被誉为平成（1988——）福尔摩斯，日本警察救世主的高中生侦探工藤新一，在一次和青梅竹马女朋友毛利兰的游乐场约会中，发现了身穿黑衣身份不明神秘男子的非法交易，正当他看得带劲儿含着手指流着口水盘算着怎么以最帅的方式出场阻挡罪犯的时候，却不料螳螂捕蝉黄雀在后，黑衣男子的另一名同伙绕道新一身后，随手抄了一根木棍子就将其撂倒在地，还喂他喝下了组织最新研制的毒药，说是无色无味杀人于无形之中的日本无影散。
不过毕竟是漫画主人公，又挨闷棍又被灌耗子药的工藤新一到底还是挺了过来，只不过当他睁开眼睛之后，却意外发现自己的身体变小了——从一个17岁的高二学生变成了一个6岁的小鬼——万幸的是，智商没有退化。
因为父母都在海外生活，身边也没一个能说上话的亲人，情急之下，新一找到了他父亲的挚友，和自己是忘年交的无厘头发明家阿笠博士，在一番解释并以屁股上面有颗痣，黑痣上面有根毛的绝密博士资料为证据，总算是让对方相信了眼前这个身高不过三尺的小朋友就是数小时前还威震东京的名侦探。
要说姜还是老的辣，很快，恢复了冷静的阿笠博士就提出两点，首先，不能再以工藤新一这个名字出现在人前了，要对所有人都保密；第二，住到你马子毛利兰家里去。
第一点是人都明白：既然人家要杀你，得知你居然命大没死成，那么自然会来杀第二次，像你现在这种五短身材，有几条命都不够砍的。至于第二点，新一虽说感到暗爽，但依然不明就里：为啥是他们家？
“兰的父亲毛利小五郎是私家侦探，你若是跟着他的话便又能接触到各类案件，里面说不定就会碰到把你身体变小的黑衣人组织哦。”
就这样，改名为江户川柯南的原高中生侦探工藤新一，在阿笠博士的安排下，住进了毛利侦探事务所，顺便还给他办了个学籍，去了附近学校读小学一年级。
可是进去了之后才知道，这世界上的侦探和侦探都是不一样的，尽管自称是战国时代日本第一智将毛利元就直系后人的名侦探，可毛利小五郎无论是从观察能力还是推理能力上来看，都只是个菜鸟级别的家伙，也因为如此，整个侦探社通常大半年都接不到一桩生意，更别提去追查什么黑衣组织了。
于是新一决定，利用阿笠博士的各种发明，比如瞬间麻醉针和变声蝴蝶结等道具再结合自己无敌的推理能力，帮助小五郎破案，使其成为名侦探，如此一来也就能有接触到那个神秘组织的机会了。
这案子一破就是15年。
在15个新年，15个圣诞，15个寒假15个暑假之后，柯南依然是柯南，尽管从理论上来讲哪怕是宅家15年他都能恢复成大人，可现如今却依然是个小学一年级生，还是那个走到哪儿死人死到哪儿的小瘟神，堪比阎罗王御前黑白双煞。
说老实话很多人都对这部漫画产生了绝望之情，而青山刚昌却似乎全然没觉得，反而还很喜滋滋乐滋滋的表示柯南卖出去的单行本如果堆积起来，高度已经超过了珠穆朗玛峰。让人听了很容感到马里亚纳海沟般似的深渊悲观。
有如此的感觉也并非没有道理，要知道整15年来，整部漫画都是处于一个完全没进展的状态——新一的身体没进展，这个已经说了；新兰的恋情没进展：小俩口还是那副德行，既没亲过也没抱过，唯一嘴碰嘴的还是人工呼吸，好不容易想求一次婚了，钻戒还没拿出来人又给变回去了，这种事情一开始还能吊吊人胃口，时间长了大家都冷淡了，想着反正这次又是功亏一篑，我们算是给青山刚昌生儿子捧场了，拉倒吧；还有一个就是主线剧情无进展，这个说没进展已经是抬举他了，实际情况是非但没有任何突破反而越来越乱，原本也就是穿黑衣服的两个男的，后来又冒出了一个女的，这女的还有个妹妹，这妹妹还是造毒药毒新一的科学家，到了后来居然还弃暗投明了！本来漫画画到这份儿上就已经够扑朔迷离的了，结果现在却是乱上加乱，这个所谓的黑衣组织里什么稀奇古怪的人都有，从政要到极端科学家，再从软件天才到金融大亨一应俱全，用的武器也是从高精端狙击枪一直到阿帕奇直升机应有尽有，享受和驻日美军装备同步更新待遇，以至于让人不得不怀疑：黑衣组织的幕后老板该不会是天皇的私生子吧？看他们那副模样，要啥有啥还不满足，敢情就是想篡位当皇上吧？
估计柯南最终结局之时，就是他青山刚昌惨遭日本右翼抄家游街之日。
玩笑，玩笑。
当然，也不是说这真的就是一部一无是处的漫画了，要知道，之所以会形成马里亚纳海沟似的绝望，是因为读者本身就有着珠穆朗玛峰般的希望。
除了主角工藤新一以及其变异体柯南拥有各种漫画男主角的完美属性之外，善良到极致永远为别人在考虑的毛利兰，浑身上下透着一股子大阪人情味说着一口关西腔的服部平次小俩口，活泼但不刁蛮，大咧但不失礼，富贵但不骄纵，当得起公主之名的铃木园子等人物形象，都被塑造得相当成功。
比起那些非常鸡肋的各单元推理故事和已经完全没了头绪的主线剧情，这部动画最吸引人的地方，果然还是那一个个堪称完美的角色吧。
现在最新的剧场版里，柯南俨然已经进化成为了一代武林宗师，踏着滑板非常淡定地避开了一枚又一枚的子弹，而电视版剧情则是白鸟任三郎警官和柯南他们的班主任在拍拖，佐藤美和子和高木涉两人从130多集出场，历经整整8年，终于在400多集后修成正果——于医院中打了一次K。
八年，八年了，算了，别提他了，还是直接进入正题吧。