绍兴十一年（1141年），金国在无力攻灭南宋的情况下，准备重新与宋议和。宋廷乘机开始打压手握重兵的将领，尤其是坚决主张抗金的岳飞、韩世忠二人。完颜兀术在给秦桧的书信中说“必杀岳飞，而后和可成”。

四月，张俊、韩世忠、岳飞三大将被调离军队，到临安枢密院供职。

五月，张俊在和岳飞巡视楚州韩世忠的军队时，暗中挑唆岳飞，欲一同分解此军，却遭岳飞严辞回绝。秦桧又欲陷害韩世忠，岳飞再次保全了韩。岳飞回朝后，即遭秦桧党羽万俟卨、罗汝楫的弹劾，诬蔑飞援淮西“逗留不进”、主张“弃守楚州”，要求免除岳飞枢密副使之职。八月九日，岳飞被罢枢密副使，充“万寿观使”的闲职，岳飞自请回到江州庐山旧居赋闲。

岳飞此时已无兵无权，但对他的迫害却仍在步步紧逼。在秦桧授意下，张俊利用岳家军内部矛盾，威逼利诱都统制王贵、副统制王俊先出面首告张宪“谋反”，继而牵连岳飞。

张俊私设公堂，对张宪严刑逼供，毫无结果之下，竟捏造张宪口供“为收岳飞处文字谋反”。岳飞在江州居留，为时甚短，就接到宋廷命令，召他回“行在”临安府。十月十三日，岳飞被投入大理寺（原址在今杭州小车桥附近）狱中，此前其长子岳云也已下狱。

岳飞义正词严地面对审讯，并**出背上旧刺“尽忠报国”四大字，主审官何铸见此，亦为之动容。何铸查得岳案冤情，如实禀告秦桧。秦桧却说：“此上（高宗）意也！”另派万俟卨接审此案，万由于并无可以定案判刑的证据，“不知所问”，只好“哗言”讹诈岳飞有“异谋”，有致张宪的“书信”，但又快一月，仍然“无可证者”。在这种情况下，有人出主意可另加两条罪状：一条是说岳飞当年奉命增援淮西，可是“逗留不进”。尽管不符真实，但胡说一通是可以骗人的。第二条是说岳飞“指斥乘舆”，曾私下对部将们说：“我三十二岁时建节，自古少有。”就是自比太祖三十岁做节度使，还说：“国家了不得也，官家又不修德。”就是辱骂皇帝。因为皆属口说，可以无凭，随便找个人证明一下就行了。万俟卨大喜，命大理评事元龟年将这些并不确实可靠的材料“杂定之，以傅会其狱”，上报大理寺。

十二月十八日，大理寺接到审判的材料，开始研究如何量刑断案，由于证据不足，意见存在分歧。大理少卿薛仁辅认为岳飞无罪，寺丞李若朴和何彦猷认为最多判徒刑两年。他们反映给大理卿周三畏。周再报告给万俟卨，禼默不作声。周说：“判刑应当依法，我岂能吝惜这顶大理卿帽子呢？”可是，万俟卨根本不听这些反对的意见，仍然以“岳飞私罪斩，张宪私罪绞，岳云私罪徒”定案，上报高宗，请“圣旨裁断”。

当时朝廷内外对岳飞一案十分震惊，许多具有正义感的官员，纷纷出面进行营救。宗室首领齐安郡王赵士褭上书说：“中原未靖，祸及忠义，是忘二圣不欲复中原也。臣以百口保飞无他。”南剑州（今福建南平）布衣范澄之上书说：“胡虏未灭，飞之力尚能戡定，岂可令将帅相屠，自为逆贼报仇哉！”还有进士智浃、布衣刘允升也上书为岳飞鸣冤。这时已罢官闲居的韩世忠，本已杜门谢客，绝口不谈政事，但实在无法平息愤懑的心情，还是去质问秦桧，有什么根据说岳飞谋反？秦桧回答说：“飞子云与张宪书虽不明，其事体莫须有？”他蛮不讲理地认为，尽管岳云给张宪的书信找不到了，难道这个事就没有吗？我看是或许有的，可能有的。韩世忠见他硬把无理说成有理，只好怫然说道：“相公，莫须有三字，何以服天下乎？”

高宗和秦桧既然决心与金人讲和，就必须满足金人的条件杀掉岳飞。这既除掉了妨碍自己的绊脚石，又杀鸡给猴看，警告拥有军权的武将们必须顺从，使自己的统治基础得到加强和巩固，又何乐而不为呢！于是不顾众人的反对，一意孤行，在这年的除夕，下达了“岳飞特赐死，张宪、岳云并依军法施行”的圣旨。

当天，大理寺的执法官遵旨来到狱中，逼岳飞在供状上画押。岳飞知道最后的时刻到了，他想到自己一生尽忠报国，光明磊落，问心无愧；现在无辜被害，老天有眼，终有昭雪的一天。便镇定自若地提起笔来，在供状上写下了八个大字：“天日昭昭！天日昭昭！”

岳飞的死讯传出，百姓们都为之哭泣；消息传到金国，金国大臣们为此酌酒庆贺，并说：“和议自此坚矣！”

岳飞被害后，狱卒隗顺冒险将岳飞遗体背出杭州城，埋在钱塘门外九曲丛祠旁。隗顺临终前，始将此事告知其子。绍兴三十二年（1162年）宋孝宗即位，岳飞冤狱终于平反。隗顺之子告以前情，乃将岳飞依礼改葬在西湖栖霞岭。1178年，宋廷为岳飞追赠谥号“武穆”，宋宁宗时追封为鄂王，理宗时改谥忠武。