特接到六十八岁的父亲病逝的消息。

南妮尔不知是出于什么样的原因并没有马上告诉莫扎特这件事，等莫扎特知道的时候，别说是见父亲最后一面，就是参加父亲的葬礼也几乎成了不可能。

贝多芬

不管父子之间之前存在着怎样的尚未消除的不快，这一刻莫扎特心里记着的都是父亲对他的爱和好。那些记忆流水般涌入莫扎特的脑海，他对父亲的逝世感到十分悲恸。尽管父亲有些缺点，幼稚而且喜欢吹毛求疵，但是他活在世间时，他为他的儿子做了自己能做的一切，指导、支持、宣传，以及树立偶像。

稍晚时候，与莫扎特有着良好关系的他的医生也去世了。

这两件接连发生的事情使莫扎特很悲伤，但是他似乎也从其中感悟到了更符合天主教徒的关于死亡的观念，他写道：“他们现在安息了！但愿我们能高兴地在另一个更美好的世界里再度看到他们，只可惜在那之前，我们是绝不会得到安息的。”

利奥波德死后不久，莫扎特和他姐姐的关系也就断绝了。在莫扎特去世之后，南妮尔曾将莫扎特早年的很多详细资料交给第一个为他写传记的人。关于1781年以后的情形，她告诉那个人：“你必须到维也纳去查询。”

10月，莫扎特和康丝坦兹前往布拉格，为他即将完成的新歌剧的演出做些准备工作。歌剧在排演时遇到很多困难，因为莫扎特的作品极为复杂，而且在歌唱、演奏方面发生了问题。好在它们都被一一克服和解决。