虽然目标管理有着一定的功效，但是它的缺点也是非常明显的。管理层在制定政策和实施目标管理的过程中，必须充分认识目标管理的缺点，适时采取适当纠正措施，保证目标管理的成效。

——目标难定

因为目标是为未来而设，而未来又有不确定性，因此人们往往很难设定切实可行的具体目标。显然，任何计划都应该包括预计达成工作终点，而不只是陈列待办的工作。如何设定达成的目标，在实施目标管理的最初特别困难。人们往往易于设定过高的目标或长远的目标，但在制定短期工作目标时却很难。

——目标设定可能增加管理成本

目标设定需要上下沟通、统一思想，这都是很费时间的。在实现目标的过程中，每个单位、每个人都关注自身目标的完成，而忽略了相互协作和组织目标的实现，从而滋长本位主义、临时观点，产生急功近利的倾向。因此在许多情况下，目标管理所要求的承诺、自觉、自治气氛难以形成。

——目标不容易量化

使目标具有可考核性的最佳方法是使之定量化。但是，许多目标是不宜用数量来表示的，硬性地将某些目标数量化和简单化的做法是危险的，其结果有可能将管理工作引入歧途。因此有些不能定量化的目标可以设定为定性化的目标，通过详细说明其特征和完成日期的方法来提高其考核的程度。

——奖惩未必都能与目标成果相一致，所以很难保证这种奖惩的公正性

这在某种程度上削弱了目标管理的效果。

——环境的变化，公司外部环境的变化也是导致目标管理困难的一个重要因素

目标管理是一个需要细化的系统工程，它的固有局限性使得人们在实践中往往容易陷入误区。目标管理需要相对稳定的外部市场环境，波动较大的环境将使目标管理过程中所付出的种种努力付诸东流。

例如，一些行业上演的所谓价格同盟和价格大战，使得公司生产计划、销售计划、库存计划和财务计划都难以适应这些变化。在易变的环境中，目标往往是一个难以琢磨的未知数，因此它的实际内容必须随着环境变化而不断调整。然而，如何进行调整，以及调整到什么程度，便是管理的一个难题。

——过分强调短期目标

几乎在所有实行目标管理的组织中，所确定的目标一般都是短期的，很少超过一年，常常是一季度或更短些。强调短期目标的弊病是显而易见的，因此，为防止短期目标所导致的短期行为，上级主管人员必须从长期目标的角度提出总目标，并制定总目标的指导方针。

——缺乏灵活性

目标管理要取得成效，就必须保持其明确性和稳定性。如果目标经常改变，就难以说明它是经过深思熟虑和周密计划的，这样的目标没有意义。

但是，计划是面向未来的，而未来存在许多不确定因素，这又使得企业必须根据已经变化了的环境对目标进行修改。然而修订一个目标体系与制定一个目标体系所花费的精力相差无几，结果可能迫使主管人员不得不中途停止目标管理。

掌握目标管理的局限性，对于有效地实施目标管理是相当重要的。目标管理在一些国家的管理发展中还是一种新的趋势，各类组织的主管人员还需不断探索，使之不断完善。

尽管如此，目标管理仍然是一种行之有效的管理方法。如果我们根据公司的具体情况，依据科学管理和权变管理等理论方法，在制定目标管理的框架和标准时做到实事求是，并设定纠正偏差的方法，目标管理也不失为一种有效的管理方法，它能极大地促进公司经营绩效的改善。

所以，在企业中实施目标管理时，除了要掌握具体的方法以外，还要特别注意把握工作的性质，着重从其本身的分解和量化出发，提高员工分析和解决问题的能力，并培养员工职业道德水平和团队合作精神，即要坚持逐步推行、长期坚持、不断完善的原则，从而使目标管理在企业中发挥其应有的重要作用。