明代时，在元代偃旗息鼓的南曲戏文重新崛起，再次出现在戏剧舞台上。东南几省及上海地区的南戏发展兴盛。因受当地语言的影响，相继演化出不同腔调的南戏腔种来，并以迅猛的速度向南北各地扩张。因各地方的语言和音乐特色有所不同，南戏的声腔唱法也呈现更加多样化的花式，由此产生了不同唱腔的南戏变体，共有15种：余姚腔、海盐腔、弋阳腔、昆山腔、杭州腔、乐平腔、徽州腔、青阳腔（池州调）、太平腔、义乌腔、潮腔、泉腔、四平腔、石台腔、调腔。其中昆山腔、弋阳腔影响最大。

昆山腔又简称“昆腔”，诞生于元末明初。元代末年，南戏在江苏昆山重新兴起。南戏演艺中原有的乐曲和当地的民间曲调互相结合，形成了富有当地特色的声腔。戏曲家顾坚在此基础上继续推动两者的融合，使这一独具特色的声腔在当地得到了长久的发展。因此顾坚被视为昆腔和昆曲的创始人。

昆腔的进一步改良和繁盛发展，有赖于明代戏曲音乐家魏良辅。

嘉靖后期，繁荣的经济使得江苏成为当时的戏剧中心。著名乐曲家魏良辅周游江苏，钻研流传于昆山一带的传统戏曲唱腔。他“以文化乐”，不满足于南戏原有的声腔，又被昆腔通俗、婉转的音乐特点所吸引，于是联合了昆山地区的音乐家、戏剧家等对昆腔进行改良。改良后的昆腔吸收了当时流行的海盐腔、余姚腔及江南民歌小调的某些特点，加入了三弦、提琴、笛子、洞箫等管弦乐器，具有细腻婉转的特点。因为它是经由许多人共同钻研精造的，下了一番“水磨功夫”，又被称为“水磨调”。

水磨调演唱中按照字的声音来发腔，以昆山腔的语音确立南北曲调的宫调旋律，“启口轻圆、收音纯细”“转喉押调”“字正腔圆”，这种融南北曲为一体的唱腔就是现在的昆腔。在音乐结构上，昆腔同时吸收了杂剧音乐的严谨性和南戏音乐的灵活性，使一折戏中若干曲牌既有宫调的变化，又依照一定的宫调运用法则来加以规范，戏剧中的音乐更加丰富，所呈现的人物表演更加生动。

昆腔优美的曲调和丰富的戏剧音乐特色征服了广大民众，尤其是在戏剧家梁辰鱼用该唱腔演出《浣纱记》后，这一腔调更是得到了迅速传播。在明代万历以后，昆腔更是成为“官腔”，很多传奇剧本都是为了昆腔演出而写的。这些以昆腔为主要唱腔的戏剧，被称为“昆曲”。昆曲在明清两代盛极一时。

明初对杂剧的限制

1368年，明王朝建立。开国皇帝朱元璋出身于贫苦农民家庭，他深知“民急则乱”，农民力量能够颠覆一朝政治。因而为了安定社会，他十分注意通过在经济、文化、政治等方面宣扬封建伦理道德。在他一手钦定的《大明律》中，就明确规定严格禁止在戏剧中涉及古代圣贤、明君帝王、忠臣义士等内容。否则轻则“杖百”，重则连知情的官员也要担责。