随着腓力二世的死讯传向各地，北边的色雷斯和伊利里亚部落发动叛乱，弗西斯、阿卡纳尼亚等地也不再忠于马其顿，他们将城中驻守的马其顿卫军赶到了边境之外。

每一位帝王的死都会给敌人一个可乘之机。像腓力二世刚继位时就面对着烂摊子一样，亚历山大继位时，马其顿也面临着复杂的形势。更嚣张的是，阿尔塔薛西斯三世宣称是他派人谋杀了腓力二世，雅典的德摩斯梯尼则戴上花冠庆祝马其顿即将灭亡。在马其顿内部，甚至还有一些团体丝毫没有把亚历山大放在眼里，正准备刺杀这个乳臭未干的年轻国王。

面对马其顿的内忧外患，亚历山大展现出无比的魄力。他先平定了内乱，稳固了统治根基，将那些不忠于他的贵族斩首或流放。

亚历山大赶赴科林斯参加了泛希腊会议，除了未到场的斯巴达依旧不肯臣服，其他城邦都承认了他的统治地位。雅典向他表示歉意，赠给他两顶王冠，尊奉他如同神明。亚历山大的愤怒终于平息，他宣布废除希腊各地的独裁统治，各邦按照自己的法律自由发展。希腊人答应亚历山大，会在他征伐亚洲时提供兵力和财源的支持。

回国后，亚历山大又出兵镇压了色雷斯和伊利里亚等北方部族的反动势力。他以旋风般的速度，把军队带到了现在的布加勒斯特，将军旗插在多瑙河北岸。此后，一旦有伊利里亚人向马其顿进军，他就前进320公里越过塞尔维亚，突袭入侵者后方，把他们赶回自己的领地。

此时，一个谣言震动了全希腊，说是亚历山大已经在多瑙河畔阵亡了。德摩斯梯尼立刻号召人们为自由而战，并名正言顺地接受了波斯的援助经费。随后，底比斯率先反抗，杀死了亚历山大驻留当地的马其顿官员，并包围了驻守在扎卡特米亚的马其顿部队。雅典支援底比斯，并动员希腊其他城邦和波斯一同加入反马其顿联盟。

对于刚刚给予希腊发展自由的亚历山大来说，希腊简直忘恩负义，胆大包天。他立即率领疲惫的军队直入希腊。13天后，亚历山大如天神般出现在底比斯城，要求底比斯立刻投降。底比斯拒绝投降，亚历山大在震怒之下发起猛攻，不日便将底比斯城拿下。

品达生于底比斯城附近的贵族家庭，少时学习音律，求学于雅典，与雅典的很多名士都有密切交往。他认为诗歌能使子孙后人铭记先辈的光荣业绩。他的诗庄重严谨，辞藻华美，被后世认为是古希腊首屈一指的抒情诗人。80岁时，为了回避雅典动**的思潮，他隐居故乡底比斯，在那里终老。品达死后，雅典人为他建了一座雕像，罗德斯人将他歌颂罗德斯岛的诗刻在庙墙上。当亚历山大准备将底比斯夷为平地时，特地嘱咐手下人，千万不能让品达住过的那座房子受到半点损坏。

亚历山大把底比斯的命运交付给普拉提亚、弗西斯等地人民。按照他们的意愿，底比斯被夷为平地，所有的建筑都毁于一旦，所有的居民都被卖为奴隶。亚历山大唯独放过了诗人品达的旧居，也饶恕了教士和女祭司，以及少数能够证明自己确实曾反对底比斯叛乱的人。后来，亚历山大曾对自己残酷决绝的手段感到懊悔，表示将毫不犹豫地答应底比斯人的任何要求。

相比之下，雅典要幸运得多。亚历山大原谅了希腊对一年前誓约的背叛，也没有强迫雅典领导人一定要向马其顿投降。也许是因为他敬爱的老师亚里士多德来自雅典，也许是因为雅典文明的繁荣让人叹为观止，亚历山大一生都对希腊抱有尊敬和爱护。他把薛西斯从雅典夺走的雕像重新运回雅典，也把自己从亚洲夺得的战利品供奉在雅典卫城。一次，亚历山大在一场艰苦战斗结束后，对着雅典感叹道：“雅典人啊，你们可曾知道，为了获得你们的赞美，我经历了多少艰辛？”