除了是皇帝的秉笔太监外，魏忠贤还有一个身份，那就是东厂的首领。为了剪除异己，魏忠贤利用东厂肆意罗织罪状，大兴冤狱。当时，以顾宪成为首的东林党，是一个文人集团。他们讽议朝政、评论官吏。顾宪成敢于直言上谏，常常当面指责魏忠贤扰乱朝纲。东林党上谏，要求皇帝将政事交给六部处理，公事交给言官处理。

魏忠贤看到奏书后，知道东林党是想分散自己的权力，因此怀恨在心。为了打击报复东林党，魏忠贤想出一个办法，他让东厂的太监们收集关于东林党的案子，竟将几年前的大案都翻了出来，比如梃击案、红丸案、移宫案等，称这些是东林党的阴谋。明熹宗果然生气，下令拆毁全国书院，杀害了大批东林人士。

除去了东林党，魏忠贤在朝中没有对手，更加肆无忌惮。在魏忠贤的控制下，全国发生了剧烈的地主官僚土地兼并运动，苛捐杂税繁重，社会矛盾愈演愈烈，加之天灾不断，农民们揭竿而起，大明朝岌岌可危。

国家危难之时，明熹宗却毫无察觉，仍和太监们泛舟湖上。忽然一阵大风刮过，把船刮翻了，熹宗跌进水里，救上来没多久就一命呜呼了。明熹宗死后，魏忠贤便失去了靠山，被新帝流放到凤阳去了。

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恪谨忠贞，可计大事

在历史上，人们对魏忠贤的评价褒贬不一，也有人说他是一位贤臣。据说魏忠贤曾经抛除个人恩怨与流言，任用战败的熊廷弼，可见他也是站在国家立场上考虑的人。崇祯皇帝的哥哥明熹宗朱由校在临终前曾评价魏忠贤是“恪谨忠贞，可计大事”，然而在朝廷多位官员的声讨下，最终魏忠贤被除去了。在明朝大势已去之时，崇祯皇帝又想起了魏忠贤，才理解哥哥的话。