由于立储的失败，给康熙皇帝的晚年带来了无限烦恼和忧伤。他日夜不安，费心劳神。身体病弱，健康状况越来越不如前。
康熙皇帝自康熙四十七年(1708)九月废太子起，因伤心过度，大病一场。从此疾病缠身，日渐衰老。到康熙五十一年，须发尽白。康熙五十三年，被胤裸气得“心悸几危”。康熙五十四年，右手不能写字，只好用左手写朱批。康熙五十五年初，膀子觉有微痛，左手连背都不大好使。康熙五十六年夏天又病，冬天腿肿得下不了床，心神恍惚，身体虚惫，动转非人扶掖步履难行。康熙五十七年二月明显羸瘦，步履犹难；稍微早起，就“手颤头摇，观瞻不雅”,遇到心跳过速时，“容颜顿改”。同年四月，虽说比前大安些，但走动还须人扶掖。自康熙五十八年以后，虽然病情略有好转，但手脚仍不够灵便。去木兰围场及南苑行围，已不是骑马，而是乘坐四人抬的轿子。并且仍然病不离身，康熙六十年四月身体已经“违和”,仍于十六日前往避暑山庄。五月初旬又复着凉，病情加重，之后，稍行动或多说话便不胜倦乏，确实已是风烛残年。
康熙皇帝于康熙六十一年四月十三日至九月二十八日去热河避暑，并到木兰围场行围。刚刚回京不久，又在十月二十一日赴南苑狩猎。由于围猎十分辛苦，凌晨四时吃早饭。黎明前即一切准备就绪；行围时追逐野兽，也难免奔波劳累；加上入冬以后气温骤冷，以至于坚持半月之后，于十一月七日突然病倒，不得不返回畅春园。据《永宪录》记载，康熙皇帝于八日宣布：“偶患风寒，本日即透汗。”另据耶稣会教士透露，康熙皇帝症状是寒颤和发高烧，很像是重感冒，后引起并发症，于十三日戌刻(晚七至九时)去世。从七日病重，到十三日，七天的时间调治护理，还算不得猝死；没发现意外情况，应属于正常病故。
重病中的康熙皇帝，神志清醒，理所当然地要决定帝位继承人。七日从南苑回驻畅春园，九日因冬至将临，命皇四子胤祺到天坛恭代斋戒，以便代行十五日南郊祭天大祀礼。同时自己也宣布斋戒五日，不接奏章。十日、十一日、十二日一连三天，皇四子胤祺遣护卫、太监等至畅春园请安，均传谕“朕体稍愈”。十三日凌晨两点左右，病情恶化，命从斋所召皇四子胤祺速归，改派镇国公吴尔占代行祭天礼。四点左右，召见皇三子胤祉、皇七子胤祐、皇八子胤裸、皇九子胤糖、皇十子胤械、皇十二子胤袍、皇十三子胤祥、理藩院尚书隆科多等至御榻前，面谕：“皇四子胤祺人品贵重，深肖朕意，必能克承大统，着继朕登基，即皇帝位。”胤祺于十时左右至畅春园，先后三次进入寝宫探视和宽慰皇父。在最后一次见面时，康熙皇帝把自己的念珠赠给了胤祺，说是顺治皇帝临终赠予他的，让胤祺好好保存，理解其意义。当晚八时左右，康熙皇帝驾崩于寝宫。隆科多向胤祺宣布皇帝遗诏，二十日胤植即位，改年号雍正。
康熙皇帝最后传位于胤祺并不是偶然。康熙五十二年(1713)再废太子之后，鉴于公开建储的弊端，决定不立太子。但继承人这件大事，须臾未忘，只是不动声色，仔细考察，在诸子中选择“以朕心为心者”,默记于心，“不告知诸大臣，亦不令众人知”,直到生命的最后时刻，才口述遗命，面谕诸皇子及隆科多，钦定皇四子胤祺继承帝位。
这是康熙皇帝一生中最后一项高明的抉择。自废太子以后，在众多皇子中，皇四子胤祺是皇位继承人的最佳人选。他比较全面、成熟、稳健，品德和才能都很优秀，和皇父的君臣父子关系、和诸皇子的兄弟关系，都遵循儒家伦理道德行事，把大权交给他，康熙皇帝自然放心。自从康熙四十七年(1708)九月首次废太子起，诸皇子争夺储位的斗争异常激烈，康熙几次严令制止，多不听从，而胤祺却未陷入任何一方，只是遵照皇父谕旨秉公行事，因而博得其父的好感。康熙四十八年(1709)三月，复立胤祸为太子，同时晋封诸子。胤祺与皇三子胤祉、皇五子胤祺同被封为亲王。胤祺与胤祺都是从贝勒越过郡王，超升亲王的，由此可见康熙对他们最为满意。他俩的共同特点都是未明显的参与储位之争。
胤植并非对储位毫不在乎，但他不做伤害手足情义之事，从不在皇父面前议兄弟之非。他奉命与皇长子胤褪共同看守废太子，能据实代为陈奏正当要求，也常为诸阿哥陈奏求情，以致感动了康熙皇帝，称他“性量过人，深知大义”“似此居心行事，洵是伟人”。
康熙五十一年(1712)十月，皇太子胤初二次被废之后，诸皇子争储斗争再度活跃，废太子也不甘示弱，积极活动谋求复位。在这种形势下，胤祺的门下也有人为之出谋划策，建议参加争储角逐；或以算卦、问卜、天命所在之类美言相煽惑。胤祺也曾动心，并且也有通过属下人与地方督抚进行联系之举，如：通过与之关系好的川陕总督年羹尧联系新任四川巡抚蔡斑，但活动审慎，着手很晚，基本上是康熙皇帝逝世前一两年的事，因此未引起人们的注意和怀疑。
皇长子遭幽禁、皇太子被废黜，相继退出政治舞台，康熙皇帝便委派皇三子胤祉、皇四子胤祺及皇五子胤祺等，帮助自己处理政务。其中委派胤祉及胤祺的次数更多些。但自从胤祉属下人孟光祖，打着主子的旗号到山西、陕西、四川、湖广、广西等五省活动事件，在康熙五十六年(1717)被揭露以后，委派胤祉之事显著减少，而皇四子胤祺则进一步得到重用。如康熙五十七年(1718)皇太后的遗体安放地宫，康熙皇帝因病不能亲往，命胤祺去陵前读文告祭；康熙六十年(1721)康熙皇帝御极六十年大庆，需往盛京三陵大祭，因年迈不能亲行，于正月派胤祺携同十二阿哥胤袍、世子弘晟前往致祭；回京后，遇三月十八日万寿节，又命祭祀太庙后殿；同年冬至节，又命胤祺代自己行祀天大典；康熙六十一年(1722)十月，康熙皇帝发现天下钱粮各省皆有亏空，于是想到通仓、京仓仓米发放中弊端严重，也应彻底清查，若派遣他人，恐办不了，所以特命胤祺带领世子弘晟、辅国公延信、户部尚书孙渣齐、理藩院尚书隆科多、兵部右侍郎查弼纳、镇国公吴尔占等前往查勘。胤祺果然不负重望，至十一月六日，不到一月的时间，先后三次上疏奏报情况，并提出改进建议；同年十一月初九日，因冬至将届，康熙皇帝命胤祺往斋所恭代斋戒，准备令其代行十五日南郊祭天大典。冬至祭天属于大祀之首，一般都是由皇帝恭亲行礼，此前，唯一曾代他行过此祭礼的皇子就是太子胤初。自胤仍被废以来，不曾派其他任何一位皇子代他祀天；却于康熙六十年至康熙六十一年，竟一连两次命胤祺代行此礼，这不能不说明他在康熙皇帝心目中的地位。
胤祺实心尽孝道，与乃父的感情比较融洽。康熙皇帝曾当众表彰说：朕之诸子，多令人视养，唯四阿哥朕亲抚育。他能体朕意，爱朕之心，殷殷切切，可谓“诚孝”。康熙皇帝因废太子及诸子争储事，忧心忡忡，卧病不起，诸子多不靠前，只有胤祺和胤祉两人劝请就医，并请求由他们来择医护理。康熙四十七年(1708)十一月初旬，康熙皇帝病情加重，胤祺奉召至皇父跟前，流着泪提议选医调药治疗。康熙皇帝接受了他的建议，令他同胤祉、胤祺、胤裸等几位稍知药性的皇子，照顾服药后，病情好转，逐渐恢复健康。康熙皇帝晚年，家事不够称心，体弱多病，需要安慰。胤祺和胤祉经常请皇父到他们在京西和热河的花园游玩散心。康熙六十一年(1722)三月十八日，康熙皇帝生日前后，胤祺两次请皇父临幸圆明园观花。父子谈到高兴之际，胤祺向皇父提及爱子弘历(乾隆)。康熙皇帝当即召见，很是喜欢，命送至宫中养育，不久随从到热河避暑山庄。康熙皇帝带弘历临幸胤祺的狮子园，召见弘历的生母钮祜禄氏，连连称她是“有福之人”。一时祖孙三代、翁媳之间，雍雍睦睦，共享天伦之乐。
康熙皇帝晚年，在几位具备储君候选人资格的成年皇子中，皇四子胤祺既能敬天法祖，又有较强的理政才能，已为皇父所赏识和信任，所以比较起来颇占优势。康熙在弥留之际指定他为帝位继承人，是顺理成章的。
然而，争夺储位的失败者并不甘心。就在康熙皇帝去世的当天，胤裸在院中沉思，考虑如何应付未来的局面，对派他办的事务不予理睬；胤糖则突然走到胤祺面前，表现出傲慢无理的态度。胤械、胤祉当时虽无异常表现，但内心不服气，暗中对立。他们之间的矛盾并非仅仅是个人恩怨，而是根植于八旗内部封建领主制经济基础。他们每人都有自己的所属人口和亲信奴仆，每个人都在争夺储位的斗争中形成一支帮派势力，谁胜谁负直接关系各派势力的切身利益；斗争不可能由于新帝的即位而休止。败者方面新的进攻方式就是在雍正继位的合法性问题上大做章，千方百计地否定胤祺继位的合法性。一些关于康熙皇帝死因的传说，便在这种背景下逐渐传播开来。
有人传说，“圣祖皇帝在畅春园病重，皇上(指雍正)就进一碗人参汤，不知何故，圣祖皇帝就崩了驾，皇上就登了位”。意思是说康熙皇帝是由胤祺亲手谋害而死。
也有人说，先帝欲将大统传与十四子胤额。圣祖病重时，降旨召胤褪来京，其旨为隆科多所隐，先帝宾天之日，胤褪不到，隆科多传旨遂立胤植。与隐匿诏书相类似的传说是篡改诏书。说圣祖皇帝原传位于十四阿哥胤褪，皇上将“十”字改为“于”字。
传说的来源很清楚。雍正六年(1728)在湖南永兴县秀才曾静投书案中，揭露出关于雍正弑亲篡位的传言。经追查来源，多系胤裸、胤糖、胤械、胤褪等人门下太监所为。宣传胤祺以人参汤毒死其父、篡改诏书的何玉柱，即是胤械的心腹太监，传播的地点在三姓地方(今黑龙江省伊兰县)八宝的家中，而八宝又是胤械的手下人。雍正将有关上谕、审讯词及曾静口供，汇集成《大义觉迷录》一书，于雍正七年刊刻面世，颁布全国各府州县。雍正皇帝敢于将对自己极端不利的传言公之于世，表明他有十足的信心澄清事实，赢得舆论对自己的支持。
其实那些传说并不高明，存在诸多漏洞，可议之处甚多。
关于康熙皇帝被胤祺所进人参汤毒死之说。众所周知，皇帝进膳进汤进药，均由亲近太监、侍卫先事尝过，康熙皇帝也不会例外，即在病中，非常清醒，怎能喝下毒汤之类?更何况康熙皇帝防人谋害的警惕性甚高，从废皇太子开始，就极力注意保护自己。他在康熙五十六年(1717)说梁武帝的台城之祸，隋文帝的见害于逆子炀帝，深知《尚书·洪范》所谈“五福”,其中以“考终命”为最难得，因而对乱臣贼子下毒之类活动防范更严。早在废黜太子之前，即曾将与胤仍有非法关系的御膳房、御茶房用人处死。再者，康熙皇帝一向反对喝参汤。他在大学士李光地等人奏折上曾朱批，认为人参对人体有害无益，“北人与参不合”。可见，他不会同意喝什么人参汤。
至于说隆科多隐匿召十四阿哥胤褪来京的谕旨，也与事实不合。隆科多作为步军统领，虽负责畅春园周围的治安和保卫，但并不负责传宣谕旨。如果真有这个谕旨，依照清代圣旨颁发制度，应由亲近内侍转达内阁承办，拟成文字，再由兵部所管的驿站递送。隆科多并不经手此事，又怎能阻止谕旨下达?说有此类谕旨者，并没能拿出根据。关于篡改遗诏，将“传位十四子”改成“传位于四子”之说流传甚广，史学界早已有人做过论证。南开大学冯尔康教授认为，这种说法不合于清代的皇子称谓制度和文书制度。
《清实录》凡提到某皇子，前面必有个“皇”字，写作“皇某子”“皇某某子”。因此，遗诏应写“传位皇十四子”才合乎规范。若把这里的十字改为于字，诏书变成“传位皇于四子”,文理不通；再有，十字改为于字，在今天可以，因为“于”“於”两字通用，可是康熙时代不行。那时传位给谁，应用“於”字，不可能用“于”。可见，改诏之说不能成立。
还有一个关键问题，是康熙病重及弥留之际，身边是否仅有隆科多一人?他是否有可能凭借手中的步军统领之权，将皇帝完全控制在自己手中?这是不可能的。因为康熙皇帝提高步军统领权力，用以惩治豪强、抑制诸王、维护京师治安，但绝不让它发展到足以危及帝位的程度。尤其在处理前届步军统领托和齐结党会饮案之后，已经使他意识到争储皇子欲借助军权“兴兵构难”的危险，因而不能不设法加以防范。令皇子管理旗务便是重要防范措施之一。康熙皇帝于康熙五十七年(1718)十月，任命皇七子胤祐办理正蓝旗满洲、蒙古、汉军三旗之事；皇十子胤械办理正黄旗满洲、蒙古、汉军三旗之事；皇十二子胤袍办理正白旗满洲、蒙古、汉军三旗之事。这里包括与胤裸关系密切的正蓝旗，及上三旗中的正黄和正白两个旗。上三旗中的镶黄旗未任命皇子管理，可能是由康熙皇帝亲自掌管。直到康熙六十一(1722)年十一月七日康熙皇帝病重时，才任命胤袍为该旗满洲都统。上三旗侍卫及前锋、护军全面负责皇宫及畅春园等皇帝驻地的卫戍工作。康熙皇帝直到逝世之前，一直有效地控制与管理着上三旗，这就使隆科多很难有机会以自己手下的步兵取代上三旗侍卫，实现对康熙皇帝的控制。按惯例，皇帝行围必有诸皇子随侍，这次南苑行围也不例外，皇父七日病重回至畅春园，随侍诸皇子当然不会抛下不管。九日，康熙皇帝派胤祺去斋所恭代斋戒时，他正在康熙皇帝左右侍奉；而他能接受派遣前往斋所，说明康熙皇帝身边还有其他皇子侍奉，否则他会向皇父提出需有人侍奉问题。所以，康熙皇帝弥留之际，身边尚有除胤祺、胤祺(奉命斋戒与祭陵)之外的七名皇子与隆科多一起应召到御榻前，共同聆听遗命是合情合理的。康熙皇帝因心脑血管疾病，多年之前已不便书写，值此突然病重之际，更不可能留下亲笔朱批的遗诏。因此，所谓隐匿或篡改遗诏之说，很难成立。
有些学者认为康熙皇帝晚年已属意于皇十四子胤褪(原名胤祯)。主要根据是当准噶尔占领西藏之后，康熙皇帝于康熙五十七年(1718)十月任命他为抚远大将军，派往西北前线，委以进军拉萨，收复西藏、直捣伊犁、安靖边疆的重任。不可否认，满、蒙等北方民族，一向十分重视军功，而一旦取得巨大功勋，又确实是被立为太子、继承大统的重要条件。据此认定康熙皇帝是重用胤褪，胤褪是继胤裸之后储位的重要竞争者，都是可信的。至于康熙皇帝是否已内定他为皇储，或是否是唯一的储位候选人，尚有商榷余地。因为康熙皇帝在自己垂暮之年、体弱多病情况下，将唯一的一位皇位继承人长期置于远离京师数千里之外，无论如何都是说不通的。如果令其出征是为了创建功勋给立太子做准备，为何不在进兵安藏事毕，即令其在康熙
五十九年(1720)冬或康熙六十年(1721)初乘胜班师回朝?顺治年间进军东南及平定西南，都不是由一名大将军从始至终负责到底；而是出征一二年完成一两次重大战役之后，即胜利班师，另派大将军继续率师推进。可是康熙皇帝对胤褪并未这样做，而是藏事完毕，即令其从西宁移驻甘州，策划进军伊犁大计。而直捣伊犁，彻底解决准噶尔问题又非易事，从前线将领到康熙皇帝本人，都深知条件很不成熟，因而大举进兵日期一再拖延。在西北问题短期内不能解决的情况下，康熙皇帝仍然让他继续留在甘州前线，这就不能不促使我们考虑，康熙皇帝究竟准备如何使用胤褪。
还有一个因素很值得重视，那就是康熙皇帝最反对皇子结党。从胤仍到胤裸，都因结党而与储位无缘，至于胤褪，涉嫌胤裸之党，是有目共睹之事。胤褪曾在康熙皇帝面前冒死力保胤裸；胤裸见自己争储无望，便转而支持胤褪争储。一些原来支持胤裸的大臣，也都迫不及待地转而支持胤褪。胤褪受命大将军后，在朝野内外，继储的呼声骤然大增，其中就包括胤裸党人的游说活动。康熙皇帝对此类活动既敏感又反感，这对胤褪竞争储位所起的作用是相反的。胤褪有才能，但也最容易冒险生事，被人当枪使，令其出征在外，既分散胤裸的势力，又挽救了胤褪。不论康熙皇帝是否有此意图，客观上有此作用。储君似乎应在亲王中选拔。胤褪原来仅是贝子，任大将军后虽也称王，但无名号，说明在郡王中也只能排在末位。西藏立功之后，仍未能授与名号或晋封亲王，证明他在康熙皇帝心目中距离继承人尚有一段距离。
总之，现有资料证明，康熙是因病自然去世，胤祺是正常继承父业。胤祺自幼贴近皇父，对皇父的性格、心理及其旨意，都有较深的了解，他善于施展各种手法，顺着皇父的心意办事，使皇父对他有个“孝诚”和“性量过人”的印象。他又能在处理国家事务的实际工作中，显示出较强的政治魄力和胆识，获得父皇的信任。因此康熙皇帝把他留在身边，让他执行一些本该由他自己执行的事务。所以，胤祺在储位斗争中实际上已占据有利的地位，为他取得皇位铺平了道路。由此看来，胤祺被康熙皇帝定为自己的继位人，是比较符合实际的。后来，康熙皇帝开创的事业在雍正时期有的得到继续发扬，有的在康熙皇帝时期出现的弊端在雍正时代亦得到匡正。因而雍正时代是大清王朝又一个辉煌时代。