这三天中，身居华格臬路的杜月笙，食不甘味，目不交睫，瞪着布满血丝的双眼，一次次登楼远眺，但见南市、浦东，处处浓烟滚滚，弹道交织成密集的火网，在浓烟中飞舞跳跃。
在浦东抵御日军的，有他的弟子何行健带领的第一支队和陆京士带领的第二支队部分队员；在南市，有他的学生朱学范带领的第三支队和第二支队部分队员。杜月笙一向视他的门生弟子有如家人骨肉，那一道道火力网、一声声大爆炸，都如同击在他的心上。他多次派人前去打听消息，当听说敌军攻势越来越凌厉，南市守军情势危急时，急得像热锅上的蚂蚁，不停地楼上楼下往返蹀踱，不停地站到窗前眺望南市、浦东。
在拉菲德路的别动队总指挥部，戴笠同样心急如焚，同样三天三夜目不交睫，每一个打进来的电话都牵动着他的心，都需要他采取应急措施。他同时还在做着另一项重要工作——制订特务处南迁与人员潜伏方案、别动队的调整与潜伏计划。
第四天清晨，当杜月笙再次登楼远眺，望着原本人烟稠密市廛繁盛，如今几乎夷为一片废墟的南市，他再也忍不住了，让万墨林接通了别动队总部的电话。
就在这天凌晨，大部队已经全部撤退，固守南市的五十五师张旅也已接到撤退命令，正向吴褔线转移。戴笠已乘车来到英租界哈同路宋公馆，正与宋子文商量撤退事宜。
杜月笙的电话随后打进了宋公馆。
戴笠接过电话，传来了杜月笙因焦急而变得嘶哑的声音：
“雨农兄，快下令让弟兄们撤吧，大部队已经撤出了上海，再打下去，弟兄们就全完了！”
“月笙哥，我和宋部长正在商量怎么撤退。现在他们三面受敌，除了法租界无路可退，宋部长正准备和租界当局联络。”
“租界方面我去疏通，你赶紧下手令，我派人给一珊送去，没你的手令他们不会撤退。”
“好！”
放下电话，戴笠当即写好一道手令：“苏浙别动队立即放弃阵地，向法租界撤退。”
这道命令，由宋子文派人送到杜公馆；杜月笙派出的人立刻拿着手令赶往南市十六铺招商局码头苏浙别动队指挥部。
与此同时，杜月笙亲自与法国总领事馆及法捕房联络。在杜月笙与宋子文的共同努力下，法租界当局终于同意放苏浙别动队进入租界。但有一个条件：退下来的队伍，必须按照国际公法规定，全部解除武装。
这时日军已攻进徐家汇以西地区，南市别动队已不是三面受敌，还有来自空中的飞机和海上舰艇的强势炮火封锁，情况已万分危急。
留得青山在，不愁没柴烧。戴笠当即下令，放下武器进入租界，最大限度地减少伤亡。但杜月笙仍不放心，生怕有个闪失，随即派出大批人马，布置在法租界与南市接壤的沿线，负责接应撤退过来的别动队队员。
11日下午，法租界的通衢要道、各个路口，均布满法国大兵和大批巡捕，杜月笙派去的弟兄站在他们后面。别动队队员撤退过来，一个个地通过路口，每跑过来一个，便解下枪支子弹，交给法国兵或巡捕，杜门中人立刻迎上去殷切慰问。
虽然连续战斗了三天三夜，可这些经历了炮火生死考验的别动队队员，一个个精神抖擞，亢奋振作，滔滔不绝地讲述着打日本鬼子的经过。
按照戴笠的部署，原有的五个支队，除第四支队全部阵亡，其他支队各有伤亡队员外，所剩队员中，第一、二支队开赴浦东，在浦东开辟游击基地。此后，他们除开展对日谍报、上海锄奸外，也不断以游击战的形式打击日伪武装。
第三、五支队化整为零，一部分人跟随周伟龙潜伏上海，成为地下工作者；一部分人由俞作柏率领，辗转退到安徽祁门，后改编为“忠义救国军”，与日伪武装展开游击战；还有一小部分人，跟随陶一珊化装潜往香港，转道奔赴武汉。
在别动队撤退之前，戴笠得到情报，陶一珊上了敌特黑名单，日本特务已准备捉拿陶一珊。在别动队撤进法租界之后，戴笠立即召见陶一珊，在嘉勉他冒险撑持到最后的同时，特地为他发了一笔特别经费，让他迅速离开上海，到汉口报到。
此时，戴笠已侦获日军进攻南京的计划，不是沿铁路交通线一站一站地打过去，而是采取分头并进的迂回大包围：将主力放在苏南，一面经由皖南进攻芜湖，截断我长江运输，一面越太湖，经宜兴、溧水，由南向北阻我归路。在将此情报密报蒋介石后，戴笠下令将特务处本部直接由水路和铁路，西迁武汉、长沙，而以长沙为重心，同时对长期潜伏南京的秘密组织做出部署。
安排好京、沪两地的潜伏与撤退，戴笠撤至香港，由香港赴南昌聆听蒋介石的秘密指令，然后返回南京。其时杭州告紧，乃急奔杭州，作应变布置。当时，浙江省主席黄绍竑决定放弃杭州，并准备将杭州市（包括闸口、南星桥与湖墅拱宸桥一带）所有民房全部焚毁，以实行“焦土抗战”，命令已经下达，正等待当夜实施。戴笠下车伊始，闻听此讯，急电蒋介石，请求下令黄绍竑，制止这项关系80万居民生命财产而无益于抗敌的行动，杭州人民终于幸免于一场浩劫。
迨再返南京，日军已迫近南京城，特务处已在郑介民带领下分别迁往武汉与长沙。戴笠指导留守人员做好潜伏布置后，赴安徽历口主持别动队松江、青浦两训练班毕业典礼；然后沿长江西上视察，到安庆时城内秩序已经大乱。他化装成小贩，挤在难民群中，与特务处派驻当地负责人蔡慎初等人见面，指示工作，在日军进城前离去，经马当、九江等地转往武汉。