一个组织稳而渐六，就容易生出一些危害健康肌体的毒素，这没有什么怕，可怕的是对此视而不见。

和历代大胜者一样，康熙深知吏治的好坏关系着民生的安危，以及王朝的兴衰治乱，因而他把整顿吏治作为自己操纵的重大任务看待，对其倾注了大量精力，也取得了一定效果。与历代封建君主相比，康熙整顿吏治颇有特色，值得后人学习和借鉴。

康熙一贯认为：因为高级官员是低级官吏的表率，中央官员是地方官员的榜样，只要高级官员能够奉公守法，不违背作官的原则，低级官吏自会廉洁自律，即所谓“大法则小廉，源清则流洁”。因而他把察吏的着眼点放在高级官员身上，尤其是那些地方大员督抚等人，以及在京二品以上的大员。

早在康熙亲政前夕，内弘文院侍读熊赐履和御史余缙等人在遵照康熙求言旨意，条奏时弊时，就都指出了民间疾苦与督抚大员贪婪残暴之间的密切关系。熊赐履还就此建议，以后考察官吏时应把民生状况作为评价守土官吏称职与否的标准，进而以守土官吏是否清廉有为作为考察督抚大员优劣的标准。他们的奏议虽然没有涉及腐败问题的更深根源部院大臣，即那些可以利用所掌握的官员任免权与钱粮奏销权，向外官勒索贿赂的高级官员，却也十分中肯，所以给康熙留下很深的印象。因而康熙亲政后便十分重视对高级官吏的考察和管理。

起初，康熙对外官与京官勾结行贿纳贿之事多采取教育警告的方法予以禁止，结果陋习相沿不改，低级文武官员仍然借年节生辰名目勒索兵民以馈送督抚提镇司道等官，而督抚提镇司道等又苛索属员以馈送在京部院大臣等官。因此康熙始下令严厉禁止：今后有仍蹈前辙者，“事发之日，授受之人一并从重治罪，必不姑贷”。为割断督抚与部院大臣之间的非法联系，康熙特别规定：凡督抚司道官员与在京大臣各官，彼此谒见、馈送，因事营求，以及指派家人问候往来者，将行贿者与受贿者一并革职；即使官员本人不知其事也降二级，而且将经手此事的双方家人一并正法。

康熙对督抚与部院堂官营求结纳、分树门户、处理政事丢弃原则的弊端更是深恶痛绝。山西巡抚穆尔赛贪酷至极，臭名昭著。即当康熙听到传言向大学士、九卿等询问穆尔赛居官如何时，满洲大学士勒德洪等人竟不据实陈奏，反而为穆尔赛百般解脱，以免处罚。康熙听后大怒，将勒德洪等人降级处分，穆尔赛拟绞监候，秋后处决。康熙还发现，“河工诸臣，一有冲决，但思获利，不尽心堵筑，以致数年不能完工，费耗银粮无数”，其根源就在工部官员有意纵容。因此他亲自主持清查，历经数年，终于证实工部自尚书、侍郎以至分司官员，无不以勾结河工人员贪污河工经费为能事，实是一个大的贪污集团，于是分别予以惩处。由此他也进一步认识到查治部院大臣的重要性。他深有感触地对满洲尚书、侍郎等说：“天下百姓所依靠为生者在守令，守令是否贤良决定于布政使和按察使二司，而布按二司官是否贤能决定于督抚，督抚所为又决定于部院大臣。因此，如果部院大臣做事公正廉明，那么地方上自督抚以至州县官吏自然能成为勤政爱民的好官了。”

康熙把整顿吏治的重点放在高级官吏身上，应该说是有其普遍意义的。因为高级官吏身居要职，可以直接影响下级官吏，或带出一批清廉贤吏，或养成一群庸劣、枉法之徒，因此高级官吏决定着整个官僚队伍的好坏。而且他们往往还可以左右重大朝政，包括财政、人事、决策、立法等，决定国家能否按正常轨道行事。也正因如此，历代都把严格约束和考察高级官员作为整顿吏治第一要务来抓。