在1212年，一个名叫史蒂芬的法国牧童决定自己领导一场十字军东征。史蒂芬召集了成千上万的男孩子，向南进军到法国的海岸城市马赛。史蒂芬向跟随他的人保证，他会带领他们在海上安全地航行。由于他们只是孩子，所以大多数人都被奴隶贩子卖到埃及去了。

大约在同一时间，德国科隆有一个叫尼古拉的男孩，他召集了一群年轻的男孩，把他们带到了意大利，他们打算去圣地耶路撒冷，但是没有人知道这些孩子后来怎么样了。这些远征被称为“儿童十字军东征”，教皇英诺森三世对那些他想鼓动去东征的人们说：“正是这些孩子让我们感到羞耻。”于是，最后一场十字军东征开始了。

第五次十字军东征的领导者是皇帝腓特烈二世。他是腓特烈·巴巴罗萨的孙子，他的父亲是皇帝亨利六世。他的父亲在他婴儿时期就死了，而他的母亲康斯坦丝不久后也死了。康斯坦丝是诺曼人，腓特烈二世从母亲那里继承了西西里王国。

在腓特烈二世的孩童时期，英诺森三世照顾过他。他在巴勒莫长大，是一个非常聪明漂亮的男孩。他从西西里王国的希腊人和阿拉伯人那里学到了他所能学到的一切，他了解的知识实在是太多了，因此人们称他为“世界奇迹”。英诺森三世在腓特烈二世22岁的时候去世。

虽然腓特烈二世是由教皇抚养长大的，但这也没有避免他与后来的教皇发生冲突。事实上，皇帝和教皇之间的冲突可能在腓特烈二世统治时期更为激烈。

腓特烈二世假装是一个虔诚的基督徒，但他与西西里岛和意大利南部的阿拉伯人交上了朋友，过着和他们一样的奢侈生活。他把学者和诗人聚集在他的宫殿里，他们甚至还研究药物的使用。

他从东方带来了许多骆驼，埃及的苏丹还送给他一头大象作为礼物。当时的人们认为大象是一种非常怪异和神奇的动物。很少有人见过这样的新鲜事物，尽管400年前查理大帝也得到过一头大象。

教皇英诺森三世的继任者是霍诺留三世。他曾经是腓特烈二世的老师，对这位皇帝非常和蔼可亲，但腓特烈二世只是利用他的友谊来取悦自己。这位皇帝说服教皇同意他的儿子继位，尽管他向教皇承诺不会让自己的儿子继位为皇帝的同时也成为西西里王国的国王，因为教皇认为一个人掌握这样的权力实在是太强大了。教皇霍诺留三世在位期间，腓特烈二世一直承诺要参加十字军东征，但他从来没有这样做过。

接任霍诺留三世的新教皇是格里高利九世。腓特烈二世没有遵守诺言，教皇格里高利九世将他革除教籍。后来腓特烈二世率领一支大军到了东方，教皇非常生气，因为他说过，一个被逐出教会的人是不允许参加圣战的。

腓特烈二世几乎没有参加过战争，他与穆斯林达成十年的和平协议，伯利恒、拿撒勒和耶路撒冷都被移交给了基督徒。腓特烈二世加冕为耶路撒冷的国王，但是没有任何神职人员到教堂里为他完成加冕仪式。

腓特烈二世从东方回到了意大利，在那里，他发现教皇的军队驻扎在意大利南部的阿普利亚，而这座城市也属于他王国的一部分。很快，腓特烈二世就把他们赶了出去。最后教皇和皇帝之间终于讲和。

相比德意志，腓特烈二世更加在乎意大利。在南方的王国里，腓特烈二世成了一个独裁的暴君，除了他自己，没有人拥有任何权力。但是在德意志，他让那些大领主随心所欲。虽然他的父亲和祖父费了大量精力使德意志各邦统一为一个王国，但腓特烈二世却让德意志几乎又变得小国林立了，随后的几百年以来一直保持着这种分裂状态，而法国、英格兰已经是两个统一的民族国家了。

腓特烈二世的儿子亨利，也就是后来的神圣罗马帝国皇帝，背叛了自己的父亲，被腓特烈二世关在阿普利亚的监狱里。腓特烈二世准备把亨利终身监禁，但是他逃跑了，宁愿死也不愿再被抓回去，后来他骑着马从悬崖上跳下去摔死了。

腓特烈二世和意大利北部的城镇之间也进行了长期的斗争，并取得了巨大的胜利。腓特烈二世邀请所有的国王和君主一起对抗教皇，但是其他的国王都没有理会腓特烈二世。

教皇格里高利九世说腓特烈二世生性邪恶，信仰异端，试图让德意志人都来反抗教皇。因此，教皇想把神圣罗马帝国皇帝的职位授予他人，甚至把皇冠送到了法国国王路易九世弟弟的手上。但法国贵族告诉教皇，除非得到宗教大公会议的同意，否则教皇也不能随意授予或者剥夺皇帝的皇冠。

于是格里高利九世试图在罗马召集宗教大公会议。主教们准备从热那亚乘船去参加宗教会议，但是意大利沿海所有的大城市几乎全部掌握在腓特烈二世手中，包括最主要的城市比萨。腓特烈二世集结了一支舰队，俘虏了热那亚的船只。主教们被带到那不勒斯，饱受饥饿和干渴的折磨，然后被关进监狱。格里高利九世死后，腓特烈二世甚至准备攻打罗马。

新教皇是英诺森四世，他和格里高利九世一样痛苦，因为皇帝腓特烈二世再次威胁要攻打罗马。英诺森四世逃到了法国南部的里昂，在那里召开了一个宗教会议，决定废黜腓特烈二世。

法国国王路易曾试图从中斡旋，但双方的敌意太强烈了，已经无法调和。在德意志和意大利的不同地区都爆发了反对皇帝腓特烈二世的叛乱，在他生命的最后几年里，他不但没有赢得战争，反而遭遇了接连的失败。腓特烈二世变得非常多疑敏感，他开始把每个人都看作是他的敌人。

彼得·德拉·维尼亚是腓特烈二世的好朋友，一向对皇帝忠心耿耿，而腓特烈二世却以为他背叛了自己，于是把他的眼睛挖了出来。腓特烈二世不管到哪里，都让彼得·德拉·维尼亚穿着破破烂烂的衣服跟着，直到他痛苦地自杀。

腓特烈二世最宠爱的儿子恩齐奥被博洛尼亚人俘虏，博洛尼亚是意大利北部一个与皇帝对抗的城市，他们说永远都不会释放恩齐奥。

不久之后，腓特烈二世得了重病，很快就死了。据说最后他和教会讲和，并把自己打扮成一个西多会的修道士，穿着白色的长袍平静而幸福地死去。也有人说他死的时候不停地诅咒着，非常痛苦。

腓特烈二世是最后一位与教皇斗争的皇帝。他的儿子康拉德在他死后成了德意志国王。康拉德派他的兄弟曼弗雷德去替他统治西西里王国。教皇对康拉德并不像对腓特烈二世那样友好，他准备把西西里王国交给其他人，其中包括英格兰国王亨利三世。亨利三世向教皇献上了一大笔贡金，教皇则承诺把西西里王国交给他的次子埃德蒙。

一支十字军反对康拉德，随后战争开始，但是不久之后，皇帝就死了，留下一个叫康拉丁的小儿子。后来，曼弗雷德在战争中为自己赢得了那不勒斯和西西里岛，然而教皇却把西西里王国的王位交给了法国国王路易九世的弟弟安茹的查理。查理率领一支大军攻打曼弗雷德，将他杀死。

康拉丁这时候只有16岁。他是一个既勇敢又英俊的男孩，他决定率军前往意大利，从安茹的查理手中夺回西西里的两个王国。他最亲密的朋友奥地利公爵腓特烈也率领一支小股军队和他一起去了意大利，但最后，康拉丁和腓特烈都被俘虏，查理下令砍掉了他们的脑袋。

安茹的查理是一个残酷的统治者，西西里岛和意大利南部的人们都很痛恨他，他们也同样痛恨他对康拉丁的残忍。康拉丁在被砍头前，把手套扔了下去（这是一位骑士邀请另一位骑士参加挑战的方式），宣布德意志人将用法国人的鲜血来洗刷他们国王的耻辱。

不久，西西里岛人就对他们的法国统治者进行了可怕的报复。当时有一个法国士兵在街上侮辱一个西西里岛的女孩，女孩的爱人便用刀刺穿了这个士兵的心脏。这件事成了向西西里岛上所有法国人发起进攻的导火线。当教堂的晚祷钟声响起时，人们开始对法国人进行一整晚的屠杀，后来人们把这场屠杀称为“西西里的晚祷”。

不久之后，康拉丁表妹的丈夫——阿拉贡的佩德罗率军与查理交战，赢得了西西里岛的统治权。法国人仍然统治着那不勒斯，但是几年之后，这个城市也落入了西班牙统治者的手中。康拉丁是腓特烈二世家族的最后成员。

康拉丁死后，七名被称为选帝侯的德国贵族选择了其他人来当神圣罗马帝国的皇帝。他们明白，必须选出一位德国贵族当皇帝，才能维持各个邦国之间的平衡。

腓特烈二世之后的德意志国王几乎没有干涉过意大利。意大利北部的大城市开始各自征服周围的小城市，很快威尼斯、米兰和佛罗伦萨都成了一些意大利小邦国的首府。