慈禧依靠奕诉彻底粉碎了赞襄政务大臣。她深知她之所以能够垂帘听政，如没有奕诉的大力支持是不可能的，而且自己没有从政经验，凡事都离不开奕诉，所以，在垂帘听政之初，一切国家大事放手交给奕诉去办，想方设法笼络奕诉。比如，封奕诉为议政王的同时还封他“世袭罔替亲王”,即俗称的“铁帽子王”,王爵世代相传。奕诉对此封赠极力推辞。最后，慈禧改为赏他亲王双俸，加倍地给他俸米、俸银。又如，同治三年(1864)正月初二，慈禧封奕诉的大女儿为固伦公主。按惯例，只有皇后的亲生女儿才能获得固伦公主的封号，奕诉不是皇帝，他的福晋自然不是皇后，而他们的大女儿却得到这个封号，这在清朝历史上是空前绝后的。在同一天，慈禧又赏给奕诉在紫禁城内乘坐四人轿的特权，赏给奕诉的大儿子载激三眼花翎顶戴。再如，慈禧还将奕诉的母亲向咸丰皇帝争要而没要成的“康慈太后”的封号，送给了奕诉已故的母亲，并下令将其灵牌请进太庙，享受正式皇后的待遇等……

奕诉对西太后感激涕零，西太后对奕诉依为心腹。可是，旧的矛盾解决了，又出现了新的矛盾，所以这种和衷共济的关系并不长久。慈禧经过一段垂帘听政，对处理国事，驾驭官僚积累了经验，而奕诉果决善断，不拘小节，甚至僭越太后，招致了慈禧的嫉恨，乃至同奕诉发生冲突。

比如，奕诉为了尽快镇压太平军，他大力启用汉人官僚，如曾国藩、李鸿章等。此举为一些心胸狭隘的满族官吏所不满，甚至把风吹到慈禧耳边。慈禧对此也有想法。一次她责怪奕诉尽用汉人，挖苦地说： “这天下咱们不要了，送给汉人吧!”奕诉非但不服，反而同她争辩，把慈禧驳得无言以对，最后，慈禧赌气地说： “你事事同我为难，我罢你的官!”奕诉针锋相对地顶撞， “我是道光皇帝的六儿子，你能把我的官罢了，可是，你撤不掉我这皇子的身份!”说罢，索性不跪了，站了起来。慈禧觉得太丢面子，一时又说不过奕诉，最后竟使出了泼妇的手段，扯着嗓子喊： “你们看，六王爷要打我啦!”事情闹得不可开交，最终还是太监把奕诉连劝带推地送出宫门，才算完结。

另外，慈禧对奕诉在花销上对她的限制，更是难以容忍。奕诉兼管内务府，宫中的开支都要经过奕诉之手。慈禧生活一贯奢侈，花费甚大，奕诉有时予以限制，这便触怒了慈禧。再加上一些太监从中拨弄是非，使慈禧对奕诉更为不满了，恨不得立刻就把奕诉罢了官。

随着权势欲的膨胀，慈禧越来越感到奕诉居功自傲，功高震主，如不及早处置，说不定有一天受制于人。慈禧决心甩开奕诉，她在寻找时机。太后垂帘听政与议政王辅政的局面只维持不到四年，慈禧同奕诉的关系终于彻底破裂了。

同治四年三月初四日(1865年3月30日)早朝时，两宫太后召见军机大臣的时间破例地推迟了一小时，而军机大臣被召见之后要退出的时候，慈禧忽然拿起一个奏折，朝奕诉晃了晃，说道： “有人弹劾你。”奕诉犹如突然挨了一闷棍，一时乱了方寸，脱口问道：“是谁?”没等慈禧说话，奕诉满有把握地说： “准是丁浩干的。”慈禧看着两眼冒火的奕诉，不紧不慢地说： “不是。”这时，气急败坏的奕诉，把朝廷的礼仪忘在了脑后，盯着慈禧追问： “到底是谁?”奕诉的这番举动，在其他军机大臣眼里简直是犯上，都替他捏了一把汗，担心太后要怪罪下来。可是慈禧却没有动怒，仍然笑眯眯的。奕诉更冒火了，逼着慈禧说出弹劾他的那个人。慈禧装出被逼无奈的样子，说道： “是蔡寿琪弹劾你。”说罢，两眼直瞪着奕诉，嘴角微微颤抖着，两道眉毛也皱了起来。被激怒了的奕诉对慈禧面部表情的变化毫无察觉，高声喊道： “这个蔡寿琪不是好人!”原来，这个蔡寿琪是胜保的死党，在胜保被处决时他逃过了制裁，因他善于巴结，新近又当上了日讲起居注这一官职。他靠出入宫廷之便，结交上了慈禧的心腹太监安德海。从安德海的只言片语中，他获得了慈禧对奕诉已经不满的信息，于是，他连上两道奏章，攻击奕诉。他的奏章正中慈禧的下怀，可是奕诉对此却毫无所知。奕诉一听是蔡寿琪弹劾他，马上想起蔡寿琪种种劣迹，越想越气，不由得又叫了起来： “蔡寿琪这个混账东西在四川招摇撞骗，已经立案了，应该立刻把他抓起来!”慈禧忍不住了，用手一拍椅子的扶手，怒冲冲地说：“真太岂有此理了!毫无大臣的风范。”接着把脸一扬，对众军机大臣喝道： “你们都给我退下!”就连以脾气好出名的东太后也觉得奕诉太过分，脸也气红了。

慈禧喝退了军机大臣们，立刻传旨叫大学士周祖培、瑞常、吏部尚书朱风标、户部侍郎王发桂、内阁学士桑春荣、殷兆镛等人上殿。被传召进殿的这些大臣听说两位太后都发火了，吓得战战兢兢，跪在御座之前。慈禧让他们站起身，把刚才奕诉犯上的情景说了一遍，边说边哭，东太后也在一旁陪着掉眼泪。最后，慈禧眼泪一把，鼻涕一把地对群臣说： “你们可不能忘了老皇帝对你们的恩典，不要怕他恭亲王，你们依律议罪，速速回奏，越快越好。”老谋深算的周祖培深感这件差事难办，左不得右不得，弄不好到头来吃亏倒霉的是自己，他低声说道： “启奏太后，此事关系重大，非同一般，只能由两宫太后裁决，微臣不敢置喙。”慈禧一听，立即火冒三丈，气急败坏地骂道： “都像你这个样子，朝廷要你们这些人有什么用?难道你们就不怕以后皇上长大亲政时处置你们吗?!”周祖培谙于世故，他一点也没惊慌，照旧低声说： “处置恭亲王得有证据，不能仅凭蔡寿琪一道本章就给恭亲王定罪。太后息怒，请容臣等会同大学士倭仁共同查证，然后如何办理再向太后报告。”慈禧只好顺水推舟地说： “朕等你们明白回奏。”说罢就散朝了。

两天以后，周祖培与倭仁一起在内阁讯问蔡寿琪，叫他把弹劾恭亲王贪污、专横、徇私的具体事实摆出来。蔡寿琪支吾一阵，说： “卑职只是风闻人们议论，卑职尚未掌握具体事实。”打发走了蔡寿琪，周祖培与倭仁联名上了一道本章，把讯问查实的经过汇报了，最后提出请两宫太后可以裁减恭亲王的一些权力，这样对恭亲王有好处。

第二天，两宫太后召见周祖培和倭仁，慈禧拿出自己亲手写的错别字连篇的一道诏令，指示周组培、倭仁二人照此诏令办理，将奕诉的一切职务革去，不准再干预政事。

罢免奕诉的诏令一下，王公们群起反对。慈禧见此情形，知道打倒奕诉的时机尚未成熟，于是又召集权臣们重新商议。最后决定保留了奕诉总理各国事务衙门大臣的职务，把议政王和军机大臣的职务免除。

可是，慈禧没有料到奕诉一离开军机处，军机大臣群龙无首，立刻瘫痪了。一些支持奕诉的王公们，如醇郡王奕還、停亲王奕淙、肃亲王华丰以及权臣如大学士周祖培、军机大臣文祥、宝鋆、曹毓瑛等四处活动，为奕诉复出造舆论，想办法。文祥和宝鋆甚至向慈禧提出辞去内务府大臣的兼职，以便慈禧直接控制内务府，恣意享乐。这一招果然奏了效，慈禧暗示只要奕诉主动承认过失，可以考虑重入军机处。于是，支持奕诉的这班人马，立即说服奕诉向太后悔过，并代他草拟了悔罪奏折。

四月十四日，在奕诉罢黜一个月之后，两宫太后召见了奕诉。奕诉按照谋士们的主意，一见两宫太后便放声痛哭，伏地不起。慈禧的虚荣心得到了初步满足，当面说奕诉认错态度好，准许他重新主持军机处。可是，议政王的职务却没有恢复。

自此以后，奕诉对两宫太后变得小心翼翼了，尤其对慈禧，事无巨细倍加小心，唯恐触犯了她。慈禧与奕诉之间的矛盾暂时有所缓和，但裂痕还是无法弥补。自此后，西太后更是为所欲为了。