他就这样与蒙军厮杀了几天，人马伤亡过半，蒙古军却越来越多。后来，他的辎重被蒙古人夺走了，他手下的人也所剩无几了，但他依然倔强不降。当随身的几人战死后，他也丢掉了武器，只剩下了三支箭，其中还有一支无头的断箭。这时，三个蒙古骑兵追到他身后，他用那支无镞箭射瞎了一个蒙古人的眼睛，对另外两个蒙古人说：“我还剩两支箭，舍不得用，却刚够你们两位消受。你们最好退回去，保全你们的性命。”这两个蒙古人目睹了帖木儿灭里的箭法，为了保全自己的性命，只好放帖木儿灭里逃走了。
帖木儿灭里对蒙军的英勇抵抗，是成吉思汗西征后所遇到的第一次硬仗。他以区区几千人马对付蒙古的两路大军，这说明在花剌子模军队中也有一些英勇善战、不甘屈服的将领和勇士。
当成吉思汗派出的三支部队扫**花剌子模边界各城时，他和拖雷则率领中军向不花剌进发。他们沿锡尔河东岸前进，首先来到匝儿讷黑城下。这是锡尔河左岸的一个堡寨，其废墟在今卡拉库尔湖附近，是从讹答剌通往不花剌、撒麻耳干的第一座城堡。“匝儿纳黑居民，不知天命的幻化，看见战骑堵塞四郊，马队扬起尘土把天空变得漆黑如夜，因此，他们惶恐万状，吓得要命。他们躲进城堡，紧闭城门”,虽然有意进行抵抗，但却失掉了抵抗的勇气。根据一贯的做法，对于不进行武力反抗的城市，成吉思汗还是先礼后兵，于是他派答失蛮哈只卜为使者，到他们那里去通知蒙古军的到来，劝他们投降，希望他们避免一场可怕的灾祸。
如何对待这个敌国的使者呢?匝儿讷黑城民发生了分歧。有些主张进行抵抗的人“起意要伤害和谋杀他”。为了制止事态的恶化，哈只卜高声对市民们喻以祸福，他说：“我答失蛮哈只卜是伊斯兰教徒，是伊斯兰教徒所生的，奉成吉思汗之命来当使者，要把你们从死亡的深渊中拯救出来。成吉思汗已经带着大军来了。如果你们想抵抗他，他在霎时间就会使你们的城堡变为荒漠，使原野上的血流向质浑河阿姆河。如果你们听我的劝告归顺他，你们的生命、财产就可获得保全!”城民们感到，这位伊斯兰教学者的话是真诚的，是为他们着想的。面对着成吉思汗亲自统率的几万大军，少数人的反抗也是无济于事的。“阻挡他的通行并不能阻止洪水奔流，靠他们腿的力量，也不能减轻或止息地动山摇。因此，他们认为，选择和平有好处，接受劝告是有利的。”
于是，民众的情绪开始缓和了。这时哈只卜又建议百姓前去迎接成吉思汗，服从他的命令，并发誓说，如果“有人受到伤害，报应将落在他的头上”。在这种情况下，城中的首脑人物才站了出来，派遣一群人带着礼物去
见成吉思汗。当他们到达成吉思汗的营地时，“他问起他们的首脑及名绅，对他们迟迟不来表示愤怒”,并派出急使召他们晋见。于是他们立即去拜见成吉思汗，成吉思汗发现他们真心投诚，这才免他们死罪，和颜悦色地抚慰他们。然后，成吉思汗发下一份诏书，要求所有城民都到郊外去，城墙和护城河被夷为平地，青壮年被征发到“哈沙儿”队中，余下的人则听任他们回家。由于这座城没有遭到屠杀，人们给它取名为“忽都鲁八里”,即“幸福城”。
离开这座“幸福城”后，成吉思汗派晃豁坛氏的塔亦儿(答亦儿)巴特儿为前锋，给主力军开道。当地有个突厥蛮向导，很熟悉大道小径，他领蒙古人走了一条很少有人走的道路，使蒙古人很快进入讷儿境内。从此，这条由“幸福城”通往讷儿城的近路就被称为“汗之路”。
当蒙军接近讷儿城时，途经几座园林。他们在夜间伐木为梯，第二天骑着马，抬着梯子，行军异常缓慢。讷儿城头上的守望者以为他们是商旅，眼看着他们直抵讷儿城下，这才紧闭城门。“塔亦儿拔都遣使去宣布征服世界的皇帝驾临，劝谕居民投降，停止抵抗。居民的情绪是矛盾的，因为他们不相信世界征服者成吉思汗亲自来临；另一方面他们又害怕苏州。他们因此不知如何是好，有些人主张纳款投诚，另一些人主张抵抗，还有些人害怕采取任何行动。”最后，经过使者多次往返，双方达成了如下协议：“讷儿人将粮草进献给成吉思汗，借此表示已向他臣服；塔亦儿的军队则不开入城中，继续前进。”
当讷儿人将粮草献给成吉思汗时，成吉思汗下令将该城交给正在率领前锋逼近讷儿的速不台。讷儿人不敢违抗，遵命交出了城池，随后双方又达成一条协议：应免于讷儿人的危难，允许他们保留日常生活、从事农耕的所需之物，如牛羊等；讷儿人则暂时搬到城外，原封不动地留下屋舍，任凭蒙古军队抢掠。速不台的军队进城后，见什么就拿走什么，但他们遵守协议，丝毫没有伤害讷儿人。于是讷儿人选出六十人作为城民的代表，跟随蒙军去进攻另一座城市。
后来，成吉思汗的中军到达讷儿城，居民前去迎接他，并进献了各种礼物。成吉思汗也对他们优礼相待，只让他们交纳应向摩诃末苏州承担的赋税，不再向他们多征。为了满足成吉思汗的要求，讷儿人尽量搜集金钱，包括妇女的耳饰，如数交给了成吉思汗。讷儿人通过机智的谈判，虽然在经济上受到很大损失，但却应付了蒙古的三支大军，免除了杀掠之苦，解脱了“鞑靼人的束缚和奴役之辱”。当然，由于它的不抵抗政策，也使蒙军大大提高了进军速度，迅速加重了不花剌和首都的军事压力。
攻占不花剌
1220年农历三月末四月初，成吉思汗的中路军至不花剌城下。不花刺即今乌兹别克的布哈剌，它位于河中地区的阿姆河东岸，除撒麻耳干外，它是当最重要的城市，中亚封建时代最大的文明和宗教中心。有学者认为：“在东方郡邑中，它是伊斯兰的圆屋顶，那些地方的和平城(巴格达)。它的四方有博士和律师的灿烂光辉作装饰，它的周围有高深学识的珍宝作点缀。自古以来，它在各个时代都是各教大学者的汇集地。不花剌的语原为‘不花儿’一词，在袄教徒的语言中意为‘学术中心’。”《世界征服者史》和《史集》比较详细地记载了成吉思汗夺取不花剌的情况。《世界征服者史》说：“成吉思汗把国王的营盘扎在城池前的郊野。他的军队多如蚂蚁、蝗虫，数都数不清。人马一支接一支抵达，就像大海起伏，绕城扎营。"当时，不花剌共有守军二万人，他们的统将是阔克汗、哈迷的布尔、舍云治汗、怯失力汗等。“怯失力汗”,《史集》作“古失鲁汗”,他本是摩诃末苏州的马夫，后成为花刺子模的大总管，不花剌城的长官。摩诃末将自己的亲信和富于作战经验的将领放在不花剌，足见其对不花剌的重视。但不花剌的诸位将领和两万守军却辜负了苏州的厚望，他们一见蒙古骑兵堵塞了四郊，城外尘土飞扬，天昏地暗，一个个惊恐万状，吓得要命。他们互相传诵一句所谓真主的预言：“在呼罗珊有条叫作乌浒水(阿姆河)的河流以东，将有一座城池被征服；该城叫不花剌。”这种宗教的预言没有给守军带来力量，反而为他们弃城逃跑提供了充分的根据。“蒙古军陆续攻城数日，守城诸将度不支”,在拂晓时，率军出走。“蒙古军出不意，被袭，急退”。当时蒙军正在营中熟睡，借以恢复连日作战的疲劳。不花剌人这种突如其来的冲击，吓得他们赶紧后退。“然苏州诸将不乘胜进击，反遁走。”他们大概在想：反正真主的使徒说了，不花剌要被征服，我们跑得再快也没有责任。蒙军很快从慌乱中清醒过来，收集队伍，随后追击，在阿姆河岸边追上了逃军，把他们斩杀殆尽。
第二天，当太阳刚刚升起时，不花剌人打开了城门，表示他们已自愿停止抵抗，“教长、学者等到陛下处屈膝请降”。成吉思汗骑马巡视了城堡以后，进入城内。他纵马进入大清真寺，停留在祭坛前，这是伊斯兰教首领举行祈祷，并于祈祷后宣布某人为主君的特殊场所。随后拖雷也赶来了，登上了清真寺进行说教的讲坛。成吉思汗问道：“这里是苏州的宫院吗?”有人对他说：“这是主的庙宇!”这时，成吉思汗跳下马来，踏上讲坛的两三级，向围观的城民们说道：“原野上没有草了，将我们的马喂肥吧!"不花剌人打开了城内仓库的门，把谷物搬取出来，装《古兰经》册的箱子变成了养马槽，《古兰经》被扔得遍地都是。随后，蒙古人又命令把盛酒的袋子堆在清真寺里，他们传杯递盏，开怀痛饮，还把城中歌姬强拉了来，命她们唱歌跳舞。蒙军将士们欣喜若狂，放声用蒙古语歌唱。而那些伊斯兰教首领、博士、学者，则替蒙古人看守马厩中的战马，执行总管的命令。过了一个时辰，成吉思汗才动身回营，聚集在那里的人群开始离开，《古兰经》的书页在他们的足下和马蹄下被踩成了烂泥。一位以虔诚和苦行闻名的河中地区的宗教首领实在不能忍受这种侮辱，向“世界最优秀的一名学者”问道：“这成何体统?天啊，眼前的事，我在梦中看见，还是在清醒时看见?”那位“世界最优秀的学者”则说：“别出声，这正是真主吹动的万能之风，而我们无权发言。”
接着，成吉思汗从城里出来了。他把全体居民召集到城外举行公共祈祷的广场上，登上讲坛发表讲话，谴责苏州的背信弃义，他说：“大家该知道，你们犯下了大罪，你们的大臣都是罪魁祸首。在我面前颤抖吧。我凭什么这样说呢?因为我是代表上帝来惩罚你们的。如果你们没有犯下大罪，伟大的主决不会让我来惩罚你们的!因为我来征服你们，惩罚你们，所以你们是有罪的。‘我为上帝之灾’,假如你们没有犯下大罪，上帝何降汝曹之首?"这就是成吉思汗向不花刺的百姓和教徒们所宣布的理论，这是一种征服者的理论，但当地的教长和绅士们居然认为“这正是真主吹动的万能之风”,默认了这种理论。
当成吉思汗讲话结束后，他召见了城中的财主富翁们，要求他们献出自己的财产。他共召见二百七十人，其中有本城财主一百九十人，其余为外地人。他说：“不必说出你们在地面上的财物；把埋在地里的东西告诉我。”为此，他让人们把那些富人的管家叫来，让他们带着蒙古人去搜查那些富人的财物。只要他们交出金钱就不施苦刑来折磨他们。从此，每天，当太阳升起时，卫士要把一群名绅带到世界皇帝的朝见殿。
当时，在不花剌城内，仍有一批战士拒不投降，他们退回内堡坚守，不断对蒙古人进行夜袭。为了对付这批反抗者，成吉思汗下令把整个市区用火焚毁。“因屋舍全用木头盖造，几天之内市区大部分被焚**一空，仅余下用烧砖修建的礼拜五清真寺和几座宫殿。然后成吉思汗驱迫不花剌人去攻打内堡。双方战火炽热。堡外，射石机矗立，弓满引，箭石齐飞；堡内，发射弩炮和火油筒。这好像通红的炉子，从外往里添干柴，从炉膛往空中射火花。他们这样战斗了几天。最后，守军陷入了绝境：堡前的壕沟被石头与被杀死的人畜填平了。蒙古人在不花剌“哈沙儿”队的协助下夺下了堡前斜坡，放火烧毁城门，内堡终于被攻破。那些守军将领有的变成战俘，有的被“溺死在毁灭海洋中”。
内堡的反抗被肃清后，成吉思汗下令把城墙和外垒**为平川，所有的居民都被集中到郊外的平原上，除随身衣物外，不许携带其他任何物品。然后他放蒙古军再次入城，搜集、抢劫一切有用的财物。“成吉思汗免他们不死；但适于服役的青壮和成年人被强征入军”,随同蒙军去进攻撒麻耳干和其他城市。
当时，有一个人在不花刺陷落后逃到了呼罗珊，人们向他打听不花剌的命运，他说：“他们到来，他们破坏，他们焚烧，他们杀戮，他们抢劫，然后他们离去。”这就是蒙军攻占不花剌的基本情况。
后来，成吉思汗委派塔兀沙担任八思哈(镇守官),负责治理不花剌。经过若干年的努力，不花剌才逐步恢复了昔日的繁荣。
踏平撒麻耳干
撒麻耳干，现属乌兹别克，因它建立在札拉扶桑河(泽拉夫善河)南岸，又被称为河中府。西辽建立后，原以虎思斡耳朵(八剌沙衮)为都城，后来又以寻思干为都城，建立东西二都。屈出律伙同花剌子模推翻西辽后，河中府一带即属花剌子模所有，摩诃末于是将首都从玉龙杰赤迁徙到撒麻耳干。志费尼曾这样描写这座城市：“论幅员，它是苏州诸州中最大的一个，论土地，它又是诸郡中最肥沃的一个。而且，众所公认，在四个伊甸园中，是人世间最美的天堂。”有一首波斯诗歌这样形容它：
假如说这人间有一座乐园，那乐园便是撒麻耳干。
哈，要是你把它跟巴里黑相比，
苦和甜能彼一般?
随同成吉思汗西征的耶律楚材曾在撒麻耳干停留很长时间，他以“河中”为名写下了不少诗篇，并在《西游录》中重点介绍了撒麻耳干。它是中亚地区的文化中心，在一个相当长的时期内被人们看作中亚的文化发祥地。
为了保卫首都，花剌子模沙摩诃末派了十一万人驻守撒麻耳干，其中六万是突厥人，由苏州宫中的大臣、权贵率领，其首领是秃孩汗(塔海汗),他是秃儿罕哈敦的弟弟；五万是大食人(这是突厥人对伊朗人的称呼，不是指阿拉伯人)。这些人都是苏州精选的英雄，是当时的“精锐之师”。另外，还配备了“二十头躯干健全，貌似凶神的大象，这大象扭弯圆柱，和蛇作耍，披着五颜六色的铁甲”,企图以此“作为国王的马步兵在战场上的防护，好使他们不在进攻和袭击中回头”。除此之外，块中还有无法计数的城民。他们与守军一起加固城防，“城墙增到与昴星一样高，濠(壕)堑深掘至干土下面的水层”。“在城墙前围筑若干斜坡”,“四周敷设了若干条外垒防线”,“在城壕里放满了水”。
为了支持战争，摩诃末还下令预征了三年的赋税。从一个城市的防守来看，撒麻耳干可以说是固若金汤、兵多将广。但从整个战略部署和抗战的决心来看，摩诃末却犯了致命的错误。
花剌子模政出多门，母后、诸子及诸将分地而治，再加上花剌子模母族的将领杀人越货，抢劫商队，处于理亏的一面，其他不少将领并不愿为此卖力作战。尽管也曾有人向摩诃末建议，集中全国主力于锡尔河沿岸，以逸待劳，与蒙军决战，但摩诃末却不敢集中全国军队进行野战。尤其是当他在边疆地带与蒙军亲自较量之后，他亲眼看到敌人的强大和威力，“慌乱和忧愁的心情逐渐支配了他，他的言语行动中时常流露出后悔之意。由于他满心疑虑，已不能进行正常判断，不得安眠和宁静了。他便听凭不可避免的命运的支配，按照我听安拉的决定和他的预定(这句老话)采取行动。星相家们也说，在厄运的星宿没有走掉之前，为谨慎起见不宜对敌人采取任何行动”。
正是在这种情况下，摩诃末采取了分兵把守城堡的战略方针，任凭各个城市各自为战。这种消极防御的方针使蒙军可以对各个城市分割包围，各个击破，摩诃末一开始就摆出了一副被动挨打的架势。
在蒙军进攻撒麻耳干之前，摩诃末就丧失了胜利的信心，有一天他去巡视撒麻耳干改修城壕的工地，见壕与河水相接，他却以为毫无用处，说：“前来进攻我们的军队，只要每个人扔下自己的鞭子，这条壕沟一下子就被填平了!”他这种长敌人志气，灭自己威风的言谈自然会影响军民的情绪，臣民与军队大为沮丧。
当蒙军进入河中地区的消息传到撒麻耳干后，摩诃末竟变得六神无主，坐卧不安，内心充满了混乱和疑惧。他不是率领军民坚守首都，而是慌慌张张地离开撒麻耳干，带领一部分军队逃跑了。国王带头逃跑，军心自然动摇。战斗还没有开始，撒麻耳干的命运已经基本确定了。
更令人不可理解的是，摩诃末一路逃跑，还一路散布失败主义情绪。不管走到哪里，到处都说：“(你们)自谋活命之计吧，蒙古军队是无法抵抗的!”他派人到花剌子模(指玉龙杰赤城)去让他的嫔妃和母亲秃儿罕哈敦取道档擦答儿而前来。他不管走到哪里，都要问一问每个大臣，有什么办法能对这次灾难有所帮助?每时每刻都有传播到城中的可怕消息传来，事情越来越乱。摩诃末及其大臣都一筹莫展。作为一个国家的最高统治者和军队的最高统帅，摩诃末不是身先士卒、坚决抗战，而是畏敌如虎、带头逃跑；不是鼓舞军民奋起抵抗，而是号召人们各奔前程，乃至屈膝投降。这种怯懦的行为、失败主义的论调怎能不大大影响各地军民呢?
与花剌子模国王摩诃末相反，成吉思汗则是充满了必胜的信心，并在战术上采取了稳扎稳打、力求必胜的措施。“当成吉思汗进抵讹答剌时，关于撒麻耳干守军众多，城堡不可攻破的消息早已传遍四方”。大家都认为，将撒麻耳干城攻下来需要好多年，因为这是怎么样的一座城堡呀!成吉思汗预先估计到这个情况，认为首先必须将四周地区扫清。因此，他先向不花剌进军，占领了那里，从不花剌将“哈沙儿”队全部驱到了撒麻耳干。在沿途所过的地方，他丝毫没有侵扰向他屈服的城市，至于撒里普勒、答不思等进行抵抗的城市，则留下军队进行围攻。当他到达撒麻耳干时，被派到讹答剌及其他地区的皇子与异密们已结束了那些地方的战事，带着从攻占的城市驱来的“哈沙儿”队来到了。
成吉思汗利用几个月时间成功地实现了剪其羽翼、扫清外围的战略目的，不仅集中了蒙军的全部兵力，而且利用了花剌子模的人力、物力成功地采用了“困粮于敌”“借兵于敌”的策略方针。各地的俘虏所组成的军队，每队十人，一队打着一面旗帜，诸队来到城下，战旗铺天盖地，人马如潮如海，其人数超过沙粒和雨滴。他们把城池团团包围，故意让撒麻耳干守军看到蒙军人多马壮，起到了一个先声夺人的威慑作用。
成吉思汗亲自围绕城墙和堡前斜坡巡视了两三天，考虑攻城和夺取城门的计划。这时，他免除士卒们的战斗，让他们得到充分的休息。直到第三天早晨，他才下令发动总攻。无法计算的蒙古军队和“哈沙儿”队围住了撒麻耳干城墙，从不同方向向城市猛冲。城里的守将阿勒巴儿汗等勇敢的人，冲到城外，与蒙军对阵，箭如雨下，双方都伤亡很重。那一天，苏州的突厥军队不断与蒙古兵交锋，他们杀死了一些蒙古兵，也俘获了一些人，把俘虏带进城内，同时他们自己也有一千多人丧身沙场。当太阳落山时，他们才各自返回自己的营房。
第四天天刚亮，成吉思汗亲自上马，挥师包围城池。城里城外的军队均集合起来，准备战斗；他们紧束战袍，杀到晚祷时刻。射石机和弓弩齐发，矢石横飞。蒙军堵住了撒麻耳干的各个城门，阻止花剌子模军冲到战场上。城内的军队多次发起冲击，希望能冲开一条血路；城外的军队一批接一批地补充，宁愿战死也不肯后退一步。双方在交战的棋盘上难解难分，那英勇的骑士再也不能纵马驰骋于原野了。这时，花剌子模守军把大象投入战斗；但是蒙古军没有逃跑，相反，用他们的擒王之矢解脱了被大象阻挡的人，打乱步兵的阵形。大象负伤，不比棋盘上的卒子更有用，它们往回跑，脚下践踏了许多人。当太阳消失在黑暗中时，撒麻耳干人只好关闭了城门。
这天的战斗使撒麻耳干人忧虑重重，他们的心情和看法各不相同：有人渴望屈膝投降，有人担心自己的性命；还有人，因天命注定，不去乞和；再有人因成吉思汗散发的灵光，丧失了斗志。其中有一些伊斯兰教首领和一些披戴头巾的人，他们感到蒙古军英勇无畏，开始变得六神无主，从思想上打消了抵抗的念头。他们私下议论，突厥人与蒙古人是同一种族，城破后说不定会受到优待，因此他们决定首先投降蒙古。第五天早晨，当蒙古人同犹豫不决的城民重新展开战斗时，“伊斯兰教的法官、司教同教长们突然来到了成吉思汗处”。他们得到了成吉思汗的鼓励和抚慰，得到了投降不杀的许诺，并在取得成吉思汗的同意后，他们又返回城内。到了祈祷的时刻，他们不是祈祷真主保佑守军取胜，而是关闭了战斗之门，打开了撒麻耳干的城门(西北门：祈祷门),放蒙军进城。当天，蒙军忙于拆毁城墙和外垒，城民们被集中到安全的地方，蒙古军队没有伤害他们，直到全部城墙被铲平、马步兵可以自由往来为止。
第六天早晨，蒙古兵大队大队地开进城内，城里的男女居民，以一百人为一群，由蒙古人监视，给赶到城外。只有那些去晋见成吉思汗的伊斯兰教首领以及受他们庇护、与他们有些瓜葛的人，才免于出城。获得这种保护的有五万多人。然后蒙古人通过传令官宣布了一道命令：“藏匿者格杀勿论。”蒙军将士开始进行抢掠，很多躲到地窖、地洞里的人，被发现以后都遭到了杀害。
象夫带着大象去见成吉思汗，请求发给大象食物。成吉思汗问大象靠什么为生?象夫回答说：“原野上的草。”成吉思汗下令放掉大象，让它们自己到原野上去吃草。曾经抵抗过蒙军的二十头大象破格得到赦免，但最后却在荒野中饿死了。
当天夜里，蒙古人离开市镇。退守内堡的花剌子模守军早已被“吓得心胆俱裂，既不敢挺身抵抗，又不能转身逃跑”。只有“勇敢的人”阿勒巴儿汗表现出英勇无畏的气概，他率领一千决死之士冲出内堡，从蒙古军中杀出条血路，前去与苏州兵会合。
第七天黎明，蒙古军又围住了城堡，双方矢石齐发。城墙和堡前斜坡被毁坏了，放满水的铅水渠也被毁坏了。到了晚上，蒙古人夺下城门，进了城。有一千多名平民和勇敢的战士避入大清真寺内。他们用箭和石油同蒙古人展开激战；蒙古人也喷射石油，纵火焚烧清真寺及寺内所有的人，大清真寺被焚烧一空。最后，他们将剩下的居民和城堡守军驱赶到城外，将突厥人和大食人分开，全部分编为十人队和百人队。他们按照蒙古习惯将突厥人召集起来结发为辫，为的是安定他们，打消他们的恐惧。但是，就在当天晚上，所有康里男子都被溺毙于毁灭的海洋内，为死亡的火焰所焚化。共计有三万多突厥、康里人被杀，他们的统帅是巴力失马思汗，突厥语意为“不寻求和平的人”;塔海汗(秃孩汗)意为“舅父”,他是花剌子模的国舅；撒儿昔黑汗，意为“坚硬的”“粗糙的”可汗，估计是一位勇敢、鲁莽的将领，类似于一位草莽英雄；兀刺黑汗，意为“驿马”。另外，还有苏州的著名大臣二十余人，他们的名字详细记载在成吉思汗颁发给也里迦儿忒朝始祖鲁克那丁——迦儿忒的诏书(札儿黑)中。同时，还有许多花剌子模大臣、士兵和居民悲愤地自杀而死，以身殉国。
撒麻耳干的城镇和内堡都化作了一片废墟。
第八天早晨，蒙古人开始清点那些刀下余生者：三万有手艺的人被挑出来，分给了成吉思汗的诸子、诸妻和诸位大臣、将领；又从青壮年中挑出三万人，编为一支签军。其余的人也刀下留情，但要求他们交纳二十万的那赎金。那一年，成吉思汗在撒麻耳干境内度过了夏天和秋天，然后委派了几名管理撒麻耳干的沙黑纳(长官),亲自率军去征服呼罗珊，另一部分军队则由其诸子率领去进攻花剌子模旧都玉龙杰赤。
花剌子模新都撒麻耳干仅仅经过八天战斗就被攻克了。经过这次战祸，繁荣的撒麻耳干遭到了极大的破坏。1221年农历十一月，撒麻耳干投降一年半以后、长春真人丘处机一行曾来到这里，据他们所说：当苏州没有失败时，城中常有十多万户，国破以来，存者不过四分之一。耶律楚材也曾于1222年写作了“西域河中十咏”,其中说：“寂寞河中府，颓垣绕故城。”“城理连畎亩，市井半丘坟。”他在诗中流露了对成吉思汗西征的不同看法，说：“西行万余里，谁谓乃良图。”正是这种思想促使他在印度河边向成吉思汗提出了结束西征的建议。当成吉思汗包围撒麻耳干时，摩诃末苏州的将领和臣子开始主动投降过来，蒙古哨兵也不断擒获一些俘虏，据他们说：花剌子模沙摩诃末从撒麻耳干逃跑后，已经渡过阿姆河，“把他的大部军队及近卫军的将领分散到各村落和乡间；他身边只留下少数人”。当时他“惊慌失措、犹豫不决，没有一刻宁静”。成吉思汗宣布：“必须赶在人马聚集在苏州身旁、四方的贵族援助他之前，把他解决掉，把他消灭干净。”于是他派者别率一万军队做头哨，速不台率一万军队做后卫，又派脱忽察儿率一万人继进，分兵三路追击花剌子模沙。这三万军队是从他身边的军队中按比例挑的，“他们个个都敌得过一千名苏州的军队，犹如狼入羊群，热炭烧枯柴”。
为了保证追击的胜利，成吉思汗发布了一道作战训令：“朕命你们去追击花剌子模沙苏州，直到将他们追上为止。如果他带领军队来攻打你们，你们无力抵抗，可马上向我报告；如果他力量不大，可与他对敌!因为我们不断接到消息说，他怯弱、害怕、心惊胆战，他一定敌不过你们。我为你们向伟大的主的威力祝告，你们不擒获他不要回来。如果他被你们打垮后，带着几个人躲进陡山、狭洞里，或者像‘必里’(伊朗神话中犯罪的天使)般地躲过人眼，你们要像强风似的吹进他的国土上去；归顺者可给予奖励，发给保护文书，为他们指派长官；流露出不屈服和反抗情绪者一律消灭掉!"
根据成吉思汗的命令，者别、速不台像猎犬一样咬住自己的猎物不放，即使其躲入山林、逃入海岛，也像疾风闪电般追上去。躲入山林的秃儿罕王后被迫投降了，逃往海岛的摩诃末国王悲惨地死去了。这是历史对他们无情的惩罚!但城头失火，殃及池鱼，其治下的人民也因此落入了灭顶之灾!
摩诃末渡过阿姆河后，暂时驻军阿姆河西南岸，开会研究今后的作战方略，等待探事人员回报不花剌、撒麻耳干的消息。当时一些花剌子模宿将曾建议说，河中地区已无法挽救，应以全力防守呼罗珊、伊拉克，召集各处之兵，合成一军，并尽征木速蛮(回教徒)入伍，共同据守阿姆河一线。但也有人主张将军队退到哥疾宁，纠集诸军以抗鞑靼，如形势不利，可以一直跑到印度。摩诃末同意了第二个比较软弱的意见，并按照这个主意来到了巴里黑。
这时，又有人邀请摩诃末到伊拉克去，将伊拉克的军队召集起来，然后再考虑下一步的措施。
摩诃末之子札兰丁对于这两种退兵策略都不以为然，再次向摩诃末建议说：“对我们说来，最好的出路是——把军队召集起来，去攻打他们蒙古人；因为这一点完全办得到。如果苏州不打算这么办，要到伊拉克去，那么请把军队交给我，让我到边疆上去夺取胜利，去实现这项可能做到的事，让我们在造物主和他的造物面前表白一下。在我们所考虑的事取得成功之前，我们不应成为众矢之的受人谴责，不应让人们用恶毒的话加到我们头上，说什么：他们以前向我们索取赋税和‘哈剌只’,如今大难临头，却不管我们，把我们抛开了!"
他将这些话反复申述多次，竭力坚持自己所提出的计划。但由于摩诃末心慌意乱、万分恐惧，竟将札兰丁的见解视作儿戏，斥责他年幼无知，说什么目前福星已经陨落，干什么也不中用了：“吉凶有定，灾祸之来，谁能抗之?不如待天象有利于我之时。”依靠所谓“福星”和“天象”,而不相信人力，这是当时的宗教精神对花剌子模人的毒害，也是花剌子模沙摩诃末的一个致命弱点。不仅促使摩诃末放弃了首都，而且促使他放弃了可以据守的阿姆河一线，从而导致了花剌子模的彻底失败。
当摩诃末停留于阿姆河西南岸、举棋未定时，蒙古骁将者别已经率领第一支追击部队，从般札卜渡过了阿姆河。“他们一溜烟的急进，追索和搜寻苏州，像从山头涌入河谷的洪水。”者别军很快冲到花剌子模沙驻地，摩诃末的诸子及诸将为了保护自己的君父，奋起抵抗，者别初战不利。这时，天色慢慢黑下来了，速不台率领的第二支追击部队也已到达阿姆河对岸。速不台下令军中，每人点燃三支火炬，来往于阿姆河岸边。花剌子模人以为成吉思汗的大军已经赶到，害怕被蒙军俘获，这才连夜向巴里黑逃窜。
摩诃末逃到巴里黑后，派出一支侦察部队到般札卜一带去侦探敌情。不久，不花剌陷落、撒麻耳干投降的消息传到巴里黑。摩诃末手足无措，不知如何应付。他对着自己的领地接连喊了四次“安拉万岁”,便准备继续逃跑。当时，他母亲的亲族、一群突厥兀剌尼人跟随他同行，他们想将他杀死。其中有一个人将这事报告了苏州。夜里，苏州离开自己的帐幕，换了个睡处。黎明时人们看到帐幕的氈子已经被箭射穿了。面对着亡国灭种的危机，花剌子模君臣不是团结一致共同对敌，而是自相残杀，争权夺利，这只能进一步削弱抗战的力量。因此，苏州越来越提心吊胆、暗地里越来越恐怖。于是他重新组织了一批可靠的护卫人员，也来不及追查突厥人的谋杀阴谋，就赶紧离开巴里黑，向呼罗珊的另一大城市、今伊朗境内的你沙不儿(内沙不儿)逃窜。他每到一个地方，先进行恫吓、威胁，然后就命令人们为城砦、堡寨建筑防御工事，因此人们的恐怖扩大了一千倍。算端来到你沙不儿后，为驱除命运的阴影，终日纵酒取乐。
摩诃末逃走后，速不台下令蒙军横渡阿姆河。据说当时阿姆河上没有桥梁，渡船也被花剌子模军凿沉，但蒙军人人有一个用牛皮做成的皮筏，军械衣物装在筏中，紧系筏口滴水不进。他们身坐筏上，手握马尾，随以泳水，举军截流而渡。者别、速不台从此**呼罗珊，阿姆河防线轻而易举地被蒙军突破了。
者别、速不台首先抵达巴里黑，城内的绅士们深受摩诃末畏敌怯战情绪的影响，为了保护自己的身家性命，主动向蒙军投诚。他们派出代表去迎接蒙军，向他们进献食品和钱币。根据“归顺者可予奖励”的原则，蒙古人没有伤害他们，只给他们派了一名沙黑纳，负责管理这座城市。然后，蒙古人从他们中间找了一名向导，派一名将领做先锋，继续跟踪追击摩诃末。
蒙军进至咱维城，即今阿富汗东侯腊散的托巴特黑达里。他们要求城民供应粮草，但是城内的百姓关闭了城门，不理睬他们，拒绝供给任何东西。蒙军急于追击摩诃末，没有在那里停留，驰马而去。咱维人见蒙军已经走远，就在城头擂起大小战鼓，破口大骂。蒙古人目睹这一不敬之举，便返回来，将云梯架到城墙上，在第三天登上城墙，将城攻了下来，将找到的城民全部屠杀。因为他们不便久留，也不能携带过多的物品，于是抢走了一些必用的轻便的物品，把其他不便携带的东西全部放火烧毁、破坏干净。
在这里，他们也忠实地执行了成吉思汗的训令：对那些流露出不屈服和反抗情绪者一律消灭掉!这次交锋和杀戮，好像预示一场天降大祸，命定的灾害。因这声响动，像一次大地震震撼了呼罗珊，听见这前所未闻的暴行，人们恐怖失色。为了使各地的人民了解成吉思汗这一政策，蒙军还分遣使者至诸城谕告成吉思汗将率大兵至，若拒不降，将蒙最大不幸。其降者则置一带印之蒙古守将以镇之。
蒙军日益逼近的消息很快传到你沙不儿，摩诃末借口要外出打猎，企图离开你沙不儿，向伊拉克进发。但突然有人向他报告，敌军来了。于是他又撤销了去伊拉克的决定，回到了可疾云。当天，他首先将嫔妃、子女和母亲送到了哈伦堡，同伊拉克大臣们举行了对付敌人的会议。
有人认为当时最好的出路是躲到附近的一座深山去，摩诃末立即巡视了这座山岭，认为“这个地方不是我们的藏身之所”。有人建议离开这里，躲到另外一座根本无法通过的深山去，因为那里很富裕，我们可以拿它作为避难之所，而且可以从周围地区召集起十万步户，蒙古人来了还可以与他们厮杀。摩诃末认为这个主意也不足取，他主张先停留在可疾云，派遣急使到附近地区去把军队召集来。
与此同时，1220年农历五月，者别和速不台的先头部队进至你沙不儿城下，他们责令守城军民开城出降，城民请求等捉住国王后再投降，可以先馈送军粮。蒙军得到军粮后就离开了，从此一连几天都有蒙古军队经过，同样得到了城民的供给。
六月五日，者别与速不台进抵你沙不儿，他们遣使到当地的权贵——呼罗珊宰相和其他大臣处，向他们招降，要求他们服从成吉思汗的命令，同时向他们索取饲料和行军给养。你沙不儿的权贵们派出三个人携带着酒席和其他礼物一起去进见者别等人，表示只同意供给饲料、给养。者别向他们提出警告，叫他们不要对抗火和水：蒙古军到来时，你们必须立即隆重地迎接他们，你们休想凭借坚固的城墙、人数众多和武器来保护你们的家室。同时将盖有红印的畏兀儿公文和成吉思汗诏敕的副本发给他们，其大意如下：“敕谕异密、大臣和诸臣民，万能的主已将起自日出之地、直到日落之地为止的全部地区赐给了我们。凡降顺者，本人及其妻子、儿女、亲信都可得到赦免，而不投降的反抗者，将连同妻子、儿女、族人、近亲一起杀死!”然后他们离开你沙不儿，者别与速不台分兵两路去寻找摩诃末的下落。
当时，有许多回教和异教的军人以及企图趁火打劫的人们自动参加了这两支蒙古军队，为蒙军充当向导，跟踪追击花剌子模沙，因此蒙军进军十分迅速。速不台经札木至徒思，兵临答木罕、西模娘，最后到达著名的剌夷城。每到一地，凡出降接大军者，获得了赦免；抵抗者全部歼灭。徒思到讷坚间东部村镇及那个方向上的全部地区降顺蒙古军获得了赦免。徒思城民进行了顽抗，因此，蒙古军对这个地区大肆杀掠。当他们到达哈不伤时，只是由于速不台对当地居民没有好感，于是他就下令大屠杀。
就这样，蒙古人每到一地，不停歇地用暴力掠夺粮食、衣服，然后向前开进。
他们日夜进军，得到苏州的消息就追上去。他们路过繁华地区时，就将找到的良马和好牲畜驱走。
呼罗珊有许多攻不破的地方和坚固的城市，都被他们放过了，因为他们面临着一件大事要办。
当者别、速不台分兵追击时，摩诃末之子及其他王侯、大臣已在可疾云城组织了三万伊拉克部队，摩诃末决定坚守伊拉克。不久，剌夷城被攻破的消息突然传来了，跟随摩诃末的王侯、贵人们害怕与蒙军交锋，他们有的逃回自己的领地；有的则逃奔四方，自寻出路。临时收集的军队也逃散过半。摩诃末无可奈何，只好带着诸子和亲信跑到可疾云西面的哈伦堡去避难。他在路上遇到了蒙古军队。由于蒙古军队是一队队陆陆续续开来的，他们没有认出苏州的队伍，只把它当成一支普通的花刺子模部队，他们射过箭来，射伤了苏州的驮载重物的马。苏州疾驰之下才逃出了死亡的深渊。
摩诃末到了哈伦，在那里停留了一天，向异密们要了几匹马在向导带领下向报达进发。蒙古军立即追来了。他们起先认为苏州在堡中，便发动大战，后来得知苏州已走，就向他追去。后来，摩诃末又折了回来，在黑海南岸的吉里阳停留了七天，然后进入了档掺答而地区。
不管在什么地方，他还没住够一天，蒙古军就追上来了。他同当地掌大权和特别可靠的码掺答而权贵们进行了商议。他们都认为功州的唯一出路是到额别思宽的一个岛上去躲上一段时期。他在岸边的一个村庄逗留了几天，每天都到礼拜寺去做五次祈祷，让教长为他诵《古兰经》。他哭哭啼啼地对上帝发誓说：“将来如能光复旧物，必使国内悉遵正义而行。”不久，摩诃末躲到里海的一个岛上，在乘船离岸时，摩诃末不断长吁短叹，说：“君临之国不少，乃无数时之土可做坟墓。”他在那个岛上住了一段时间，后来，为了预防走漏消息，又秘密地转移到另一个岛上。
就在摩诃末在里海的小岛上进行转移之时，者别与速不台已在剌夷会师。档掺答而有一个小国，摩诃末征服这一带时曾杀死国王的从父从兄。这个国王对摩诃末怀恨在心，希望借助蒙军的力量恢复故国，报父兄之仇，因此很快投降了蒙军，将蒙军领到里海岸边。者别率军进行搜捕，但却没有找到摩诃末的下落。于是他们回军包围了摩诃末的嫔妃和母亲避难的哈伦堡。哈伦堡所在的山中本来多雾多雨，得水比较容易，因此居民没有蓄水备旱的习惯。但当这座城堡被围时，几个月都没有下雨，守兵水源断绝，被迫向蒙军求降。秃儿罕哈敦及摩诃末的嫔妃都做了俘虏。者别派人将他们送给成吉思汗。成吉思汗下令杀死摩诃末的几个幼子，将他的几个女儿赐予察合台等人，秃儿罕哈敦后来被成吉思汗带回了蒙古草原，直到1233年才死于和林。
哈伦堡陷落的消息很快传到摩诃末耳中，他得知其嫔妃遭受凌辱、儿子丧命剑下，贤淑的后妃在异族的政权下成了俘虏，遂神智错乱、怅然若失，明朗的世界在他眼里变得一片昏暗。不久他得了肋膜炎，重病在身。临死前他把几个儿子叫到面前，废掉了根据秃儿罕哈敦意图确立的太子斡罗剌黑，说：“非札兰丁不足以光复故国。”命札兰丁继承君位，并亲自将佩刀系在札兰丁腰上，命诸子发誓，保证今后守忠不贰。
1220年农毁灭玉龙杰赤
玉龙杰赤，即今乌兹别克的乌尔坚奇，当时它既是花剌子模的旧都，又是花剌子模地区的首府，因此又称为花剌子模城。此城地处咸海南岸，横跨阿姆河。咸海在古代被称为花剌子模湖，因此其首府也以此命名。
《世界征服者史》曾这样赞美它：“时运变化前，它属于地诚良善，主诚仁慈一类地方。它是世界众苏州的宝座所在，人类诸名人的驻地；它的四角供当代的伟人做歇肩之用，它的领域是容纳现代奇珍的府库；它的宅邸放射各种崇高思想的光辉，它的州邑、郡县，因贵人光临而成为许多玫瑰园。”“你期望的一切，精神的和物质的，都在其中。”
耶律楚材在《西游录》中写道：“阿姆河之西有五里犍城，梭里檀(苏州)之母后所居者也。富庶又盛于蒲华(不花剌)。”“五里犍”又译“玉里犍”,都是指玉龙杰赤。当时的玉龙杰赤并非在阿姆河之西，而是横跨阿姆河两岸，位于今乌尔坚奇(叶尼乌尔坚奇)西北二百余里，名为库尼亚乌尔坚奇城，今天仅存一片遗址废墟。
撒麻耳干被征服后，河中诸州及边疆诸城也相继被蒙军攻占，玉龙杰赤留在中央，就像一个“绳子被割断后倒塌下来的帐幕”。早在攻占撒麻耳干之前，成吉思汗了解到摩诃末母子不和，曾派其近臣答失蛮为使者去见秃儿罕哈敦，进行反间活动。“答失蛮转达汗言，谓汗知苏州不孝其母。苏州之将校有一部分愿助蒙古军，然汗无意侵入秃儿罕哈敦所主花剌子模之地。请遣亲信之使者来，面达可敦之意，他日诸地完全略定后，将以呼罗珊之地奉可敦。”秃儿罕哈敦没有答应成吉思汗的要求。当她听说摩诃末从撒麻耳干退走的消息后，"乃尽率摩诃末之诸妻、诸子，轻赍珍宝，弃花剌子模而去。意以为蒙古军战胜饱掠后，不久必退出本国”。
秃儿罕哈敦仓皇出逃，没有任命玉龙杰赤的留守长官，城市陷入一片混乱。1220年夏，花剌子模名将、守卫忽毡城的帖木儿灭里冲破蒙军的包围，来到玉龙杰赤，整顿军备，旧都的秩序才稍微安定。帖木儿灭里率军出击锡尔河下游的蒙古军，曾一度夺回养吉干城。
撒麻耳干被攻克后，成吉思汗“派自己的儿子术赤、察合台、窝阔台率领着多得像沙漠里的沙子般的、就像当前战争中那样浩浩****的军队向花剌子模进发了。同年秋天，他们率领右翼诸异密向花剌子模方面进军，派一支军队充当所谓‘牙咱黑’的先锋队”。
摩诃末死后，札兰丁兄弟从里海的小岛逃回玉龙杰赤。城民见到新继位的苏州和诸王又回到了旧都，大家无不欢欣鼓舞。当时，玉龙杰赤已汇集了九万突厥康里部队，但这支军队掌握在前王储斡思剌黑及其母舅不只别黑列汪等突厥、康里将领手中。这些突厥、康里人平常就与札兰丁不和，开始他们与秃儿罕哈敦合谋，立札兰丁之弟斡思剌黑为太子，想利用这个太子的软弱无能，进一步实现他们的野心。
摩诃末临死时废掉前王储，改立札兰丁为苏州，这完全出乎他们的意料之外。札兰丁意志坚强、武艺出众，又有较高的政治才能，自然不甘心大权旁落，这对突厥、康里将领十分不利。“异密们惧怕札兰丁苏州之勇力，密谋用计将他突然杀死。”札兰丁丁探听到了这一阴谋，但却没有力量平息这场政变，只好于1221年初，逃出玉龙杰赤，到呼罗珊一带去避难。
花剌子模骁将帖木儿灭里不满意那些突厥、康里将领的所作所为，带了三百名骑兵去追随札兰丁。他们用了十六天时间横越花剌子模、呼罗珊两地的沙漠，到达奈撒一地。当时，成吉思汗已派出一支蒙古军戍守沙漠南界，札兰丁、帖木儿灭里到达奈撒时，与七百名蒙古巡逻兵遭遇。札兰丁发动猛攻，打败了蒙军，逃往你沙不儿。札兰丁离开玉龙杰赤后，他的两个弟弟斡思剌黑苏州和阿里苏州没有停留在花剌子模，他们骑马来追随札兰丁。第二天他们遇上了与札兰丁作战的蒙古部队；蒙古人不知道他们是王子，将他们连同跟他们一起来的人全部杀死了。
札兰丁兄弟三人相继离开玉龙杰赤后，花剌子模旧都又变得群龙无首了。尽管当时城内居民无数，还有许多著名的宗教首领、绅士和学者，也有一些花剌子模的文臣武将，以及近十万军队，但玉龙杰赤城仍然是人心浮动、形势危机。大家考虑到在这样大的城市里，在外敌入侵的关键时刻，没有一个领袖负责国政和公务，在非常事件到来时没有一个长官来安排各项事情和重大问题，人们就无法应付不幸事故，就不能抵抗老天施加的暴力。当地有一个古老的民族传统，在春分时举行诺鲁思，即元旦民族大典，选举所谓“五月皇帝”。于是他们推举秃儿罕哈敦的亲属忽马儿异密为假苏州，立做诺鲁思王，即“一日之王”,由他摄行政当国，负责玉龙杰赤的行政与防务。一天，突然有一小队蒙古骑兵像一股烟似的逼近了玉龙杰赤城门，在郊外驱掠牲畜，进行抢掠。玉龙杰赤人以为这是敌人故意向自己示威，向守军挑衅。于是他们打开城门，不分马步兵，不分军与民，大家一起涌到城外，向那一小股人马冲去。蒙古人像飞出套索的飞禽般地飞快地骑马逃走，城中军民高声呐喊，一窝蜂似的紧追不放，一直追到距城几十里远的一座城郊宴游花园附近。埋伏在那里的蒙古骑兵从墙后、从树林、从四面八方冲了过来。城中军民的退路被切断了，前后左右都是蒙古人。他们像一群虎狼扑向失去牧人的羊群，向玉龙杰赤人放箭，枪挑刀砍，横冲直撞，到黄昏时，他们杀死了一千多人。据说，将近十万花剌子模人被杀死在战场上。同时，有一支蒙古骑兵，尾随逃回城里的玉龙杰赤人，攻占了一座城门，杀入了城中，直到太阳落山时他们才小心地撤走了。
第二天早晨，蒙军的先头部队又向玉龙杰赤发动了一场进攻。花剌子模的一员大将弗里敦古里，率五百人在城门等候敌军，由于做好了抵御的准备，他们多次打退蒙军的攻势，但直到日落西山时双方还在不断厮杀。
不久，术赤、察合台、窝阔台率领蒙古大军相继到达玉龙杰赤城下，他们一边绕城巡视，一边派出使者召谕城民投降。“术赤且命人告城民，言其父已以花剌子模封彼，彼愿其都城完全无缺，已下令禁止损害。”城民中有些人主张投降，并且搬出了已故苏州摩诃末从里海发来的手谕：“汝等应感余恩，一如感我父祖之恩。兹为爱汝等计，特致劝告之词，设力不能御敌，最良之策莫若乞降。”城民经过反复争论，否决了摩诃末的主张，拒绝向蒙军投降。
术赤等人见到劝降无望，只好动员自己的将士们准备攻城器械。玉龙杰赤附近没有山石，蒙古人就用桑木代替炮石，未投射以前，先渍在水中增加重量。在准备工作没有做好时，他们仍然每天用威胁、利诱的办法劝城民投降，偶尔彼此也对射几箭。直到担任各方面工作的“哈沙儿”队从四面八方先后到来后，他们才下达了填塞壕沟的命令。大概用了十天左右的时间，一切准备工作终于就绪了，于是蒙军向玉龙杰赤发动了总攻。
一声雷霆闪电般地呐喊，蒙古军把投掷器和箭矢，像雹子一样倾泻出去。接着，军队团团向前移动，去拆毁外垒的根基，把大地暴露在光天化日之下。假苏州和军队的统帅忽马儿，为苦酒所醉，目睹蒙古军进行杀戮，恐怕受辱，心胆俱裂，而蒙古军获胜的迹象符合他的私下揣度；他心里无计可施，随厄运的降临，他再也不能出谋划策了。他走下城楼门，因此，百姓中笼罩着更大的纷扰和混乱。蒙古军在城头竖一面大旗，战士们爬上去，呼啸呐喊使大地鸣响。城内所有街道，所有角落，居民都在抗击敌人：他们在每个街头战斗，在每条巷尾展开顽强的白刃战。蒙古军这时用火油桶焚烧他们的屋舍、住宅，用弓箭和射石机聚歼百姓。但当阳光斗篷被茫茫夜色包围时，他们开始回营。凌晨，城市百姓依旧战斗了一阵，用刀剑、弓矢、旌旗显示抗争之爪。讫至当时，城池大部被毁；屋舍及其中的财物、珍宝，仅成了一堆黄土，但蒙军并未占领玉龙杰赤，反而在城内外留下了无数具尸体。
究竟如何攻下这座城市呢?如何对付这些不甘屈服的军民呢?蒙古人不得不认真研究一下对策。
他们发现，玉龙杰赤是一座横跨阿姆河的城市，中间有座桥梁相连，而且城内的生活用水就由阿姆河供给。他们因此一致同意放弃火攻，而去阻止百姓使用阿姆河水。于是蒙古人派了三千勇士去夺取那座桥梁。他们在箭雨和桑木炮弹的遮护下凭借他们高超的武艺、勇猛的精神，终于冲上了那座桥。但城里的居民们也深知这座桥和阿姆河水关系到城市的命运，因此他们像潮水一样争先恐后地涌上桥头，包围了那三千蒙古兵，与他们展开了白刃战，最后全部杀死了他们，无一人生还。打了这次胜仗后，城民的战斗热情提高，进行抵抗的信心较坚定了。
七个月过去了，玉龙杰赤始终没有被攻下。为什么会发生这种情况呢?一是由于蒙军的进攻受到了玉龙杰赤军民的顽强抵抗；二是术赤和察合台兄弟俩由于个性和气质不同，互相不和。由于他们不能取得一致、各执己见，战事进行得很不顺利，战争的成败无人过问，军中各种事情与成吉思汗的札撒执行得很乱。因此，蒙古军被花剌子模人杀死了许多，据说尸骨堆积如山，迄今还堆在花剌子模旧城四郊。
后来，他们不得不派人去见成吉思汗，汇报玉龙杰赤久攻不下的情况。其使者报告说：“花剌子模攻不下来，蒙古军死亡甚众，其部分原因是术赤和察合台相互不和。”
成吉思汗听了这些话后动了怒，他下令让窝阔台担任全军统帅，统辖诸兄和全军，指挥作战。窝阔台素以足智多谋、能干、有远见著称。使者来到花剌子模，传达了成吉思汗的敕命后窝阔台奉命就任。他有分寸和灵活地每天会见诸兄，与他们相处得很好，并用极为巧妙的理事才干使他们表面上保持了和睦。他坚定地执行着自己的职责，将军中诸事安排得有条有理，加强了札撒的执行。
此后，蒙古士兵齐心协力地投入了战斗，当天就将旗帜插上了城头，进入了城内，用喷射石油的器械焚毁了街区，城民奔向城门。街头巷尾又展开了战斗。蒙古人展开了激战，将城内一个街区接着一个街区，一个院子接着一个院子地攻占下来，然后拆毁，付之一炬。玉龙杰赤人也不肯后退，节节防御，妇女、儿童也投入了战斗。双方进行了七天的反复争夺，最后城内军民被包围在三个居民区内，这时才开始乞降。他们派一个教长去见窝阔台、术赤等诸王说：“吾属已受王等之严威，使吾属感王等之恻隐，此其时矣。”术赤暴跳如雷，破口大骂：“彼等以抗拒而没我军之一部，则迄今受其严威者为吾曹；乃反谓彼等受吾曹之严威，兹吾曹将使彼等一受之。”最后，整个玉龙杰赤终于落入蒙军手中。他们下令把所有城民驱逐出城，并告诉城民们，凡是工匠技师可以聚集在一起。从他们中间将十万名左右的工匠分出来，押送到东方去。青年妇女和孩子们也驱入了俘虏队。当时，有些人担心工匠技师要到很远的地方去服劳役，混到居民中，不肯承认自己的工匠身份，结果这些人同其他居民一起被分配给蒙古军人。据说每个军人分到了二十四个俘虏，任凭他们刀砍枪剌、锹铲箭射，最后统统被杀死了。据一些史书记载，当时围攻玉龙杰赤的蒙军共五万人，每人杀二十四人，即杀死了一百二十万人。
总之，由于玉龙杰赤人对蒙军进行了殊死的抵抗，因此蒙军对玉龙杰赤实行了报复性的全城大屠杀。蒙古军将所有的人杀死后，便川流不息地入城任意洗劫。剩下的房屋和街区一下子全被毁掉了。据《多桑蒙古史》说，最后蒙军还决阿姆河堤，引水灌城，庐舍尽毁，藏者皆死。从此，玉龙杰赤成为一座废墟。几十年后有学者还这样写道：“花剌子模(指玉龙杰赤),在斗士的中心，游女的汇集地，福运曾降临其门，鸾凤曾以它为巢，现在则变成豺狼的邸宅第，枭鸢出没之处；屋宇内的欢乐消失殆尽，城堡一片凄凉，园林如此之凋落。”往日繁荣富庶的花剌子模旧都，遭到了彻底破坏。
攻下玉龙杰赤以后，成吉思汗与自己的三个儿子发生了一场冲突。按成吉思汗的规矩，凡攻下城镇，其中的财物、百姓要分成若干份，不从征的宗王、将领也各有份额。实行这种统一分配战利品的制度，目的是有利于统一指挥，也有利于调动全军将士的积极性。但攻下玉龙杰赤后，术赤等三人却私分城郭、百姓，既没有分给其他将士，也没有向成吉思汗贡献一丝一毫。
成吉思汗十分气愤，三天不让他们晋见。博尔术等人劝解说：“不服的回回百姓已屈服了，分了城池，既屈服了回回百姓，俺众人皆欢喜，皇帝如何这般怒。儿子们既知不是，已怕了，以后让他戒慎，可以召他来见。”成吉思汗这才答应与他们见面，但却把他们狠狠训斥了一顿。蒙军其他将领又纷纷解劝说：“三子如初调习的鹰雏一般，方才出征，如此怪责，恐向后学上的心怠慢了。如今，日出入所在，皆是敌人，将俺如西蕃狗般使去，天若佑护，将敌人胜了，凡金银匹帛，都将来献。”经过这一番劝解，成吉思汗才息怒称善，并马上派各位将领，分头去执行征服各地的任务。这一记载说明征服“日出入所在”的一切地区，夺取那里的金银匹帛、财物、百姓，已成为成吉思汗的奋斗目标。因此有人将他看作“世界征服者”,确实是有充分理由的。历十二月，摩诃末就在里海的那个小岛上死去了，仓促之间没有衣服装殓，只用他的衬衫包裹了一下就埋葬了。“此灭国不少，斥地甚广君主之结局，如斯而已。”