自康熙二十三年(1684),康熙皇帝决定开海之后，我国与日本及南洋各国的贸易迅猛增加，中国东南沿海各省之间的贸易也呈现繁荣景象。商品交换互通有无，促进了生产的发展和人民生活的改善。然而，三十年后，康熙皇帝改变了有进步意义的开海政策，再度实行禁海政策。这主要是由于受到来自两方面的威胁所致：一是沿海一带日益增多的“海寇”;一个是西方殖民主义势力。康熙皇帝尤其担心这两种势力勾结起来会铸成大患，危害清王朝统治。在想不出更好的解决办法情况下，只好选择封禁政策。
早在开海政策实行不久，便在沿海发现“海寇”的踪迹。其中有“奸徒”杂人商贩，出洋劫掠；或者本身实系商贩，因资本亏折而结伙肆行抢夺。但最初的“海寇”数量少、力量弱，一旦发现，随时可派兵将其扑灭，并未构成威胁。如据浙江、福建总督王骘在康熙二十七年(1688)十月奏报：发现浙江沿海有数起“海寇”,立即派温州、黄岩二总兵，“驾船出洋，克期痛剿”;随后又令定海总兵董大本，“出洋逐岙，逼搜贼腙，阅三十余日”。他们捣毁杨柳坑、大陈屿、思头岛等处贼巢，擒获贼首多人，缴获大小船五只。自称“统海大将军”的思头岛贼首杨仕玉负伤潜逃，王骘立即派人“诡投贼伙”,侦得杨仕玉隐匿之处及行动计划，将其擒获。经审讯，斩为首者十六人，其他杖流有差，释放被掳难民百余人。翌年，康熙皇帝南巡到杭州，对王骘大加奖赏，赐“御用冠服”,称赞他“凡事实心办理，操守清廉”。
但在康熙四十二年(1703)之后，形势有所变化。由于内地阶级矛盾激化，大批无业游民逃入海岛。“海寇”势力进一步增强，分布地区亦更加广泛，南起广东，北至山东，遍布东南五省沿海地方。面对日益增长的“海寇”骚扰，康熙皇帝曾经“欲严洋禁”,一度想到是否禁海问题。但从镇压镇草(今湖南凤凰县南)红苗事件中得到鼓舞，立即打消了禁海的念头，决定派内阁学士常授前去招抚。康熙四十三年(1704)正月二十一日，他对大学士等说：“此辈原系窃盗，众亦无几，春冬啸聚海岛，秋夏扬帆出掠。今往招之，彼必归诚解散”;“若抚之不来，当即兴师殄灭。如湖广红苗，从前边民无不被害，土司及地方文武官隐匿不报。昨岁致讨，彼奔逃无路，歼厥巨魁，宥其胁从，军威震慑，土司逻逻等无不股栗，翕然奉法。朕初以海寇故，欲严洋禁，后思若辈游魂，何难扫涤，禁洋反张其声势，是以中止”。为了顺利招抚，康熙皇帝还派人进行调查。发现山东海寇都是来自南方，因令常授以擒获的海寇做引导，以广东新会县沿海一带为重点，然后福建、浙江，以次向北招抚。常授按康熙皇帝指授的方略行事，很快奏效，据同年九月初六日疏报，仅在广东沿海，即有“贼首阿保位等二百三十七名，交纳枪炮器械投诚。愿为民者，安插原籍；愿为兵者，编入各营”。
然而，招抚只是暂时的缓解矛盾，并未能根除“海寇”。招抚了旧“海寇”,又产生了新“海寇”。至康熙五十年(1711)前后，“海寇”势力又进一步扩大，活动地区越过山东，达到锦州等地。由于擒获审拟正法的海寇多达五十余人，康熙皇帝不得不将其中相当一部分未与官兵直接对阵者，免死发往盛京、乌拉等处充当水手。另将投诚“海寇”陈尚义等百余人，竟归并盛京金州(今辽宁金县),设立水师营，调拨船只，令其“看守地方，巡防海洋”。康熙皇帝在长期剿抚“海寇”过程中逐步摸到“海寇”活动规律：“海寇”来自大陆，抢掠之后仍需回大陆过冬；“海寇”靠大陆及商船、渔船补充粮食、火药及其他物资。而这时的官兵战斗力不强，捕剿极不得力。据康熙皇帝说：“官兵出哨，或遇贼船四五只，官兵船止一二只，势不能敌，舵工又不奋力向前，将领亦无可奈何，不过尾随而已，何能剿灭耶?"不仅如此，官兵还凶恶地欺压渔民，乘其返航时，必“横索钱财，方令入口”,迫使许多贫苦渔民，不得回家，“遂为海贼”。在这种情况下，康熙皇帝便认为欲杜绝“海寇”,光靠招抚和追剿是无能为力的，唯有实行禁海，断绝“海寇”人员和物资补充，方能奏效。
西方殖民主义的侵扰并非从清代开始的。康熙亲自主持编修《明史》几十年，对明代情况了如指掌。《明史》“佛郎机”“吕宋”“和兰”三传，便是分别记述葡萄牙、西班牙、荷兰等西方三国来东方进行殖民活动的历史。这些殖民强盗侵扰中国有以下共同点：
其一，先以贸易为名而来，然后寻衅闹事，最终用武力侵占历来与我国友好的南洋诸国。如明正德六年(1511),葡萄牙侵占满刺加(马六甲),据其地，“逐其王”;明隆庆四年(1570),西班牙侵占吕宋(菲律宾),“乘其无备，袭杀其王，逐其人民，而据其国”,并一再寻找借口，大肆屠杀华侨，明万历二十六年(1598),荷兰开始在爪哇岛侵占噶啰巴，建立根据地，后又建巴塔维亚城(今印度尼西亚雅加达),作为侵略与统治南洋群岛的首府。
其二，进而以贸易通商手段，不断侵扰我国东南沿海地区。如明正德十三年(1518),葡萄牙以国王名义遣使来华要求通商，竟以船队侵占我广东东莞县的屯门岛，“久留不去，剽劫行旅”。明政府屡次令其退去，无效，于是在嘉靖元年(1522)以武力将其驱逐。次年，明军又于广东新会西草湾击败企图恢复屯门岛据点的葡军船队。明嘉靖二十二年(1543)至二十三年(1544),葡军又相继侵占我国宁波的双屿港及福建漳州的月港(今海澄)、浯屿岛。明嘉靖二十七年(1548),浙江巡抚朱纨遣军复双屿，次年，又大败葡军于福建诏安走马溪，收复语屿，将其从浙闽沿海赶走。荷兰于明万历三十二年(1604)、天启二年(1622)一再武装侵占我澎湖列岛，拦劫商船，杀人越货。被明军驱逐之后，其又侵占我国领土台湾岛，继续骚扰我东南沿海。西班牙殖民者亦曾侵占台湾北部基隆、淡水等地。
其三，殖民主义的侵略行径往往通过贿买内奸使其阴谋得逞。如明嘉靖十四年(1535),葡萄牙殖民主义者买通明指挥黄庆，将原设在广州后移到电白的市舶司移至嫁境(澳门),阴谋占据该地。后又买通明海道副使汪柏，佯言商船遭遇风暴，请求准其在澳门居住，晾晒货物，骗取停舶权。此后葡萄牙人便在澳门私自扩大居住区，“高栋飞薨，栉比相望”,逐渐占据该地。明政府虽照常派官吏管理，征收地租、税金，然而有些官员并不负责，“畏惧莫敢诘，甚有利其宝货，佯禁而阴许之者”。荷兰人侵占我澎湖，便是在海澄人李锦及奸商潘秀、郭震等人的帮助策划与引导之下实现的。康熙皇帝对于《明史》历史经验的记取，构成他制定新的禁海政策的历史渊源。
当然，更重要的是现实存在的威胁。康熙五十五年(1716)十月二十五日，康熙皇帝在畅春园内澹宁居听政完毕，召大学士、学士、九卿、科道近前，对他们说：“现今海防为要。前(江苏巡抚)张伯行曾奏，内地之来下海者甚多，朕疑此米贩往何处，留心察访。至船上水手，亦细加访问。海外有吕宋(菲律宾吕宋岛)、噶罗巴(今印度尼西亚雅加达)两处地方。噶罗巴乃红毛国(荷兰)泊船之所，吕宋乃西洋(西班牙)泊船之所，彼处藏匿盗贼甚多。内地之民希图获利，往往船上载米带去，并卖船而回，甚至有留在彼处之人”。粮食、船只、人员外流严重。二十六日，康熙皇帝又对大学士、九卿等又谈到海防问题，其中说他南巡过苏州时，访问船厂，得知：“每年造船出海贸易者多至千余，回来者不过十之五六。其余悉卖在海外，赍银而归。”康熙年间，英国商人也来到东方，既想贸易，又不肯交税，经常纠集他国商人无理取闹。所以，广东碣石总兵陈昂奏疏说，“粤东红毛有英圭黎(英吉利)诸国，最为奸宄”。根据西方殖民者过去和现实表现，康熙皇帝预言“海外如西洋等国，千百年后中国恐受其累”,因而要求臣下“务须安不忘危”。
除“海寇”和西方殖民势力而外，使康熙皇帝放心不下的是汉人与海外的联系。他注意到“海外有吕宋、噶喇巴等处，常留汉人，自明代以来有之，此即海贼之薮也”。还有“台湾之人，时与吕宋地方人，互相往来”。因而提出“须预为措置”。康熙皇帝虽然早已采取团结汉族官员和地主阶级的政策，但其内心对汉人仍怀有戒心，说汉人不如满人、蒙古人心齐，“朕临御多年，每以汉人为难治，以其不能一心之故”。如果康熙皇帝仅仅是对汉人缺点的批评，并非不足取。其实他最担心的是汉人与清政府不能一心，防范由于开海而使海内外汉人借机联合起来推翻大清王朝。当后期国内阶级矛盾尖锐时，康熙皇帝对此更加警惕。这也是他实行禁海政策的原因之一。
康熙皇帝于康熙五十五年(1716)十月提出禁海问题，阐明禁海理由及原则。康熙五十六年(1717)正月，兵部等衙门遵旨，会同陛见来京的广东将军管源忠、福建浙江总督觉罗满保、广东广西总督杨琳，根据康熙皇帝谕旨，议定禁海的规定。经康熙皇帝批准，下达执行。
这次禁海与之前禁海不同，不是一切禁绝、寸板不许下海，而是区别对待、内外有别。其总的原则是：中国商船同东洋贸易照旧，同南洋吕宋、噶啰巴贸易禁止；外国商船前来贸易照旧，地方文武官员严加防范；禁止向国外卖船、运米出境和人员留住国外。从中可以看出，康熙皇帝禁海的目的，不在断绝对外贸易，而是在于割断内部敌对势力与外部殖民势力的联系，防止国内与侨居国外的反清势力结合，以确保大清江山永固。由于中国需要从日本进口铜，更主要的是，日本人当时还没有侵占中国领土、威胁中国安全的行为，所以允许中国商人与东洋(日本)照常贸易往来。禁止中国商人去南洋，是由于南洋各国已被西方殖民势力所控制；那里有华侨，还传说吕宋岛有“前明苗裔”。允许外商来中国，在中国领土上进行贸易，则便于限止他们除正常贸易之外的其他非法活动。
根据这些总的原则，康熙皇帝还提出一系列禁海措施，并召广东将军管源忠、闽浙总督觉罗满保、广西总督杨琳来京，令兵部等衙门与之会议，逐项讨论，具体落实。
第一，加强对商船、渔船及有关人员的管理。早在宣布禁海前两年，即康熙五十三年(1714)三月初三，康熙皇帝采纳江苏巡抚张伯行建议，规定：“商船、渔船，前后各刻商、渔字样，两旁刻某省、某府州县、第几号商船、渔船及船户某人。巡哨船只亦刻某营第几号哨船。并且商、渔各船船户、舵工、水手、客商人等，各给腰牌，刻明姓名、年貌籍贯，庶巡哨官兵，易于稽察。至于渔船出洋时不许装载米酒，进口时亦不许装载货物。违者严加治罪。”禁海之后，对船只和有关人员的管理进一步加强。康熙
五十六年(1717)正月初十，康熙皇帝对内阁学士星峨泰等人说：“尔等曾出江南海差，海船一年造若干，应令报名监督，于出洋时将前报过造船人名与船只字号，逐一查对，方不致隐匿。”同月二十五日又规定：“嗣后洋船初造时，即报明海关监督，地方官亲验印烙，取船户甘结。并发给船户船单，填入船只尺寸、客商姓名、货物、贸易地点等。令沿海口岸文武官照单严查，按月册报督抚存案。出洋人员每日每人准带食米一升，并余米一升，以防风阻。如有越额之米，查出入官，船户、商人一并治罪。如将船卖给外国，造船人与卖船之人皆立斩。出洋人留在外国，将知情同去之人枷号三个月；该督行文外国，令将留下之人解回立斩。沿海文武官，对私卖船只、多带粮米、偷越禁地等事隐匿不报，从严治罪。行文山东、江南、浙江将军、督、抚、提、镇各严行禁止。”
第二，在海坛(今福建平潭岛)、南澳(今福建南澳岛)设官阻截私往南洋贸易的船只。并于东南沿海冲要地方设立炮台，增加驻军，充实水师，经常巡查，严拿违禁者。至康熙五十八年(1719)五月，据广西总督杨琳报告，“广东沿海险要地方，修筑炮台、城垣、汛地共一百二十六处；盖造营房共一千三百八十间，拨守官兵共三千九百九十一人，安炮八百零七位”。其他各省，也照此办理。康熙年间，属于松江府的上海，地位日益重要，原有守备一员、千总一员、把总二员、兵二百七十五名，不足用。经两江总督奏请，康熙皇帝于五十七年(1718)六月决定将提督右营官兵移驻上海，其原驻的黄浦营改为水师营，添设船只，专在海上巡查。沿海其他各处口岸，亦各派官兵防守，并拨文官“盘验船只，严拿奸匪”。
第三，对沿海各省之间往来的商船、渔船实行盘验与护送。规定“凡往台湾之船，必令到厦门盘验，一体护送，由澎而台，其从台湾回者，亦令盘验护送，由澎到厦”。凡往来台湾之人，必定地方官给照，方许渡载，否则不准，“如有犯者，官兵民人分别严加治罪”。
第四，慎选沿海各省督、抚。广东巡抚员缺，廷议推举汉人担当。康熙皇帝说，“此滨海要地，汉人不可，应用满洲”。理由是“地方遇有仓猝军务之事，即可领兵而行。满洲，裹粮随处可以行走。若汉人，一日不再食，便不堪矣”。于是，康熙皇帝选中已故舅父佟国纲次子法海担任这一要职。其实，法海自幼养尊处优，入仕后又一向担任内廷文职，根本不会领兵。但他十分可靠，并善于团结汉人。康熙皇帝口未讲出，实则是对汉人不放心。
从以上种种措施可以看出，这次禁海最大特点是内紧外松。主要在于管好自己的船只、人员和出口物资，加强沿海防御。对于外国来华商船，原则上提出“令地方官严加防范”。至于如何防范，并无具体明文规定。广东碣石总兵官陈昂主张：“于未入港之先，查取其火炮，方许进口”“另设一所”,加以管束；“每年不许多船并集，只许轮流贸易”。两广总督杨琳不同意陈昂的建议，他认为：外商为了与中国贸易，尚能遵守中国法令，“数十年来，沿袭相安”,他主张：“应听其照常贸易，将该镇所请查取火炮、另设一所管束、轮流贸易之处，无庸议”,仅于外国商船到时，“令沿海文武官弁昼夜防卫”即可。康熙皇帝对杨琳主张表示同意，并谕令“西洋人之处，著俟数年，候旨再行禁止”。这就是说，对外国来华商船，未做任何明文限制。此外，虽然限制华商去南洋贸易，但澳门葡萄牙人与南洋的贸易及华商经广州与安南(今越南部)的贸易，经总督奏请，“不在禁例”。
事实上，康熙皇帝的禁海政策，对暂时防止“海寇”泛滥，以及“海寇”与西方殖民势力勾结，巩固清朝统治的确有一定的意义。但从长远的意义上考察，它是落后的、保守的政策，因为它不利于沿海地区经济的发展。虽然它并未中断对外贸易，但却使中外贸易受到很大的限制。中国商人和渔民已不能自由外出；外国商人虽然能自由来华，但也不能与中国商民自由接触，而是在严密监视下，由洋行等中间机构代办。并且，出口的商品也有严格限制，除禁止硝磺、军器、火药、钢铁、粮食、马匹、书籍出口之外，后来生丝也被列入禁项。因此，禁海对我国东南地区商品经济的发展及沿海人民的生活都产生一定的影响。闽人以海为生，禁海后，虽偷越禁洋者不一而足，然而究竟不能任意往返，结果是“土货滞积，而滨海之民半失作业”。有人将禁海前后东南沿海人民生活作了对比，写道：“南洋未禁之先，闽广家给人足，游手无赖亦为欲富所驱，尽入番岛，鲜有在家饥寒窃劫为非之患；既禁以后，百货不通，民生日蹙”“一船之敝，废中人数百家之产”“使沿海居民，富者贫，贫者困，驱工商为游手，驱游手为盗贼”。康熙六十年(1721),台湾爆发了朱一贯领导的农民起义，与这次禁海有直接关系。因闽广之民偷越禁洋，不能任意往返，集聚台湾者日多，“或为饥寒所迫，或为不肖官员刻剥”,便被迫杀死官兵，爆发了起义。康熙皇帝清楚地看到了这次起义由内地之民在台湾举事，但他没认识到是因为自己禁海所引起的错。
在中国历史上，实行禁海政策，并非康熙皇帝首创。但清政府后来的闭关自守政策却与他这次禁海政策一脉相承。清代限制与禁止海外贸易，限制与禁止中国人出洋经商或从事其他事业以及居住国内外的自由，限制与禁止外国人与中国人交往。这些，在康熙皇帝的禁海令中已开其端。闭关自守政策是落后的封建经济的产物，是对比封建主义进步得多的资本主义的政治、经济、文化关门，把自己禁锢在小天地里，孤立于新兴的资本主义世界之外。
总之，禁矿与禁海，是康熙皇帝在历史上的倒退，表明他晚年不够大胆有为，思想趋于保守。