怀宗召集群臣商议，准备御驾亲征，这时有位大臣自请讨贼，此人乃大学士李建泰。李建泰是曲沃人，家境非常富裕。后来国库空虚，他自愿拿出私产犒劳三军，督师西征。怀宗非常高兴，立即赐给他上方宝剑。第二天，怀宗临幸正阳门，亲自为他饯行，并赐酒三杯。李建泰拜谢之后，乘车起程。都城里这时候已经没有什么精兵，李建泰只挑选了五百人，随他前行。大概走了一里地，只听“咔嚓”一声，轿子的抬杠忽然折断，险些把李建泰摔出去。李建泰吃了一惊，只好换轿出城。半路上，忽然接到山西传来的警报，说闯军已经攻入山西，连曲沃也被攻陷了。这一惊非同小可，李建泰这才后悔之前主动申请督师。忧愁之下竟然生了病，勉勉强强上路，每天只行三十里。好不容易到了定兴，官兵竟闭城不纳。李建泰率兵攻破，并笞责了地方官，住了几天之后，又转到保定。保定以西，贼寇蔓延，已经没有一片净土了。李建泰也不敢再走，只好在保定城中住着，坐以待毙。
李建泰出征之后，怀宗又命少詹事魏藻德、工部尚书范景文、礼部侍郎邱瑜入阁辅政。范景文的名气很大，可明廷走到这一步，他再有才也是无计可施。怀宗虚心召问，范景文只能拿些王道之类的话应付。这个时候，都城之外的警报一天有几十起。怀宗日夜批阅，甚至三更天的时候都会送御批到内阁。范景文等人也是通宵不得安睡。一天晚上，怀宗困倦得很，伏在桌案上休息，忽然梦见一个峨冠博带的人入宫觐见，还呈上一张纸，纸上只写着一个“有”字。怀宗正要问他，忽然被惊醒。仔细想了想，始终想不出这梦有什么征兆。第二天，和后妃谈到这件事情，大家无非是阿谀奉承，把大有、富有的话说了几遍。怀宗又去朝中询问大臣，大臣的说法也和后妃的一致。只有一名给事中上疏说：“有字上面，大不成大，有字下面，明不成明，此梦恐怕凶多吉少。”怀宗听了这话，还没看清楚是谁说的，山西、四川的警报已经接连递入，便将解梦的事情搁过一边。怀宗当下批阅军书，一封是李自成攻陷太原，巡抚蔡懋德及部下全部殉国，一封是张献忠攻陷重庆，杀死瑞王朱常浩，巡抚陈士奇及部下统统遇害。怀宗看一行，叹息一声，等看完军报，眼泪已经收不住了。大臣们面面相觑，不发一言。怀宗看着范景文说：“这都是朕的过失，你为朕拟诏罪己吧。”说完，掩面进到后宫。范景文领旨出朝，当晚便拟好罪己诏。这道谕旨虽然剀切诚挚，可惜大势已去，无可挽回。
张献忠从荆州来到四川，攻陷夔州，官兵百姓望风而逃。只有女官秦良玉带兵奋战，终因寡不敌众而战败。四川巡抚陈士奇本来已经卸职，还留驻在重庆。神宗的第五子瑞王朱常浩，从汉中前来避难。重庆被攻陷之后，瑞王、陈士奇等人全都被擒。指挥顾景也被贼兵抓住，他哭着对张献忠说：“宁可杀了我，也不要杀皇家的血脉！”张献忠恨他多嘴，竟然杀死瑞王，还把顾景和陈士奇一并杀死。这时候天空中忽然响雷，猛震了三声，有几个贼兵当即被闪电劈死。张献忠指着天高声痛骂：“我要杀人，与你何干？”说完命人抬出巨炮向天发射。随即大肆杀戮四川百姓，一时间尸体堆积如山。
张献忠接着攻入成都，杀死巡抚龙文光，以及巡按御史刘之勃。蜀王朱至澍是太祖第十一个儿子朱椿的九世孙，听说城池沦陷，就带着妃妾一起投入井中。张献忠命人屠城，有个人在临死前大声喊道：“小人姓张，大王也姓张，为何要同姓相残呢？”张献忠马上下令停刑。原来张献忠喜欢毁坏祠堂庙宇，却唯独不毁张文昌的祠堂，并说：“张文昌姓张，老子也姓张，都是一个祖宗。”还亲自写了册文，加封张文昌。这次被行刑的人，自己并不姓张，因为听到这件事情，才在临死前做这番尝试。也许是命不该绝，竟然得以活命。张献忠开科取士，得到一个姓张的状元，才貌绝佳。张献忠非常宠爱他，屡加赏赐。有一天，他却忽然和左右说：“我很爱这状元，一刻都舍不得他，不如杀了他，免得挂念。”随即将状元斩首。接着又召来几千名学生一并杀死。
张献忠入蜀之后，李自成也攻入山西，攻破汾州、蒲州，并乘势攻打太原。巡抚蔡懋德与副总兵应时盛支撑不住，与城池同亡。李自成接着攻陷黎晋、潞安，直达代州。这时候，一位大忠臣临危受命，血染沙场，他便是山西总兵周遇吉。他带兵驻扎在代州，听说李自成攻来，立即振奋精神，登城防御。双方相持了几十天，无奈城中粮食已尽，周遇吉只好引军出城，退守宁武关。李自成带兵赶到，在关下耀武扬威，并大喊五日不降的话，就要屠城。周遇吉亲自发射大炮，轮番射击，轰死几万贼兵。李自成大怒，马上驱赶难民上前挡炮，自己带着精锐，伺机猛攻。周遇吉不忍心射杀难民，就想了一条计策，密令士兵埋伏在城门口，自己率兵开关迎战。贼兵一拥而上，还没战几个回合，周遇吉就佯装败退，逃回关里，假装要关城门。正巧贼兵的前锋已经追入关内，周遇吉一声号炮，伏兵杀出。贼兵知道中计，不免忙乱起来，急急忙忙地退出关外，却已伤亡了几千人。李自成气愤至极，想再次去攻，还是牛金星劝他暂时忍耐，筑起长围，将城池围困起来。此计一行，城内果然支撑不住。周遇吉四处派人请饷增兵，各地监军统统袖手旁观。周遇吉料定难以久持，只好活一天，尽一天心，眼看着粮食吃完，还是死守不懈。李自成知道城里缺粮，就用大炮攻城，然后四面围攻，城池随即被攻陷。周遇吉仍然带兵巷战，亲手杀敌数十人，身中几十箭后晕倒在地上。后来被贼兵擒获，还剩一口气，却仍然痛声骂贼，当场被害。周遇吉的妻子刘氏，率领妇女在屋顶上射杀贼兵。贼兵纵火焚屋，全部被烧死在屋顶上。城中的百姓更是没有一人投降，全部被杀死。
李自成攻入宁武关后，召集众人商议：“大同、阳和、宣府、居庸全部都有重兵把守，不如暂且退回西安，再作打算。”牛金星、李岩等人也踌躇不定，只劝他留几天再作决定。这时却接到大同总兵姜瓖、宣府总兵王承允的降表，李自成大喜，立即率兵起程，向东而去。这时候，京城乱作一团，左都御史李邦华请怀宗迁都，并请太子朱慈烺到江南抚军，奏折递进去之后没有回复。大学士蒋德琅、少詹事项煜也请怀宗命太子到江南督军，李建泰又从保定上疏请怀宗迁都。怀宗下旨：“国君死社稷。朕只知道死守，不知道逃亡。”他封宁远总兵吴三桂、唐通以及湖广总兵左良玉、江南总兵黄得功为伯爵，召令他们勤王。唐通率兵前来保卫，怀宗命他与太监杜之秩同守居庸关。李自成来到大同后，姜瓖开门迎降，代王朱传济被杀。随后，宣府监军杜勋出城三十里，恭迎贼兵。巡抚朱之冯登城誓众，无一应命，只好向南叩头，缢死在城楼下。李自成**居庸关，太监杜之秩首先提出迎降，唐通也乐得附和，于是开关纳贼。贼兵立即攻陷昌平，焚烧十二陵。
襄城伯李国桢跑到宫里，报告怀宗。怀宗就召太监曹化淳募兵守城，并命王公贵戚捐献金银，以犒劳士兵。嘉定伯周奎是周皇后的父亲，家财万贯，经太监徐高哭着劝了很久，才答应捐献一万两银子。太监王之心捐献一万两，其他人各捐献几千两、几百两不等。只有太康伯张国纪捐出两万两。怀宗又从国库拿出二十万两银子充作军资。这个时候，已经没有守城的大将，都是太监主持军务。曹化淳又借口缺粮，所有守城的官兵、百姓每人只给一百钱，还要他们自己做饭，一时间怨气连天。城外的炮声响彻宫禁，李自成在彰仪门外设座。之前降贼的太监杜勋在一旁侍奉，并对城里面的人喊话，表示愿意入城觐见皇帝。曹化淳将他吊上城来，悄悄说了很久的话。杜勋大胆入宫，一再说李自成势力很大，皇上应该好自为之。怀宗喝令他退下。
曹化淳一心想着献城，干脆让守兵用空炮向外发射，只是放出些硝烟，还挥手让贼兵退远后才发炮。只有太监王承恩用铅弹实炮，轰死了几千名贼兵。兵部尚书张缙彦几次巡视都被曹化淳制止。张缙彦想到宫里奏报城门上的情形，却被太监阻拦。怀宗这时还不醒悟，仍然准备亲征，并召驸马都尉巩永固入内，让他派家丁保护太子南行。巩永固哭着说：“亲臣家里不得藏兵，臣哪有什么家丁？”怀宗让他退去。这时候，王承恩忽然跑进来说：“曹化淳已经打开彰义门，将贼兵迎进来了。”怀宗大惊失色，急忙命王承恩速召内阁大臣。王承恩刚刚出去，又有一名太监进来禀报：“内城已经沦陷，皇上速速起程吧！”怀宗急忙问他：“大营兵在哪里？李国桢呢？”那人说：“大营兵已经散了，李国桢不知去向。”刚说完“向”字，便三步并作两步跑了出去。王承恩回来之后，报称内阁大臣也已经散了。当时是深夜，怀宗就与王承恩步行来到南宫，登上煤山，望见远处烽火连天，不禁叹息着说：“苦了我的百姓了！”徘徊了一会儿，又返回乾清宫，亲自拿起朱笔写道：“成国公朱纯臣提督内外兵事，辅佐东宫。”写完后，命太监送到内阁。其实内阁中已经空无一人，太监只将朱谕放在桌案上，就匆匆离去。
怀宗又召周皇后、袁贵妃，以及太子、永王、定王入宫。原来怀宗有七个儿子，长子名叫朱慈瓖，已被立为皇太子；次子名叫朱慈焕，早年夭折；第三个儿子名叫朱慈炯，被封为定王。这三个儿子都是周皇后所生。第四个儿子名叫朱慈炤，封为永王，是田贵妃所生，还有五、六、七子，都已经夭折了。三个儿子奉召入宫之后，周皇后、袁贵妃也来了，怀宗对三个儿子草草嘱咐了几句，就命内侍分别将三人送往外戚家中。然后，怀宗又哭着对周皇后说：“你身为国母，理应殉国。”周皇后叩头说：“臣妾侍奉陛下十八年，陛下没有听过臣妾一句话才有了今日。如今陛下命臣妾死，臣妾怎敢不死？”说完之后，自缢而死。怀宗又命袁贵妃：“你也跟着去吧！”袁贵妃也叩头谢恩，寻死去了。怀宗又召长公主进来，公主年方十五，正在哭泣。怀宗流着泪对她说：“你何苦要生在我家？”说完，用左手捂住脸，右手拔刀出鞘，砍伤了公主的左臂，公主晕倒在地上。袁贵妃自缢复苏，又被怀宗砍伤左肩。怀宗接连砍死好几名嫔妃。然后对王承恩说：“你快去拿酒来！”王承恩将酒拿来之后，怀宗命他和自己对饮，连喝几杯。然后手持三眼枪带着王承恩等十几个人，去往成国公朱纯臣的府上。谁知门卫竟然闭门不纳，怀宗长叹几声，转到安定门，门又打不开。这时候，天已经快亮了，怀宗返回御前大殿，鸣钟召集百官，却没有一人前来，只好返回南宫。猛然间想起懿安皇后还在慈庆宫里，就对内侍说：“你去请张娘娘自裁，不要坏了我皇祖爷的体面。”内侍领旨而去，没过多久就回来说，张娘娘已经归天了。怀宗咬破指头，写下遗诏，藏在衣襟里。然后再次登上煤山，来到寿皇亭自缢而死，年仅三十五岁。太监王承恩与怀宗对缢而死，这一天是崇祯十七年甲申三月十九日。
李自成乘着乌骏马直入承天门，伪丞相牛金星、尚书宋企郊等骑马在后面跟着。李自成指着承天门的匾额说：“我要是射中‘天’字，必定能一统天下。”偏偏一箭射去，却在天字下面插住，李自成不禁愕然。牛金星连忙说：“中‘天’字之下，应当中分天下。”李自成这才高兴起来，扔掉弓箭进去，登上皇极殿，问后宫索要皇帝、皇后。直到第二天，才有人报告皇帝自尽的消息，李自成命人将尸首抬到东华门。只见皇帝披着头发，身穿蓝袍，光着左脚，右脚上穿着朱靴，衣襟中留有遗诏：
朕凉德藐躬，上干天咎，致逆贼直逼京师，此皆诸臣误朕，朕死无面目见祖宗于地下。自去冠冕，以发覆面，任贼分裂朕尸，毋伤百姓一人。
李自成又索要皇后的尸体，群贼从宫里面拖出。皇后身穿朝服，全身用线密缝，容貌如生。李自成下令用柳棺薄葬，葬到昌平。昌平州的百姓将她合葬在田贵妃墓中。
紫禁城沦陷的时候，宫中大乱，太监何新见长公主晕倒在地上，就与费宫人救醒公主，将她背了出去。袁贵妃也被别的太监救去。宫人魏氏大声喊道：“贼兵攻入大内，我们应该早作打算！”说完，跳了御河。跟着她一起死的宫女有一二百名。费宫人年方十六，德容庄丽，与公主换了衣服，藏在枯井里。闯贼入宫之后，四处寻找宫娥，从枯井中钩出费氏，带着她去见闯王。费宫人说：“我是长公主，你们不得无礼。”李自成见她美艳动人，就想纳她为妃妾。后来询问宫里面的太监，都说她不是长公主，就将她赐给爱将罗某。罗某大喜，带着费宫人出宫，费宫人道：“你要是能祭祀先帝，明媒正娶，我便跟了你。”罗某立即答应她的请求，举行婚礼。贼党前来道贺，罗某喝得醉醺醺之后才回来。费宫人又和他喝了几杯，罗某心里非常高兴，便和费宫人说：“我能得到你，真是心满意足。想写信谢谢闯王，又不会写文章，这可如何是好？”费宫人说：“这有什么难的？我来替你写，你先去休息吧！”罗某已经大醉，就昏昏沉沉地睡去。费宫人命侍女出去，独自挑灯坐着。等到夜深人寂，静悄悄走到榻前，听到里面鼾声如雷，就从怀中取出匕首，用尽生平的力气，刺入罗某的喉咙。罗某颈血直喷，三次跃起三次倒下，最终气绝身亡。费氏自言自语道：“我一个弱女子，能杀一名贼帅，也算不枉此生了。”说完，把匕首向脖子里一横，自尽了。