自孙华对“亡国宝器”与“不祥宝器”掩埋坑的说法给予了相对肯定之后，学术界有为数众多的专家学者对这一观点，或表示认同，或感觉有较大的可取之处与合理性。于是，这一说法一时成为三星堆两个器物坑性质的主流论断。既然这批器物是在亡国与不祥的情况下被埋藏，那么接下来就要推断这个国家为何而亡，一批好端端的国之重宝又为何成了不祥之物，直至出现了非要捣毁焚烧并遭掩埋的悲惨命运。而要弄清这些疑问，首先要搞清楚三星堆遗址到底是不是一座古蜀国的王都。如果是，研究尚可沿着这一思路继续追寻探索；如果不是，则学者们的一切推断与假设都很难成立与存在了。尽管此前像苏秉琦那样的考古学大师曾推断三星堆是一座古都，但是不是王者所居的首都，尚难推定。而事实上，对于一座古城或者王都的确定，任何伟大的学者只是凭着在地面上观察以此做出判断是远远不够的，必须通过考古发掘，并且要发掘到一定时期之后，才能得出最后的结论。
三星堆东城墙发掘现场
为此，自1988年10月至1989年1月，四川省文物考古研究所陈德安、陈显丹等考古工作者，再度挟两个大型祭祀坑发掘的余风，一鼓作气，对分布在广汉三星堆遗址南部的“土堆”“土埂”进行了全面调查和试掘，从而进一步证实和确认了三星堆的“土堆”和“土埂”均系人工夯筑堆积的土城墙。
1990年春与1991年冬，四川省和广汉市考古工作人员再度合作，在东、西城墙周围又进行了有重点的发掘。通过两次发掘，了解到三星堆古城墙外均有城壕，城墙的填土就是从城壕中挖取而来的。城墙的横断面呈梯形，墙基宽约四十米，顶部宽二十余米，墙体由主城墙和内、外侧墙三部分组成。主城墙逐层填土平夯，两腰间经过铲削修整后，用木棒拍打，内外侧墙系分段夯筑而成。发掘过程中，考古人员在主城墙局部，还发现由长40厘米、宽30厘米、厚10厘米的土坯砖分段砌筑。这些筑城所使用的土坯砖，是中国城墙建筑史上发现最早的实物例证之一。如此久远的城墙建筑结构，在整个世界文明史上也是极其罕见的。
1994年冬，四川省文物考古研究所考古队陈德安等考古人员，在三星堆遗址南部地段再度选点发掘。这一地段被当地土著称为“龙背”。经发掘得知，所谓的“龙背”也是三星堆整座古城城墙建筑的一部分，按其位置推断应是古城最南边的南城墙。至此，已发掘证实的三星堆古城建筑总面积达到了3.5平方公里以上，名列全国已发现的商代古城前茅。
陈德安（左蹲者）在发掘现场
被岁月风尘掩埋了几千年的三星堆古城，总算在世人面前露出了庐山真面目的一部分。面对如此恢宏庞大并具有厚重神秘文化内涵的一座古城，为数众多的学者认为这就是古蜀国某一时期的政治、经济、文化中心，是一座当之无愧的王都。也有部分学者禁不住瞪大了眼睛，带着惊讶与疑惑的表情发出一连串疑问：如此浩大的古城真的是古蜀国的国都吗？如果是，它是什么时候出现的？又是什么时候消失的？它的前世今生是谁，在这块温热多情的土地上留下过印痕吗？
为了解答学者们的疑惑，也为了把学术目光放得更加辽阔，以便在进一步深化研究探索中，取得更大、更辉煌的成果，深受鼓舞的四川考古界，在继续探索三星堆古城奥秘的同时，开始着手投入相当一部分人力和财力，在整个成都平原上展开了地毯式考古调查，四处搜寻与三星堆古城有关的远古信息，特别是其他一些古城的线索。在1995年至1996年短短的两年时间内，就相继于成都平原发现了新津宝墩古城、都江堰芒城、郫县三道堰古城、温江鱼凫城、崇州双河城、紫竹城等六座古蜀文化时期的早期城址，并对每座古城的城墙和文化堆积较厚的区域做了解剖和发掘，从而对这些遗址的文化内涵有了初步的认识。考古人员惊奇地发现，尽管七座古城的年代不尽相同，但它们的文化面貌在总体上却大体一致，均有一组贯穿始终而又区别于其他考古学文化的独特器物群，这组器物应属同一考古学文化遗存。
在所发现的七座城址中，宝墩古城是面积最大、文化内涵最为丰富，同时也是最有代表性的一座标示性建筑，属于同类考古学文化遗存中最为典型的遗址。因此，按照考古学文化命名的惯例，考古人员将这七座古城的文化统称为“宝墩文化”。
宝墩古城遗址位于新津县城西北约五公里的龙马乡宝墩村，过去一直被人们称作“龙马古城”。当地土著传说它是三国时期诸葛亮七擒孟获的“孟获城”。这个城址的平面呈长方形，其中东北、东南两面墙的北段以及西北墙的北段尚保存完好，其他保存较差，高度仅为完好城墙的一半左右。拐角中，西南墙与西北墙相接的地方保存完好，数千年前的夯土清晰可见，最宽的地方达二十五米，最高的地方为五米。按照城墙的长度计算，宝墩古城长约一千米，宽约六百米，总面积为六十万平方米。
当考古人员最初发现这座古城时，并未预料到它的年代有如此久远，只是在城墙上发现了汉代的墓葬。后来，通过对城墙的解剖和遗址内的钻探、试掘，才蓦然意识到这是一座古蜀时期人类遗留的大型城址，此后相继出土了大量的陶片、石器、墓葬和房基。随着出土器物的不断增多，遗址的文化内涵逐渐浮出水面。最后考古学家们确认，这是一座早于三星堆古城遗址的古蜀文化早期遗存。
继宝墩古城发现之后，另一座颇具影响，并与三星堆遗址有着更加直接联系的古文化遗存，便是轰动一时的鱼凫城遗址。这座古城位于成都平原温江县城以北约五公里的万青镇鱼凫村，传说是古蜀王鱼凫的国都所在，故称鱼凫城。从它所处的地理位置看，属于成都平原的腹心地带。因为传说的**，这座古城对于考古学家来说具有非凡的吸引力。1996年冬天，成都市文物考古研究所的考古人员王毅、江章华等对该城址进行了详细的调查、钻探和发掘，结果发现鱼凫城的城墙形状与宝墩时期其余几座古城大相径庭。其他的古城形状呈长方形或接近方形，而鱼凫城是呈规则的六边形。可惜这座在成都平原名声最为显赫的古蜀时期的城址，其城墙墙体毁损严重，保存极差，仅有南垣480米、西垣南段350米、西北垣西段370米、东南垣150米依稀尚存。复原后的城垣全长约为两千一百米，城址总面积约为四十万平方米。在对鱼凫城的发掘中，考古人员没能发现类似三星堆那样能够代表鱼凫王国都城所特有的重要文物，只是发现其城墙夯筑十分讲究，内侧墙体的土均为质地紧密的黏土，而外侧墙体的土是质地疏松的黑土与黄土，但土中夹杂有很多坚硬的鹅卵石。在发掘中，考古人员注意到，有一条古河道从西北墙穿过，又从东南横穿遗址流出。由于对河道的形成年代与遗址的年代关系一时难以断定，因而发掘人员也就暂时无法断定鱼凫城的废弃是否跟这条河流有直接关系。
四川省考古研究所发掘的鱼凫村遗址
鱼凫村遗址平面图
著名考古学家林向、赵殿增及成都市考古研究所的考古人员，通过对宝墩、鱼凫城等新发现的七座古城进行勘察、研究，认为这些城邑在人类文明历史的长河中早则早矣，但就个体存在的年限而言不会很久。几座古城此兴彼废，交替更生，各自兴盛了200-300年的时间。因为当时整个成都平原尚处于酋邦制时代，酋邦不像国家以领土为疆域，而是以同血缘的氏族部落的聚邑为疆域，或村居或筑小城，部落联盟的中心酋长则居中心大城，其他则居小城或村居。人来筑城，族迁城废，天灾人祸，兴废消长，变化多端。也正因为如此，在这一历史时期，成都平原上才留下了这么多的古城。这些以宝墩文化为代表的古城不论后来保存得好坏，从考古发掘的成果看，其文化内涵与三星堆文化遗址一期（即萌芽期）相互衔接。也就是说，宝墩文化是三星堆文化的胚胎和母体。换言之，三星堆文化是宝墩文化的延续与发展。没有宝墩文化的铺垫与滋润，就没有后来三星堆文明的辉煌。
既然三星堆古城的前世今生已有了较为清晰的线索，那么，延续了宝墩文化血脉，承载了这一文明遗产和生命基因，在古蜀人类历史上曾辉煌盖世的三星堆古城又是如何走上毁灭的呢？遗憾的是，古代文献没有点滴记载。专家学者们除了对已公布的考古成果做尽可能全面深入的研究外，仍在不断地全方位搜寻资料，并根据这些资料透露的点滴信息，谨小慎微地校正着自己原有的成果，以此希望有所新的发现与突破。
而此时，四川省内有一个号称“学界怪才”，名叫邓廷良的多学科研究者，亲自到三星堆做了一番考察。在与部分学者们座谈之后，根据他的理解和想象，以无知者无畏的心态，放开胆子编了一幕叫《丛林战舞》的剧目。在剧中，邓廷良把三星堆古城正式确定为鱼凫王朝的首都，并描绘了三千年前这个王朝在城陷之日那颓败悲壮的一幕：
暮色苍茫。
风儿把满天的乌云急急地赶向广汉平原上空。泛着鱼肚白的古雒水（即今鸭子河）匆匆流过，将一股股带血的腥味送向它环绕的三星堆城头。
在一面依然平静飘扬的绘有黑色鱼凫标志的大纛下，最后一代鱼凫王率领为数不多、个个血污的守城将士，怒视着城下四周黑压压一望无际的杜宇族大军。刚才，这儿才经历过一场激烈的鏖战。来自蜀国以南重镇朱提的年轻的杜宇王，趁鱼凫王朝倾精锐北上参与伐商之际，挥师入蜀，一路势如破竹，不到一个月的时间就打到了三星堆蜀都城下。此时，他们已在雒水两岸安营扎寨，点燃起一堆堆篝火，踌躇满志地劲舞狂欢。鼓声与歌声笼罩四野，胜利的喜悦充溢军营……明早，他们就将一鼓作气，以摧枯拉朽之力入主三星堆城，正式建立杜宇王朝。城内，鱼凫族将士在三个巨大的黄土圆丘上也点燃了祭天地祖先的燔燎。从西南商道入贡国都的数十头珍稀大象，被全部宰杀慰劳与社稷共存亡的将士们。象牙及国之重器青铜纵目大面具、青铜神树以及巨大的玉、石、璧、璋与贝货珍宝，被依次投入几座火坑。猩红的火焰伴随着滚滚浓烟腾空而起，映红了半边天宇。
清脆的编磬敲响了，铿锵的编钟叩响了，沉重的錞于撞响了，凄厉的埙篪吹响了……年迈的鱼凫王面向西北方向遥远的岷山故地祷祝着，两行晶莹泪水悄然爬过他那清癯和布满皱纹的双颊……良久，他滞缓而庄重地戴上黄金面罩，将手中雕绘有鱼、鸟图案的金杖朝天竖起——一场震撼天地的祭祖、祀神、祈天大歌舞即刻开始。在十余个头戴纵目大面具的王室巫师的带领下，全城残余的将士连同眷属及城内百姓一道，唱起激昂的“左言”《鱼凫歌》，在雄壮而悲怆的乐声中一同踏地起舞，决心以死来谢社稷、祖神、上帝。
……终于，鱼凫王和他的将士们淹没在翌日的血泊中。方圆十二里的夯筑城郭被夷为平地，只留下鱼凫子孙死不旋踵的荣光以及那一大堆怒目圆睁，象征灵魂不死精神的祭祖面具和几座还余烟袅袅的祭祀坑、大圆丘……
在邓廷良编造的这一剧目的基础上，四川成都图书馆的学者肖平再度展开想象的翅膀，对其中的内容做了新的补充与更大胆的设想。按照肖平的描绘，展现在世人面前的是这样一幅历史画面：
在三星堆古城即将被攻破的前夕，鱼凫王站在被战火洗礼过的残垣断壁上，忽然想起了陪伴他一生的神灵和偶像。这些本来待在幽暗宗庙里的神偶像天空中的闪电一般，忽然浮现在他的脑海里。虽然它们没能保佑他赢得这场战争，但它们毕竟是祖宗遗留下来的国家重器，关乎这块土地、这方百姓、这片天空的荣辱衰败——这样的东西岂能落入敌人之手？负伤的士兵一瘸一拐地前来报告说，南边的城墙已经失守了，敌人像潮水一样向他们涌来，他们该咋办？鱼凫王用他那鱼鹰般锐利的眼神瞪了一眼这个惊慌失措的士兵。心想，怎么办？干脆集合剩余的士兵和百姓举行最后一次祭祀吧。于是，在无比悲壮凄厉的气氛中，鱼凫王带领他为数不多的士兵和百姓，匆匆忙忙地完成了这场空前绝后的祭祀。祭罢，再给它们建造了两个可以安息的土坑，然后众人一齐拔剑自刎。
破城之后，身披大氅的杜宇威风凛凛地站在三星堆的土台上，他的目光傲慢地俯视着战败者的鲜血和这座残破的城池。尽管以前他听说过鱼凫王的城池修得多么固若金汤，多么范围广阔，多么豪华壮丽，但当他攻破这座城池并置身其中时，脸上不禁露出了一丝狞笑，心想，再坚固的城池不也被我杜宇给攻破了吗？
此时的杜宇看到，在他的脚下，鱼凫王朝军队的尸体像刚刚收割的庄稼一样倒在地上，鲜血染红了泥土。难道历史的变革都必须付出如此血腥的代价吗？他有些不敢相信，但很快又从忧郁的思索中回过神来，下了一道旨意：“把鱼凫王的宗庙全部毁掉，该烧的烧，该砸的砸，让曾经保佑过他的神灵们都一道见鬼去吧！”于是，士兵们站在杜宇面前发出阵阵欢呼。劫掠和报复本来是战胜者最普遍的心理欲望，不如此，怎么对得起死去的同伴，怎么对得起为这场战争所付出的高昂代价呢？接着一把火烧起来了，那一块块石头撞击青铜人像、青铜神树的“咚咚”声，以及青铜神坛的碎裂声，久久地回**在历史的隧道里。新掘出的土坑旁，一批批被大火焚烧和砸烂的礼器被倾倒下去，“叮叮当当”的响声听起来像是神灵们无助的哀怨……