多宝、小鱼和多喜三人，带着贞鳐在村庄休息了两天后，贞鳐的身体逐步稳定了下来。多喜是学医的，贞鳐现在也只是暂时好转了一点，如果要彻底根治，还得去大医院治疗。多宝觉得多喜说得有道理，准备带贞鳐去上海治病。
这边小鱼还惦记着被抢走的盒子和冯源，多宝则想着如何快点去上海。多喜死皮赖脸，想和小鱼多呆在一起。小鱼说多宝对上海不熟悉，要多喜陪着一起去。
“那你呢？”多喜时时牵挂着小鱼。小鱼说追查真凶的事情不能停，她要去查找杀害父亲的真凶。多喜对小鱼说：你去哪里我就去哪里。我二十多年才遇到你，怎么轻易让你走？小鱼笑多喜是跟屁虫，心里却很高兴。
多宝也十分识趣，说自己也不是小孩了，不就去看个病，他带着贞鳐没问题的。多喜明白多宝是在给他和小鱼制造相处，两人默契相视一笑。小鱼发现多宝和多喜有很多相似之处，多喜说他们是拜把子的兄弟。
这时，多宝父亲老屠夫途经村庄发现多宝他们，老屠夫担心多宝被抓，袁林的案子多宝还是嫌疑人。多宝认为妹妹的命更重要，上海是一定要去的。多喜说都是兄弟，一定为多宝据理力争。
几人谈话间，多喜无意中露出了手腕上的一块黑色的胎记，这被老屠夫看见了，老屠夫忽然想起失踪的小儿子手上也有一样黑色的胎记，怀疑眼前的多喜就是小儿子。老屠夫经过仔细辨认，认定多喜就是当年军阀混战时丢失的儿子，多喜不敢相信，南在利从未说过自己的身世，他一直坚定地认为自己就是南在利的亲生儿子。
老屠夫看多喜一时间无法接受，多宝提议多喜回去问问南在利，多喜决定先回上海向父亲求证。小鱼见多宝一家团聚，想到凶手未找到，父亲惨死，不禁悲从中来，她独自徘徊，留下字条，也离开了。小鱼在途中正遇见冯源追踪蒙面女子，于是跟着追了上去。
等到多宝多喜反应过来，小鱼已经离开，看着小鱼的字条，多喜知道小鱼去找了冯源，对她来说，或许冯源才是能帮她找到杀父仇人的人。多喜心有失落，一番收拾后，两人准备回上海，在途中多宝多喜带着妹妹偷偷爬上了凉子返回上海的运输车，运输车由冯大帅派车护送，后面车辆里还有被捕获的魔鬼鱼，多宝见后十分震惊。
多宝听到凉子和她父亲小野的争论，凉子不希望扩大金矿的规模，增加押运人数，要谨记哥哥的教训；但小野根本不在乎其它人的生死，说既然已经抓住了魔鬼鱼，那么接下来的运输船也就不会有事，要让南在利加紧打捞，顺便催一下金矿生产。多宝这个时候才知道，他押送的是一船黄金。多宝对凉子的善良和大义由衷佩服，作为一个日本人，她非但没有欺负弱小，反而处处站在父亲对立面为中国人说话，多宝对这个几面之缘的日本女子心生好感。
凉子和父亲的争吵还在继续，蹲在车厢的两人心思各异。多喜在纳闷，父亲南在利与汉江金矿什么关系？为什么父亲与日本人关系这么密切？多喜回忆着父亲商会的一切，一个想都不敢想的猜想冒了出来……
小鱼和冯源在追蒙面女孩的路途中，目睹了汉江污染、村民染病、金矿乱排废水、民国资产流失、倒卖陶瓷古董等现象。小鱼痛心于中国大地被这样侵占，中国国宝也流失国外，这一切的一切，让小鱼愈发觉得，地方军阀和日本帝国主义是罪魁祸首。冯源也感叹，人善被人欺，马善被人骑。
冯源想到如果破了袁林这个案子，必定能得到上级的重视。小鱼误认为冯源是为她在破这个案子，冯源对小鱼自然是喜欢的紧，也就任由她误会了。小鱼一心认为冯源就是她的真命天子，但冯源从来没有这样觉得，小鱼感到隐约的不安。
一连追踪数日，蒙面女子总是神出鬼没，每每在小鱼他们以为跟丢了时，蒙面女子又再次出现。小鱼推测蒙面女孩是故意引他们去见这些灰色地带，可能与父亲的死有关。冯源推测，蒙面女子是想通过他们的眼睛，去看人间的疾苦，再将这些疾苦报告给政府。那么，说明蒙面女子对他们的身份了如指掌，蒙面女子究竟是什么人？
多宝带着妹妹贞鳐，和多喜躲在凉子所坐的运输车，当听到小野说要将魔鬼鱼展出，再杀了做成生鱼片售卖，两人听到非常气愤。两人商议到了上海码头，由多喜先带贞鳐去医院，多宝来阻止他们。
汽车一路颠簸来到上海北外滩的日本汇山码头。多宝多喜分头行动，多喜带着贞鳐去医院，多宝则在码头下车，准备弄清楚大鱼会被送到哪里。在码头，多宝发现日本士兵对中国搬运工人牛马不如，被视为下等人遭鞭打侮辱，多宝愤愤不平，与日本士兵打了起来，多宝力挑日本和军阀士兵。
凉子在一旁目睹，被多宝的族气节所折服。在她的印象中，中国人就是因为太软弱才被欺凌压榨，多宝敢站出来反抗，足以见得此人不同凡响。凉子看着多宝，心中暗暗下了一个决定，就是这个决定，改变了她的一生。
凉子上前制止冲突，多宝将青衣男子给他的铜箫给了凉子，铜箫是哥哥出事之后唯一留下的东西。凉子得知哥哥已经死亡，而多宝就是当时押送运输船的士兵，凉子伤心之余，对守信的多宝也更加倾慕。
工人们为了撤退，劫持了一旁的凉子，凉子命悬一线之时，多宝打伤了码头工人，救起了凉子。小野以为多宝劫持凉子，加上怪罪押送的多宝没能保护好青衣男子，要一命偿一命，命令士兵举枪向多宝射击，凉子为多宝挡住了一颗子弹。
多宝背起受伤的凉子，大吼一声：谁要拦我？谁就是我裴多宝的敌人！多宝一面护着受伤的凉子，一边与工人们相拼，几进向出，双拳难敌四手。
就在多宝以为自己逃不出去的时候，蒙面女子再次出现，她对着多宝说，跟她走。在蒙面女子的帮助下，他们成功逃了出来，多宝抱着中枪的凉子向医院奔去……
多宝汇山码头以少胜多一战，轰动上海滩。因为袁林一案还未真相大白，多宝还是害死师傅的嫌疑人，有人称赞他为工人出头，敢于反抗压迫；也有人也说杀害自己恩师的人必定不是什么好东西，大家对于这个年轻人褒贬不一。
多喜将贞鳐带到医院，医院初步诊断贞鳐是长期饮用受污染的水，重金属超标导致的肝脏重疾晚期，生命只有三个月。多喜十分震惊，联想到汉江村染病的村民，若要说到饮用水，那一定是汉江。多喜突然反应过来，在汉江的上游，有一座金矿冶炼厂。
想到这里，多喜也不敢深想，他为贞鳐办理好住院手续后，委托了护士照顾贞鳐，决定先回趟家，弄清楚自己的身世问题和金矿冶炼厂的事。
多喜回到家，正好碰到了南在利，多喜直接问自己是不是抱来的孩子，南在利一边心神大乱，一边极力否认，并拿出当时多喜在上海的出生证明，原来在南在利捡到多喜的时候，多喜发了高烧，浑身上下只有一个小小的锦囊，里面放着多喜的出生年月日和姓名。彼时失去了唯一的儿子的南在利鬼迷心窍，决定将这个孩子领回家当作自己的孩子来养，甚至去医院补办了出生证明，并上了户口改了姓。多喜看着出生证明后半信半疑，他总觉得南在利有事情瞒着他。
多宝带着中枪的凉子来到医院，凉子劝多宝快走：“你不要管我，赶紧走吧……”
“你为我挡子弹，我怎么能不管你！”多宝捂着凉子中枪的伤口，安慰道：“你放心，我不走！我就在这儿陪着你！”凉子忍着身体的疼痛，问道：“再不走，你就麻烦了，何必要无意义地陪着我……”
“从今往后，我不允许任何人伤害你。你好好活着，就是我最大的意义。”
此话一出，两人都愣住了。此时医生和护士急忙迎了上来，将凉子转移到手术病**，凉子伸手抓着多宝的衣角，再次劝道：“我答应你，会好好活的，你快走吧，我父亲不会让我们在一起的！”
多宝看着凉子被推进手术室，大声喊着：“如果不能在一起，我活着还有什么意义！我等你。”
凉子躺在手术台上，眼泪滑落下来。这是她长这么大以来听到的最动人的情话，虽然时机场合都不对，但是凉子知道，多宝就是她这一生要找的那个人。
蒙面女子跟多宝在医院门口分别，她叮嘱多宝，将凉子送进手术室后就要立刻离开，日本人肯定会追来。
多宝觉得直接走对不起凉子仗义相助，决定在手术室门外等待凉子手术做完。追击多宝的宪兵最终沿着血迹找到了医院，多宝被捉，送到民国政府罪犯关押所。多宝被抓时，凉子正好手术完成，被推出手术室，凉子眼见着多宝被押走，因为刚手术完，一个字都说不出。凉子被父亲小野派来的人看护着，对多宝无能无力，心急如焚。
另一边，冯源和小鱼回到了上海，冯源将汉江污染、村民染病、金矿乱排废水、民国资产流失、倒卖陶瓷古董等事汇报给民国政府；小鱼将父亲被害的疑点，重新梳理后向民国政府汇报，要求释放多宝，重查此案。结果，两人的上报都没有得到民国政府的重视，冯源更是被已调任江浙任主席的父亲冯主席数落。冯主席劝儿子，要及时停手，袁林一案终究是一笔糊涂账，中间牵扯的利益太多。查是没有用的，这个世道，你知道的越多，就越危险。冯源胸有大志却无处施展，跟父亲冯主席大吵一架后，毅然辞职。
小鱼默默支持着冯源，表示无论什么时候她都会站在他的身后。不久，小鱼得知多宝被抓，但她也不知道如何是好，于是恳望冯源去救多宝。冯源辞职后手无权利，对于多宝也是无能为力……
多喜回到医院，本来想跟多宝汇合，却见到了住院的凉子，凉子认出多喜后急忙找到他，请求他想办法救出多宝。医生也告诉多喜，贞鳐的病他们治不了，可以找外国医生试试。多喜没办法，只能先将贞鳐带回家。
多喜将贞鳐带到家中，当父亲南在利见到贞鳐，以为是鬼魂，吓的不轻。多喜求父亲去请最好的医生，并要父亲通融关系，去关押所救多宝。对于儿子的请求，南在利并没有应允。南在利劝多喜不要去外面，兵荒马乱，要沉下心来学习商业管理而不是江湖义气、儿女情长，两人争论不休。多喜发现父亲有事隐瞒，正想逃出家门，却被父亲先下手，软禁起来。
将儿子软禁起来后，南在利想起了贞鳐这个女孩子，听多喜说她生了很严重的病，于是叫来陈道长商议这个女孩怎么办。陈道长出馊主意，割下一小块魔鬼鱼的尾鳍，让病重的贞鳐吃下，并说只要贞鳐吃了，病好了，就可以用来宣传魔鬼鱼的神奇之处；魔鬼鱼的尾鳍有毒，结果贞鳐吃后，呕吐不止，浑身抽搐。一个时辰之后，再看贞鳐的脸色泛起了红光，南在利大喜。
冯源看透了民国政府的敷衍了事，想起了日本留学接受的明治维新的思想，胸有大志却无处施展。
想起父亲的训斥，冯源更是郁郁不乐：“就算政府敷衍了事，我爸怎么也不支持我呢？”
小鱼安慰着冯源，“就算全世界都不支持你，你也还有我！”
“小鱼……”
“做你想做的吧！”小鱼握着冯源的手，“如果山河飘零破碎，我们就加固它、修补它！”
在小鱼的支持下，冯源了加入了复兴社，组织大规模的游行和大型演讲，高喊着“狗日的，滚出中国”；小鱼号召人们：跌倒了一定要爬起来，不爬起来，别人就要从你身上跨过。小鱼痛述民国政府的腐败不作为，倡导建立民主政权，被民国政府四处通缉。
冯源因为跟小鱼一起组织大规模游行和演讲，也被民国政府盯上，同样被列为通缉犯，两人东躲西藏，无意之中感情更近了一步。对于冯源，小鱼心存愧疚，要不是为了追查自己父亲的死，冯源也不会丢掉工作、被父亲责骂乃至于被民国政府通缉。
小鱼对建立什么政权没有兴趣，寻找杀害父亲的真凶是她的目标；然而父亲的死因到底是什么，留下的那个盒子到底有什么，小鱼都不得而知。盒子还在蒙面女子的手中，多宝还被关押，小鱼没有头绪，不知道该从何做起。
民国政府迫于日本方面的压力，很快将多宝判了死刑……