虽然波士顿矩阵能够产生多种收益，但是这种矩阵也绝不是万能模式。

首先，由于评分等级过于宽泛，可能会造成两项或多项不同的业务位于一个象限中；其次，由于评分等级带有折中性，使很多业务位于矩阵的中间区域，难以确定使用何种战略；同时，这种方法也难以同时顾及两项或多项业务的平衡。

如中国巨人集团在将保健品业务发展成明星业务后，紧接着开发房地产业务，可以说，在当时的市场环境下，这两种业务都是明星业务，但由于企业没有能够提供源源不断的现金支持，导致企业不得不从本身缺乏资金投入的保健品中不断抽血来支援大厦的建设，最后导致两败俱伤，企业逐步陷入困境。

因此，在使用这种方法时要尽量占有更多资料，审慎分析，避免因方法的缺陷造成决策的失误。同时它也很难为每个战略经营单位定位，比如单独使用每年的市场增长率，到底什么是真实的占统治地位的市场份额等。

如果管理人员（咨询人员）没有精确的度量，就会用自己的想法来为战略经营单位定位，从而导致想当然的结论。比如，不考虑退出市场而将瘦狗类业务划去，将这项业务送给正在壮大的竞争对手，为它提供加强业务组合的机会。