张居正废书院不是明帝国历史上的第一次，也不是最后一次。朱厚熜在位的1537年和1538年，两次下旨废天下书院，张居正是第三次，1625年，朱由校政府又第四次下令废天下书院。朱厚熜和朱由校废天下书院不必说，张居正废天下书院的政治目标是清晰的：统一教育机构，不要又有学校，又有书院。这是有一定政治见解的，这种政治见解贯穿了他的执政始终，罗汝芳就是张居正这一政策的见证者。
罗汝芳，1515年生于阳明心学的圣地江西，1553年中举，和张居正建立了深厚的友谊。据说罗汝芳年轻时曾刻苦攻读朱熹理学，无论如何都搞不通，最后病倒在床，家里请了无数名医，都无法使他痊愈。后来他老爹给了他一本《传习录》[5]，结果他看了几页，马上生龙活虎。但他已不可能去向死了的王阳明学习，只好寻找阳明心学的真正传人，于是他找到了心学左派大佬颜钧。
颜钧见他很有可塑性，就把对阳明心学的认识告诉他：人的天赋道德观念是永生不灭的，人只要发扬这种道德观念就可以了，所以，人们的道德修养根本不必从“去人欲”入手。
罗汝芳听后，欢喜得手舞足蹈，在长期的修行和参悟中，他渐渐得出了自己的心学思想：人的目视、耳听、饮茶、吃饭、早起、夜寐、相对、问答，以至于眼珠的转动、肌肤的痛感，无一不是“良知”的作用和表现。由于人人都有良知，只要具备了一个肉体的形躯，就有了做圣人的条件，不用学不用虑，就可以造就“良知良能”。
这也就是说，朱熹规定的，甚至是王阳明规定的那些“省、察、克、治”的“去人欲”手法实属多余。再向大了说，国家那些控制人思想和行为的一些毫无天理的法律也是多余的，甚至大错特错，应该取消。
罗汝芳在安徽太湖县做县令时，的确做出了一些成绩。张居正曾写信给他说：“您在太湖县‘所治是信心任理，不顾流俗之是非’，不愧是罗汝芳啊！”但他话锋一转，“王阳明说信良知后还应该去行，否则就不是致良知。我觉得无论是学问还是为政，都该落到实处。我听说你在太湖县搞无为，上级政府下的条文，你认为不可就不执行，你认为可就下令执行，却从不去检验结果，这是不对的。”
后来，罗汝芳又被调到安徽宁国府做知府。张居正又去信说：“真儒者必须要明白‘体用’，‘体’实际上就是学，行乃学之‘用’，所以学最终必须落实到用上。”
罗汝芳对张居正的教导很不以为然，回信说：“阳明先生也说过这些，无非是知行合一。”
张居正又回信说：“阳明先生的知行合一意蕴相当广泛，举凡孝顺父母、和朋友相交等等日常之事都在知行合一之内，而我所说的知行合一，指的就是处理政务方面。”最后他很委婉地说了这样一句话，“非知之艰，行之惟艰，惟德其念也。”意思是，阳明学固然很好，但必须将其落实到从政的实际行动上并见出行政实效，才算是真的知行合一。
表面看，张居正所说的知行合一也是在王阳明知行合一范畴内的，其实还有区别。王阳明当然主张知行合一需在从政上体现，但他是教人和育人并行，也就是说，地方长官不仅是个行政官员，还要是个老师，不仅要落实政策，还需文化育人。张居正却认为，地方长官只要做好身为长官的职责就可以了，不要越位，不可有出位之想，教育并不是长官的事，甚至可以说，对百姓的教育可有可无。因为一个地方长官倘若通过讲学等各种方式，为百姓启蒙，那后果不堪设想。
罗汝芳恰好身兼二职，既是行政长官又是老师。
张居正当国后，罗汝芳恰好回京城述职，两人多年不见，显得分外亲密。张居正问他：“最近在读什么书？”
罗汝芳回答：“《大学》和《论语》而已。”
张居正默然，许久又问：“可认真研究国家政策否？”
罗汝芳淡淡地回道：“一直在为讲学做准备，还未来得及研究。”
张居正心里冷笑：什么叫为讲学做准备，这么多年来你在地方上一直就在讲学，还用准备吗？
两人的谈话虽未不欢而散，但张居正已决心不会重用罗汝芳，然而他毕竟还是朋友，所以派他到山东东昌担任知府。三年后，张居正听说罗汝芳在东昌成为儒家高级培训师，气恼之下，再把他调到荒蛮之地的云南，那里政务不繁，百姓愚昧，离政治中心很远，正好发挥他的讲学才能。
罗汝芳很不高兴，在云南待了几年后，讲学成果不错，但影响力不足。他最想讲学的地方是帝国的文化中心北京。1577年，罗汝芳回京述职，对张居正发出抱怨，说他想回京城。张居正知道他心怀不轨，所以给他画大饼：再在云南待三年，马上把他调回京城。
罗汝芳心花怒放，收拾行装就要回云南。可北京知识分子太热情，非要留下他讲课。罗汝芳心里发痒，却碍于张居正的关系，先是婉拒。北京知识分子们非要把他逼上绝路，三番五次来请。罗汝芳终于动心，但有个条件：离京城远一点。
这简直小菜一碟，众人就把他拉到北京远郊门头沟的广慧寺里。罗汝芳一发不可收，连讲三天，分文不取。
消息马上传开，张居正得到消息后，暴跳如雷。他说：“罗汝芳在外地讲，我眼不见心不烦也就罢了，现在居然跑到我眼皮底下讲上了。”
他对朱翊钧说：“按制度，罗汝芳述职完毕就该马上回云南，可他却擅自在广慧寺讲学，应将他革职。”
朱翊钧同意。罗汝芳就这样被革职，直到张居正死后才被启用。张居正对这位老朋友可谓是翻脸无情，毫无商量可言。这当然缘于罗汝芳讲学的内容。
罗汝芳说：“国家的纲纪法度就是桎梏，应该打碎它，砸烂它。”这显然是在挑战张居正持续不断推出的法令，张居正不可能容忍这种行为。