在明朝后期，欧洲天主教耶稣会士纷纷来华，基督教第三次传入中国，对中国社会尤其是在天文、地理、历算等实用之学领域产生了一定的影响。

万历十年（1582年），意大利籍耶稣会传教士利玛窦来华，抵达澳门。随后他学习中国语言，适应中国传统习惯，以西洋器物馈赠朝廷地方官员，为入内地传教铺平道路。万历十一年（1583年），利玛窦与传教士罗明坚进入肇庆，筑室传教。万历十七年（1589年），利玛窦迁居韶州，建立首座教堂。万历二十三年（1595年），又在南昌建立了第二座教堂，并从此改穿儒服，利用原始儒家思想解释天主教义，结交士大夫。万历二十七年（1599年），他在南京建立了第三座教堂。万历二十九年（1601年），利玛窦终于有机会前往京师入贡方物，明神宗钦赐官职，并敕准长期留居北京。到万历三十八年（1610年），利玛窦病死。而他所领导的中国传教会已经使两千多名中国人皈依了基督教。当时在华的还有欧洲神甫13人，澳门出生的中国修士7人。

在明代的两千多名基督教徒中，很多是上层显贵和官僚士大夫。据哈克所做的统计，在中国士大夫教徒中，除徐光启、李之藻、杨廷筠这些重要官员外，“还有一品官14名、进士10人、举人11人、秀才300人，皇室中还有许多教徒，受洗的人共有140多名。虽然他们在政府中没有职权，但他们是贵族门第，一定会产生影响。皇帝身边有40名内侍皈依基督教。这些信徒中，不管是官员还是文人，是王公贵族还是黎民百姓，他们对于自己信奉的宗教是虔诚的。”[63]万历年间，耶稣会士在中国建造的教堂有4处，它们分别在北京、南京、南昌和韶关。以上是明代耶稣会士在华传教的基本成果。他们取得如此传教成绩的原因，一是因为利玛窦本人博学多识，通过西洋学术打通向内地传教的道路，采取了适合中国传统与文化思想的传教方式；二是得力于明朝一些高级官员与士大夫特别是徐光启、李之藻和杨廷筠等人的支持和帮助。

万历四十四年（1616年），“南京教案”发生，南京教堂的神甫王丰肃、谢务禄、钟鸣礼以及23名教徒均被逮捕监禁。明神宗下旨禁教，耶稣会士们被“督令西归”，驱至澳门。耶稣会士在中国的公开传教活动至此告一段落。但是不久，一些传教士又悄然潜回内地，在中国教徒的掩护下秘密传教，直到明朝灭亡。

注释

[1] 《明孝宗实录》卷十三。

[2] 《明孝宗实录》卷八。

[3] 张瀚：《松窗梦语·灾异纪》。

[4] 青词，又称绿章，是斋醮时献给天神的奏章祝文。多为骈俪体，一般用朱笔写在藤纸上，因而得名。

[5] 沈德符：《万历野获编·进药》。

[6] 李诩：《戒庵老人漫笔·辟世俗释道》。

[7] 《明史·穆宗纪》。

[8] 朱元璋：《御制斋醮仪文序》。

[9] 在元代，正一天师的辖权仅限于统领江南诸路道教。

[10] 《明史·职官志三》。

[11] 《明通鉴》卷二十二。

[12] 《明史·佞倖传》。

[13] 陆容：《菽园杂记》卷八。

[14] 《明史·佞倖传》。

[15] 《道藏》第55册。

[16] 夏燮：《明通鉴》卷三十五。

[17] 王世贞：《名卿绩记》卷三。

[18] 《明史·食货志二》。

[19] 沈德符：《万历野获编·嘉靖青词》。

[20] 沈榜：《宛署杂记·民风一》。

[21] 《释氏稽古略续集》卷二。

[22] 葛寅亮：《金陵梵刹志·钦录集》。

[23] 《明史·姚广孝传》。

[24] 《明史·艺文志三》。

[25] 《明史·西域传三》。

[26] 《明史·单宇传》。

[27] 同上。

[28] 《明史·刘定之传》。

[29] 《明史·单宇传》。

[30] 《明史·刘春传》。

[31] 王颂蔚：《明史考证捃逸》卷四十二。

[32] 王士性：《广志绎·两都》。

[33] 僧道斋：《重修海会寺碑》。

[34] 陈垣：《明季滇黔佛教考·藏经之遍布及僧徒撰述第七》，引万历十年九月初一日《谕华严寺》。

[35] 《明史·孝定李太后传》。

[36] 沈德符：《万历野获编·释教盛衰》。

[37] 沈德符：《万历野获编·京师敕建寺》。

[38] 《明史·职官志三》。

[39] 文秉：《烈皇小识》。

[40] 陈垣：《明季滇黔佛教考·士大夫之禅悦及出家第十·王元翰》。

[41] 《明史·姚广孝传》。

[42] 陈垣：《明季滇黔佛教考·士大夫之禅悦及出家第十·王元翰》。

[43] 沈榜：《宛署杂记·僧道》。

[44] 刘日杲：《博山和尚传》，《续藏经》第1辑，第2编。

[45] 德清：《古杭云栖莲池大师塔铭》，《云栖法汇·手著》第13册。

[46] 茶马司，明代管理内地与藏族地区茶马交易的机构。明初设于秦（今天水）、洮（今临潭）、河（今临夏）、雅（今雅安）诸州。具体管理办法是，对各游牧部族，发给金牌勘合，规定他们按期到指定地点以马易茶。后来茶马司的设置有所变化，金牌信符制度亦遭废弃，但茶马交易一直进行不断。茶马贸易所得马匹是明代官马的重要来源之一。

[47] 《明史·西域传三》。

[48] 同上。

[49] 《明神宗实录》卷七十二。

[50] 哲蚌寺，建于永乐十四年（1416年），位于拉萨之西郊。第二、第三、第四世达赖喇嘛均在此坐床。寺庙殿宇宏大，曾有僧侣近万人。

[51] 王元翰：《凝翠集·与野愚和尚书》。

[52] 《公安县志·袁宏道传》。

[53] 袁宏道：《袁中郎全集》卷四。

[54] 《通制条格·杂令·禁书》。

[55] 《元史·泰定帝纪一》。

[56] 《元史·顺帝纪二》。

[57] 《平吴录》。

[58] 《明律集解附例·礼律》。

[60] 密藏：《藏逸经书》五部六册。

[61] 同上。

[62] 关于该事件的详细情况，可参阅《明史纪事本末·李福达之狱》。

[63] Huc，Abbe，Christianity in China and Tartary。转引自林金水：《利玛窦与中国》，133页。