1910年，章太炎在日本刊行《学林》，社址设日本东京小石川区小日向台町一丁目四十六番地。《学林缘起》称：

余杭章先生以命世之材，旅居不毛，赫然振董，思所以延进后生，求一二俶傥者与之通道。谓前世学术，始或腐蚀不修，终以沦灭者有之矣，未有贤儒更出，婪然周汉而中道剥丧如今日者。其咎不专在趣新。徒以今文诸师，背实征，任臆说，舍人事，求鬼神，己先冒赣，守文者或专寻琐细，大义不举，不能与妄者角。重以玄言久替，满而不盅，则自谕适志者寡。学术既隐，款识声律之士，代匮以居上第。至乃钩援岛客，趣以干誉，其言非辞，则浮文也。浮使人惑，碎使人厌，欲国学不亡无由。今之所急，在使人知凡要。凡要远矣，不在九能目录中。盖无尺蠖之诎者，无独伸之功；无龙蛇之蛰者，无跃见之用。博而约之，易简而天下之理得以是牖民，如璋如圭然。先生所为书，既章章有条牒矣。同人复请著《学林》，尽其广博，以诒逖近，先生则诺。且言一国之学，宜有十数大士，棋置州郡，然后日给而德不孤。……环堵而识九共之情，瓢饮而辨千载之味，不在闻人，其在芋畴之间。宜搜逑索耦，冯翼斯道，学诚精稗，虽尺札单文，足以云补道艺，亦乃为诸生祈招，国之埕美，岂一家而已哉！既受命，敢告一二耆儒故老，如何不淑，文武之道，将队粪壤，仁于旧贯，是在先觉，不鼓缶而歌，则大耄之嗟，愿出其绪言，勤以榜辅，传之九服，使民无谖。老聃曰：死而不亡者寿。《大雅》曰：大命近止，无弃尔成。若载其意，国虽亡，其神宜不没。

《缘起》似出黄侃手笔。

《学林》“文例条件”共十二目：一是名言部（以发明小学为主，经典传记诸子杂文之诂亦附焉），二是制度部（略采《通典》之法以成斯部，《三礼》之说尤要），三是学术流别部，四是玄学部，五是文史部，六是地形部，七是风俗部，八是故事部（自经籍及后代诸史所记事迹，有所考证，皆入此部），九是方术部（旧有算术医方诸学及诸杂艺，皆入此部），十是通论部，十一是杂文录，十二是韵文录（韵文录四言五言古诗及诸辞赋箴铭之属，其近体诗以下不录）。

《学林》定每三月刊行一册，共出二册，其一册除《缘起》外，均为章氏撰文。有《文始》（名言部），《封建考》（制度部），《五朝学》（学术流别部），《信史》上、《信史》下（文史部），《思乡愿》上、《思乡愿》下（通论部），《与农科大学教习罗振玉书》（杂文录），《秋夜与黄侃联句》《游仙与黄侃联句》（韵文录）。署名都是章绛。

《学林》第二册章氏撰文有《文始》（名言部，续），《释戴》《非黄》（学术流别部），《征信论》上、《征信论》下（文史部），《秦政记》，《秦献记》（故事部），《医术平议》（方术部），《程师》（通论部），《与人论文书》（杂文录）。另有黄侃《梦谒母坟图题记》（下有章氏跋记）、《旅怀诗十二首》二篇。

《学林》出版后，日本出版的《日本及日本人》曾予推介。

1911年7月15日，《日本及日本人》第五六二号出版，内有艮维生的《〈学林〉与章太炎》，介绍《学林》第一号，谓《学林》计划年出四期。章太炎的学问渊源甚深，为人推服，他接受了德清俞樾、瑞安孙诒让的朴学，而有所发展。并录《学林》第一辑分类篇目，谓《缘起》云：“老聃曰：死而不亡者寿。《雅》曰：大命近止，天弃尔成。若载其意，国虽亡，其神宜不没。”认为文字悲痛，其志可哀。下录章氏《与农科大学教习罗振玉书》全文。

9月15日，《日本及日本人》第五六六号出版，内有栖庵道人《访章太炎》，略谓：

《学林》发行，藐视日本学者，且说国虽亡，文章不灭的骄傲之言。《学林》主任是怎样的人物？在《国故论衡》中起草哲学、历史、文学各方面文章，发挥独特见解的章太炎，又是怎样的风采？特别是收在《章谭文钞》中的《建立宗教论》，滔滔数万言，提出法相的教义，与西方哲学对照，谆谆教导发挥佛教真谛。这种地方，正如慈恩淄川在明治时代学术界的活动相像。据说，他本来投身革命党中，想把自己国家维新改革，但事情并不如意，未能达到目的，所以把一生气力用在学术上去，他是用学术来排遣苦闷的。我很喜欢孙诒让的朴学，同章太炎有神交。我喜欢法相教义，而章太炎则是法相教义的鼓吹者，假如相距遥远就算了，但我住在江都〔户〕，居处相近，岂不正可相互交谈？

8月15日，我约水和尚、邻居君代子同去，再加章太炎的门人传铜君。水和尚在中国住了十年，传铜君到日本也有五个春秋，这样我和章太炎对话就很方便。我们在大冢终点站下车，经过冷静的小径走了五六町路，转了几个弯，看到右首稍高的木门，门上挂有木牌“学林处”，它的招牌字体正如杂志一样。对这里很熟悉的水和尚先把木门打开，引入房中，我跟着进去之后，看到一个正在同水和尚讲话的蓬头乱发的高汉子，腰下穿条裤子，上身穿一很旧的汗衫，是一个**的样子，我把这看作大约是曾经听到过的陋巷原宪其人。在八铺席大小的房间中，并排放着仿佛私立小学的课桌六七只，朝着床的一面（指壁橱），挂一黑幔，这正如砾川乡下教书先生的住宅。在一半开的橱架上，放着缩影本《藏经》，在正中书桌上，有日本刻的书二三部，很像他正在翻这些书，经过水和尚介绍，我刚坐到椅子上，他突然提出这样的问题，即你相不相信天堂地狱呢？

庵说：“我相信天堂地狱，而相信其存在，并非说现实地存在。是否现实地存在本在我等考虑之外，我是以此来对照社会形态。社会之善、恶、苦、乐颇有高低之分，由此我把善与乐的顶点当成天堂，恶与苦的顶点作为地狱。因此若以具体的语言来显示这两极，不是可以称为天堂和地狱吗？”

章说：“是的，大凡人的思维不能不依照比量和现量进行，比量是比较推论，现量是现在的实验。天堂地狱的存在又应依比量的说法以决定其信与不信，然而现在有如飞蛾扑火，南美存在大人种，即使现量也可发见出乎意料之外，但若对现量加以说明，能够观察出此等状态吗？而把须弥山作为佛说可信吗？”

庵说：“我不信，须弥说的合理与否本与佛教无关。”

章说：“本来应该如此。佛陀只是把印度的古代传说取来加入自己的说法。若欲以须弥四洲说应用于今日，就能发现这与研究天体星辰界颇有相似之处。总之，比量是总相，现量是别相，总相的精神是佛教自古到今不变的真理，至于别相的解释我想随着社会的进步也必定有所推移与发展。”

庵说：“诚如贵说，若以智力的进步、学术的精粗而论，今日确实有胜过以前之处，然而即使今日的科学也不曾对现象界完全研究清楚，如天文学、心理学，亦非没有人类智慧难及的地方。西洋的科学又有赖于东洋的古代学说，而佛教的说明，不用说亦不能不伴随着时世之日益进步、科学的发达而有所进步。敢问依照尊著《宗教论》，以法相宗建设将来的宗教，观此说一一切中时弊，然而法相宗是哲学，是智力的，虽可使智者学者满足，但济度四亿民众却不能不另有其他方法吧！”

章：“彼等愚民本来一无所有，对给予他们的任何事物都能是接受的。作为佛教的实践方面是十善五戒，或者念诵可称为大善根的佛经也可以。现在我想谈的是能使有识之士折服的宗教，是能说服智者的宗旨。”

庵：“我能领会尊意。贵国明末曾有耦益那样学德兼备的高僧，他的著作《宗论》在今日亦使日本佛学者赞叹不已。其感化是否现在尚存？”

章：“作为明末垂示教化的高僧，要数憨山、耦益和莲池。耦益之感化虽不能说不存在，但其广度与深度当不如莲池。大凡清朝人中上者大抵响往华严，试观金陵的杨文会居士就可知道。但好研究学问者，则宁愿倾向法相。如果今日想说服我国人，则要显示佛教比之西洋哲学为优。彼之所谓十二范畴，不就是我法相的不相应行吗？彼之哈特曼（Eduard Hartmann）、叔本华（Arthur Schopenhauer）之盲动盲意，不正是我们的末那识吗？彼之所谓大我，不正是我欲达到阿赖耶识而尚未达到的类似神我之说（数论哲学）吗？”

庵：“我也以十二范畴解释不相应行，高论不胜同感。我对贵论拟以法相之教义风靡今日哲学界一事表示赞同。不久我将对大著《宗教论》之大旨做一番评论，将其介绍给我国有识之士。”

云云。（以上栖庵道人与章氏谈话，上海社会科学院历史研究所冯正宝译，吴绳海校。）

栖庵道人与章氏谈话，由水和尚翻译。谈至此，已近十二时，君山又问清朝史学之源流、曾国藩与太平天国、摄政王多尔衮传写作之主意、对孔子教的批评等，直至午后一时半云。

《日本及日本人》第五六六号在上揭《访章太炎》之后，并附章氏《读〈灵魂论〉》，系读妻木直良《灵魂论》而作，《太炎文录》未收，并录如下：

妻木直良师著《灵魂论》，以为佛法言心言业，与世俗言灵魂有异，推次数论神我诸说，转及小乘业论，大乘心论、真如论得其归趣，可谓精思抉择，明辨以晰矣。以余粗涉经教，求为平议，余亦覃思此事久矣。夫迷本无因，而根尘二六，不能增之为七，若范围而不可过者，此所谓法性自尔，非智计所能窥也。推此以言迷悟二境，本非异实，而圆成实性不可索之依他之外明矣。自贤首清凉诸师，皆云唯识一宗不许真如随缘，此殆诬古人者。今观《瑜珈》显扬唯识诸论，七真如中，本有流转真如、安立真如、邪行真如三种，谁言不许真如随缘耶？说阿赖耶识为缘起，不说真如为缘起者，真如即是唯识实性。但立真如为名，犹与不相应行无异，名其为识乃得成体，若空立真如者，与言道、言太极何别？愚者或求之色心之外，其离实相将愈远。若夫如来藏、庵摩罗识诸名，可谓有体可求矣。然非金刚喻定一念相应者，无由证知。阿赖耶识，即人人可以直观而得者也。明世界之缘起，必以人人所证知者为根，然后不堕专断，确然足以成学说矣。如来藏、庵摩罗识为圆成实性，阿赖耶识乃为依他起性，依他不离圆成而立，圆成不异依他而有，虽取依他为本而寄远致于圆成，斯所以为无碍之辩也。学说之弊，莫若舍常觉所能知，而取思慧所不了；毁有体之太璞，而立无相之名言。以为华严十玄之义，时或堕此，盖非经旨本然。

夫狗马难图而鬼魅易画，世尊大智岂欲以画魅眩人耶？密严经说，华严十地皆自密严流出，然密严文辞义趣，质直可知，谓是华严法相之元龟也。知如来藏与藏识，如金与指环之喻，即知马鸣无著，陈义不二，但所言互有详略耳。直良师立真如三面之说，本取天台三观。余以为与三性非异，七种真如非无依他偏计，而并得说成圆成实性，亦其义也。若乃数论神我之说，直良师以为个人灵魂。窃以自在黑辈，亦是哲学大师，世无大、小乘教，数论即第一矣。窥其主义，神我亦普遍一切，非个人所独有，其六细身为因缘和合而成，乃局在个人者也。然佛法建立中虽与细身殊异，其为个人灵魂则同，译家所以不用魂字者，以魂本芸芸之气，中有则无气可言，魂义但相当于阿陀那风，不相当于中有，且校之此方医经故记魂魄神志，分属诸藏，其不可以概其体明矣。（心字亦本指心藏言，然彼土言质多有积集义，此土亦以心为凡物中坚之称，故用其引申之义可也。——原注）

乃夫远西之持论者曰：佛家既言无我，惧坏世法，故以轮回之说自救。斯可谓陋巷之议不睹大方者也。正以恒转不住，故称无我，无我故有轮回，若计我为常住实有者，即不得有轮回之说矣。此余曩昔所持，而直良师亦与余同者也。佛家不许破坏法性，非直善恶之云云也。即计白者为黑、热者为冷，亦以破坏法性斥之，此皆随顿依他起性以立世法，轮回之说岂以天宫饵人，以苏荔那洛迦怖人哉！纵令不言六趣，于轮回之说莫损，于佛法、世法莫害。即实言之，小乘但欲离烦恼障，大乘乃欲离所知障。烦恼障者，非独恶趣然也，虽上生四空天烦恼未尽，以小乘视六趣，固若一丘之貉矣。所知障者，凡苦乐善恶诸见，一切足以障碍正智，求证圆成实性，故欲离所知障积聚万善，惟是方便，令心无疑怖，则自平等以趣真如，岂徒蹩躠以为仁义，澶漫以为道德耶？世人不达，云佛法务在化人为善，其稍深云佛法惟欲令人求乐，求乐不过小乘之见，为善不过随俗之门，皆非其本旨然也。故余称佛法为宗教，为道德，不如称为哲学之求实证者，则直良师或与余异者也。乃书此以为乱云。