这一时期，邓小平理论被确立为全党的指导思想，社会主义市场经济体制初步确立，社会主义精神文明建设被提上重要日程。《中国教育改革和发展纲要》制定了本阶段教育事业发展的目标、战略和指导方针，自此素质教育实践全面展开。这一时期，德育原理学科研究紧密围绕如何适应社会主义市场经济体制，如何增强德育的针对性、科学性、系统性，如何整体规划学校德育工作、创建学校德育新格局等重大问题展开。在全面反思的基础上，德育原理学科建设进入了创新发展的新阶段。
一、加强爱国主义教育与社会主义精神文明教育
20世纪80年代末，党中央指出，学校要认识到爱国主义教育的重要性，强调爱国主义、集体主义与社会主义的有机统一，积极开展爱国主义教育活动。1990年5月3日，江泽民在首都青年纪念五四运动报告会上的讲话《爱国主义和我国知识分子的使命》要求广大知识分子要把爱国主义同社会责任结合起来，努力在社会主义精神文明建设中发挥更大的作用。1992年，党的十四大报告指出，要把社会主义精神文明建设作为20世纪90年代改革和建设的主要任务之一。1993年9月，中宣部、国家教委、广电部、文化部联合发出了《关于运用优秀影视片在全国中小学开展爱国主义教育的通知》,要求全国中小学运用优秀影视片开展爱国主义教育。1994年8月，《爱国主义教育实施纲要》发布，这是我国新时期爱国主义教育的纲领性文件，它对爱国主义教育的原则、内容、重点、途径、方法等都做了详细的叙述。
在加强爱国主义教育的同时，1996年，党的十四届六中全会审议通过了《中共中央关于加强社会主义精神文明建设若干重要问题的决议》,指出加强社会主义精神文明建设是一项重大战略任务。我们进行的精神文明建设，是以经济建设为中心、坚持四项基本原则和坚持改革开放的精神文明建设，是既继承优良传统又充分体现时代精神、既立足本国又面向世界的精神文明建设。精神文明建设总的指导思想和要求就是培育有理想、有道德、有文化、有纪律的社会主义公民，提高全民族的思想道德素质和科学文化素质，团结和动员各族人民把我国建设成为富强、民主、文明的社会主义现代化国家。要努力提高全民族的思想道德素质，就要深入持久地开展精神文明建设活动，在精神文明建设活动中加强党的领导作用。
二、加强心理健康教育，拓展德育内容
改革开放以来，世界的政治经济格局发生了巨大变化，经济全球化趋势不断加强，科技进步日益加快，人才竞争日趋激烈，人们的工作、学习节奏也发生了变化。在这种社会背景下，一些青少年不能及时调整心态，跟不上时代的步伐，产生了不少的心理问题。20世纪80年代中后期，一些学者对部分青少年进行了心理健康状况调查，调查结果表明：青少年在心理健康方面存在着不同程度的问题。于是，一些高等学校建立了心理咨询室或心理咨询中心，有计划地开展学生的心理辅导和心理健康教育，把心理健康教育纳入德育的范畴。1995年，国家教委颁布的《中学德育大纲》指出，德育即对学生进行政治、思想、道德和心理品质教育。同年，国家教委制定的《中国普通高等学校德育大纲(试行)》明确指出，德育的内容应包括政治教育、思想教育、道德教育和心理健康教育。1999年，中共中央、国务院召开了第三次全国教育工作会议。会议发布的《中共中央、国务院关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》指出，针对新形势下青少年成长的特点，要加强学生的心理健康教育，培养学生坚忍不拔的意志、艰苦奋斗的精神，增强青少年适应社会生活的能力。这些文件都为学校开展心理健康教育指明了方向。自此，学校深入开展心理健康教育，使得这项工作不断走向成熟，不断推动德育工作的科学化，为学生健康成长、成为社会主义合格建设者和可靠接班人发挥了独特的作用。
三、开辟网络德育新方式
20世纪90年代后期，互联网开始在我国飞速发展，我国网民数量快速增长，信息高速公路更是以日新月异的速度向学校和社会延伸，大学生、中学生甚至小学生都成为网络的主要使用者。自1994年4月我国加入互联网实现全功能连接之后，互联网用户在我国迅速增加：1997年为62万，1998年12月达到210万，2000年达到2250万。中国互联网络信息中心调查表明：85.98%的网民年龄为18～35岁，青年学生和青年知识分子构成网民的主体。①为了适应互联网发展的需要，加强青少年学生思想品德教育，一些学校先后建立了思想政治教育网站。
我国最早的思想政治教育网站是清华大学学生红色网站，这一网站建立不久便在广大青年学生中引起强烈反响。该网站始终以“宗马列之说，承毛邓之学，怀寰宇之心，砺报国之志”为宗旨，坚持“立足学校，面向社会；服务同学，教育群众”的理念，植根于学生党员和入党积极分子，面向广大学生开展思想教育，为青年学生提供理论学习、思想交流的平台，并逐渐发展成为宣传学校党建工作的重要窗口。
继清华大学学生红色网站之后，大中小学校园中的思想政治教育网站不断出现。2001年，北京大学建立了红旗在线网。此外，上海交通大学建立了焦点网，南开大学建立了觉悟网，天津大学建立了天外天网等。这些网站旗帜鲜明，政治立场坚定，反映了大学生利用网络新技术占领思想文化阵地的强烈意识，对新时期学校做好思想政治教育工作起到了重要的推动作用。2004年，教育部主导并推动的全国高校思想教育示范网站——中国大学生在线正式开通。该网站充分发挥网络凝聚、服务、教育、引导、宣传的作用，融合思想性、教育性、艺术性和现代性，促进社会主义先进文化在网上和校园的传播，促进学生高尚思想道德品质的形成。思想政治教育网站的建立，在学校理论学习和思想宣传方面起到了特殊的作用，是新时期学校德育的一大亮点。