湖南叛局即定后，康熙皇帝为准备进兵川、云、贵，重新部署了各路大军的方位与任务：命勒尔锦回驻荆州，调度荆、岳、彝陵(宜昌)、襄阳等处军务，进兵湖北归州(秭归)、巴东等地，扑灭山贼，规取兴安，以配合陕西军队进占四川；察尼进取辰州(湖南沅陵)、沅州(湖南芷江),调度澧州以南军务，以打通进黔要路辰龙关；岳乐进取宝庆府(邵阳)、武冈州等地，攻取另一进黔门户枫木岭；喇布与穆占合兵平永州等地，并拨精兵每佐领三四名，由希佛率赴将军莽依图军前，支援广西，以开辟新的入滇路线。岳乐进攻武冈枫木岭，因广西巡抚傅宏烈由后路断敌饷道，进展顺利，八月克复。攻取辰州辰龙关之战进行时间较长，康熙十九年(1680)三月攻克，守贼溃遁，辰州伪知府、伪将军等率众归降。这时，进军四川、云南、贵州条件已成熟。

这是平定三藩战争最后一场战略大决战，赵良栋等人从四川、赖塔从广西、彰泰从贵州，齐驱云南省城昆明，直捣吴军老巢。

康熙十八年(1679)年初清军收复岳州，湖南大局已定，康熙皇帝便计议收复陕西的汉中、兴安，进取四川。以大将军图海为首的驻陕满族将领，保宁之役，屯兵坚城之下，被抄后路、断饷道，精锐满兵伤亡殆尽的惨痛教训，便心有余悸。康熙皇帝见满将怯懦，而汉将赵良栋等人主动请战，便决定以绿营兵将为主，完成关键性的战斗任务。

同年十月初十，康熙皇帝谕令将军张勇、王进宝、提督赵良栋，孙思克各率所属绿营兵平定汉中、兴安，恢复四川。尔部前进，满洲官兵，也相继进剿，为你们接运粮饷。张勇上疏反对，而王进宝、赵良栋等人则积极执行，是年十月中旬，相继出兵。王进宝先收复陕甘交界的凤县、两当县，十月下旬，进兵武关、鸡头关，收复汉中府，直抵川陕边界的青石关，迫使王屏藩退守保宁府。赵良栋夺密树关，复徽县(属甘肃),十月二十七日，抵略阳，败吴之茂，乘胜克复进川要道阳平关。康熙皇帝闻讯，立即部署配合赵良栋、王进宝入川事宜。是年十一月初九，令将军吴丹，偕总督哈占，速统八旗，为进定四川绿营兵后应，运致粮饷，相继不绝，毋使军机有误。同日，又令湖广提督徐治都率兵自湖北宜都溯江而上，从侧翼进军四川。

赵良栋、王进宝在是年十一月会师宁羌州(陕西宁强)大安驿，奏请两路进兵，康熙皇帝当即批准，于同年十二月二一日谕：提督赵良栋与将军王进宝分兵两路前进。赵良栋授为勇略将军，给予敕印。陕西通省及各处官兵，凡系王进宝、赵良栋两将军所调，大将军公图海即速为遣发，至指定地点，勿至有误。王进宝、赵良栋遵谕，各凑足万余人，在同年十二月二十六日同时从大安驿出发，分两路进军四川。赵良栋经平阳关入川，西向白水坝，于元旦黎明跃马横刀，浮水渡江，大败吴军。在追击逃敌中，到青川石峡沟又败吴伏兵。龙安府(四川平武)伪总兵归降。赵良栋从龙安南下，于康熙十九年(1680)正月十一日至成都二十里铺，伪巡抚率众迎降，从而顺利收复成都。与此同时，王进宝经青石关入川，于正月十三日经过激战攻克保宁府(四川阆中),王屏藩自杀，伪将军吴之茂被擒。汉将自成一军，仅用三个月的时间便收复四绝大部分地区。

康熙皇帝在进兵云贵前夕，他又按“满汉合兵”制重新部署了军事力量。康熙十九年(1680)二月初一，将两路进兵合为一路，命将军吴丹、鄂克济哈与赵良栋等同时进取云贵。吴丹实际上成为四川战场上的主帅，赵良

栋退居第二位，王进宝以病为由请罢。康熙命回固原治疗，标下官兵由其子王用予暂行统领，驻扎保宁。

同年三月下旬，赵良栋以云贵总督身份提出一个四川、湖广(经贵州)、广西三路进兵云贵的方案，定期八月终各路齐进，直捣云南。对此，康熙皇帝表示赞同，并指示如有机可乘，不必等待定期，即可相机率师直进。但因三月至八月正忙于解决尚之信问题，无暇顾及进兵云贵之事，各路行动均较迟缓。吴军主力马宝、胡国柱、夏国相等，乘机向清军实力较弱的四川进犯，泸州、永州(四川叙永)、叙州(宜宾)诸处陷落，谭弘等复叛，夔州府民变，四川战场出现了反复。不过，吴军向四川分兵，则削弱了其在云贵的防守力量，造成清军中路、南路进兵云贵的有利时机。康熙皇帝及时把握战机，于是年九月初八令贝子彰泰率兵速取贵阳，分兵以取遵义。

又于九月初十日授赖塔为征南大将军，令其由南宁直进，速定云南。

康熙二十年(1681)正月初一，赖塔在平定两广之后，从广西最西部的西隆州(隆林各族自治县)出发，大败伪将军何继祖等，夺石门槛隘口，恢复安隆所。又在同年二月初二大败伪将军詹养等两万贼众于贵州西南端的黄草坝(贵州共义),打开进滇门户。同年二月十二日，兵至云南曲靖府，十五日从曲靖府起行，相继收复马龙州、易龙所，十六日收复杨林城、嵩明州，进抵云南首府昆明。康熙皇帝对赖塔谨遵谕旨，十分满意，曾说“平定云南，赖塔之功最大。”

与此同时，久驻云贵边界观望不前的大将军贝子彰泰，也率部向昆明进军。两路大军会师于归化寺，在是年二月十一日大败出城列象阵拒战的吴军万余人，然后进围昆明。云南、贵州的少数民族因痛恨吴三桂的暴政，感恩于清廷以往对彝、苗各族的优待，大力支援清军，协助解决军饷，对战局的发展起了重要的作用。康熙特嘱大将军贝子彰泰，要奖励苗彝各族。

在四川方面，康熙皇帝重新起用王进宝，驰赴保宁，兼守汉中，以对付谭弘父子的骚扰。并调换指挥不得力的满洲将军吴丹和鄂克济哈，代之以署西安将军佛尼勒为建威将军，调遣永宁一路；以都统觉罗纪哈里为宣威将军，调遣建昌一路。令其驰赴赵良栋军前，会商剿贼，力争就地歼灭入蜀吴军。当康熙皇帝得知胡国柱等人逃遁消息之后，于三月二十日急令将军佛尼勒、赵良栋等人“于文到之日，即各统官兵速行追击，勿使其援云南之敌。赵良栋从三月起追剿胡国柱于观音崖，五月收复泸州、叙州(宜宾市)、永宁(叙永),七月取建昌(西昌),乘胜渡金沙江，进入云南武定州继续追剿。胡国柱由鹤庆入云龙州，因走投无路而自杀；马宝逃到姚安，被迫投降；夏国相逃至广南势穷乞降。赵良栋完成追剿任务之后，于九月率宁夏兵抵昆明”。

至昆明后，赵良栋发现，先到的两位大将军离昆明四十余里安营，并未设兵断敌水路，致使贼众米粮照旧运行，城内并无危急。而清兵十余万围城九月未下，粮饷供应已较困难。因此，他主张就近速战，并要求担任主攻。大将军贝子以满洲贵族特权为重，却不顾大局，断然拒绝这一正确主张。幸好赵良栋已向康熙皇帝奏请，并得到支持。

同年九月二十二日，康熙皇帝以云南省城围困已久，若不从速克取，未免劳敝兵民，糜费粮饷。命大将军贝子彰泰、赖塔等人，均派戴罪官兵及投诚绿营官兵，速行攻取云南省城。同年十月初八日，彰泰等人遵旨攻城，因指挥失利，而无进展。同月二十日，公议令赵良栋破南坝之贼，赵良栋于二十二日夜率所部，亲冒矢石，破南坝，夺玉皇阁，近逼新桥。贼据桥死战。赵良栋伏骑兵于南坝两岸，分步兵为三队，在墙外营壕，持大刀督阵。同月二十五日夜攻桥，贼殊死挣扎，伪国公郭壮图亲自上阵搏战，三进壕墙；而伏兵三起应击，贼败走，赵良栋夺桥追至三市街。贼兵见抵不过清兵，人心开始动摇。这时，彰泰令诸军齐进，在桂花寺大败吴军。二月二十八日夜，逆首吴世璠、郭壮图及其子郭宗汾自杀，次日伪将军纱缄等人率众出城投降。

至此，为时八年的平叛战争胜利结束，这年康熙已二十八岁。这场大规模的战争，锻炼了年轻的皇帝，最初由于经验不足，处理“三藩”问题有些冒失，而后在指挥作战中逐渐走向成熟稳健。他总结自己战争前后的变化说：“前者，凡事视之以为易；自逆贼变乱之后，觉事多难处，每遇事必慎重图维，详细商榷而后定。”其在战后所采取的区别对待，分期分批隐步撤藩的办法，就显得很成熟。这时的康熙清楚地认识到撤藩是巩固大清统治、实现国家统一的根本，势在必行。此时，吴藩在战争中灭亡，耿精忠、尚之信两藩也被削弱，但撤藩方式仍需谨慎。康熙十九年(1680)三月，四川、湖广、广西已平定，即将进兵云贵时，康熙皇帝就暗中着手处理尚之信、耿精忠二藩问题。尚之信归顺朝廷，康熙皇帝指望他能出兵湖南，协助朝廷剿灭吴三桂，然而他却心怀二意，不肯出力。平南王下护卫张永祥、张士进赴京告发尚之信归正后仍怀二心、擅杀无辜诸罪状。广西巡抚傅宏烈也上密疏准论劾尚之信归正后，卖官虐民，抄家充饷，重敛横征，及不服调遣等罪。

鉴于此，康熙于三月初六，命刑部侍郎宜昌阿、郎中宋俄托等，以巡视海疆为名赴广东，会同平南将军赖塔密商处理此事。藩下都统王国栋领会意图，伪造尚之信的母亲舒氏、胡氏揭发其罪行的《告变疏》。尚之信之弟尚之节一怒之下杀死了王国栋，尚藩八千藩兵也于五月十三日夜从广西循归。将军赖塔立即率满兵擒拿尚之节等，经审讯，确认罪状。康熙皇帝为了安抚尚藩军心，稳定局势，于同年八月十三日令尚之信来京核实情况，并非欲治以法；不想解散藩兵，尚之信来京期间，藩兵暂属尚之孝；令诸官兵常念国恩，释去疑虑，各保身家妻子。半月之后准备就绪，才对尚之信及有关人员作出处理。以尚之信不忠不孝，法应当斩，但因曾授亲王，从宽赐死；逆党尚之节、李天植等人按律正法。但对一向忠于清廷的尚可喜，则不因其子反叛而受株连。相反，一再表彰尚可喜忠诚劳苦、坚守臣节的美德，并以其航海归诚，不肯从逆有功，而对其妻舒氏、胡氏从宽免死，并免没收其家产；对其子尚之孝、尚之璋、尚之隆等人从宽，免革职枷责。由于掌握时机，注意策略，区别对待，因而未大动干戈就顺利处理了尚之信。

随后，康熙皇帝便着手撤销尚藩建制。于十九年闰八月十二日决定：将尚之信标下十五佐领官兵分入上乏穆汗夸驻广东，另设将军、副都统管辖，其三个总兵标下兵丁，裁一留二，也令新设将军管辖。然后，批准和硕额驸尚之隆、随内大臣班尚之孝的请求，令其前往广东，搬取尚可喜骸骨及家口，迁往海州(今辽宁海城)。此后，又将尚之孝、尚之隆等家下所有壮丁分为五佐领，隶汉军镶黄旗下。

康熙皇帝对耿精忠的处理更为谨慎。早在康熙六年十一月，藩下参领徐鸿弼等即遣人赴部，首告耿精忠归顺之后仍蓄谋反叛，列罪状五款。康熙皇帝留疏不发，而策划调虎离山之计。康熙十九年(1680)正月初六，谕令康亲王杰书设法劝耿精忠自动要求赴京，但不可轻举。杰书遵旨开导，耿精忠于四月上疏自请陛见。康熙皇帝立即准其来京，并授耿藩所属都统马九玉为福建将军，统福州府靖南藩下官兵。这实际上是削夺了耿精忠的兵权。同年八月，耿精忠到京城后，康熙皇帝将以往有关耿精忠罪状的留疏交法司勘问，但并未按部议立即夺爵处磔刑。康熙二十年九月，平叛战争接近最后胜利时，将耿氏家口编为五佐领，连同耿昭忠、耿聚忠一并归入汉军正黄旗下。直到次年正月，才以逆党之罪将耿精忠磔死。

至此，撤藩大业基本完成。为消除隐患，康熙皇帝于平定云南之后，令将分布在福建、浙江、广东等地的耿精忠、尚之信属下旗员撤回京师，重新安置。一般均革职入旗，以原品随旗上朝，世职不准承袭，其中个别“堪用之人”,遇到旗下有缺时酌情补用，马九玉在耿精忠反叛时曾哭劝再三，归正后又对清廷尽忠效力，故以原官解任来京。

平叛、撤藩后，康熙皇帝将选任官吏大权收归中央；划一军队编制，在福州、广州、荆州等地设八旗兵驻防，派将军、副都统驻扎，一切听中央统一调遣；将“三逆”财产没收归官，充作军饷。同时，清除滇、粤、闽等处地方积弊。

“三藩”之乱历经八年，至此终告平定，年轻的康熙皇帝经受住了一次严峻的考验。