1937年7月7日，七七事变爆发。

中日交战的枪声惊碎了几乎所有关心周口店发掘事业的科学家的美梦。洛克菲勒基金会资助的这项具有世界合作性质的考察计划，在艰难地持续了十个年头之后，终于降下了那曾照耀全球的帷幕。

根据中国地质调查所的建议，周口店发掘人员分批撤回北平。主持人员贾兰坡携化石标本率大部分科技人员先期撤往北平，发掘场地只留几名当地雇用的技工看守。

形势险恶，必须尽量避免可能的麻烦，因火车不能通行，贾兰坡一行人全部轻装上路，沿着西山北行，整整走了两天，天黑时分才抵达北平西直门。可这时的北平早已戒备森严，城门口的两边站满了二十九军的士兵，西直门也只开一道小缝，他们被盘问了好半天，才总算被放了进去。

守卫北平城的士兵与城楼上的枪眼

几天后的一个傍晚，杨钟健派人来到贾兰坡家，让他到协和医学院附属医院娄公楼新生代研究室去上班。贾兰坡听后很高兴，第二天一早来到娄公楼，向杨钟健和卞美年详细汇报了周口店临走前的安排情况，并告诉他们说：“周口店过去的重要发掘地点，全都用泥土和石头掩盖好了，所有已经发掘出来的化石标本，也全都做了登记。”二人听后，认为处理得还算妥当，遂安慰贾兰坡说：“你先在这里上班，看看下一步局势如何发展再决定是否返回周口店。”

北平城的中国守军与日本人战战和和的传言，随着燥热并伴有霉腐气味的空气流传了二十余天之后，终于水落石出。8月初，贾兰坡一大早便出了门，刚走出不远，就看见满街都是帽子上戴着屁帘子的日本兵。这些耀武扬威的鬼子排着队，挑着一块又一块印有武大郎烧饼图案的裤衩状的旗子，仰头挺胸，走路时大皮鞋使劲跺地，以此对北平的老百姓示威。贾兰坡这才知道，北平沦陷，日本鬼子进城了。

此后，贾兰坡早出晚归，规规矩矩地坐在协和医学院新生代研究室的办公室里，上班、下班，下班、上班。但“说是上班，其实大家也无心干活。每天谈论的，全都是一些战事。一有飞机从头顶飞过，就跑出去看，而看到的多是有着膏药旗的日本飞机，只得吐口唾沫，又唉声叹气地回到办公室。尽管这样，大家还是一致认为，日本人是兔子尾巴长不了的！”贾兰坡回忆说。

战前的前门

但事情的发展，并不像贾兰坡想象得那样简单。战争，如同一把锋利的刀子，以闪电般的速度很快切入历史躯体深处，中华民族遭受侵害的伤口，开始往外滴血。而那些一心要探寻祖先之谜的中外学者，每天重复不断的，只能是梦中无奈的叹息。

日军在北平张贴的布告

就在这个时候，随着国民党二十九军宋哲元部弃守北平，溃退南下，周口店龙骨山发生了一场规模异常的血战，交战双方是日本操纵的冀东伪军与华北抗日自卫军。当年安特生住过的乡村寺庙以及寺庙总院，后来成为周口店发掘指挥部的几间大厅，全被日伪军所占，并成为阻击抗日自卫军的工事。山野中埋有“北京人”遗骸的洞穴，成为日伪军存放弹药、食品和进行作战的天然屏障。龙骨山已完全失去了往日的孤寂与平静，隆隆的炮声震撼着山谷，喊杀声和哀号声在山野回**。整个龙骨山硝烟弥漫、热血沸腾。寺庙、土墙在炮声的轰鸣中坍塌了，盛藏人类祖先的山洞在战火中崩裂，战争给这块圣洁之地带来了空前的劫难。

1937年11月初，周口店地区战事处于暂时缓和状态，华北抗日自卫队撤出龙骨山，进入大石河一带，日伪军抓住这短暂喘息机会，进行补充休养。就在这个短暂时刻，发生了一件看似平常，但对日后“北京人”头盖骨化石遗失一案关系极大的神秘事件。

11月7日，三辆汽车满载荷枪实弹的日本兵驶出北平城，来到周口店龙骨山停下。数十名日军手持带刺刀的长枪，护卫两个身穿便装、具有学者风度的日本人，缓慢地来到裴文中发现“北京人”头盖骨的山洞前。便装人先是打量了一番山洞四周的环境，接着掏出皮制卷尺测量山洞的长宽距离，然后用相机拍下了一切可以拍摄的地形、地貌和古生物堆积层。这两位神秘兮兮的人物，就是奉命来华搜集“北京人”情报，并参与了后来“北京人”头盖骨化石失踪案的日本东京帝国大学人类学教授长谷部言人和地质系助教高井冬二。四年之后，日本北支派遣军总司令部，就是根据他们提供的情报，开始了搜寻、夺取“北京人”化石的秘密行动。