康熙皇帝征讨噶尔丹所取得的胜利，是具有深远意义的。它扫除了漠北、西北地区一大不安定因素，稳定了那里的社会秩序，在不同程度上加强了清廷对喀尔喀蒙古、厄鲁特蒙古的统一管辖。尤为重要的是其巩固边防、对外反侵略的意义。沙俄侵略势力对我国蒙古族居住地区的侵略，寄希望于噶尔丹的配合。康熙皇帝为了保卫中国领土的安全和完整，不仅除掉了噶尔丹，而且进一步团结众蒙古，筑成一道抗击沙俄南侵的铁壁铜墙。如他所云“本朝不设边防，以蒙古部落为屏藩耳”。

康熙皇帝对蒙古各部采取“乱则声讨，治则抚绥”“宣威蒙古，并令归心”的方针，在其祖父太宗皇太极统一漠南蒙古基础上又统一漠北喀尔喀蒙古，并部分统一漠西厄鲁特蒙古，只有准噶尔部策妄阿拉布坦仍保持朝贡关系。他为了对蒙古各部(包括内蒙)进行有效的管辖与治理，采取了一系列措施。包括推行旗盟制度、建立法律制度、设立台、站巡边制度等，尤其是确定“兴黄教以安众蒙古”的国策以及与蒙古上层世代联姻的政策。

“兴黄教以安众蒙古”是清廷既定的国策。这项政策由客观实际情况所决定。明万历六年(1578),达赖三世索南嘉措和漠南蒙古右翼土默特的俺答汗在青海湖东面的仰华寺会面，达赖三世向十万余人讲经传法，此后，黄教在内蒙古兴盛起来。俺答汗在归化城建立寺院，喇嘛教僧人不断前来布教。明万历十五年(1587),控制喀尔喀左翼的阿巴岱噶勒照台吉到归化拜见三世达赖索南嘉措，三世达赖给阿巴岱上“汗”号。阿巴岱回喀尔喀尊崇并推广黄教。从此，黄教传入喀尔喀蒙古。顺治六年(1649),喀尔喀非黄教哲卜尊丹巴胡土克图改宗黄教，黄教在喀尔喀蒙古取得统治地位。噶尔丹兴兵作乱的关键时刻，哲卜尊丹巴率众归附内地，表现了对清王朝的思心。因而，康熙皇帝尊重蒙古人民的宗教信仰，并利用黄教为其统治服务。

长期以来，黄教的唯一中心在拉萨，哲卜尊丹巴的地位不仅达赖喇嘛派出的僧侣代表。因此，在库伦伯勒奇尔会盟时，哲卜尊丹巴胡土克图与达赖喇嘛的代表噶尔亶西勒图平起平坐，竟被噶尔丹视为“非礼”,作为兴兵的一个借口。当时，西藏第巴借达赖五世的名义，暗中支持噶尔丹，与清廷对立。因此，多伦会盟时，特封哲卜尊丹巴胡土克图为大喇嘛，掌管漠北黄教事务。“哲卜尊丹巴胡土克图成为黄教的第三大活佛”。多伦汇宗寺建成后，由哲卜尊丹巴主持，成为寄居于内蒙古喀尔喀蒙古部众的宗教中心，影响大漠南北。哲卜尊丹巴胡土克图回漠北以前，从康熙三十年到三十四年，每年秋天率蒙古贵族去木兰围场朝见康熙皇帝；康熙皇帝“或间岁一巡，诸部长于此会同述职”。喀尔喀蒙古返漠北后，清政府拨白银十万两，兴建库伦庆宁寺，该寺遂成为漠北宗教中心。康熙三十六年(1697),康熙皇帝令章嘉胡土克图居多伦汇宗寺，以后又为他建多伦善因寺。康熙四十四年

(1705),封章嘉为“灌顶普善广慈大国师”,令其总管内蒙、京师、盛京、热河、甘肃及五台山等地黄教寺院。于是，达赖、班禅、哲卜尊丹巴、章嘉四大活佛分掌前藏、后藏、漠北、漠南教务。这四大活佛都直辖于清廷。这样一来，既保护了黄教，又分割了黄教势力，削弱了西藏达赖喇嘛对漠南、漠北蒙古的控制能力和政治影响，收到了分而治之的政治效果。康熙皇帝尊重蒙古的宗教信仰，但不作无原则的迁就，对其不利于清朝统治之处进行限制和诱导，如严禁喇嘛将家奴或内地家人作为班弟，以限制不服兵役、不从事生产劳动的喇嘛人数增加。康熙皇帝屡次下令，禁止喇嘛以广修庙宇为名侵占民田，或诈称胡土克图转世，坑骗牧民财产。为改变蒙古牧民迷信喇嘛“至破**家产不以为意”的风气，指示“教养蒙古”的官员“蒙古惟信喇嘛，一切不顾，此风极宜变易。倘喇嘛等有犯法者，尔等即按律治罪，令知惩戒”。西藏和准噶尔利用达赖喇嘛之名进行欺骗，反对朝廷的活动，康熙皇帝则坚决地与之进行斗争。

康熙还继承了清廷入关前与蒙古联姻的政策。早在清廷入关前就与内蒙古贵族联姻，将公主和皇室宗女嫁给蒙古王公，并娶蒙古贵族之女为后妃。这种结合是双方的政治需要，清政府通过它加强巩固对那些边远地区蒙古各部的控制；蒙古贵族利用额驸和皇亲地位发展自己的势力。

康熙皇帝继承了这种联姻政策，将四名公主、一名侄女、若干名孙女和宗室的女儿嫁给内蒙古巴林、喀喇沁、翁牛特、科尔沁等部，以巩固与内蒙古的政治联盟。他还把这一政策推行到喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古。康熙三十六年(1697),康熙以第六女和硕恪靖公主与喀尔喀蒙古势力雄厚的土谢图汗部联姻，通过这一桩婚事，牢固地把土谢图汗部掌握在清王朝手中。此后，又有康熙的孙女、允祥之女和惠公主下嫁喀尔喀左副将军、亲王丹津多尔济长子多尔济色布腾。扎萨克图汗策妄扎卜尚县主，为多罗额驸，旋晋和硕额驸；康熙第十女和硕纯悫公主下嫁喀尔喀蒙古赛音诺颜部部长善巴堂弟策凌，授策凌和硕额驸，寻赐贝子品级；策凌之弟恭格喇布坦尚郡主，为固山额驸。

和硕特蒙古的一支阿拉善蒙古扎萨克和罗理巴图尔额尔克济农的第三子阿宝，康熙四十三年(1704),康熙命其“尚郡主，授和硕额驸，赐第京师，命御前行走”。

康熙四十八年(1709),“阿拉善扎萨克贝勒和罗理卒，子阿宝袭，遣归游牧”。其后，阿宝参加对策妄阿拉布坦作战、护送达赖喇嘛进藏等军事行动，并统兵驻防拉萨，后晋封郡主。阿拉善部在清朝统一青海、西藏、天山南北的事业中起到了重要作用。

对准噶尔部，康熙皇帝以同样政策进行笼络。噶尔丹子塞卜腾巴尔珠尔被俘时十四岁，授一等侍卫，康熙四十五年(1706),命阿达哈哈番觉罗长泰之女，照镇国公女例，“授为乡君，妻之”。授塞卜腾巴尔珠尔为镇国公婿。噶尔丹的侄孙丹津阿拉布坦之子策灵旺布及塞卜腾扎布都与皇室结亲，被封为和硕额驸。

联姻，是封建王朝的一项重要政策，它对康熙朝皇帝和整个清王朝统治蒙古各部起了不可忽视的作用。

总之，康熙皇帝对蒙古恩威并施，因其教不改其俗，齐其政不易其宜，加强了对大漠南北及青海蒙古的管辖和治理，为其后彻底解决新疆准噶尔部问题创造了良好的条件；密切了蒙古和清王朝的关系，在北方筑起一道遏制沙俄入侵的坚固城墙。